基因總覽
SNAPC1 是蛋白質編碼基因，其產物為 small nuclear RNA activating complex polypeptide 1，屬於 SNAPc（snRNA-activating protein complex）。此蛋白質是複合體的組成部分；SNAPc 由 SNAPC1、SNAPC2、SNAPC3、SNAPC4 與 SNAPC5 五個次單元構成。現有資料指出，SNAPC1 參與小核 RNA 基因轉錄相關的基礎轉錄調控。蛋白質特徵資料標示其長度為 368 個胺基酸，並註記數個與複合體次單元結合的區域及預測的無序區段。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000216294 ★ | 61,762,420–61,796,428 | 10 |
| ENST00000923633 | 61,762,325–61,796,443 | 9 |
| ENST00000923634 | 61,762,325–61,796,443 | 11 |
| ENST00000923635 | 61,762,325–61,796,443 | 9 |
| ENST00000923636 | 61,762,325–61,796,443 | 9 |
| ENST00000923637 | 61,762,325–61,796,443 | 11 |
| ENST00001137753 | 61,762,325–61,796,443 | 10 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SNAPC1 是 SNAPc 的一部分，而 SNAPc 對 RNA polymerase II 與 RNA polymerase III 所轉錄的小核 RNA 基因皆屬必要。這項功能涉及基因啟動子上的近端序列元件（proximal sequence element，PSE）：PSE 是兩類小核 RNA 基因共有的基礎啟動子元件，且不屬於 TATA-box。SNAPc 可結合 PSE，參與這些基因的轉錄起始調控。
在 U6 snRNA 基因的啟動子上，SNAPc 也會將 TBP 與 BRF2 招募至 TATA box。這描述了 SNAPc 在特定啟動子上的另一項作用，與其結合 PSE 的功能一同支持小核 RNA 基因的轉錄。現有資料未進一步說明 SNAPC1 單獨如何完成這些作用，因此相關功能應理解為 SNAPc 複合體層級的描述。
Promoter 與基因調控
>SNAPC1 ENST00000216294 GRCh38 chr14:61761420-61762520 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AACCGAGACCGCGCCACTGAACTCCGGCCTGGGCAACAAGAGCGAAACTCCGTCTCAAAACAAAAAACAA ACAAATCCAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACAGGTCAAGGATCAGAAAAGTAAAGTGAGTTGACACT CCATTTACACACAGAAAGCCCAATGTTTTTCTATTATATCAGGATACCTCTTCTAAAGAATGATAGCTTA CCTTTCAATCAGAGAAATGATCTAAAGTTCAAAATGTTACTCCATAGCTAGCTCCTGGAGGAAGGAAGCT AGGTGGCAGCGTGTACACAAAAAGGCAATTCATCCAAATAATAATATAACAAGAATATAACAAGTAGGTA TTTTCTGCTAAGTGCTATGTAGCACAGGGGTGAATGCGTGGCAGGGCAGGAGGAGGGCTGTTTACAAGAG GGTATGAAATGCAGCTCTTCTTTTCAAGAGTGGTTGCAGAATGCCAGGGCTACAAAGAGAGGGCCGCACA TTAAGCATCGTATTATGTGGGTACAGAGTATTAGGGTTCTCGATGACCAGAAGGAGAATGAGTGCAGTTT GTTTCCTAGCAAGCCTTCTTTAGCTTCTCTTCCCAAGTGGGAGTGGGGTTGGGGTTGGGACTGTTCTTTC CTAGCTCAAAAGTTCACTTATGTCACACTAGGGTCAGTTTAAAGGAGAGTGCTAGTAAGGGTAAAGTCAA GTTACATAACCTAGCGGAAAATGAAGACCTAAAACCGCTCGTGAGCAAACACAACACTTTAGACGTAAAC CTCTTCCAAAGAAGGGTGGATCTCAGCACTCTGGGTGAAAGCAATCTCAGCCAGTAAAACATCAGAACGC TTTCACGCACGCGCAGTAAGCACACGACCGGTGGCAAGAGCCCGGATAAAGGCGGAGCTAAAGGTGCCGG ATAATGCATCACGGAGCGCGTGTGCGCACGCCGTAGGGGGCGGGCCGTTCGGGCTTGGTTTCCTGGGCGA CCACCGCTGGCTAGTCCGTTAGAGGCGTGCGGGCTTCGGAGGCGTGCGGGCTTCGGGTGCCATGGGGACT CCTCCCGGCCTGCAGACCGACTGCGAGGCGCTGCTCAGCCGCTTCCAGGAG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SNAPC1_1 ↗ | 14:61,762,420 | 正股 | 61,762,371–61,762,430 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：368 aa
SNAPC1 蛋白質長 368 個胺基酸。其第 1–168 位胺基酸區域標註為 SNAPC3 結合區，第 164–268 位為 SNAPC4 結合區。資料另將第 224–257 位及第 275–368 位標註為無序區；這些是序列特徵註記，並未提供其結構或作用方式的進一步說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SNAPC1 的細胞內定位記載為細胞核。 資料未提供定位改變的條件、不同異構型之間的差異或動態變化資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 6 個夥伴
