演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SMPXDFNX4

small muscle protein X-linked

SMPX 編碼 small muscle protein X-linked,參與肌肉細胞在生長、適應與修復期間協調結構和功能狀態的調控網絡。

Homo sapiensXp22.12UniProt Q9UHP9
OFFICIAL SYMBOL
SMPX
CHROMOSOME
X
UNIPROT
Q9UHP9
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SMPX 是位於 X 染色體的蛋白質編碼基因,正式名稱為 small muscle protein X-linked,所屬蛋白質家族為 SMPX family。其產物參與肌肉細胞協調結構與功能狀態的調控網絡;現有資料未提供更詳細的分子作用方式或蛋白質結構特徵。

Official symbol
SMPX
Gene name
small muscle protein X-linked
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:11122
UniProt
Q9UHP9
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
DFNX4ChiselCslDFN6

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXp22.12
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegSMPXpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chrX:21,704,788–21,758,254
Gene span
53,467 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000379494 ★21,705,978–21,758,1165
ENST0000086783521,704,788–21,758,2546
ENST0000094155421,704,788–21,758,2546
ENST0000113338521,704,788–21,758,1165
ENST0000064600821,727,289–21,758,2545
ENST0000086783621,727,289–21,758,2545
ENST0000086783721,729,107–21,758,2545
ENST0000086783821,731,989–21,758,2544
ENST0000111360321,747,222–21,758,2542

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SMPX 的產物參與肌肉細胞的調控網絡,該網絡協助細胞協調自身的結構與功能狀態。這項角色與肌肉細胞在生長、適應及修復期間的狀態調整相關,指出 SMPX 涉及肌肉細胞應對不同生物學階段或需求時的協調過程。

現有資料將其描述為調控網絡中的一個參與者,但未說明它如何直接影響細胞結構或功能,也未指出相關分子作用方式、作用夥伴或下游反應。因此,資料支持的是 SMPX 與肌肉細胞狀態協調之間的功能關聯,不能據此推定其具體調控方向或分子機制。

在生物學意義上,這項功能涵蓋肌肉細胞的生長、適應與修復三類情境,顯示 SMPX 所參與的調控並非僅限於單一細胞狀態。不過,來源沒有進一步界定這些過程中的細胞或組織條件,也未提供實驗系統與表型讀出,故無法由此判定 SMPX 在各情境中的相對作用或必要性。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 21758116 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SMPX ENST00000379494 GRCh38 chrX:21758016-21759116 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CAGAAGCCTGATGTCTAGGGCTCCTACAAATTGGAGCTGCTTCTTTTCCTCATGTAACAAGAAGACTGGT
AAGCGATGGTTGCTGGTAATATAGTTCAGTGGCTTGACCATGCTGTCAAGAACTCAGACATGGAGCTCAC
TTCCACAGTGGATGGATTTTAAGTCTCTCCACTCTGTTTAATACTTCTACTGAAGTACAGCTCTGGGTAA
AGGTAATTTCAGAGAGTGGAGAGGTTAAAAAAATTAAAAGTGGTGTTAAAAATAGTGAGCATGTATCTTA
GGATTTGGAAGTTTTCTGTTTAAAAAATGTTTTGCCTTGTACCTGCTCCTGACCCTTGCCATATTTAAAA
TAGACATTTCTTCTTTGTTCTGTTGTCTCACGTACTCTAAGGTCAAAATCTTTGTCACCAGTAGAGGCAG
TAGAGCAGAGTGGGCAGGGCTGTAGGCCCTGGAACCTCACCAGCCTGTCAATCTTGGACCATTTTTGACC
TACAAAAAGGGCAATGTCATATAGTTCAACTTACTAGGATAATTATCATCATTTGGTGACTATTTGTTGA
GTACTTATTATTAAGTAACTTTAACAGCTCCCAAGTGACCAAGCTAGGATTCAAACCCTGTTTAATGTCA
GTACCCCTGCTGAGAGGCATGGTACCATGCTGACACCCCCCAATTTTTATTGAATACTCATCTTCTGGCA
TCCAGGTAATAAAGCTAAAGATAGACTTTCCTTACTTTTCGAACTTTGCTATACCCACTCAGAATATATG
AGAAAATGCAGCCAGCATCTTCTGGAAGATTAGGAGGGCAAGTAAGATACCATAGCCACCTCCCGGCTGA
CATTTGAGCCTGCTTTCCGCACGGTCAAGCCTTTCGGAGGCAGCCAGCGTATGGCTTGTATCAAACTCTA
TATTTAGGAAGAACAACTGTGAGCTATGACAGGAATTCTCTTTAACACTTAGCCTTAACGGTTTAAGTTC
CCCTCCAGCCCCGAGCCAGGAGCAGTTCTCAATACCGGGAGAGGCACAGAGCTATTTCAGCCACATGAAA
AGCATCGGAATTGAGATCGCAGCTCAGAGGACACCGGGCGCCCCTTCCACC
SMPX 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SMPX_1 ↗X:21,758,116負股21,758,106–21,758,165

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_8M9C2 · enhancer · 21757202–21757389 · regulatory

