基因總覽
SMARCE1 是蛋白質編碼基因，產物為 SWI/SNF related BAF chromatin remodeling complex subunit E1，也稱 BRG1-associated factor 57。此蛋白屬於 SWI/SNF 染色質重塑複合體的組成成員，並出現在神經前驅細胞特異性的 npBAF 複合體及神經元特異性的 nBAF 複合體中。它的功能背景與複合體組成會隨細胞類型及神經發育階段而異；其具體分子作用方式見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000348513 ★ | 40,624,962–40,647,818 | 11 |
| ENST00000643318 | 40,624,962–40,648,654 | 9 |
| ENST00000647508 | 40,624,962–40,648,667 | 10 |
| ENST00000643683 | 40,624,962–40,647,641 | 11 |
| ENST00000646283 | 40,624,962–40,647,839 | 9 |
| ENST00000431889 | 40,624,962–40,647,839 | 9 |
| ENST00000924673 | 40,624,962–40,648,667 | 12 |
| ENST00000951586 | 40,624,962–40,648,667 | 11 |
| ENST00001004839 | 40,624,962–40,648,667 | 11 |
| ENST00001048344 | 40,624,962–40,648,667 | 11 |
| ENST00001099156 | 40,624,962–40,648,667 | 12 |
| ENST00001139621 | 40,624,962–40,648,667 | 11 |
顯示 12/36 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SMARCE1 是 SWI/SNF 染色質重塑複合體的成員，參與特定基因的轉錄活化或抑制。這些複合體以 ATP 依賴方式改變核小體內 DNA 與組蛋白的接觸，進而重塑染色質結構。SMARCE1 也參與雌激素反應性啟動子的共活化；此作用涉及 SWI/SNF 複合體及 SRC/p160 家族的組蛋白乙醯轉移酶（HATs）。
在神經發育期間，神經幹／前驅細胞退出細胞週期並分化為神經元時，npBAF 與 nBAF 複合體會轉換其亞基組成。神經前驅細胞中的 npBAF 含有 ACTL6A/BAF53A 與 PHF10/BAF45A；細胞分化後，這些亞基由同源替代亞基 ACTL6B/BAF53B，以及 DPF1/BAF45B 或 DPF3/BAF45C 取代，形成神經元特異性的 nBAF。npBAF 對多能神經幹細胞的自我更新與增殖能力至關重要。
nBAF 與 CREST 一同參與調控對樹突生長至關重要的基因活性；此功能描述為相似性推定。另一方面，SMARCE1 會與 CoREST 共抑制因子特異性互作，並在非神經細胞中抑制神經元特異性基因啟動子。這些不同脈絡顯示，SMARCE1 所在複合體及其搭配因子，與基因轉錄調控及神經細胞分化相關。
Promoter 與基因調控
>SMARCE1 ENST00000348513 GRCh38 chr17:40647718-40648818 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TTCATAAAGCACTGGAGATGACAAACACGGTCCGATACAAAGGGTCGGGTTCAGGACTCCAACCATTATT ATCAAAGAGCCACGGGAATACAAAGGAAGGATTACTAGGGGGGAAGTTCCAGGAGGGCATCACAAAGAGA CCTCTGAGCTGGATCCAGAAGGACAGATGAGTTTAAGCTGAAAGTGGGGACGGTCGTTCCCGCTGGTGGG AACCGAAGGAGCCGAGGCAGCGCTGAGGCGGAGACCAGGTGGCACCCGCGGCGCTGCAAGGACACACAAG CTGTTGCGAGGGGGTCAACTCTCCGGGCCTTGGCTTAGAAACCTGGGACGATTACACCCTAAAAGCGCTT GGAAAAACTGCAGAACTCGTGCTGATTTTCGCCAAAGCTACTCCCCCGCCGTGAGGGCAGGAAGCCCTGC GAGGCGCCTGCGAGGACGCAAACGCCGCGAAGCAAGTCCTCCACGCCTCCATCCCAGGTTTAGTGAAGTG TAGACTCTGACCCACAGCCTAAAGGAAAGCAAGACCGGAGTCGGGGAGGGCCCCTCCAGGAGCGGGCTCA GCGGGAGTCTGGCCGAACTGCTTGCTGCCACAGTGGTTCCGCGGCCTCGCGCTGAGCGCCATCCGCCGTC TCCCACCGCGGCCCCCACCGCCCCTCCGCAAGGCTCGGCACCTCCCGCCACTTCCTCGGTCGCTGCGGCG GCTCCGGCTCCTCACAGCCGCTAAACCCAGGCCTATTCTGTGTTAGGTCGGGCCTCCTCGGCCCTCTTCG CCGTGACGAATCAGCGCCCGGCTGGGAAAGTATCAAAATTCGGGGAGTTTTGAGGATCCAATGGGTCCTG AAAAAAATCCCTGAGTGTGCTAAGCATCACCGCATCTTCACTAGAAGGTTAGTTTTTCTAAAGAGGGTCG GGTGGGGCCCGGAAAAAAAAAAAAATTAAGAAGAGTGTGGAAAGTGCGAGTGCGGAAGCTCCGGACGCGA GGGGCGGGGCGAGCGCGGGACAAAGGGAAGCGAAGCCGGAGCTGCGGGCGCTTTTTCTGCCCGCGGGTGA GTGTTTCCAAGTGGGACGGACCGGGTCGGTGGGTGCAAGTCGTGGTGTCCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SMARCE1_3 ↗ | 17:40,631,590 | 負股 | 40,631,580–40,631,639 |
| SMARCE1_2 ↗ | 17:40,636,077 | 負股 | 40,636,067–40,636,126 |
| SMARCE1_1 ↗ | 17:40,647,817 | 負股 | 40,647,807–40,647,866 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR17_BB3RN · enhancer · 40646879–40647630 · regulatory
ENSR17_9L5LJ · promoter · 40647631–40648035 · regulatory
ENSR17_BB3RT · promoter · 40648127–40649144 · regulatory
ENSR17_5CK5T4 · CTCF_binding_site · 40648186–40648207 · regulatory
