基因總覽
SNORD36A(small nucleolar RNA, C/D box 36A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 類的小核仁 RNA。現有資料將其分類為 RNA,而非蛋白質產物;可確認的基本特徵是其 C/D box 小核仁 RNA 身分。至於更具體的 RNA 結構、加工方式或分子作用細節,所提供的資料並未說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000362874 ★ | 133,350,456–133,350,528 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
資料預測 SNORD36A 可能參與 RNA processing。這項描述屬於預測性資訊,並未進一步指出它參與哪一類 RNA 的處理、涉及何種分子步驟,或其作用如何影響 RNA 的後續命運,因此不能據此推定特定底物、機制或生物學結果。
Promoter 與基因調控
>SNORD36A ENST00000362874 GRCh38 chr9:133349456-133350556 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGATCGCTGATGCACCAACACCCTTCCTAGTGGCCCCAGACATGAACTTGACATGGAATTTGAGCCTCA CTCGGTGTCACCCTTTACTTCTCAGGACAGGACATCCAGCCCAAAAGAGACCTCACCCGCTTTGTGAAAT GGCCCCGCTATATCAGGTTGCAGCGGCAGAGAGCCATCCTCTATAAGCGGCTGAAAGTGCCTCCTGCGAT TAACCAGTTCACCCAGGCCCTGGACCGCCAAACAGGTGAGGTTCTGTGGCGTGGAAAGGAGTTTCTCAGG CAAGGATTCCTTATTTCATCCAGAACATGAGGGGGATGGTCTTAGGCTTCTTGAACTGCAGTTGTCATTA AATTATAGTCATATAGCAGGACCGCAGTCCAGCATTTGTTATTAAGTGTTAAGTGACAAGGATTAGAACC TTGACTCCAAGCCTAAACTGAAGAGTGTTTTTCCAGCTACTCAGCTGCTTAAGCTGGCCCACAAGTACAG ACCAGAGACAAAGCAAGAGAAGAAGCAGAGACTGTTGGCCCGGGCCGAGAAGAAGGCTGCTGGCAAAGGG GACGTCCCAACGAAGAGACCACCTGTCCTTCGAGCAGGTGAGTAGGCCCCACCTTAGGGTGAACACTGGG GGCGGGCTGTTGCAGTGATGTAAAATTTCTTGGCCTGAAATTACTGTGAAGAGTAAAACCGAGCTTTTTA ACACTGAGTCAGCAGCTGAGCCCAGCAGCTTCTTGTGACTAGAGCAGGCCCTGTGAGTGCTCACAAAGTG GTTGTGTGTTCTAGGAGTTAACACCGTCACCACCTTGGTGGAGAACAAGAAAGCTCAGCTGGTGGTGATT GCACACGACGTGGATCCCATCGAGGTGCGTTTGCCTGTTGACTGCTAACCCAAGGGCTTCTGGCAGTACC AGGAAGAGAGAGTAGACCTAATGCCAAGTCAGTGATGGGACCGAAGTGGGTGAGGGCAGTACTGACACAG ATCCAACACATGCGTGGCTCTTGCAATGATGTGAATCTCTCACTGAATTCAACCTTGAAGTGCGAATCCA TGAGCTTTTTAACCCTGAGCAATTGTTACAAGCTAACTGAAATTTGCTGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_CH893 · enhancer · 133346385–133347692 · regulatory
ENSR9_BZGJ8 · promoter · 133347693–133348228 · regulatory
ENSR9_536CSXG · CTCF_binding_site · 133348334–133348355 · regulatory
ENSR9_93XX3N · promoter · 133348432–133348932 · regulatory
ENSR9_85WT5P · enhancer · 133349164–133349347 · regulatory
ENSR9_536CTL6 · CTCF_binding_site · 133352163–133352184 · regulatory
ENSR9_536CTMG · CTCF_binding_site · 133352440–133352461 · regulatory
· motif · 133347298–133347310 · motif
· motif · 133347300–133347307 · motif
· motif · 133347300–133347315 · motif
· motif · 133347619–133347632 · motif
· motif · 133347840–133347853 · motif
· motif · 133347868–133347881 · motif
· motif · 133347921–133347934 · motif
· motif · 133348336–133348352 · motif
· motif · 133351114–133351125 · motif
· motif · 133351946–133351954 · motif
· motif · 133352165–133352181 · motif
· motif · 133352441–133352452 · motif
· motif · 133352442–133352458 · motif
· motif · 133353013–133353030 · motif
· motif · 133353015–133353030 · motif
· motif · 133353022–133353030 · motif
· motif · 133353683–133353696 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD36A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000362874 ★ | snoRNA | 73 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD36A 被預測位於核仁;此定位為預測資訊,來源未提供實驗條件、定位變化或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNORD36A 被預測可能參與 RNA processing,並被預測位於核仁;這些描述屬於預測性資訊,未進一步界定 RNA 處理的類型或具體作用方式。 | 推論支持 | 證據與來源Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus. · CC BY 4.0 |
| 細胞定位 | SNORD36A 被預測位於核仁;此定位屬於預測性描述,未提供其他定位條件或變化資訊。 | 推論支持 |
DNA 與 RNA 序列
TTGCAATGATGTGAATCTCTCACTGAATTCAACCTTGAAG40TGCGAATCCATGAGCTTTTTAACCCTGAGCAAT73cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。