基因總覽
SNORD102 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, C/D box 102。來源記錄的類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 13q12.2。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000384769 ★ | 27,255,064–27,255,135 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SNORD102 ENST00000384769 GRCh38 chr13:27254064-27255164 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TAGGCTGATTGTGCTGTCAGGAGAAATTGTCCATTGGGAAGATAATAAGCATGTAACCATCAAAAATGAT ATATGTGTTAAAAGCTAGTAAAATTGCATTTCTTTTACTCTAGATTTTTAGCCTTAATACTCACTATACC AAATTTATTTTTGTAGGAGTTGTTCCTTTGGCCACATATATGCGAATCTATAAGAAAGGTGATATTGTAG ACATCAAGGTAAACATAAAATTGGGAAAATAACACTACAGAAGATAGAAAAGTTGGATTTAATCTAGTGT AGGAATTCAAATACTAGTGTATGTTGCATCTGTAAGAGTATAGAATGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGG AGACGGAGTTTCACTCTTGTTGCTCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCACCTCAACCTCCGCCTCCC TCCCGGATTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAATAGCTGGGATTACAGGCGTGCACCATGATAC CTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGAAGTGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACACCTCG GGTGATCTGCTGGACTCAGCCTCCCAATGTGCTGGGATTACAGGCATGCACCATGATTCCTGGCTAATTT TGTATTTTTAGTAGAGAAGGGGTTTCTCCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACACCTCGGGTGATCCGCC GGACTCAGCCTCCCAATGTGCTGGGATTATTACAGGTGTGAACCACCGTGCCCGGCCTAGAATGGATTTT TTAAAGTGCTATTCTTAGCAGAATTTAAATTTTCCTCATTACCCGCTTGGAGTTAACAGCTAGTGGAAAT TGGGTGGTAGGGTGGGAAATTATGAGTTTATCAAGTTGGAAAGGAACGCCTTAGTGCAAAGTTTAATTAT TGATGAAGATTACTATTACTATGATTAAAAACCCTCCTAGTGAAAGCTGTGTTCTTCTGTGACCTGGATT TAAATGTATCTTGGCACTCGAGCTTAATGATGACTGTTTTTTTTGATTGCTTGAAGCAATGTGAAAAACA CATTTCACCGGCTCTGAAAGCTCTTGAGTTGCCATTTGAAAGAAATCTTAG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_9DS35 · promoter · 27250701–27251201 · regulatory
ENSR13_9DS38 · promoter · 27251250–27251607 · regulatory
ENSR13_C4P2C · enhancer · 27251608–27252686 · regulatory
ENSR13_B7F3J · enhancer · 27257529–27258051 · regulatory
ENSR13_B7F3T · enhancer · 27259749–27260282 · regulatory
· motif · 27251216–27251231 · motif
· motif · 27251261–27251270 · motif
· motif · 27251264–27251281 · motif
· motif · 27251356–27251378 · motif
· motif · 27251356–27251378 · motif
· motif · 27251570–27251580 · motif
· motif · 27251637–27251652 · motif
· motif · 27251643–27251660 · motif
· motif · 27251818–27251829 · motif
· motif · 27251905–27251914 · motif
· motif · 27251928–27251950 · motif
· motif · 27251928–27251950 · motif
· motif · 27252092–27252104 · motif
· motif · 27252237–27252252 · motif
· motif · 27253054–27253076 · motif
· motif · 27253054–27253076 · motif
· motif · 27256602–27256613 · motif
· motif · 27256713–27256722 · motif
· motif · 27256713–27256722 · motif
· motif · 27257075–27257087 · motif
· motif · 27257135–27257144 · motif
· motif · 27257135–27257144 · motif
RNA 轉錄本與序列
SNORD102 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000384769 ★ | snoRNA | 72 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
RNA 細胞內定位
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
AGCTTAATGATGACTGTTTTTTTTGATTGCTTGAAGCAAT40GTGAAAAACACATTTCACCGGCTCTGAAAGCT72cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。