基因總覽
SNCAIP（synuclein alpha interacting protein）是蛋白質編碼基因，其蛋白質產物具有多個異構型。蛋白質序列註解顯示，產物含有多個 ANK 重複區，也有數段被註記為無序的區域，分布於序列不同位置。現有資料指出，isoform 2 參與調節 SIAH1 與 SNCA 相關的泛素化作用；這些異構型的作用並不完全相同。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000261368 ★ | 122,312,237–122,464,219 | 11 |
| ENST00000514467 | 122,311,354–122,423,142 | 4 |
| ENST00000954318 | 122,311,589–122,464,224 | 12 |
| ENST00000893275 | 122,311,675–122,464,224 | 11 |
| ENST00000893277 | 122,311,675–122,464,224 | 12 |
| ENST00000954319 | 122,311,675–122,464,224 | 10 |
| ENST00000954322 | 122,311,675–122,464,224 | 12 |
| ENST00000954323 | 122,311,675–122,464,224 | 10 |
| ENST00001062915 | 122,311,675–122,464,224 | 12 |
| ENST00000893276 | 122,311,686–122,464,224 | 11 |
| ENST00000954320 | 122,311,686–122,464,224 | 8 |
| ENST00001062916 | 122,311,686–122,464,224 | 12 |
顯示 12/34 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNCAIP 的 isoform 2 可抑制 SIAH1 的泛素連接酶活性，並減少目標蛋白質遭蛋白酶體降解。這表示 isoform 2 會影響泛素標記與蛋白質降解之間的調節關係；來源未列出此作用所涵蓋的目標蛋白質種類，因此不宜推定特定底物或其後續效應。
isoform 2 也能抑制 SIAH1 的自體泛素化及其後續蛋白酶體降解。由於 SIAH1 本身因此較不易被降解，細胞中的 SIAH 水平會增加。這項描述指出，SNCAIP isoform 2 不只調節其他目標蛋白質的降解，也可透過影響 SIAH1 穩定性改變細胞內 SIAH 的含量。
此外，isoform 2 會調節 SIAH1 所介導的 SNCA 單泛素化。現有資料支持其參與這項特定修飾調節，但未提供調節方向、程度或其對 SNCA 後續命運的說明，因此不能據此延伸推論 SNCA 的降解或其他細胞效應。
Promoter 與基因調控
>SNCAIP ENST00000261368 GRCh38 chr5:122311237-122312337 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AATTAAGAGACAATAAAAGTAAAGATAATATTACTGTAGGGCCATTGGTACACTGAAACGTCGTTGAATT AAAAAGTCTTTATTTCAGCCTAACATCTTCTCCATCCACCCACACTTGAGCACAGAACATTCCAGGCAGG CAAAGCCACCCTTGCCCTCCTCTCCTTGGCCACGTCCTCAGGGGTGGGCGAGCTTCGGGGGGAGGGGTGG GGGTGAAGACTCCGTGCCAACGCAAAATACTCTGCCAAAAGGCTTCTCAGACATGAGTTTCCCAGGGCAA TGCCCACCTTCCGTTCCCCGCCTTCCCGAGTCTCTTCTCCCAGTTTATGCTGGAACCCTGGAATGGTCTG GGGACCAATGAGATGGCAGCGGTTAACGCTTGGATCACGGTGAGGGGGCGATTTCCAGGGGGAGAGGCCA AGAAGCAAGGAAGGGGGTGGGGGGCAGGAGGAGAAAAGTGGGAAGCGCGGACAAAAAGTAGGCGGGGAGG AGAGGAGAGCCCCAGCTGGGGAAAAGCAACGGCAGTCGAGGTAAAAAGAGCGAAAGGTAAAGAAAGAGCA GGTTCGTGGACAGGAGCCGGCGGGCAGGCCGGGGGATCCCTGGTGAGGAAGCGGCGAGGGAGGGGCGTGG GCCGAGCCGGGGGCGCCGCGGGGAGGGTCGCTGTCAGTCAGGCCGAGCGGGGCTCGCTGGCCTGGGGGCG GCCGCAGGGGCGCAGCGCAGCCTGAGGGCGCGGCGGCCCCGGCAGCCTCCGCAGTGGCAGTGGTGGCCGC GCCCCCGTCCCCGGCCGGGCGCCCGCGCTGCGTTCCTTGTCCCCCAGCGCCGGCTTCGGGCCGCGGCCGC CCAGGCTGCCCCCGCCCGCGCGCGCCCGTTGGGGGGCCCGGGGAGCGGCGCCCGCGGCCGGGCCGCATTG TGACGTAGCGGGGCCGCGGCAGCGCCTCCACCGCCCGCCTACTTCGGCTGAGGCTGTTCTGCTCCTGCCG CTGCGGTCCGTCGGTCGGTCAGTCAGTCCCTTCGCGCTCCTGAGCCGCCGGCGCGCCGGGCGCCCCGGGT GAGTCCAGGTCCCAAGCGGACGCCGCGGGGAGGCGGGAGGCGGGCAGCCAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNCAIP_1 ↗ | 5:122,312,237 | 正股 | 122,312,188–122,312,247 |