ENSRX_9BM6Q · promoter · 21758068–21758344 · regulatory

ENSRX_5756WP · CTCF_binding_site · 21758693–21758714 · regulatory

· motif · 21758523–21758536 · motif

· motif · 21758695–21758711 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:88 aa

1 aa88 aa功能區域
依 Q9UHP9 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

small muscle protein X-linked 屬於 SMPX family。蛋白質長 88 個胺基酸;第 22 至 66 位胺基酸區段註解為無序區域(Disordered)。

功能區域Disordered22–66 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9UHP9…

AlphaFold · Q9UHP9

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:尚未取得定位註解

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
DFNX4SMPX
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

SMPX 與 X 連鎖非症候群感音神經性聽力損失 DFNX4 有關。此病為出生後發病且逐漸進展;男性患者起初以高頻聽力受損,之後可惡化至重度或極重度並影響所有頻率,女性帶因者則有高頻中度聽力受損。資料指出此病由影響 SMPX 的變異造成。

成年發病的 X 連鎖隱性遠端肌病 MPD7,則可能由影響 SMPX 的變異造成。此病緩慢進展,主要表現為成年後下肢遠端肌無力,部分患者也有近端肌無力;患者肌肉切片可見肌病變化、鑲邊空泡及肌漿內含物,其中部分內含物具類澱粉樣特徵。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SMPX 參與肌肉細胞的調控網絡;此網絡使細胞能在生長、適應與修復期間協調其結構及功能狀態。推論支持
證據與來源

Plays a role in the regulatory network through which muscle cells coordinate their structural and functional states during growth, adaptation, and repair

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯DFNX4 是出生後發病、逐漸進展的非症候群感音神經性聽力損失。男性患者初期影響高頻聽力,之後可惡化為重度至極重度並波及所有頻率;女性帶因者有高頻中度聽力受損。此病由影響 SMPX 的變異造成。含實驗來源
證據與來源

Deafness, X-linked, 4 DFNX4 A non-syndromic form of sensorineural, progressive hearing loss with postlingual onset. In affected males, the auditory impairment affects initially high-frequency hearing. It later evolves to become severe to profound and affects all frequencies. Carrier females manifest moderate hearing impairment in the high frequencies. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300066

PMID 21549336 ↗ · PMID 21549342 ↗ · PMID 22911656 ↗

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疾病關聯MPD7 是成年發病的 X 連鎖隱性肌肉疾病,緩慢進展,主要造成下肢遠端肌無力,部分患者亦有近端肌無力。患者肌肉切片的組織病理與電子顯微鏡分析可見肌病變化、鑲邊空泡及肌漿內含物,部分內含物具類澱粉樣特徵。此病可能由影響 SMPX 的變異造成。含實驗來源
證據與來源

Myopathy, distal, 7, adult-onset, X-linked MPD7 An X-linked recessive, slowly progressive muscular disorder characterized by adult onset of distal muscle weakness predominantly, affecting the lower limbs. Some patients also have proximal muscle weakness. Histopathological and electron microscopic analysis of patient muscle biopsies reveals myopathic findings with rimmed vacuoles and the presence of sarcoplasmic inclusions, some with amyloid-like characteristics. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 301075

PMID 33974137 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000379494 · 885 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGCAGTTCTCAATACCGGGAGAGGCACAGAGCTATTTCAG40
41CCACATGAAAAGCATCGGAATTGAGATCGCAGCTCAGAGG80
81ACACCGGGCGCCCCTTCCACCTTCCAAGGAGCTTTGTATT120
121CTTGCATCTGGCTGCCTGGGACTTCCCTTAGGCAGTAAAC160
161AAATACATAAAGCAGGGATAAGACTGCATGAATATGTCGA200
201AACAGCCAGTTTCCAATGTTAGAGCCATCCAGGCAAATAT240
241CAATATTCCAATGGGAGCCTTTCGGCCAGGAGCAGGTCAA280
281CCCCCCAGAAGAAAAGAATGTACTCCTGAAGTGGAGGAGG320
321GTGTTCCTCCCACCTCGGATGAGGAGAAGAAGCCAATTCC360
361AGGAGCGAAGAAACTTCCAGGACCTGCAGTCAATCTATCG400
401GAAATCCAGAATATTAAAAGTGAACTAAAATATGTCCCCA440
441AAGCTGAACAGTAGTAGGAAGAAAAAAGGATTGATGTGAA480
481GAAATAAAGAGGCAGAAGATGGATTCAATAGCTCACTAAA520
521ATTTTATATATTTGTATGATGATTGTGAACCTCCTGAATG560
561CCTGAGACTCTAGCAGAAATGGCCTGTTTGTACATTTATA600
601TCTCTTCCTTCTAGTTGGCTGTATTTCTTACTTTATCTTC640
641ATTTTTGGCACCTCACAGAACAAATTAGCCCATAAATTCA680
681ACACCTGGAGGGTGTGGTTTTGAGGAGGGATATGATTTTA720
721TGGAGAATGATATGGCAATGTGCCTAACGATTTTGATGAA760
761AAGTTTCCCAAGCTACTTCCTACAGTATTTTGGTCAATAT800
801TTGGAATGCGTTTTAGTTCTTCACCTTTTAAATTATGTCA840
841CTAAACTTTGTATGAGTTCAAATAAATATTTGACTAAATG880
881TAAAA885

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。