演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SNCB

synuclein beta

SNCB 編碼 synuclein beta,屬於 synuclein 家族;來源指出它可能調節 SNCA 聚集,並在特定刺激下參與神經元保護。

Homo sapiens5q35.2UniProt Q16143
OFFICIAL SYMBOL
SNCB
CHROMOSOME
5
UNIPROT
Q16143
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SNCB 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 synuclein beta;其產物 Beta-synuclein 屬於 synuclein 家族。來源資料提供的蛋白質序列長度為 134 個胺基酸,並註記其序列具有串聯重複區與一段無序區。功能資料指出,Beta-synuclein 是阿茲海默病老年斑中的非澱粉樣成分;此外,它可能調節 SNCA 的聚集過程。這些資料呈現了其家族歸屬、序列特色及與 SNCA 的關聯,但未提供更完整的結構或生理功能描述。

Official symbol
SNCB
Gene name
synuclein beta
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11140
UniProt
Q16143
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
HGNC 未提供其他基因異名。

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 55q35.2
chr5 · 181,538,259 bp · GRCh38chr5p15.33 · 1–4400000 · gnegchr5p15.32 · 4400001–6300000 · gpos25chr5p15.31 · 6300001–9900000 · gnegchr5p15.2 · 9900001–15000000 · gpos50chr5p15.1 · 15000001–18400000 · gnegchr5p14.3 · 18400001–23300000 · gpos100chr5p14.2 · 23300001–24600000 · gnegchr5p14.1 · 24600001–28900000 · gpos100chr5p13.3 · 28900001–33800000 · gnegchr5p13.2 · 33800001–38400000 · gpos25chr5p13.1 · 38400001–42500000 · gnegchr5p12 · 42500001–46100000 · gpos50chr5p11 · 46100001–48800000 · acenchr5q11.1 · 48800001–51400000 · acenchr5q11.2 · 51400001–59600000 · gnegchr5q12.1 · 59600001–63600000 · gpos75chr5q12.2 · 63600001–63900000 · gnegchr5q12.3 · 63900001–67400000 · gpos75chr5q13.1 · 67400001–69100000 · gnegchr5q13.2 · 69100001–74000000 · gpos50chr5q13.3 · 74000001–77600000 · gnegchr5q14.1 · 77600001–82100000 · gpos50chr5q14.2 · 82100001–83500000 · gnegchr5q14.3 · 83500001–93000000 · gpos100chr5q15 · 93000001–98900000 · gnegchr5q21.1 · 98900001–103400000 · gpos100chr5q21.2 · 103400001–105100000 · gnegchr5q21.3 · 105100001–110200000 · gpos100chr5q22.1 · 110200001–112200000 · gnegchr5q22.2 · 112200001–113800000 · gpos50chr5q22.3 · 113800001–115900000 · gnegchr5q23.1 · 115900001–122100000 · gpos100chr5q23.2 · 122100001–127900000 · gnegchr5q23.3 · 127900001–131200000 · gpos100chr5q31.1 · 131200001–136900000 · gnegchr5q31.2 · 136900001–140100000 · gpos25chr5q31.3 · 140100001–145100000 · gnegchr5q32 · 145100001–150400000 · gpos75chr5q33.1 · 150400001–153300000 · gnegchr5q33.2 · 153300001–156300000 · gpos50chr5q33.3 · 156300001–160500000 · gnegchr5q34 · 160500001–169000000 · gpos100chr5q35.1 · 169000001–173300000 · gnegchr5q35.2 · 173300001–177100000 · gpos25chr5q35.3 · 177100001–181538259 · gnegSNCBpq1 bp181,538,259 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr5:176,620,082–176,630,672
Gene span
10,591 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000393693 ★176,620,082–176,630,5346
ENST00001133148176,620,082–176,630,6726
ENST00000310112176,620,084–176,630,6727
ENST00000862608176,620,089–176,630,6727
ENST00000946195176,620,205–176,630,5057
ENST00000862610176,620,209–176,630,6726
ENST00000862611176,620,209–176,630,5205
ENST00000862612176,620,209–176,630,6726
ENST00000862613176,620,209–176,629,9946
ENST00000912558176,620,209–176,630,6726
ENST00001012717176,620,209–176,630,6726
ENST00000614675176,620,210–176,630,6726

