基因總覽
SMARCD1 的正式名稱為 SWI/SNF related BAF chromatin remodeling complex subunit D1，屬於 SMARCD 蛋白質家族。它是 SWI/SNF 染色質重塑複合體的組成次單元之一；這類複合體包含多種可變次單元，並具有 ATP 依賴性的染色質重塑活性。SMARCD1 也出現在神經前驅細胞與神經元特異的 BAF 複合體中。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394963 ★ | 50,085,342–50,100,707 | 13 |
| ENST00000381513 | 50,085,200–50,101,870 | 12 |
| ENST00000879708 | 50,085,200–50,101,870 | 10 |
| ENST00000915404 | 50,085,200–50,100,704 | 13 |
| ENST00000915405 | 50,085,200–50,101,870 | 13 |
| ENST00000915406 | 50,085,200–50,101,870 | 11 |
| ENST00000915407 | 50,085,200–50,101,870 | 12 |
| ENST00000915408 | 50,085,200–50,101,870 | 13 |
| ENST00000915409 | 50,085,200–50,101,870 | 13 |
| ENST00001137816 | 50,085,200–50,101,870 | 13 |
| ENST00000551966 | 50,085,325–50,090,326 | 7 |
| ENST00000550477 | 50,085,328–50,090,566 | 7 |
顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SMARCD1 參與 SWI/SNF 染色質重塑複合體對特定基因的轉錄活化或抑制。這些複合體透過 ATP 依賴性的作用改變核小體內 DNA 與組蛋白的接觸，進而調整 DNA－核小體的拓樸狀態，影響染色質結構與基因轉錄。
在神經發育中，神經前驅細胞特異的 npBAF 與神經元特異的 nBAF 複合體，會隨細胞由增殖狀態轉為退出細胞週期並分化為神經元而改變次單元組成。前驅細胞中的 npBAF 含有 ACTL6A/BAF53A 與 PHF10/BAF45A；分化過程中，這些次單元會由相應的替代次單元取代，包括 ACTL6B/BAF53B，以及 DPF1/BAF45B 或 DPF3/BAF45C。npBAF 對多能神經幹細胞的自我更新與增殖能力至關重要；nBAF 則與 CREST 一同參與調節對樹突生長必要的基因活性，此項作用為相似性推定。
SMARCD1 也會影響維生素 D 所介導的轉錄活性，特別是由增強子上的 vitamin D receptor element（VDRE）所驅動的活性；它可能連結哺乳類 SWI-SNF 類染色質重塑複合體與 VDR 異源二聚體。另有資料指出，SMARCD1 介導核受體與 BRG1/SMARCA4 染色質重塑複合體之間的重要互作，支持核受體促進轉錄活化。SMARCD1 與 AKIRIN2 的互作則屬於相似性推定。
Promoter 與基因調控
>SMARCD1 ENST00000394963 GRCh38 chr12:50084342-50085442 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCCCATCCCTATTTTTTAATATTTAAAAAAAAAAAAATCTGAGGCCAGGCACAATGGCTCACACCTGTA ATCCCAGCATTTTGGGAGGCTGAGGAGCACAGATCGCTTGAGCTCAGGAGTTCGAGACCAACCTGGGCAA CATGGCGAAACCCCATCCCTACCAAAAATACAAAACAGTCTGGCATGGTGGTGCATGCCTGTGGTCCCAG CTACTTGGTAGGCTGAGTTGGGAGGATCACTTGAGCCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATGGT GCCACTGCACTCCAGCTTGGGCGAGAGAGAGACAGACCTCATCTAAAAAAAAATAAAAAATAAAAAATAA TAATCCGGAAGCAGGTTAGGTCAGAGAGAAAGTTAGGATGAAGTTCCCACGTGAGGTACTTATTGAGGCA CTTTATCTGTGGAATGAGTCCCGGGCTATGAGCAAGGGTATCTGGAATCTTGGCTTCGGCTTTATGGCTA ACTTGCTGGTTGACCTTTGCCAAGTCATTCACCTGTGAGTTCAGCTTTCCCATTTGTAAAATGGAATAAA CTGTGTTTCCCTCCTCAGCCCCTGATAGTTATAGCAGTAAGAAAACGAAACGAAAAGCAGTCAAAGCGTT TTGGAAAGTTAACGCCATGCGCCAAGATGAAGCTATTACTCCAAGCCCCTCTTCATCAGAGGGCTCGAGT TGGGGTTGAGACTGGGGCTGAGGCTGTGGTCCGTCCCCCTTTCCAGGTCCTTGTCTTCCTCCCGTCGGCC TGGGGGCGCCCGCTCACGCGGCCTCTCTATTGCAGAGCTCTTCTCTATGGTTTTCCCTCCCGGACCGTGA AGGCGGGAGGGCGTGGCCAGCACGCCTTTTCCGCTAGTCGCCCCGCTCTATCCCATAGTCTCGCTGCCCT GAGCCTCCCGTGCCGGCCGGCCGGCCGGGGGAACAGGCGGGCGCTCGGGGGGCGCTCGGGGGGCGGGGGG AGTTCCGGTTCCGGTTCTTTGTGCGGCTGCATCGGCGGCTCCGGGAAGATGGCGGCCCGGGCGGGTTTCC AGTCTGTGGCTCCAAGCGGCGGCGCCGGAGCCTCAGGAGGGGCGGGCGCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SMARCD1_2 ↗ | 12:50,085,236 | 正股 | 50,085,187–50,085,246 |
| SMARCD1_1 ↗ | 12:50,085,342 | 正股 | 50,085,293–50,085,352 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR12_BCXD4 · promoter · 50084710–50085352 · regulatory
ENSR12_5FR47N · CTCF_binding_site · 50086437–50086458 · regulatory
ENSR12_9PTR4 · promoter · 50087987–50088245 · regulatory
ENSR12_5FR4LK · CTCF_binding_site · 50088782–50088803 · regulatory
· motif · 50081065–50081072 · motif
· motif · 50081074–50081081 · motif
· motif · 50081360–50081369 · motif
· motif · 50081360–50081369 · motif
· motif · 50082793–50082807 · motif
