基因總覽
SMARCA1 是蛋白質編碼基因，其產物 SNF2 related chromatin remodeling ATPase 1 屬於 SNF2/RAD54 helicase family 的 ISWI subfamily。此蛋白是 ISWI 染色質重塑複合體的催化次單元；不同複合體組成會影響其催化活性與重塑特性。蛋白質含有 Helicase ATP-binding 與 Helicase C-terminal 結構域，另有兩個 SANT 結構域；這些區域構成其可辨識的結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000371121 ★ | 129,446,506–129,523,490 | 25 |
| ENST00001000595 | 129,446,402–129,523,596 | 25 |
| ENST00001000594 | 129,446,404–129,523,596 | 24 |
| ENST00000371123 | 129,446,501–129,523,596 | 24 |
| ENST00000856439 | 129,446,501–129,523,596 | 23 |
| ENST00000856440 | 129,446,501–129,523,596 | 11 |
| ENST00000856441 | 129,446,501–129,523,596 | 23 |
| ENST00000856442 | 129,446,501–129,523,596 | 24 |
| ENST00000931469 | 129,446,501–129,523,947 | 26 |
| ENST00000931470 | 129,446,501–129,523,596 | 24 |
| ENST00000931471 | 129,446,501–129,523,596 | 23 |
| ENST00000931472 | 129,446,501–129,523,596 | 24 |
顯示 12/42 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SMARCA1 具有內在的 ATP 依賴性染色質重塑活性，能水解 ATP；其 ATPase 活性會隨受質而變，在核小體作為受質時較高，但單獨以 DNA 作為受質時仍可催化。作為 ISWI 染色質重塑複合體的催化次單元，SMARCA1 可使染色質形成排列有序的核小體陣列，並協助 DNA 在複製、轉錄與修復等以 DNA 為模板的過程中被接觸。
在複合體內，SMARCA1 可將位於 DNA 模板邊緣或中央的 histone octamer 從原位置滑移。其催化活性與滑移特性受複合體成分調節，不同組成帶來不同結果：含 BAZ1A、BAZ1B、BAZ2A 或 BAZ2B 的複合體可調整核小體間距，也能將單核小體滑移至 DNA 模板中央；含 CECR2 或 RSF1 的複合體則不具備將單核小體滑至中央的能力。於 NURF-1 與 CERF-1 複合體中，核小體是 ATPase 活性的偏好受質。
在 NURF-1 複合體中，SMARCA1 會結合 En1 與 En2 的啟動子，正向調節兩者表現，並促進腦部發育。來源亦指出它可能促進神經突起生長，並可能參與黃體細胞發育；這些作用以可能性表述。另有研究指出，SMARCA1 可在 DNA 複製期間促進核小體組裝，協助複製叉前進，並藉由避免複製壓力與新生 DNA 缺口來維持基因組穩定性。
SMARCA1 的功能並非在所有複合體中都呈現活性。當它處於特定催化失活複合體時，無論 DNA 或核小體作為受質，都不具催化活性，也不進行染色質重塑；這類複合體可使染色質重塑因子形成失活組合，因而對重塑作用產生負向調節。
Promoter 與基因調控
>SMARCA1 ENST00000371121 GRCh38 chrX:129523390-129524490 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CAACATAATAAACATCAGTTTCATTTATGTTGCTGCAAATGACATTTCATTCTTTTTTATGGCTACATAG TATTCCATTGTGTATACAGACCACATTTTCCTTAACCATTCACCTGCTGATGGACACTGATTGATTCTGT ATCACGAAATGATTTTATATCCATGATCATTCATATTATGTGTTGTATTATTACCAAATAATAATGGAGG TGCAAATAGAACCTGTGCCAAAAAATCACAGTAATTCATTTCAATTGCTAATATTGAGTGCCTACCACAT GTTGCCCCAGGTTCGGTGGGTAACCTTGTCCCCTAGGAATTTAAAAATGCAGTGGTGAAGGTAAGAGAAG TGTTCCTGCACATTGGCTACCTGAGAGGTACCAGAGGTGAAAATAGAGCAAATATACGTAAAACTTGAGA GTCAGACTTTGCCTTGTAAGTGAATGTGTTTGCAGCTGCAATCAAGAGATTCAAGGAGTGCTTCTCTTTG TGCAGAATTTAGGAAGGTGGAAACAGCACCGCTAATCCTACCTCTTTAGGGATCCGGGAAAGGGCAGTCC CAGAGGGGTTCCGCGCTTTGCAAATGGTGAAAAAGACCTTCTACAGTACAGTTAGGAGCAGAGGAAAAGT TCTTTGTGCAAGAAGGGGAGAGCGCCCCGAGGTACAAAGAGCAGATTTAAGGGAAAGAGGATTCGTTCTG CACGCATCTGCGAGGGGAGCTCAGGCTCACTGTTGGGGGCGTGTGGGAAAGGAGATTTTCAGGGGGCCGC GAGTTGTGGGTTCCCGCCTCCACCCCTGTCCGCGCCCCACACTCAGGCAACAGTTGGTCGTGCGGGGCCG GCCCGGGCTCTGGGTGGGGAAGGGGAGTCTCGCGATCGTTGAGGGGGGGGGGGTGGAGGAAGGGGGGAGA GTGACGGGGGGAGGCCATGACGTAGGGTGGGTGGACGGAAGTGGGGCAGGGTTGAGGGTTATTTAAAGAA GGGGGGGCCTGAGCGAAGGGGTTGGAAGCGGAGTGATTCCCCACCCCTGCTCCATCTAGCTCTTTCCAGT GCAGCCACTGCCGCCGCCCAGGAGCCCTCGTCCCCTGCCTTGTCCCCCTAC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SMARCA1_1 ↗ | X:129,523,490 | 負股 | 129,523,480–129,523,539 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_535GK2K · CTCF_binding_site · 129523000–129523021 · regulatory