顯示 12/29 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

Beta-synuclein 被描述為阿茲海默病老年斑中的非澱粉樣成分。來源亦指出,它可能作為 SNCA 聚集過程的調節因子;這項描述是可能性,而非已確立的作用機制,資料沒有進一步說明調節的方向或分子步驟。

在神經元保護方面,Beta-synuclein 可在 staurosporine 或 6-hydroxy dopamine(6OHDA)刺激下,依賴 p53/TP53 保護神經元免於 caspase 活化。來源未列出其如何影響 caspase 活化,也未進一步說明此保護作用的具體分子步驟。

此外,Beta-synuclein 有助於恢復 SNCA 原有的抗細胞凋亡功能;該功能在 6OHDA 作用後會消失。這項描述將 Beta-synuclein 與 SNCA 的抗細胞凋亡功能聯繫起來,但未提供恢復作用的條件細節或機制,也不應據此推定其他刺激下有相同效果。

疾病相關觀察方面,來源指出 Beta-synuclein 未見於與巴金森病相關的 Lewy bodies。這項觀察與其作為阿茲海默病老年斑非澱粉樣成分的描述並列,呈現兩種不同病理結構中的紀錄;資料本身未據此提出疾病因果關係。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 176630534 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SNCB ENST00000393693 GRCh38 chr5:176630434-176631534 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CTAGCCTGCTCGATGAAATAGTCCCCTTCCTGTCAGGCCACAGTTCAGTTGTCACCTCTTTTTTATGTCC
TTTCCTGACTCCCCTAAGTTGTCAGAGTCCCTTTCCTCTGGGATACTACAGCTTCTTGGGCATAATTCTA
TCATAGAACCAACTGAGGGCCTACTGTGTGCCTGGCATTCTGTGATCATTTTGACAGTCCCCACCGTAAG
CACACAAAAAAGTGGTTTTGTTCTCCACCTCCCTCCATCCTGGCTCTCCAGCTGCGCTGTCTTTTGTCAG
CACAGTCCTGCCTTGGAGCCTTTGCACTTGCACTCTCTATGGATCTTGTCCTCACCCATCGTGGTGTCAT
GGTGCCTCTCTGGAGTCTCTGCTACAATTCACCTGCTGGTAGAGGCCTTCCCTGAGCACCCTGTCTCAAG
CACCCCTCCTCTAGTCCCCGTGTTACATCACCGTTACCTTCACAACTTACAAGCTGTAATGACCTTGTTG
CTTTGGATGTTGATCCGTTTATTTTCTGTCCTGTCTTCCACCACTGAGCGCACGAACACACACGCGTACA
GACACCCCCATGGTAAGCTTCCCGAGACCAGGAACCTTGTTTTCCTTTTCCGCTGCCTCCAGCCTTAAAC
CTGCACCACTGGACTAAGCGCTCAGTAAACATTCGTTGAATTAACCATTCCTGTTTTACAGAGGAGGAAA
CTGTCATTCAGAAAGGAGAGCCGAGTAGCTCAAGGTCCCACGGTTAATAAAAAGCACAGCTGAGATTCGA
GCCCAGCAGAACTCCAAATCCAGTCGCGTGATTTCTTCCCCACTCTTCACACGCCGCGTTGTCCCCCTCC
CTCAACTCCCAACAGACTACGCGAGTCTTACGGCCGGGGCCCCCAGGGGCGCGTCCCGGGCCCGCCCCGG
GAGGCTCATCGGCTACGCGCTGTCACCCTCCCCGCCCCCTGTCAGTCAGGCCGAAGGGGCGGCGCGGCCG
CCAGCGGGGGCGCTGAGCTCAGAGCTGCCGCAGCGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCGCGCGAGCTC
GCAGGGCGCGAGGAACGAGCGGTGGCTGGCTACGCACCCGAGACCCGGGCA
SNCB 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SNCB_1 ↗5:176,630,534負股176,630,524–176,630,583