- CCDC6Q16204 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC8Q8IYI6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HAT1O14929 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSF2BPO75031 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SNAPC3Q92966 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- SNAPC4Q5SXM2 · UniProt INTERACTION · 12 experiments
SNAPC1 是由 SNAPC1、SNAPC2、SNAPC3、SNAPC4 與 SNAPC5 組成的 SNAPc 複合體次單元。資料另記載 SNAPC1 與 SNAPC3、SNAPC4 及 TBP 有互作；來源未進一步界定這些互作的性質或條件。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SNAPC1 是 SNAPc 的組成部分；該複合體對 RNA polymerase II 與 RNA polymerase III 轉錄的小核 RNA 基因皆屬必要。SNAPc 結合兩類基因共有、非 TATA-box 的基礎啟動子元件 PSE，並將 TBP 與 BRF2 招募至 U6 snRNA 的 TATA box。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SNAPc complex required for the transcription of both RNA polymerase II and III small-nuclear RNA genes. Binds to the proximal sequence element (PSE), a non-TATA-box basal promoter element common to these 2 types of genes. Recruits TBP and BRF2 to the U6 snRNA TATA box PMID 12621023 ↗ |
| 交互作用 | SNAPc 是由 SNAPC1、SNAPC2、SNAPC3、SNAPC4 與 SNAPC5 五個次單元構成的複合體。資料並記載 SNAPC1 與 SNAPC3、SNAPC4 及 TBP 有互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Part of the SNAPc complex composed of 5 subunits: SNAPC1, SNAPC2, SNAPC3, SNAPC4 and SNAPC5. SNAPC1 interacts with SNAPC3, SNAPC4 and TBP PMID 11056176 ↗ · PMID 12621023 ↗ |
| 細胞定位 | SNAPC1 的細胞內定位記載為細胞核。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGAGGCGTGCGGGCTTCGGAGGCGTGCGGGCTTCGGGTGC40CATGGGGACTCCTCCCGGCCTGCAGACCGACTGCGAGGCG80CTGCTCAGCCGCTTCCAGGAGACGGACAGTGTACGCTTCG120AGGACTTCACGGAGCTCTGGAGAAACATGAAGTTCGGGAC160TATCTTCTGTGGCAGAATGAGAAATTTAGAAAAGAACATG200TTTACAAAAGAAGCTTTAGCTTTGGCTTGGCGATATTTTT240TACCTCCATACACCTTCCAGATCAGAGTTGGTGCTTTGTA280TCTGCTATATGGATTATATAATACCCAACTGTGTCAACCA320AAACAAAAGATCAGAGTTGCCCTGAAGGATTGGGATGAAG360TTTTAAAATTTCAGCAAGATTTAGTAAATGCACAGCATTT400TGATGCAGCTTATATTTTTAGGAAGCTACGACTAGACAGA440GCATTTCACTTTACAGCAATGCCCAAATTGCTGTCATATA480GGATGAAGAAAAAAATTCACCGAGCTGAAGTTACAGAAGA520ATTTAAGGACCCAAGTGATCGTGTGATGAAACTTATCACT560TCTGATGTATTAGAGGAAATGCTGAATGTTCATGATCATT600ATCAGAACATGAAACATGTAATTTCAGTTGATAAGTCCAA640GCCAGATAAAGCCCTCAGCTTGATAAAGGATGATTTTTTT680GACAATATTAAGAACATAGTTTTGGAGCATCAGCAGTGGC720ACAAAGACAGAAAGAATCCATCCTTAAAGTCAAAAACTAA760TGATGGAGAAGAAAAAATGGAAGGAAATTCACAAGAAACG800GAGAGATGTGAAAGGGCAGAATCATTAGCGAAAATAAAAT840CAAAGGCCTTTTCAGTTGTCATACAGGCATCCAAATCAAG880AAGGCATCGTCAAGTCAAACTCGACTCTTCTGACTCTGAT920TCTGCATCTGGTCAAGGGCAAGTCAAAGCAACTAGGAAAA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。