演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN NON-CODING RNA GENE

SNORA63E3

small nucleolar RNA, H/ACA box 63

SNORA63 為人類非蛋白質編碼 RNA 基因,此頁收錄已核對的名稱、分類與基因座資訊。

Homo sapiens3q27.3
OFFICIAL SYMBOL
SNORA63
CHROMOSOME
3
RNA TYPE
snoRNA
TRANSCRIPTS
1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNORA63 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 small nucleolar RNA, H/ACA box 63。來源記錄的類型為 RNA, small nucleolar。此基因座位於 3q27.3。目前可用來源提供名稱、分類與基因座資料,尚未提供可採用的功能敘述;功能與產物資訊依後續取得的來源註解補充。

Official symbol
SNORA63
Gene name
small nucleolar RNA, H/ACA box 63
Organism
Homo sapiens
Gene type
Non-coding RNA
HGNC ID
HGNC:10106
RNA type
RNA, small nucleolar
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
E3E3-2SNORA63ARNE3RNU107

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 33q27.3
chr3 · 198,295,559 bp · GRCh38chr3p26.3 · 1–2800000 · gpos50chr3p26.2 · 2800001–4000000 · gnegchr3p26.1 · 4000001–8100000 · gpos50chr3p25.3 · 8100001–11600000 · gnegchr3p25.2 · 11600001–13200000 · gpos25chr3p25.1 · 13200001–16300000 · gnegchr3p24.3 · 16300001–23800000 · gpos100chr3p24.2 · 23800001–26300000 · gnegchr3p24.1 · 26300001–30800000 · gpos75chr3p23 · 30800001–32000000 · gnegchr3p22.3 · 32000001–36400000 · gpos50chr3p22.2 · 36400001–39300000 · gnegchr3p22.1 · 39300001–43600000 · gpos75chr3p21.33 · 43600001–44100000 · gnegchr3p21.32 · 44100001–44200000 · gpos50chr3p21.31 · 44200001–50600000 · gnegchr3p21.2 · 50600001–52300000 · gpos25chr3p21.1 · 52300001–54400000 · gnegchr3p14.3 · 54400001–58600000 · gpos50chr3p14.2 · 58600001–63800000 · gnegchr3p14.1 · 63800001–69700000 · gpos50chr3p13 · 69700001–74100000 · gnegchr3p12.3 · 74100001–79800000 · gpos75chr3p12.2 · 79800001–83500000 · gnegchr3p12.1 · 83500001–87100000 · gpos75chr3p11.2 · 87100001–87800000 · gnegchr3p11.1 · 87800001–90900000 · acenchr3q11.1 · 90900001–94000000 · acenchr3q11.2 · 94000001–98600000 · gvarchr3q12.1 · 98600001–100300000 · gnegchr3q12.2 · 100300001–101200000 · gpos25chr3q12.3 · 101200001–103100000 · gnegchr3q13.11 · 103100001–106500000 · gpos75chr3q13.12 · 106500001–108200000 · gnegchr3q13.13 · 108200001–111600000 · gpos50chr3q13.2 · 111600001–113700000 · gnegchr3q13.31 · 113700001–117600000 · gpos75chr3q13.32 · 117600001–119300000 · gnegchr3q13.33 · 119300001–122200000 · gpos75chr3q21.1 · 122200001–124100000 · gnegchr3q21.2 · 124100001–126100000 · gpos25chr3q21.3 · 126100001–129500000 · gnegchr3q22.1 · 129500001–134000000 · gpos25chr3q22.2 · 134000001–136000000 · gnegchr3q22.3 · 136000001–139000000 · gpos25chr3q23 · 139000001–143100000 · gnegchr3q24 · 143100001–149200000 · gpos100chr3q25.1 · 149200001–152300000 · gnegchr3q25.2 · 152300001–155300000 · gpos50chr3q25.31 · 155300001–157300000 · gnegchr3q25.32 · 157300001–159300000 · gpos50chr3q25.33 · 159300001–161000000 · gnegchr3q26.1 · 161000001–167900000 · gpos100chr3q26.2 · 167900001–171200000 · gnegchr3q26.31 · 171200001–176000000 · gpos75chr3q26.32 · 176000001–179300000 · gnegchr3q26.33 · 179300001–183000000 · gpos75chr3q27.1 · 183000001–184800000 · gnegchr3q27.2 · 184800001–186300000 · gpos25chr3q27.3 · 186300001–188200000 · gnegchr3q28 · 188200001–192600000 · gpos75chr3q29 · 192600001–198295559 · gnegSNORA63pq1 bp198,295,559 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr3:186,787,300–186,787,431
Gene span
132 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000363450 ★186,787,300–186,787,4311