· motif · 50082794–50082807 · motif
· motif · 50084638–50084649 · motif
· motif · 50084838–50084850 · motif
· motif · 50084841–50084848 · motif
· motif · 50085120–50085133 · motif
· motif · 50085321–50085330 · motif
· motif · 50085368–50085378 · motif
· motif · 50085500–50085513 · motif
· motif · 50085637–50085650 · motif
· motif · 50085637–50085650 · motif
· motif · 50085736–50085749 · motif
· motif · 50085736–50085749 · motif
· motif · 50086433–50086447 · motif
· motif · 50086433–50086447 · motif
· motif · 50086439–50086455 · motif
· motif · 50087358–50087369 · motif
· motif · 50088551–50088564 · motif
· motif · 50088565–50088578 · motif
· motif · 50088784–50088800 · motif
· motif · 50089128–50089137 · motif
· motif · 50089128–50089137 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：515 aa
SMARCD1 長 515 個胺基酸，屬於 SMARCD 家族。其第 290–367 位胺基酸為 SWIB/MDM2 結構域；第 1–103 位被註記為無序區。第 43–167 位與 ESR1、NR1H4、NR3C1、PGR 及 SMARCA4 的互作相關，第 168–474 位則與 SMARCC1、SMARCC2 的互作相關。第 180–515 位區域對 NR3C1 介導的染色質重塑與轉錄，以及 NR3C1 在體內與 BRG1/SMARCA4 複合體互作，具有必要性。
蛋白質三維結構
細胞內定位
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 128 個夥伴
- ABI1Q8IZP0-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABI3Q9P2A4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACTMAPQ5BKX5-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ADAT2Q7Z6V5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AIRIMQ9NX04 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD23Q86SG2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKRD49Q8WVL7 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ARMC10Q8N2F6-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARRDC3Q96B67 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- BAG6P46379-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCAS2O75934 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEND5Q7L4P6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BEX3Q00994 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BLOC1S5Q8TDH9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRWD1Q9NSI6-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CALCOCO2Q13137 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC102BQ68D86 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC197Q8NCU1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDR2Q01850 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CEACAM6P40199 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COG6Q9Y2V7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COL1A2P08123 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- COL26A1Q96A83-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SMARCD1 是多種 SWI/SNF 複合體的組成次單元，包括 BAF、PBAF、npBAF、nBAF 與 GBAF；各複合體的次單元組合可因類型、發育階段或組織而異。除複合體組成關係外，SMARCD1 也與 VDR 異源二聚體、ESR1、NR3C1、NR1H4、PGR、SMARCA4、SMARCC1、SMARCC2 及 DPF2 有互作記錄。它與 HDGFL2 的互作依賴 DPF3a；另有與 DPF3a、FOS、FOSB、FOSL1、FOSL2 的互作記錄，其中部分屬相似性推定。
疾病與遺傳關聯
SMARCD1 的變異與 Coffin-Siris syndrome 11（CSS11）相關；資料將此疾病描述為常染色體顯性形式。其特徵包括發育遲緩、智能障礙、肌張力低下、餵食困難，以及手足較小。Coffin-Siris syndrome 是具有廣泛表型與遺傳差異的先天多重畸形症候群，常見特徵還包括粗獷面容、多毛，以及第五指指甲或指骨發育不全或缺失；此關聯不應解讀為未限定條件下的因果主張。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SMARCD1 參與 SWI/SNF 染色質重塑複合體對特定基因的轉錄活化與抑制，複合體以 ATP 依賴方式改變核小體內 DNA－組蛋白接觸。它也屬於 npBAF 與 nBAF；神經前驅細胞分化為神經元時，複合體次單元會轉換。npBAF 支持神經幹細胞自我更新與增殖，nBAF 與 CREST 參與調節樹突生長相關基因。