· motif · 40644980–40644995 · motif
· motif · 40646121–40646132 · motif
· motif · 40647328–40647339 · motif
· motif · 40647829–40647839 · motif
· motif · 40647849–40647860 · motif
· motif · 40648089–40648104 · motif
· motif · 40648188–40648204 · motif
· motif · 40648433–40648444 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：411 aa
SMARCE1 蛋白長 411 個胺基酸，含有位於第 66 至 134 位胺基酸的 HMG box，並註記具有 DNA 結合功能。序列另有多段預測為無序的區域：第 1–23、42–70、153–175 及 296–411 位胺基酸。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 65 個夥伴
- AMOTL2Q9Y2J4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- ARID2Q68CP9 · UniProt INTERACTION · 8 experiments
- BRMS1Q9HCU9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC136Q96JN2-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC172P0C7W6 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CCDC183G5E9W6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCHCR1Q8TD31-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2Q01850 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CEP170P1Q96L14 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEP63Q96MT8 · UniProt INTERACTION · 4 experiments · 2 筆來源紀錄
- CEP70Q8NHQ1 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- CYSRT1A8MQ03 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DISC1Q9NRI5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EPS8Q12929 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC4Q96A65-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EXOC7Q9UPT5 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- FAM217BQ9NTX9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FSD2A1L4K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GOLGA2Q08379 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- GOLGA6L9A6NEM1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GRIPAP1Q4V328 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IFT74Q96LB3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IFT88Q13099 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ING5Q8WYH8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- JAKMIP2Q96AA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SMARCE1 是 SWI/SNF-A（BAF）及 SWI/SNF-B（PBAF）等染色質重塑複合體的組成成員，也出現在 npBAF 與 nBAF 複合體中；不同複合體可有不同亞基組合。另有資料指出它可能是 PBAF 的成員。已報告的互作對象包括 BRDT、SRC/p160 家族的 NCOA1、NCOA2、NCOA3，以及 RCOR1/CoREST、NR3C1 和 ZMIM2/ZIMP7。
疾病與遺傳關聯
SMARCE1 相關變異與腦膜瘤易感性有關；資料指出多數腦膜瘤為散發病例，家族性病例較少，並未將此易感性關聯表述為必然因果。Coffin-Siris syndrome 5 則被描述為由影響 SMARCE1 的變異所致；此症為先天性多重畸形症候群，可有智力障礙、粗獷面容、多毛，以及第五指指甲或指骨發育不全或缺失等特徵，並報告有常染色體顯性及隱性遺傳模式。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SMARCE1 是 SWI/SNF 染色質重塑複合體的組成成分，可藉由 ATP 依賴性改變核小體內 DNA 與組蛋白的接觸，調整染色質結構，參與特定基因的轉錄活化或抑制。它也屬於神經前驅細胞 npBAF 與神經元 nBAF 複合體；神經細胞分化時，複合體會由含 ACTL6A、PHF10 的組成轉換為含 ACTL6B、DPF1 或 DPF3 的組成。npBAF 支持多能神經幹細胞自我更新與增殖；nBAF 與 CREST 則參與調控樹突生長相關基因。此外，SMARCE1 促進 SWI/SNF 複合體與 SRC/p160 家族組蛋白乙醯轉移酶共同活化雌激素反應啟動子，並可與 CoREST 核心抑制因子作用，在非神經細胞中抑制神經元特異性基因啟動子。 | 推論支持 | 證據與來源Involved in transcriptional activation and repression of select genes by chromatin remodeling (alteration of DNA-nucleosome topology). Component of SWI/SNF chromatin remodeling complexes that carry out key enzymatic activities, changing chromatin structure by altering DNA-histone contacts within a nucleosome in an ATP-dependent manner. Belongs to the neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) and the neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex). During neural development a switch from a stem/progenitor to a postmitotic chromatin remodeling mechanism occurs as neurons exit the cell cycle and become committed to their adult state. The transition from proliferating neural stem/progenitor cells to postmitotic neurons requires a switch in subunit composition of the npBAF and nBAF complexes. As neural progenitors exit mitosis and differentiate into neurons, npBAF complexes which contain ACTL6A/BAF53A and PHF10/BAF45A, are exchanged for homologous alternative ACTL6B/BAF53B and DPF1/BAF45B or DPF3/BAF45C subunits in neuron-specific complexes (nBAF). The npBAF complex is essential for the self-renewal/proliferative capacity of the multipotent neural stem cells. The nBAF complex along with CREST plays a role regulating the activity of genes essential for dendrite growth (By similarity). Required for the coactivation of estrogen responsive promoters by SWI/SNF complexes and the SRC/p160 family of histone acetyltransferases (HATs). Also specifically interacts with the CoREST corepressor resulting in repression of neuronal specific gene promoters in non-neuronal cells PMID 12672490 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 交互作用 | SMARCE1 是多蛋白質染色質重塑複合體的組成成分，包括 SWI/SNF-A（BAF）、SWI/SNF-B（PBAF）及相關複合體。典型複合體包含 SMARCA4 或 SMARCA2 等催化次單元，並至少含 SMARCE1、ACTL6A、SMARCC1、SMARCC2 與 SMARCB1；其他次單元可依發育階段與組織而異。SMARCE1 也列於 BAF、神經前驅細胞 npBAF 與神經元 nBAF 複合體的組成中；肌肉細胞的 BAF 複合體另含 DPF3。它可能是 PBAF 複合體成分。互作方面，SMARCE1 與 BRDT、SRC/p160 家族組蛋白乙醯轉移酶 NCOA1、NCOA2、NCOA3、RCOR1/CoREST、NR3C1 及 ZMIM2/ZIMP7 有關；其中對 PBAF 的組成描述帶有可能性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the multiprotein chromatin-remodeling complexes SWI/SNF: SWI/SNF-A (BAF), SWI/SNF-B (PBAF) and related complexes. The canonical complex contains a catalytic subunit (either SMARCA4/BRG1/BAF190A or SMARCA2/BRM/BAF190B), and at least SMARCE1, ACTL6A/BAF53, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, and SMARCB1/SNF5/BAF47. Other subunits specific to each of the complexes may also be present permitting several possible combinations developmentally and tissue specific. Component of the BAF complex, which includes at least actin (ACTB), ARID1A/BAF250A, ARID1B/BAF250B, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, ACTL6A/BAF53, ACTL6B/BAF53B, SMARCE1/BAF57, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, SMARCB1/SNF5/INI1, and one or more SMARCD1/BAF60A, SMARCD2/BAF60B, or SMARCD3/BAF60C. In muscle cells, the BAF complex also contains DPF3. Component of neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, PHF10/BAF45A, ACTL6A/BAF53A and actin. Component of neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, DPF1/BAF45B, DPF3/BAF45C, ACTL6B/BAF53B and actin. May be a component of the SWI/SNF-B (PBAF) chromatin remodeling complex, at least composed of SMARCA4/BRG1, SMARCB1/BAF47/SNF5, ACTL6A/BAF53A or ACTL6B/BAF53B, SMARCE1/BAF57, SMARCD1/BAF60A, SMARCD2/BAF60B, perhaps SMARCD3/BAF60C, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, PBRM1/BAF180, ARID2/BAF200 and actin (ACTB). Interacts with BRDT (By similarity). Also binds to the SRC/p160 family of histone acetyltransferases (HATs) composed of NCOA1, NCOA2, and NCOA3. Interacts with RCOR1/CoREST, NR3C1 and ZMIM2/ZIMP7 PMID 12192000 ↗ · PMID 12917342 ↗ · PMID 16051670 ↗ · PMID 18765789 ↗ · PMID 12672490 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 細胞定位 | SMARCE1 位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | SMARCE1 的變異與腦膜瘤易感性相關。