演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORA71AU71a

small nucleolar RNA, H/ACA box 71A

SNORA71A 是一種 H/ACA box 小核仁 RNA,預測可能參與 RNA 加工,並預測位於核仁。

Homo sapiens20q11.23
OFFICIAL SYMBOL
SNORA71A
CHROMOSOME
20
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORA71A(small nucleolar RNA, H/ACA box 71A)屬於非編碼 RNA,名稱指出它是 H/ACA box 類的小核仁 RNA。現有資料將其列為 RNA,而非蛋白質產物;可據此確認其分子類型與家族分類,但未提供序列、結構細節或異構型資訊。資料預測 SNORA71A 可能參與 RNA 加工,並可能位於核仁;這些描述具有預測性,並非已確證的功能或定位。

Official symbol
SNORA71A
Gene name
small nucleolar RNA, H/ACA box 71A
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10232
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
U71aRNU71A

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2020q11.23
chr20 · 64,444,167 bp · GRCh38chr20p13 · 1–5100000 · gnegchr20p12.3 · 5100001–9200000 · gpos75chr20p12.2 · 9200001–12000000 · gnegchr20p12.1 · 12000001–17900000 · gpos75chr20p11.23 · 17900001–21300000 · gnegchr20p11.22 · 21300001–22300000 · gpos25chr20p11.21 · 22300001–25700000 · gnegchr20p11.1 · 25700001–28100000 · acenchr20q11.1 · 28100001–30400000 · acenchr20q11.21 · 30400001–33500000 · gnegchr20q11.22 · 33500001–35800000 · gpos25chr20q11.23 · 35800001–39000000 · gnegchr20q12 · 39000001–43100000 · gpos75chr20q13.11 · 43100001–43500000 · gnegchr20q13.12 · 43500001–47800000 · gpos25chr20q13.13 · 47800001–51200000 · gnegchr20q13.2 · 51200001–56400000 · gpos75chr20q13.31 · 56400001–57800000 · gnegchr20q13.32 · 57800001–59700000 · gpos50chr20q13.33 · 59700001–64444167 · gnegSNORA71Apq1 bp64,444,167 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr20:38,427,309–38,427,442
Gene span
134 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000364729 ★38,427,309–38,427,4421

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前資料預測 SNORA71A 可能參與 RNA 加工,但未提供其作用方式、加工的 RNA 類型或參與的具體步驟。因此,現有資訊僅支持將 RNA 加工列為可能相關的生物學過程,無法進一步說明 SNORA71A 在其中的分子機制或功能影響。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 38427442 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORA71A ENST00000364729 GRCh38 chr20:38427342-38428442 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
ATCTCTGGAATTTTGGCTTTTTGCACCCTGTAAAGTCACGTCCCCTTTTTTTCTGGTGCTTTGGTGGTGA
CGTAGGGAGAGGTGAGGATGAGAAGAGGAGCCATGTCCTATGGATTCCCAGATCCAGACTCCTCTTCCCT
GGGAAAGCTGGATTGGAGCTGGCCCCTCCTTCTGTGCCTTCAGGGGCTGTGGAGGAGGAGGCCCCTGCAG
GGAGCTGCCTGGGGCGAGCGCTGGGGGCTTTTCCTGCAGTGCATTAGCAGCATGTCATAATGGAAAGTGG
CTGGATTTCTTTCCAGTTGTAATCAATGGTTAAGATTTAACCTAGCAACATTGTAGGGGTACACAGCCAA
ATGATTCAGGAAAAAAGATGCAGGTTGAGTCTGGAGGAATCCCTGTGCCAGCTTCCTCATGCTCCCTCCC
TCTCTCAGAAATCACATGGAACCCATTCTCCCCTCAGCAGTGAAAATGCATTCAGCCTGTGTGCAGTGTT
TCTGCCCAGGGAAGCCCAGTAGGGCCTCCATGCCCGGGGTGTTTACTGGGATCTGGTTATGTAGACACCA
CCTGCCTAGCACGCACCAAAATTCCAGACTTTCAGGAAAACAGGTGCCTGTGCCACATTATTTGCACGGA
GAGACTGTGTCCAGTGAACGGTTCTGATCAGTAAACTGTTGACTAGGAACATCCCGAGAGCCAAGTTCCC
AGATGCCAGCCAAGGGCCATCTGACCTGTTTTGAATCTCAATTTCCTGATACAGAAAACAAAGGTAGGGC
ATAATTGATTTTTACAGACGTGACCCCATGATCCTGCTCTCTAGTCCCCAGATTTTTCCAGGGCTTTTGT
CAGAGGTGTTTCCCCTTTGATTCCCCTTGGTGGTTAGGTTTTATGGGATTTTACAGGACAGATGGCAGCT
GCAGGAGTCTTGTACTGTCCCTGACTTGGGTCATCCCACAGGCCCTGGCACCATCCTCCTGCCCTTCCTG
GCTCTCCTGTCTGTTTCTGCTCCTGCATCCGAAAGTGATCATAGGCTGCCTGTGCCTAGGTCATTGATAG
TGCAGGGAGAGGAACGCTGAAAGAGGTTGTCCCCGTGTTTGGAGGGTCCAC
SNORA71A 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR20_B9LWD · enhancer · 38426051–38426882 · regulatory

ENSR20_9K8RZ · enhancer · 38426991–38427360 · regulatory

ENSR20_835HP8 · enhancer · 38431033–38431262 · regulatory

· motif · 38423154–38423168 · motif

· motif · 38427130–38427138 · motif

· motif · 38428522–38428533 · motif

· motif · 38428526–38428540 · motif

· motif · 38428994–38429008 · motif

· motif · 38428994–38429008 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORA71A 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000364729 ★snoRNA134 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Nucleolus

SNORA71A 預測可能位於核仁;此定位仍屬預測,資料未提供實驗確認、條件變化或不同 RNA 型態之間的定位差異。

深綠色圓點:來源記載的RNA定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SNORA71A 預測可能參與 RNA 加工,並預測位於核仁;這些描述為預測性資訊,未提供具體加工步驟或定位的實驗細節。推論支持
證據與來源

Predicted to be involved in RNA processing. Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
細胞定位SNORA71A 預測可能位於核仁;此定位屬預測,資料未提供實驗確認或其他定位條件。推論支持
證據與來源

Predicted to be located in nucleolus.

開啟資料庫紀錄 ↗

· CC BY 4.0
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000364729 · 134 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1TCCTGCATCCGAAAGTGATCATAGGCTGCCTGTGCCTAGG40
41TCATTGATAGTGCAGGGAGAGGAACGCTGAAAGAGGTTGT80
81CCCCGTGTTTGGAGGGTCCACCCTATCCCATCCGAACCCT120
121GAAGCTTTCACACA134

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。