基因總覽
SMIM11 是人類蛋白質編碼基因，正式名稱為 small integral membrane protein 11。登錄類型為 gene with protein product。此基因座位於 21q22.11-q22.12。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000399292 ★ | 34,375,507–34,389,151 | 4 |
| ENST00000895994 | 34,375,131–34,389,168 | 4 |
| ENST00000895999 | 34,375,131–34,386,644 | 3 |
| ENST00000927396 | 34,375,131–34,389,154 | 4 |
| ENST00001098384 | 34,375,131–34,402,763 | 4 |
| ENST00000399299 | 34,375,480–34,402,777 | 4 |
| ENST00000895992 | 34,375,480–34,402,773 | 4 |
| ENST00000895993 | 34,375,480–34,396,226 | 4 |
| ENST00000895995 | 34,375,480–34,389,151 | 4 |
| ENST00000895996 | 34,375,480–34,389,151 | 5 |
| ENST00000896000 | 34,375,480–34,386,644 | 3 |
| ENST00000927398 | 34,375,480–34,389,151 | 5 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SMIM11 ENST00000399292 GRCh38 chr21:34374507-34375607 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAAACCACGAAAAAATTACTTTAATCTCTGTGTCTCCATTTCCTCATTTGTGAAATGGTTATCATTATAG CACGTCCCTTACAGCCTTGTTATGAGACTTAGGCAATAGCCACTAGTGCTTAGAACAAAGCTATTTTTGT AACTTTCTCCAGGAACACTTCCCTTAACAGAACCAACCCCTCCACCCCTCAGTTTGTTCTTCCCTCCACA CCCTCTAACATTCTAACATAACCACAAAGAGTCCTGATGGGATTTGGAGTTACACTGCCTGGGTTCGAAT CTCAATTCCGCCACTGCCATTCGCGCGTTTTCTATTGCCAGCCACCTTACTCTCCCCTGGCCTCAGTTTC CTCATCCTTAGAAGGGGAGCAGAGCACATGGTGGTAACTCCCTGCACATTCCTCTCTTTCCTTGTATTGG GTGCCCAGTTTGTGCCCTCACATGGCGCTAGCACTGAGTGGGCTCAAACTCTGTACGCGTTTACTAAGCA TATTGACTGAAGAAATCTGGAAACCTAGTACCGCGGCACCATATCGTTACCCCAAAGGAAAATGCATGCA CGCTGTCAGAGATGACGAACACTGCGTCTGGAAACTTCTTAAGGGCACCCACGTGTCCTCAGCTGCAGAC AGCAGCGAGGAGACACCCAGGGAATTCGAGACAGCGGAAGGCGGAAGGGTCCCGCAACAACCCACCCTCC AGCTCAGGTGAGTTCAGAGTGAGAACGCACCGCCAGGCTTGGACAAAGGCACCCGGCCTACACCCCAGCG GCTCCCCGCCGGGGCCTACGTGGACTTCAGCCTCCAGCCACAGGGACAAGAGCTGCTGGCCAGGGCTGCC CGCCTGGGCTCACTGCGCCTGCGCAGTGAGCAGCGCGCCCCAGGTCTTCTGCCCGGGCCCACTGCGCCTG CGCACGGAGTAGTGCACTCTCGTCGGCGGCACCGGCCCACTGCGCCTGAGCACGTAGCGGTGCATTTCGG GACCTGTAGTTTTCCCCGGCAGGACGGTAGAAGTCGTGGTTTGTGCGCGGCCAGGCGCTGGAGCCTCCGC TGCCGGGAGCAGTAAGTGTGTGACGTCGGGGTAGAAGGGAGTGACCCAAAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SMIM11A_1 ↗ | 21:34,375,515 | 正股 | 34,375,466–34,375,525 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR21_9HMDJ · enhancer · 34374989–34375353 · regulatory
ENSR21_9HMDL · promoter · 34375354–34375614 · regulatory
ENSR21_5B4B9W · CTCF_binding_site · 34375506–34375527 · regulatory
ENSR21_9HMDP · enhancer · 34375615–34376098 · regulatory
· motif · 34372552–34372567 · motif
· motif · 34375295–34375310 · motif
· motif · 34375360–34375371 · motif
· motif · 34375360–34375371 · motif
· motif · 34375409–34375420 · motif
· motif · 34375409–34375420 · motif
· motif · 34375457–34375468 · motif
· motif · 34375457–34375468 · motif
· motif · 34375508–34375524 · motif
· motif · 34375520–34375535 · motif
· motif · 34375709–34375720 · motif
· motif · 34375807–34375816 · motif
· motif · 34375807–34375816 · motif
· motif · 34375807–34375816 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：58 aa
small integral membrane protein 11 長 58 個胺基酸，包含位於第 10 至第 32 位胺基酸的螺旋狀跨膜區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SMIM11 被註解為膜蛋白，屬於單次跨膜蛋白。
未繪示構造：Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ASPHQ12797-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CERS4Q9HA82 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- UBQLN2Q9UHD9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 1 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 細胞定位 | SMIM11 被描述為膜蛋白，並歸類為單次跨膜蛋白。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGGACGGTAGAAGTCGTGGTTTGTGCGCGGCCAGGCGCTG40GAGCCTCCGCTGCCGGGAGCAATCAGACCTTCCAGCTGCC80TCTCATGTACTTGTCTGTTGGGGGCTTGTGTTGATCAGGA120GTGAATTCACAGTCTACCATGAATTGGAAGGTTCTTGAGC160ACGTGCCCCTGCTGCTGTATATCTTGGCAGCAAAAACATT200AATTCTCTGCCTGACATTTGCTGGGGTGAAAATGTATCAA240AGAAAAAGGTTGGAGGCAAAACAACAAAAACTGGAGGCTG280AAAGGAAGAAGCAATCAGAGAAAAAAGATAACTGAAGATT320CTGCCATGTAAATGTCAGCTTGAGTGGACTCCAGCTGAGA360AGAAAGAGAAGAAAGACTTAATTATTGAATAATTTGTCAG400AGGATAAACTCCCAACCTAGACCTTTCACTTAAAATAGTG440TGAATTTGTATATGTTTTTAAAAGAACCAGTACTGGCCGG480GTATGCTGGCTTTTACCTGAAATCCCAGCACTTTGGGAGG520CCGAGGCGAGTGGATCGCCTGAGATCGGGAGTTTGAGACC560AGCCTGGCCAACATGGTAAAATCCTGTCTCTACTAAAAAT600ATAAAAATTAGCCAGGTGTAGTGGCGCGCGTCTGTAATCC640CAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAATC680CGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCTAGGTCGTGCCACTG720CCCTCCAGCCTGGGTGACAGAGCGACTGCGTCTCCAAAAA760AAAAAAGGTAAAATTAAAATTAAAAAAAATAATAATAACC800AGTATTTTGTTTACTAAAATAAAATGCCTTTGTAAAAAAA840cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。