腦膜瘤是源自蛛網膜細胞的中樞神經系統腫瘤，多數為分化良好的血管性腫瘤、生長緩慢且侵襲性低，但也有惡性亞型。大多數病例為散發性，家族性病例少見；此處描述的是易感性關聯，並非指出所有病例均由 SMARCE1 變異造成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Meningioma MNGMA A common neoplasm of the central nervous system derived from arachnoidal cells. The majority of meningiomas are well differentiated vascular tumors which grow slowly and have a low potential to be invasive, although malignant subtypes occur. Most cases are sporadic. Familial occurrence of meningioma is rare. Disease susceptibility is associated with variants affecting the gene represented in this entry MIM: 607174 PMID 23377182 ↗ · PMID 25249420 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SMARCE1 的變異可造成 Coffin-Siris syndrome 5。Coffin-Siris syndrome 是先天性多重畸形症候群，表型與遺傳組成具有廣泛差異；典型特徵包括智能障礙、粗獷面容、多毛，以及第五指趾甲或指趾骨發育不全或缺失。其他可能表現包括心臟、胃腸、泌尿生殖或中樞神經系統畸形，也常見吸吮或餵食困難、生長不良、眼科異常、聽力受損及脊椎異常。曾報告常染色體顯性與常染色體隱性遺傳模式。 | 含實驗來源 | 證據與來源Coffin-Siris syndrome 5 CSS5 A form of Coffin-Siris syndrome, a congenital multiple malformation syndrome with broad phenotypic and genetic variability. Cardinal features are intellectual disability, coarse facial features, hypertrichosis, and hypoplastic or absent fifth digit nails or phalanges. Additional features include malformations of the cardiac, gastrointestinal, genitourinary, and/or central nervous systems. Sucking/feeding difficulties, poor growth, ophthalmologic abnormalities, hearing impairment, and spinal anomalies are common findings. Both autosomal dominant and autosomal recessive inheritance patterns have been reported. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 616938 PMID 22426308 ↗ · PMID 23906836 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CAAAGGGAAGCGAAGCCGGAGCTGCGGGCGCTTTTTCTGC40CCGCGGTGTCTCAGATTCATTCTTAAGGAACTGAGAACTT80AATCTTCCAAAATGTCAAAAAGACCATCTTATGCCCCACC120TCCCACCCCAGCTCCTGCAACACAAATGCCCAGCACACCA160GGGTTTGTGGGATACAATCCATACAGTCATCTCGCCTACA200ACAACTACAGGCTGGGAGGGAACCCGGGCACCAACAGCCG240GGTCACGGCATCCTCTGGTATCACGATTCCAAAACCCCCA280AAGCCACCAGATAAGCCGCTGATGCCCTACATGAGGTACA320GCAGAAAGGTCTGGGACCAAGTAAAGGCTTCCAACCCTGA360CCTAAAGTTGTGGGAGATTGGCAAGATTATTGGTGGCATG400TGGCGAGATCTCACTGATGAAGAAAAACAAGAATATTTAA440ACGAATACGAAGCAGAAAAGATAGAGTACAATGAATCTAT480GAAGGCCTATCATAATTCCCCCGCGTACCTTGCTTACATA520AATGCAAAAAGTCGTGCAGAAGCTGCTTTAGAGGAAGAAA560GTCGACAGAGACAATCTCGCATGGAGAAAGGAGAACCGTA600CATGAGCATTCAGCCTGCTGAAGATCCAGATGATTATGAT640GATGGCTTTTCAATGAAGCATACAGCCACCGCCCGTTTCC680AGAGAAACCACCGCCTCATCAGTGAAATTCTTAGTGAGAG720TGTGGTGCCAGACGTTCGGTCAGTTGTCACAACAGCTAGA760ATGCAGGTCCTCAAACGGCAGGTCCAGTCCTTAATGGTTC800ATCAGCGAAAACTAGAAGCTGAACTTCTTCAAATAGAGGA840ACGACACCAGGAGAAGAAGAGGAAATTCCTGGAAAGCACA880GATTCATTTAACAATGAACTTAAAAGGTTGTGCGGTCTGA920AAGTAGAAGTGGATATGGAGAAAATTGCAGCTGAGATTGC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。