演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORD49AU49

small nucleolar RNA, C/D box 49A

SNORD49A 是一種 C/D box 小核仁 RNA;資料預測它可能參與 RNA 加工,並位於核仁。

Homo sapiens17p11.2
OFFICIAL SYMBOL
SNORD49A
CHROMOSOME
17
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORD49A(small nucleolar RNA, C/D box 49A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 類小核仁 RNA。現有資料將其列為 RNA,而非蛋白質產物;未提供其序列、長度或更細部的結構資訊。資料庫摘要預測它可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁,但這些描述屬預測性註記,不能視為已確立的功能或定位。

Official symbol
SNORD49A
Gene name
small nucleolar RNA, C/D box 49A
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10189
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U49U49ARNU49

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1717p11.2
chr17 · 83,257,441 bp · GRCh38chr17p13.3 · 1–3400000 · gnegchr17p13.2 · 3400001–6500000 · gpos50chr17p13.1 · 6500001–10800000 · gnegchr17p12 · 10800001–16100000 · gpos75chr17p11.2 · 16100001–22700000 · gnegchr17p11.1 · 22700001–25100000 · acenchr17q11.1 · 25100001–27400000 · acenchr17q11.2 · 27400001–33500000 · gnegchr17q12 · 33500001–39800000 · gpos50chr17q21.1 · 39800001–40200000 · gnegchr17q21.2 · 40200001–42800000 · gpos25chr17q21.31 · 42800001–46800000 · gnegchr17q21.32 · 46800001–49300000 · gpos25chr17q21.33 · 49300001–52100000 · gnegchr17q22 · 52100001–59500000 · gpos75chr17q23.1 · 59500001–60200000 · gnegchr17q23.2 · 60200001–63100000 · gpos75chr17q23.3 · 63100001–64600000 · gnegchr17q24.1 · 64600001–66200000 · gpos50chr17q24.2 · 66200001–69100000 · gnegchr17q24.3 · 69100001–72900000 · gpos75chr17q25.1 · 72900001–76800000 · gnegchr17q25.2 · 76800001–77200000 · gpos25chr17q25.3 · 77200001–83257441 · gnegSNORD49Apq1 bp83,257,441 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr17:16,440,036–16,440,106
Gene span
71 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000384229 ★16,440,036–16,440,1061

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SNORD49A 的資料摘要將其功能描述為預測可能參與 RNA 加工。這表示其可能與 RNA 的處理過程有關,但來源未提供具體參與哪一類 RNA、作用步驟或分子機制,因此不能進一步推定其靶標、作用方式或對 RNA 加工結果的影響。這項功能註記為預測,並非已證實的實驗結論。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 16440036 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORD49A ENST00000384229 GRCh38 chr17:16439036-16440136 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCTTTTCATTCCCGTTGTTATGGAGGTAGGCTCTCTAGGAATCTGGGAGTAGTAGCTGGGGGGCAAGAGC
AAATAAAGAGCTCGAGCTTCTGTGGTCTCTGGGGAGATGTTCCCGGGAAGCCTGTCTAGAGGGCGGAGGG
CAGCTGTTGAGATGGCGTGGCTCCCCGGCTCCTGCGCCCGCGTGGCTTTCGCGGCGGGCGCTGCGGCCCG
GTATTGGACAGCCTGGCAGGGCAGCGCGGGGCCGAATCCGGCTGCCGTGGCTGAGGCTCATGGATCACTC
TTTTGTGGTAGGGCCACATCTGCCAGAGCCTGGAGTCTGCGAAGGCCGGGACCCGGTTCCCCGGCCCACA
GTGGGGGTGTGCAAACCCGAGAGAACTGGGTAAGTTGGGGTCGGCTTGCAGTTTGGGGTACCCCGAGGGC
GGTGTACGTCGGTAAGATTGTAACAGTATTACTGGAAGACTTATTCGACTGTCCTGATGATACTTGTAAT
AGGAAGTGCCGTCAGAAGCGATAACTGACGACGTCTAATGTCTATCTGACCGCAGTCGCTGAAACCTCTA
CAACTTAGTTGACCGTAACTGCCAGAGCCCTGCCCTGAATTCCTGTCCTTACTCCCTCTTTAAGATTGCG
TACCCACTGCAGAGTGCTGAAGACGGGGTAGCCACGAGGTGAGAGGCTCTCTGGTGTAGGGTTTAACATG
GAACGTAGTTTTGTCACTTGAATGCACGGAAATTGGCGTTTTGACAGTTTTCTACGTTTAGGTGTTTTAT
ACACTTTAGGGTAACGTTATCATGTCATTGCATAGGGTGGAACTTAAATAGAAACTGGAGATGGCTGCTT
CAGCCACAGTCCTAACCTAGAACTGCATTTAAAGCAAACTGATAATGCAGAAACAAACTCCTTCGTTAAG
AAATGTCTCCAGTAGCAGGGTTAGCTTAAGTTTCAGGTAGGGTCTAGATCTGCGGTTGGAACAGTACTGG
AGGGTTGTGAGGTGCTTGACTGCTCTGATGAAATCACTAATAGGAAGTGCCGTCAGAAGCGATAACTGAC
GAAGACTACTCCTGTCTGATTGCAGTCAAGTCTTCACCACTTGCTGGTTCC
SNORD49A 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR17_B594B · promoter · 16438515–16439066 · regulatory

ENSR17_55TDQ2 · CTCF_binding_site · 16438889–16438910 · regulatory

ENSR17_C3M38 · enhancer · 16439067–16440564 · regulatory

ENSR17_98J79 · promoter · 16440942–16441442 · regulatory

· motif · 16437606–16437617 · motif

· motif · 16438594–16438607 · motif

· motif · 16438670–16438685 · motif

· motif · 16438680–16438689 · motif

· motif · 16438680–16438689 · motif

· motif · 16438746–16438754 · motif

· motif · 16438785–16438795 · motif

· motif · 16438817–16438828 · motif

· motif · 16438817–16438828 · motif

· motif · 16438891–16438907 · motif

· motif · 16438936–16438947 · motif

· motif · 16438947–16438960 · motif

· motif · 16439015–16439037 · motif

· motif · 16439015–16439037 · motif

· motif · 16439027–16439039 · motif

· motif · 16439029–16439041 · motif

· motif · 16439032–16439047 · motif

· motif · 16439129–16439142 · motif

· motif · 16439129–16439142 · motif

· motif · 16439164–16439177 · motif

· motif · 16439215–16439232 · motif

· motif · 16439431–16439446 · motif

· motif · 16439995–16440003 · motif

· motif · 16440565–16440578 · motif

· motif · 16440565–16440578 · motif

· motif · 16442269–16442277 · motif

· motif · 16443669–16443684 · motif

· motif · 16444106–16444115 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORD49A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000384229 ★snoRNA71 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORD49A 被預測可能位於核仁;此定位屬預測性描述,來源未提供實驗驗證、其他細胞區室或條件相關的定位變化資訊。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORD49A 預測可能參與 RNA 加工,也預測可能位於核仁;兩項描述均屬預測性註記,未提供具體加工步驟或定位驗證資訊。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORD49A 預測可能位於核仁;來源僅提供此預測,未說明其實驗驗證或其他定位條件。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000384229 · 71 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1TGCTCTGATGAAATCACTAATAGGAAGTGCCGTCAGAAGC40
41GATAACTGACGAAGACTACTCCTGTCTGATT71

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。