基因總覽
SMG6-IT1 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因，正式名稱為 SMG6 intronic transcript 1。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 17p13.3。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000624930 ★ | 2,235,713–2,236,086 | 1 |
顯示 1/1 個RNA轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SMG6-IT1 ENST00000624930 GRCh38 chr17:2235986-2237086 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTTTTTTTTTGTTTAGATTCACATTACTTTTTTAATTGAATTAAGTTTCATACCAGAGAGTTTAGGGACT GTGAAGGTTTCAGGAAATTTGTTGAGTATTTAGAAAAGCCGATGGTTTCAGAGAGAAACTTTGATATTAG CTTGAACACAGTTATTGCCAGGGGTGAGGAAATAGCATACCAAAGCATAATAACTCATAGTGATTTATCC AAAACTTGAGTTGTTTGCATCTCTGGACCCTGAAAACTCCTTTATCTTGAATTTGTTCAAAATTGCAGGA TACCGGGAAGGTTTGTGAAAGTAGCAAAGAAATGTCCTAGGCAGTAGTTGTCTGGTGTGTGTGTGTGTGT GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGACAGAGTGAGAGAGAGACTGAAAGAGAGAGGTG CCTCATTGATGGGTTTTCTGAATCTGCAGGATGGAGACATTCCCTGCAGTGGCTGAGAAGGTCCTCAAGG AGTTCCAGGTGTTACTGCAGCACAGCCCCTCTCCCATTGGAAGTACCCGCATGCTGCAGCTTATGACCAT CAATATGTTTGCAGTACACAACTCCCAGCTGAAAGGTAAGGCATGTTTAGTTTCTTCATCTAGAATATAG ACAGATAGAGATTAATGTAGCTTCTTTCTTGTGTTACCATACCTACCATACCTACCTCCCCCCACCCCAC CCCCGAACACACACACCCTACCCTACGCTTCCTACCATTGTCTCAGATATTTAGTTTACTTTGAAATCTG TATGACTCTCTAGTGCTTGGGTGGGATGGAAGGAGGGAATCATGGGTATAGAGCTTAATTTGCAAATGCA GAGATGCAGTTGCACATCTGGCCACGCGAAAGGCAGCAGCAAGGCCTCTTGAAGGCTGCAGACCCAGAGC CTCTCCCAAGGGAGAGGCATTGCTGAGATGTTTCATTGCAGAGACCATACGCTTGGCAGGGATTGGGAAT AGCTGTTTCTGGACTCATGTACCCTGTTTGTTCAATATGGAAAAGTCTAGTTCCCTATGGGATATCCCTA GTGGGAGCCTGCCAGGGAGTAAGAACCGAGAATTGATGAGCTTTGGTGACT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄；不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_9TWK · enhancer · 2230996–2231268 · regulatory
ENSR17_5J6NL · CTCF_binding_site · 2231830–2231851 · regulatory
ENSR17_9TWX · promoter · 2232140–2232640 · regulatory
ENSR17_83QT4 · enhancer · 2232641–2232855 · regulatory
ENSR17_BFZ6 · enhancer · 2233188–2234077 · regulatory
ENSR17_9TZ2 · enhancer · 2235920–2236368 · regulatory
ENSR17_9TZ8 · enhancer · 2236717–2236999 · regulatory
ENSR17_C7ZW · enhancer · 2237432–2239242 · regulatory
ENSR17_C823 · enhancer · 2239817–2240966 · regulatory
· motif · 2231832–2231848 · motif
· motif · 2232401–2232414 · motif
· motif · 2232401–2232414 · motif
· motif · 2232519–2232530 · motif
· motif · 2235960–2235977 · motif
· motif · 2236162–2236175 · motif
· motif · 2236162–2236175 · motif
· motif · 2238886–2238899 · motif
· motif · 2238915–2238937 · motif
· motif · 2238915–2238937 · motif
· motif · 2238977–2238994 · motif
· motif · 2239026–2239041 · motif
· motif · 2239339–2239353 · motif
· motif · 2239339–2239353 · motif
· motif · 2239346–2239357 · motif
· motif · 2240025–2240037 · motif
· motif · 2240393–2240404 · motif
· motif · 2240529–2240546 · motif
RNA 轉錄本與序列
SMG6-IT1 依 HGNC／Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000624930 ★ | TEC | 374 nt | 1 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總，單位為 nt；不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
ACCCTGTTTGTTCAATATGGAAAAGTCTAGTTCCCTATGG40GATATCCCTAGTGGGAGCCTGCCAGGGAGTAAGAACCGAG80AATTGATGAGCTTTGGTGACTCAAATCTGGAAGCACAAAA120ACCACCAGTCCCAGAATTTAGCTATTATACCAGTGTGCAT160TCTAAAATGTTTTTCTGAACATTTTGGGGTTTTTTCATAG200GGGGTCGGGTGGGTGTGGAAGTAGAGGGGAGAAGGACAGA240TTGGCAGGGTTTTAAATGTTCTGATGACCAGGTCAGGGTC280AAAGGATGTTACCAGGATTCCTTCCCTTCCCTTCCGTTCC320CTTCATTTCACTTAGGTAAGGATGATATGGTATGACTTGA360TGGAATTATGTAGT374cDNA 使用 DNA 字母 T；RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。