基因總覽
SNORD30(small nucleolar RNA, C/D box 30)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 C/D box 類小核仁 RNA。現有資料未提供其序列、結構細節或其他家族特徵。對其生物學角色與細胞內位置的描述均屬預測,基本認識應保留這項證據限制。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384693 ★ | 62,853,663–62,853,732 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNORD30 被預測可能參與 RNA 加工。現有資料只提供這項概括性功能預測,未說明它作用於哪一類 RNA、參與加工的哪個步驟,或透過何種分子方式發揮作用。因此,不能據此進一步推定其靶標、作用機制或對特定生物學過程的影響。
Promoter 與基因調控
>SNORD30 ENST00000384693 GRCh38 chr11:62853632-62854732 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GTGCTGTTACCCTCATCCATATATCGATCACGTTACTGTCAGATGATTTGAATTGATAAGCTGATGTTCT GTGAGGTACAAAAGTTAATAGCATGTTAGAGTTCTGATGGCAGTTGTTGTTTATGAATAAGCTTCATTCC ATCCTAATACCTTAAAATAACTAATTTGCTTTCCTTTCCAGGTATTCCTGATGACAGTCTGCCTCTATCT TACAGTAAGTTGTTTTTCGAATTCTATGGGCCTATTATCTAATAGATAACTTAGCCATTTTGATATTTGT TACCAAAGCCTGCTTAACCCATAAAGTTTTCTGGTTCCTCTTGTTCTCTGTAGTGATGTTTCTAGATAGA TGCCCACTGATATATGCCCCTTTTTTCTCAGATAGATGCCCACTGATCTGCCCAGGGTCAGACGAATGCT TGTCAGTTGTAGCTTTCCAGGATTCTGCTCCAATGAGGAGGAAACATCCTGCCTTACCCCTGTTTTAGCC TGGGAACCAGTAATTGTGAACTCACCAGGGTTAACATGAAGAGGGCATGAGAGCTTATTCCATAAGGAAT TGTCTGAGACATTTGGTTACCTTTTCTTAGTTTGTCCATTAGCAACCGTAACTAAAATAGTTTTGGCTGT TTGGGATAATTAGCTAATTGAATGATTTTTTGATTCAGGAGCAGCTTGTTGCTATATACCATTGAAAAGC CTTCAGAGCTGAGAGGTTAGTTGATATTTTTTGTTCCTTACAGCTTATGCCACCAAGTAGGCAGTTTCTA TGATGAATCAAACTAGCTCACTATGACCGACAGTGAAAATACATGAACACCTGAGAAACTGGAGAACGCA GGGAGTGGGGGGTAACCATGTCTGAGGAATCTTTCACCCACAGCTTTGTTTTTCTCTAGGTACTACTAAC CAATAACCTGCTTGGCTCAAAGGTGAGTAATTTCACGGTATTCAATGCACTCAGTATATAGGGTAGGAAA AAGTGCCTTTTTAGGCCTGTGTTTGTGATGACTTACATGGAATCTCGTTCGGCTGATGACTTGCTGTTGA GACTCTGAAATCTGATTTTCTGAGAATGATGGGTGGGAACAACATAATGCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_83SW68 · enhancer · 62852871–62853105 · regulatory
ENSR11_BGGRD · enhancer · 62853220–62854027 · regulatory
ENSR11_83SW72 · enhancer · 62854204–62854418 · regulatory
ENSR11_BGGRL · enhancer · 62854566–62855553 · regulatory
ENSR11_BGGRP · promoter · 62855554–62856178 · regulatory
ENSR11_C88DX · enhancer · 62856179–62857960 · regulatory
ENSR11_9WXM7 · enhancer · 62858205–62858577 · regulatory
· motif · 62849301–62849312 · motif
· motif · 62851924–62851935 · motif
· motif · 62852125–62852138 · motif
· motif · 62853477–62853492 · motif
· motif · 62855026–62855039 · motif
· motif · 62855026–62855039 · motif
· motif · 62855646–62855656 · motif
· motif · 62855652–62855662 · motif
· motif · 62855892–62855905 · motif
· motif · 62855892–62855905 · motif
· motif · 62855927–62855940 · motif
· motif · 62855942–62855952 · motif
· motif · 62855960–62855971 · motif
· motif · 62855960–62855971 · motif
· motif · 62855970–62855986 · motif
· motif · 62855970–62855986 · motif
· motif · 62855987–62856000 · motif
· motif · 62855987–62856000 · motif
· motif · 62856070–62856081 · motif
· motif · 62856070–62856081 · motif
· motif · 62856126–62856148 · motif
· motif · 62856126–62856148 · motif
· motif · 62856139–62856156 · motif
· motif · 62856231–62856246 · motif
· motif · 62856768–62856783 · motif
· motif · 62857041–62857056 · motif
· motif · 62857046–62857058 · motif
· motif · 62857049–62857056 · motif
· motif · 62857343–62857358 · motif
· motif · 62857348–62857360 · motif
· motif · 62857351–62857358 · motif
· motif · 62857358–62857370 · motif
· motif · 62857361–62857376 · motif
· motif · 62857403–62857418 · motif
· motif · 62857683–62857690 · motif
· motif · 62857905–62857918 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD30 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384693 ★ | snoRNA | 70 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
SNORD30 被預測位於核仁;這是推測性定位,來源未提供實驗驗證、定位變化條件或不同 RNA 異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
GTTTGTGATGACTTACATGGAATCTCGTTCGGCTGATGAC40TTGCTGTTGAGACTCTGAAATCTGATTTTC70cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。