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:134 aa

1 aa134 aa功能區域重複區
依 Q16143 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Beta-synuclein 屬於 synuclein 家族,長度為 134 個胺基酸。第 20–67 位胺基酸包含四段串聯重複,其中第三段標註為近似重複;該區域亦註明為四個 11 個胺基酸重複單元。第 89–134 位胺基酸被註記為無序區。

重複區120–30 aa
重複區231–41 aa
重複區3; approximate42–56 aa
重複區457–67 aa
功能區域4 X 11 AA tandem repeats of [EGS]-K-T-K-[EQ]-[GQ]-V-X(4)20–67 aa
功能區域Disordered89–134 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q16143…

AlphaFold · Q16143

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm

來源將 Beta-synuclein 的細胞內定位記為細胞質,未提供定位變化條件、異構型差異或動態資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 7 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SNCBSNCBAPPCOPS3MORN4PIAS1RYBPSKIC8SNCA
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能Beta-synuclein 是阿茲海默病老年斑中的非澱粉樣成分,可能調節 SNCA 聚集;在 staurosporine 或 6OHDA 刺激下,依賴 p53/TP53 抑制 caspase 活化並保護神經元,也有助恢復 6OHDA 破壞的 SNCA 抗細胞凋亡功能。它未見於與巴金森病相關的 Lewy bodies。資料庫紀錄
證據與來源

Non-amyloid component of senile plaques found in Alzheimer disease. Could act as a regulator of SNCA aggregation process. Protects neurons from staurosporine and 6-hydroxy dopamine (6OHDA)-stimulated caspase activation in a p53/TP53-dependent manner. Contributes to restore the SNCA anti-apoptotic function abolished by 6OHDA. Not found in the Lewy bodies associated with Parkinson disease

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Beta-synuclein 的細胞內定位記為細胞質。資料庫紀錄
證據與來源

Cytoplasm

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000393693 · 1,398 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGAGCTGCCGCAGCGCCGGAGCCGGAGCCGGAGCCGGAGC40
41GCGCGAGCTCGCAGGGCGCGAGGAACGAGCGGTGGCTGGC80
81TACGCACCCGAGACCCGGGCACTGCTGCGCTCCTGCTCAG120
121GACCCGCGACCCGAGCGCCTGATCCCGGCCCTATCCCCCC160
161TCCGGCCCCTGGTCCACCCCGGCCTGGCCTAGCGGAGCCC200
201CCGCGTCCGCCCGCCGCAGCCGCCGCTCCATCCCCAGCCC240
241CGGCCCCGCATCCAGGCCGCCAGGATGGACGTGTTCATGA280
281AGGGCCTGTCCATGGCCAAGGAGGGCGTTGTGGCAGCCGC320
321GGAGAAAACCAAGCAGGGGGTCACCGAGGCGGCGGAGAAG360
361ACCAAGGAGGGCGTCCTCTACGTCGGAAGCAAGACCCGAG400
401AAGGTGTGGTACAAGGTGTGGCTTCAGTGGCTGAAAAAAC440
441CAAGGAACAGGCCTCACATCTGGGAGGAGCTGTGTTCTCT480
481GGGGCAGGGAACATCGCAGCAGCCACAGGACTGGTGAAGA520
521GGGAGGAATTCCCTACTGATCTGAAGCCAGAGGAAGTGGC560
561CCAGGAAGCTGCTGAAGAACCACTGATTGAGCCCCTGATG600
601GAGCCAGAAGGGGAGAGTTATGAGGACCCACCCCAGGAGG640
641AATATCAGGAGTATGAGCCAGAGGCGTAGGGGCCCAGGAG680
681AGCCCCCACCAGCAGCACAATTCTGTCCCTGTCCCTGCCC720
721CGCCCCCCAGAGCCAGGGCTGTCCTTAGACTCCTTCTCCC760
761CAATCACGAGATCTTCCTTCCGCTCTGAGGCAACCCCCTC800
801GGAGCCTGTGTTAGTGTCTGTCCATCTGTCTGTCCTACCC840
841GCCCGCGTCCAACCCCGGGGCATGGACAGGGCCAGGGTTG880
881CGGTCGCGGCTGGGAGCCTCGCCCCTCCAGTGTTGCCTCC920
921TCCCATCCAGCGTCTGCGCGGATGTAGCATGTTCTATGTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。