| SNCAIP_2 ↗ | 5:122,348,394 | 正股 | 122,348,345–122,348,404 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_CG5NP · enhancer · 122310498–122311662 · regulatory
ENSR5_BW9DL · promoter · 122311663–122312247 · regulatory
ENSR5_533QQK4 · CTCF_binding_site · 122311950–122311971 · regulatory
ENSR5_CG5NT · enhancer · 122312248–122313457 · regulatory
ENSR5_533QQP3 · CTCF_binding_site · 122312812–122312833 · regulatory
· motif · 122311952–122311968 · motif
· motif · 122312814–122312830 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：919 aa
SNCAIP 蛋白長 919 個胺基酸。序列註解列出六個 ANK 重複區，分布於胺基酸 349–729 的不同位置；另有多段預測的無序區域，包括位於 C 端的 728–919 區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNCAIP 位於細胞質，也曾與 SNCA 一同在細胞質包涵體中檢出。 此資料描述的是兩者共同出現在包涵體，未指出定位改變的條件或不同異構型之間的定位差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- SNCAP37840 · UniProt INTERACTION · 22 experiments · 2 筆來源紀錄
- KALRNO60229-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKNO60260-5 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
SNCAIP 可能形成同源二聚體，也可能由 isoform 1 與 isoform 2 形成異源二聚體，這兩種二聚體關係均標示為可能。資料另記載 SNCAIP 與 SIAH1、SIAH2、SNCA、RNF19A 及 PRKN 互作。isoform 2 容易形成聚集體，並可將 isoform 1 隔離；來源未將此現象描述為特定複合體。
疾病與遺傳關聯
SNCAIP 與 Parkinson disease 易感性可能相關：影響此基因的變異可能與疾病易感性有關，但資料未將此關聯表述為直接因果。Parkinson disease 是進行性神經退化疾病，常見特徵包括動作遲緩、靜止性震顫、肌肉僵硬與姿勢不穩；其病理涉及黑質多巴胺神經元流失，以及存活神經元中的 Lewy bodies。多數病例為散發性，亦有家族性病例；資料指出家族型通常較早發病，且臨床表現可能不典型。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNCAIP 的 isoform 2 可抑制 SIAH1 的泛素連接酶活性，並減少目標蛋白質經蛋白酶體降解；它也抑制 SIAH1 的自體泛素化與蛋白酶體降解，使細胞內 SIAH 水平增加。此外，isoform 2 會調節 SIAH1 介導的 SNCA 單泛素化。 | 含實驗來源 | 證據與來源Isoform 2 inhibits the ubiquitin ligase activity of SIAH1 and inhibits proteasomal degradation of target proteins. Isoform 2 inhibits autoubiquitination and proteasomal degradation of SIAH1, and thereby increases cellular levels of SIAH. Isoform 2 modulates SNCA monoubiquitination by SIAH1 PMID 16595633 ↗ · PMID 19224863 ↗ |
| 交互作用 | SNCAIP 可能形成同源二聚體，也可能由 isoform 1 與 isoform 2 形成異源二聚體。它與 SIAH1、SIAH2、SNCA、RNF19A 及 PRKN 互作。isoform 2 容易形成聚集體，並可隔離 isoform 1。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer (Probable). Heterodimer of isoform 1 and isoform 2 (Probable). Interacts with SIAH1, SIAH2, SNCA, RNF19A and PRKN. Isoform 2 has a strong tendency to form aggregates and can sequester isoform 1 PMID 10319874 ↗ · PMID 11590439 ↗ · PMID 12750386 ↗ · PMID 14506261 ↗ · PMID 15064394 ↗ · PMID 16595633 ↗ · PMID 19224863 ↗ · PMID 19762560 ↗ |
