基因總覽
SNAPC3（small nuclear RNA activating complex polypeptide 3）是人類的蛋白質編碼基因，產物屬於 SNAPC3/SRD2 家族，也是 SNAPc 複合體的五個次單元之一。此蛋白質全長 411 個胺基酸；序列註解指出，胺基端第 1–22 位及第 63–82 位各有一段被標示為無序區。其主要角色與小核 RNA 基因轉錄所需的 SNAPc 複合體相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000380821 ★ | 15,422,876–15,461,626 | 9 |
| ENST00000610884 | 15,422,734–15,465,832 | 12 |
| ENST00000892142 | 15,422,734–15,461,064 | 8 |
| ENST00000892143 | 15,422,734–15,461,064 | 8 |
| ENST00000965147 | 15,422,734–15,461,626 | 7 |
| ENST00000965148 | 15,422,734–15,461,041 | 7 |
| ENST00001110710 | 15,422,734–15,458,750 | 8 |
| ENST00001122579 | 15,422,734–15,462,568 | 9 |
| ENST00001140782 | 15,422,734–15,461,626 | 9 |
| ENST00000421710 | 15,422,879–15,453,104 | 6 |
| ENST00000380799 | 15,422,880–15,453,989 | 7 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNAPC3 是 SNAPc 複合體的一部分；此複合體對 RNA polymerase II 與 RNA polymerase III 所轉錄的小核 RNA 基因均屬必要。SNAPC3 的功能因此涉及兩類 RNA polymerase 的小核 RNA 基因轉錄，而非僅限於其中一類。
在啟動子辨識方面，SNAPc 會結合近端序列元件（proximal sequence element，PSE）。PSE 是一種非 TATA box 的基礎啟動子元件，常見於上述兩類基因。這項結合使 SNAPc 能辨識小核 RNA 基因的啟動子區域，並參與其轉錄所需的啟動子調控。
針對 U6 snRNA 基因，SNAPc 還會將 TBP 與 BRF2 招募至其 TATA box。來源指出的這項作用與 PSE 結合相互補充：SNAPc 可辨識共同的近端啟動子元件，也參與 U6 snRNA TATA box 周邊的轉錄因子招募。整體來說，SNAPC3 所在的複合體連結了啟動子元件辨識與轉錄相關因子的招募，支持小核 RNA 基因的轉錄。
Promoter 與基因調控
>SNAPC3 ENST00000380821 GRCh38 chr9:15421876-15422976 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTATATTAAATGTCCAGATTAGTTAAATCTAGAGAGACAAAGTAGGTTCTTGGTTGGCTAGGGCTGGAG GAGTTGGGAGGATCAGGGGTGATAGCTAAAAAGTACAAGTTTCTTCTTTCGAGTGGTAAAAATGCTCTCA AATAGTGGTGATGGTTGCCCAAGCCTGTGAATATACCAAAAATCACTGAACACTTCAAATGGGTGAATTA TATGGCATGTGATTACAGTCTAATAAATAAATAGTATGTCCTGCTGTATCCTTCAGGGCCTCTGAGAAAT GGAGAGAGCTCCATCTGAAGCCAGACTGAGTTCCGATCCTGCTTCTATTTTCCCCGCAGGTAAATCCTTC CTCAACAGCAACACGGGGTGATACGCCCTATCCGGAAAGGTTGTTGTAATTTTTAAAAACATTAAAAACA TACATTAGGGTTAATCATGTAGCGTGTGATACACAGACGCTCTGAAACACTACTGCACACGCACACCAAC ATGGGGCCTCTGCGGAGCTTGTGAAAGAACCAGATCTGGAGGGCTGGTCGTGTCCCTGGTCTCGGCCCTC GCCCTCCTTGTTTCTTAGGCTCTAAAGCAATCAGGCAGCAGAGCAGTCCTTGAACCCCAGTCAAGAAAAA GCCCTGCACCCCTTAGTCCGAAAGCCGCAAGGAACGGGGCCTAAGCGCCTGGCGAGGCCGCCCTACCGGG CAGAGACAGTTGCTACGTAACTCGGGGACCAGAAACCCAGCCCCACCCGCTGCGGTTAACCGACAGCCGC AACGGTTCCCGCACCGCCCGGGTCGGAGAACAATGCTGCGCCCTGCACGTAGAGCCTCGCGGTGCCGCGC CCTGGGGCGGGCCTGCCCATGGCCTGCCGGGAAATGTAGTTTCTGATGCCCTGCCCGCGCCGCCTCGCCG CTCGCCGGCCGGGCGCCCCAAGCAACTACAACTTCCATCACGCTCTGCGAGGCCTTGATCTGCAGGCTTT TGCAGGGGAAGGAGTGGGGCGAACATGGCTGAAGGAAGCCGAGGTGGCCCTACGTGTAGCGGGGTGGGTG GCAGGCAGGACCCAGTCTCCGGCAGTGGCGGCTGCAACTTTCCAGAGTATG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNAPC3_2 ↗ | 9:15,422,766 | 正股 | 15,422,717–15,422,776 |
| SNAPC3_1 ↗ | 9:15,422,876 | 正股 | 15,422,827–15,422,886 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR9_B53M9 · promoter · 15422244–15422890 · regulatory
ENSR9_985BL · enhancer · 15426125–15426382 · regulatory
· motif · 15422520–15422535 · motif
· motif · 15422625–15422633 · motif
· motif · 15422632–15422647 · motif
· motif · 15422995–15423011 · motif
· motif · 15422995–15423011 · motif
· motif · 15423181–15423196 · motif
· motif · 15423217–15423232 · motif
· motif · 15423226–15423233 · motif
· motif · 15423287–15423295 · motif