SMARCD1 亦影響 VDRE 所介導的維生素 D 轉錄活性，並介導核受體與 BRG1/SMARCA4 的互作；其與 AKIRIN2 的互作為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Involved in transcriptional activation and repression of select genes by chromatin remodeling (alteration of DNA-nucleosome topology). Component of SWI/SNF chromatin remodeling complexes that carry out key enzymatic activities, changing chromatin structure by altering DNA-histone contacts within a nucleosome in an ATP-dependent manner. Belongs to the neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) and the neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex). During neural development a switch from a stem/progenitor to a postmitotic chromatin remodeling mechanism occurs as neurons exit the cell cycle and become committed to their adult state. The transition from proliferating neural stem/progenitor cells to postmitotic neurons requires a switch in subunit composition of the npBAF and nBAF complexes. As neural progenitors exit mitosis and differentiate into neurons, npBAF complexes which contain ACTL6A/BAF53A and PHF10/BAF45A, are exchanged for homologous alternative ACTL6B/BAF53B and DPF1/BAF45B or DPF3/BAF45C subunits in neuron-specific complexes (nBAF). The npBAF complex is essential for the self-renewal/proliferative capacity of the multipotent neural stem cells. The nBAF complex along with CREST plays a role regulating the activity of genes essential for dendrite growth (By similarity). Has a strong influence on vitamin D-mediated transcriptional activity from an enhancer vitamin D receptor element (VDRE). May be a link between mammalian SWI-SNF-like chromatin remodeling complexes and the vitamin D receptor (VDR) heterodimer. Mediates critical interactions between nuclear receptors and the BRG1/SMARCA4 chromatin-remodeling complex for transactivation. Interacts with AKIRIN2 (By similarity) PMID 12917342 ↗ · PMID 14698202 ↗ · PMID 29374058 ↗ · PMID 8804307 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 交互作用 | SMARCD1 是 BAF、PBAF 等 SWI/SNF 複合體的次單元，也出現在 npBAF、nBAF 與 GBAF；不同複合體具有可變的次單元組合，且 BAF 在肌肉細胞另含 DPF3。除參與複合體外，SMARCD1 與 VDR 異源二聚體、ESR1、NR3C1、NR1H4、PGR、SMARCA4、SMARCC1、SMARCC2、DPF2 及 DPF3a 有互作記錄；與 HDGFL2 的互作依賴 DPF3a。另有與 FOS、FOSB、FOSL1、FOSL2 的互作記錄，其中標示為相似性推定的內容須保留其證據限制。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the multiprotein chromatin-remodeling complexes SWI/SNF: SWI/SNF-A (BAF), SWI/SNF-B (PBAF) and related complexes. The canonical complex contains a catalytic subunit (either SMARCA4/BRG1/BAF190A or SMARCA2/BRM/BAF190B), and at least SMARCE1, ACTL6A/BAF53, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, and SMARCB1/SNF5/BAF47. Other subunits specific to each of the complexes may also be present permitting several possible combinations developmentally and tissue specific. Component of the BAF complex, which includes at least actin (ACTB), ARID1A/BAF250A, ARID1B/BAF250B, SMARCA2/BRM, SMARCA4/BRG1/BAF190A, ACTL6A/BAF53, ACTL6B/BAF53B, SMARCE1/BAF57, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, SMARCB1/SNF5/INI1, and one or more SMARCD1/BAF60A, SMARCD2/BAF60B, or SMARCD3/BAF60C. In muscle cells, the BAF complex also contains DPF3. Component of neural progenitors-specific chromatin remodeling complex (npBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, PHF10/BAF45A, ACTL6A/BAF53A and actin. Component of neuron-specific chromatin remodeling complex (nBAF complex) composed of at least, ARID1A/BAF250A or