基因總覽
SNORD49A(small nucleolar RNA, C/D box 49A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 類小核仁 RNA。現有資料將其列為 RNA,而非蛋白質產物;未提供其序列、長度或更細部的結構資訊。資料庫摘要預測它可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁,但這些描述屬預測性註記,不能視為已確立的功能或定位。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384229 ★ | 16,440,036–16,440,106 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNORD49A 的資料摘要將其功能描述為預測可能參與 RNA 加工。這表示其可能與 RNA 的處理過程有關,但來源未提供具體參與哪一類 RNA、作用步驟或分子機制,因此不能進一步推定其靶標、作用方式或對 RNA 加工結果的影響。這項功能註記為預測,並非已證實的實驗結論。
Promoter 與基因調控
>SNORD49A ENST00000384229 GRCh38 chr17:16439036-16440136 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCTTTTCATTCCCGTTGTTATGGAGGTAGGCTCTCTAGGAATCTGGGAGTAGTAGCTGGGGGGCAAGAGC AAATAAAGAGCTCGAGCTTCTGTGGTCTCTGGGGAGATGTTCCCGGGAAGCCTGTCTAGAGGGCGGAGGG CAGCTGTTGAGATGGCGTGGCTCCCCGGCTCCTGCGCCCGCGTGGCTTTCGCGGCGGGCGCTGCGGCCCG GTATTGGACAGCCTGGCAGGGCAGCGCGGGGCCGAATCCGGCTGCCGTGGCTGAGGCTCATGGATCACTC TTTTGTGGTAGGGCCACATCTGCCAGAGCCTGGAGTCTGCGAAGGCCGGGACCCGGTTCCCCGGCCCACA GTGGGGGTGTGCAAACCCGAGAGAACTGGGTAAGTTGGGGTCGGCTTGCAGTTTGGGGTACCCCGAGGGC GGTGTACGTCGGTAAGATTGTAACAGTATTACTGGAAGACTTATTCGACTGTCCTGATGATACTTGTAAT AGGAAGTGCCGTCAGAAGCGATAACTGACGACGTCTAATGTCTATCTGACCGCAGTCGCTGAAACCTCTA CAACTTAGTTGACCGTAACTGCCAGAGCCCTGCCCTGAATTCCTGTCCTTACTCCCTCTTTAAGATTGCG TACCCACTGCAGAGTGCTGAAGACGGGGTAGCCACGAGGTGAGAGGCTCTCTGGTGTAGGGTTTAACATG GAACGTAGTTTTGTCACTTGAATGCACGGAAATTGGCGTTTTGACAGTTTTCTACGTTTAGGTGTTTTAT ACACTTTAGGGTAACGTTATCATGTCATTGCATAGGGTGGAACTTAAATAGAAACTGGAGATGGCTGCTT CAGCCACAGTCCTAACCTAGAACTGCATTTAAAGCAAACTGATAATGCAGAAACAAACTCCTTCGTTAAG AAATGTCTCCAGTAGCAGGGTTAGCTTAAGTTTCAGGTAGGGTCTAGATCTGCGGTTGGAACAGTACTGG AGGGTTGTGAGGTGCTTGACTGCTCTGATGAAATCACTAATAGGAAGTGCCGTCAGAAGCGATAACTGAC GAAGACTACTCCTGTCTGATTGCAGTCAAGTCTTCACCACTTGCTGGTTCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_B594B · promoter · 16438515–16439066 · regulatory
ENSR17_55TDQ2 · CTCF_binding_site · 16438889–16438910 · regulatory
ENSR17_C3M38 · enhancer · 16439067–16440564 · regulatory
ENSR17_98J79 · promoter · 16440942–16441442 · regulatory
· motif · 16437606–16437617 · motif
· motif · 16438594–16438607 · motif
· motif · 16438670–16438685 · motif
· motif · 16438680–16438689 · motif
· motif · 16438680–16438689 · motif
· motif · 16438746–16438754 · motif
· motif · 16438785–16438795 · motif
· motif · 16438817–16438828 · motif
· motif · 16438817–16438828 · motif
· motif · 16438891–16438907 · motif
· motif · 16438936–16438947 · motif
· motif · 16438947–16438960 · motif
· motif · 16439015–16439037 · motif
· motif · 16439015–16439037 · motif
· motif · 16439027–16439039 · motif
· motif · 16439029–16439041 · motif
· motif · 16439032–16439047 · motif
· motif · 16439129–16439142 · motif
· motif · 16439129–16439142 · motif
· motif · 16439164–16439177 · motif
· motif · 16439215–16439232 · motif
· motif · 16439431–16439446 · motif
· motif · 16439995–16440003 · motif
· motif · 16440565–16440578 · motif
· motif · 16440565–16440578 · motif
· motif · 16442269–16442277 · motif
· motif · 16443669–16443684 · motif
· motif · 16444106–16444115 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD49A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384229 ★ | snoRNA | 71 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD49A 被預測可能位於核仁;此定位屬預測性描述,來源未提供實驗驗證、其他細胞區室或條件相關的定位變化資訊。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD49A 預測可能參與 RNA 加工,也預測可能位於核仁;兩項描述均屬預測性註記,未提供具體加工步驟或定位驗證資訊。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD49A 預測可能位於核仁;來源僅提供此預測,未說明其實驗驗證或其他定位條件。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
TGCTCTGATGAAATCACTAATAGGAAGTGCCGTCAGAAGC40GATAACTGACGAAGACTACTCCTGTCTGATT71cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。