· motif · 15426278–15426290 · motif
· motif · 15427749–15427762 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：411 aa
SNAPC3 產物長 411 個胺基酸，屬於 SNAPC3/SRD2 家族。序列註解將第 1–22 位及第 63–82 位分別標示為無序區；來源未提供其他結構域或功能區域資訊。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- CEP57L1Q8IYX8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- HSD17B14Q9BPX1 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- HSPB1P04792 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KATNBL1Q9H079 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KIF1BO60333-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NEFLI6L9F6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NFKBIDQ8NI38 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- RNF11Q9Y3C5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNAPC1Q16533 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- SNRNP35Q16560-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TTC4O95801 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBE3AQ05086-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ZNF620Q6ZNG0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SNAPC3 是由 SNAPC1、SNAPC2、SNAPC3、SNAPC4 與 SNAPC5 組成的 SNAPc 複合體次單元，並與 SNAPC1 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNAPC3 是 SNAPc 複合體的一部分；此複合體是 RNA polymerase II 與 RNA polymerase III 小核 RNA 基因轉錄所必需。SNAPc 結合兩類基因共有的非 TATA box 基礎啟動子元件 PSE，並將 TBP 與 BRF2 招募至 U6 snRNA 的 TATA box。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SNAPc complex required for the transcription of both RNA polymerase II and III small-nuclear RNA genes. Binds to the proximal sequence element (PSE), a non-TATA-box basal promoter element common to these 2 types of genes. Recruits TBP and BRF2 to the U6 snRNA TATA box PMID 12621023 ↗ |
| 交互作用 | SNAPc 複合體由 SNAPC1、SNAPC2、SNAPC3、SNAPC4 與 SNAPC5 五個次單元組成；SNAPC3 也與 SNAPC1 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SNAPc complex composed of 5 subunits: SNAPC1, SNAPC2, SNAPC3, SNAPC4 and SNAPC5. SNAPC3 interacts with SNAPC1 PMID 11056176 ↗ · PMID 12621023 ↗ |
| 細胞定位 | SNAPC3 位於細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GAACATGGCTGAAGGAAGCCGAGGTGGCCCTACGTGTAGC40GGGGTGGGTGGCAGGCAGGACCCAGTCTCCGGCAGTGGCG80GCTGCAACTTTCCAGAGTATGAGCTTCCCGAGCTAAATAC120GCGCGCTTTCCATGTGGGCGCCTTTGGGGAGCTGTGGCGG160GGCCGTCTGCGCGGGGCCGGGGACTTGTCGCTGAGGGAGC200CGCCGGCATCCGCTCTGCCTGGGAGCCAGGCAGCTGACTC240CGACCGGGAGGATGCCGCGGTGGCCAGGGATCTGGACTGC280AGCCTGGAGGCGGCGGCTGAGCTGAGGGCGGTGTGCGGCC320TTGATAAACTGAAATGCCTTGAGGACGGTGAGGATCCAGA360AGTCATTCCGGAGAATACTGACCTGGTGACTTTGGGGGTT400AGAAAAAGGTTCTTGGAACATCGGGAAGAAACCATTACAA440TAGATCGAGCCTGCAGACAAGAAACATTCGTTTATGAGAT480GGAGTCACATGCCATAGGAAAAAAGCCTGAAAATTCAGCA520GACATGATTGAAGAAGGGGAGCTTATCCTATCTGTGAATA560TCTTGTACCCTGTTATATTTCATAAGCACAAAGAACACAA600ACCATACCAAACAATGCTGGTGTTGGGCAGTCAAAAACTC640ACACAACTGAGGGATTCAATTCGATGTGTCAGTGACCTCC680AGATTGGTGGTGAATTCAGCAACACTCCTGACCAAGCCCC720TGAGCACATCAGCAAAGACCTATACAAATCAGCCTTCTTT760TATTTTGAAGGAACATTTTATAATGATAAAAGATACCCAG800AATGCAGAGATTTGAGCAGAACTATCATTGAGTGGTCAGA840GTCCCATGATAGAGGCTATGGAAAGTTTCAGACTGCTAGA880ATGGAAGATTTCACCTTCAATGACTTGTGTATTAAACTGG920GTTTTCCTTACTTATACTGTCATCAGGGAGACTGTGAACA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。