ARID1B/BAF250B, SMARCD1/BAF60A, SMARCD3/BAF60C, SMARCA2/BRM/BAF190B, SMARCA4/BRG1/BAF190A, SMARCB1/BAF47, SMARCC1/BAF155, SMARCE1/BAF57, SMARCC2/BAF170, DPF1/BAF45B, DPF3/BAF45C, ACTL6B/BAF53B and actin (By similarity). Component of the SWI/SNF-B (PBAF) chromatin remodeling complex, at least composed of SMARCA4/BRG1, SMARCB1/BAF47/SNF5, ACTL6A/BAF53A or ACTL6B/BAF53B, SMARCE1/BAF57, SMARCD1/BAF60A, SMARCD2/BAF60B, perhaps SMARCD3/BAF60C, SMARCC1/BAF155, SMARCC2/BAF170, PBRM1/BAF180, ARID2/BAF200 and actin (ACTB). Component of SWI/SNF (GBAF) subcomplex, which includes at least BICRA or BICRAL (mutually exclusive), BRD9, SS18, SMARCA2/BRM, SMARCA4/BRG1/BAF190A, ACTL6A/BAF53, SMARCC1/BAF155, and SMARCD1/BAF60A. Specifically interacts with the VDR heterodimer complex. Interacts with ESR1, NR3C1, NR1H4, PGR, SMARCA4, SMARCC1 and SMARCC2. Interacts with DPF2. Interacts with DPF3a (isoform 2 of DPF3/BAF45C) and with HDGFL2 in a DPF3a-dependent manner. Interacts with FOS, FOSB isoform 1 and 2, FOSL1 and FOSL2 (By similarity) PMID 12917342 ↗ · PMID 14698202 ↗ · PMID 18765789 ↗ · PMID 20460684 ↗ · PMID 29374058 ↗ · PMID 30879640 ↗ · PMID 32459350 ↗ · PMID 8895581 ↗ · PMID 22952240 ↗ · PMID 26601204 ↗ |
| 細胞定位 | SMARCD1 位於細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | SMARCD1 變異與常染色體顯性的 Coffin-Siris syndrome 11（CSS11）相關，患者可有發育遲緩、智能障礙、肌張力低下、餵食困難及手足較小。Coffin-Siris syndrome 是表型與遺傳表現多樣的先天多重畸形症候群，其他常見特徵包括粗獷面容、多毛、第五指指甲或指骨發育不全或缺失，並可能伴隨多系統異常；來源描述為變異相關疾病。 | 含實驗來源 | 證據與來源Coffin-Siris syndrome 11 CSS11 A form of Coffin-Siris syndrome, a congenital multiple malformation syndrome with broad phenotypic and genetic variability. Cardinal features are intellectual disability, coarse facial features, hypertrichosis, and hypoplastic or absent fifth digit nails or phalanges. Additional features include malformations of the cardiac, gastrointestinal, genitourinary, and/or central nervous systems. Sucking/feeding difficulties, poor growth, ophthalmologic abnormalities, hearing impairment, and spinal anomalies are common findings. CSS11 is an autosomal dominant form characterized by developmental delay, intellectual disability, hypotonia, feeding difficulties, and small hands and feet. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618779 PMID 30879640 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTGCGGCTGCATCGGCGGCTCCGGGAAGATGGCGGCCCGG40GCGGGTTTCCAGTCTGTGGCTCCAAGCGGCGGCGCCGGAG80CCTCAGGAGGGGCGGGCGCGGCTGCTGCCTTGGGCCCGGG120CGGAACTCCGGGGCCTCCTGTGCGAATGGGCCCGGCTCCG160GGTCAAGGGCTGTACCGCTCCCCGATGCCCGGAGCGGCCT200ATCCGAGACCAGGTATGTTGCCAGGCAGCCGAATGACACC240TCAGGGACCTTCCATGGGACCCCCTGGCTATGGGGGGAAC280CCTTCAGTCCGACCTGGCCTGGCCCAGTCAGGGATGGATC320AGTCCCGCAAGAGACCTGCCCCTCAGCAGATCCAGCAGGT360CCAGCAGCAGGCGGTCCAAAATCGAAACCACAATGCAAAG400AAAAAGAAGATGGCTGACAAAATTCTACCTCAAAGGATTC440GTGAACTGGTACCAGAATCCCAGGCCTATATGGATCTCTT480GGCTTTTGAAAGGAAACTGGACCAGACTATCATGAGGAAA520CGGCTAGATATCCAAGAGGCCTTGAAACGTCCCATCAAGC560AAAAACGGAAGCTGCGAATTTTCATTTCTAACACTTTCAA600TCCGGCTAAGTCAGATGCCGAGGATGGGGAAGGGACGGTG640GCTTCCTGGGAGCTTCGGGTAGAAGGACGGCTCCTGGAGG680ATTCAGCCTTGTCCAAATATGATGCCACTAAACAAAAGAG720GAAGTTCTCTTCCTTTTTTAAGTCCTTGGTGATTGAACTG760GACAAAGACCTGTATGGGCCAGACAACCATCTGGTAGAAT800GGCACAGGACCGCCACTACCCAGGAGACCGATGGCTTTCA840GGTGAAGCGGCCGGGAGACGTGAATGTACGGTGTACTGTC880CTACTGATGCTGGATTACCAGCCTCCCCAGTTTAAATTAG920ACCCCCGCCTAGCTCGACTCCTGGGCATCCATACCCAGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。