| 細胞定位 | SNCAIP 位於細胞質，也曾與 SNCA 一同在細胞質包涵體中檢出。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Detected in cytoplasmic inclusion bodies, together with SNCA PMID 10319874 ↗ · PMID 15064394 ↗ · PMID 16595633 ↗ · PMID 19762560 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SNCAIP 的變異可能與 Parkinson disease 易感性有關，但此敘述不代表變異必然導致疾病。Parkinson disease 是進行性神經退化疾病，典型特徵包括動作遲緩、靜止性震顫、肌肉僵硬與姿勢不穩；病理涉及黑質多巴胺神經元流失及 Lewy bodies。多數病例為散發性，也有家族病例；家族型通常較早發病，臨床特徵可能不典型。 | 含實驗來源 | 證據與來源Parkinson disease PARK A complex neurodegenerative disorder characterized by bradykinesia, resting tremor, muscular rigidity and postural instability. Additional features are characteristic postural abnormalities, dysautonomia, dystonic cramps, and dementia. The pathology of Parkinson disease involves the loss of dopaminergic neurons in the substantia nigra and the presence of Lewy bodies (intraneuronal accumulations of aggregated proteins), in surviving neurons in various areas of the brain. The disease is progressive and usually manifests after the age of 50 years, although early-onset cases (before 50 years) are known. The majority of the cases are sporadic suggesting a multifactorial etiology based on environmental and genetic factors. However, some patients present with a positive family history for the disease. Familial forms of the disease usually begin at earlier ages and are associated with atypical clinical features. Disease susceptibility may be associated with variants affecting the gene represented in this entry MIM: 168600 PMID 12761037 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCAGTCCCTTCGCGCTCCTGAGCCGCCGGCGCGCCGGG40CGCCCCGGGAATTTATAAGTATTTGACCGTACTCAAAATG80TGCAAGGAAGAATAATGGAAGCCCCTGAATACCTTGATTT120GGATGAAATTGACTTTAGTGATGACATATCTTATTCAGTC160ACATCACTCAAGACGATCCCAGAACTGTGCCGAAGATGTG200ATACGCAAAACGAAGACAGATCAGTTTCTAGCTCTAGCTG240GAATTGTGGCATCTCAACTCTTATTACAAACACGCAAAAG280CCCACAGGAATCGCTGATGTGTACAGTAAGTTCCGCCCAG320TGAAGCGGGTTTCGCCACTGAAACATCAGCCAGAGACTCT360GGAGAACAATGAAAGTGATGACCAAAAGAACCAGAAAGTG400GTTGAGTACCAGAAAGGGGGTGAGTCTGACCTGGGCCCCC440AGCCTCAGGAGCTTGGCCCTGGAGATGGAGTGGGCGGCCC480ACCAGGTAAGAGCTCTGAGCCCAGCACATCGCTGGGTGAA520CTGGAGCACTACGACCTCGACATGGATGAGATTCTGGATG560TGCCTTATATTAAATCCAGTCAGCAGCTTGCCTCTTTTAC600CAAGGTGACTTCAGAAAAAAGAATTTTGGGCTTATGCACA640ACCATCAATGGCCTTTCTGGCAAAGCCTGCTCTACAGGAA680GTTCTGAGAGCTCATCATCCAACATGGCACCATTTTGTGT720TCTTTCTCCCGTGAAAAGCCCTCACTTGAGAAAAGCATCA760GCTGTCATCCACGACCAGCACAAGCTGTCCACTGAAGAAA800CCGAGATCTCACCTCCTCTGGTTAAATGTGGCTCTGCATA840TGAGCCTGAAAACCAGAGTAAAGACTTCCTAAACAAGACA880TTTAGTGATCCTCATGGTCGAAAAGTTGAGAAGACAACAC920CAGACTGCCAGCTCAGGGCCTTCCACCTACAATCCTCAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。