顯示 1/1 個RNA轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

目前可用來源未提供可採用的功能註解。
05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 186787300 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNORA63 ENST00000363450 GRCh38 chr3:186786300-186787400 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
AAGGTAGAGATGGGGTTTATTTAATGCAGGTACTGTTACAATACAACTGATGTGTTTTGTTGTCGTTCCC
CCTGCTTAAAGCACTTGATGCATAACTCTGTCTACCTTCATTCCGTAGTAAGACAGAGACGCTTGGCTTC
AGACATTTTCCTTTGGGTATTAATGTGTAAGTTGTGCTACAACATAATTTTCTCTTTTTAAGGTTGTGTT
GCTTTCTGCCACAATGCCAACTGATGTGTTGGAAGTGACCAAAAAATTCATGAGAGATCCAATTCGAATT
CTGGTGAAAAAGGAAGAATTGACCCTTGAAGGAATCAAACAGTTTTATATTAATGTTGAGAGAGAGGTAA
CTGTCTGATTGTTAGACATTATTTTACCTTCTTGTATAAGCACTGTGCTAAAATTGCAGACACTAGGACC
ATGTCTTGGTTTTTGCAATAATGCTAGCAGAGTACACACAAGAAGAAAAGTAACAGCACTAGATTGTAAA
GACTGGGGTGGACCTCTTTCTTAATGTCCAATGTCCTTTGTCTTAAGATTTGGTGCAATATCTCATTAGA
CCTAACAGAATGAAGTTAATTTTTATAATTTCTACGTTTTGAGACTGGGTTATGAGACTGGCTAAGACTG
GCCAATTTTGGTATTTTGGGTAGAGACAGTTTCACTTTCTTGAAACCCTGGTCTGGTTGGAACTCTGGGC
TCTAAGTGCTAGGATCCCAAAGGGCTGGGATTACAGGCATTAGCACTGTGGCTGGCCCAGAATGAATTTT
TAACTGAAGAGTTGGAAAAACTAAATGACTGTTAACTTTAACTTCTAAACATTACAGGAATGGAAGTTGG
ATACACTTTGTGACTTGTACGAGACACTGACCATTACACAGGCTGTTATTTTTCTCAATACGAGGCGCAA
GGTGGACTGGCTGACTGAGAAGATGCATGCCAGAGACTTCACAGTTTCTGCTCTGGTAAGAGGTGTTCTA
AAATGTCTGGATTTCCACTAAAGCAGGATTCAGACTACAATATAGCTGCTAAGTGCTGTGTTGTCGTTCC
CCCTGCTTAAAATAAAGTTGTTTCTTAACTATACCTGTCTGCTATTCTCCT
SNORA63 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR3_94Q5P4 · promoter · 186783087–186783587 · regulatory

ENSR3_B3D3T5 · enhancer · 186783588–186784168 · regulatory

ENSR3_94Q5PF · promoter · 186784169–186784669 · regulatory

ENSR3_87H9GL · enhancer · 186785670–186785884 · regulatory

· motif · 186782825–186782837 · motif

· motif · 186782827–186782849 · motif

· motif · 186782827–186782849 · motif

· motif · 186782830–186782839 · motif

· motif · 186782877–186782888 · motif

· motif · 186782879–186782888 · motif

· motif · 186783295–186783305 · motif

· motif · 186783659–186783674 · motif

· motif · 186783672–186783684 · motif

· motif · 186783674–186783687 · motif

· motif · 186783867–186783876 · motif

· motif · 186784254–186784269 · motif

· motif · 186784435–186784445 · motif

· motif · 186784898–186784910 · motif

· motif · 186785367–186785376 · motif

· motif · 186785367–186785376 · motif

· motif · 186785541–186785552 · motif

· motif · 186785829–186785837 · motif

· motif · 186787629–186787640 · motif

· motif · 186788001–186788014 · motif

· motif · 186788001–186788014 · motif

· motif · 186788354–186788367 · motif

· motif · 186788354–186788367 · motif

· motif · 186788603–186788615 · motif

· motif · 186789144–186789155 · motif

· motif · 186789765–186789777 · motif

· motif · 186790584–186790596 · motif

· motif · 186790757–186790770 · motif

· motif · 186790966–186790981 · motif

· motif · 186791422–186791431 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / RNA TRANSCRIPTS

RNA 轉錄本與序列

Non-coding RNA

SNORA63 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。

轉錄本Biotype拼接長度Exons
ENST00000363450 ★snoRNA132 nt1

拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

RNA 細胞內定位

動物細胞結構與RNA定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

0 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 0 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

DNA 與 RNA 序列

完整非編碼轉錄本 · FASTA
ENST00000363450 · 132 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AAGCAGGATTCAGACTACAATATAGCTGCTAAGTGCTGTG40
41TTGTCGTTCCCCCTGCTTAAAATAAAGTTGTTTCTTAACT80
81ATACCTGTCTGCTATTCTCCTGTAGCAGCCAGGGACGCTT120
121GGTCTCATACAT132

cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。