ENSRX_535GK4L · CTCF_binding_site · 129523445–129523466 · regulatory
ENSRX_85RS5Q · promoter · 129523475–129523649 · regulatory
ENSRX_93WF3Z · enhancer · 129523650–129524101 · regulatory
ENSRX_85RS6Q · enhancer · 129525187–129525422 · regulatory
· motif · 129523002–129523018 · motif
· motif · 129523447–129523463 · motif
· motif · 129523817–129523831 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1042 aa
SNF2 related chromatin remodeling ATPase 1 長 1042 個胺基酸，屬於 SNF2/RAD54 helicase family 的 ISWI subfamily。其註解結構域包括 Helicase ATP-binding、Helicase C-terminal，以及兩個 SANT 結構域；另有一個 DEAH box motif。序列中也標示數段無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SMARCA1 定位於細胞核與染色體。 來源未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Chromosome。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- BAZ1BQ9UIG0 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BPTFQ12830 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- CECR2Q9BXF3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SMARCA1 可能形成同源二聚體，並參與多種 ISWI 複合體，包括 ACF-1、WICH-1、NoRC-1、BRF-1、NURF-1、CERF-1 與 RSF-1；其中分別有與 BAZ1A、BAZ1B/WSTF、BAZ2A/TIP5、BAZ2B、BPTF、RBBP4、RBBP7、CECR2 或 RSF1 的互作紀錄。SMARCA1 與 BAZ1A 的直接互作亦有記載。它也與 PRLR 及 ERCC6 互作。另有由 SMARCA1 與 BPTF、RBBP4、RBBP7，或與 BAZ1A、BAZ1B 組成的催化失活複合體；這些複合體不進行染色質重塑。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SMARCA1 是具有內在 ATP 依賴性染色質重塑活性的 ATPase；其活性依受質而異，以核小體為受質時增加，但以 DNA 單獨作為受質時仍具催化活性。作為 ISWI 複合體催化次單元，它參與核小體排列與滑移，複合體成分會決定活性及滑移特性。它在 NURF-1 中可正向調節 En1、En2 表現並促進腦部發育；也可能促進神經突起生長、參與黃體細胞發育。另可促進 DNA 複製期間的核小體組裝，協助複製叉前進並維持基因組穩定。 | 含實驗來源 | 證據與來源ATPase that possesses intrinsic ATP-dependent chromatin-remodeling activity. ATPase activity is substrate-dependent, and is increased when nucleosomes are the substrate, but is also catalytically active when DNA alone is the substrate. Catalytic subunit of ISWI chromatin-remodeling complexes, which form ordered nucleosome arrays on chromatin and facilitate access to DNA during DNA-templated processes such as DNA replication, transcription, and repair. Within the ISWI chromatin-remodeling complexes, slides edge- and center-positioned histone octamers away from their original location on the DNA template. Catalytic activity and histone octamer sliding propensity is regulated and determined by components of the ISWI chromatin-remodeling complexes. The BAZ1A-, BAZ1B-, BAZ2A- and BAZ2B-containing ISWI chromatin-remodeling complexes regulate the spacing of nucleosomes along the chromatin and have the ability to slide mononucleosomes to the center of a DNA template. The CECR2- and RSF1-containing ISWI chromatin-remodeling complexes do not have the ability to slide mononucleosomes to the center of a DNA template. Within the NURF-1 and CERF-1 ISWI chromatin remodeling complexes, nucleosomes are the preferred substrate for its ATPase activity. Within the NURF-1 ISWI chromatin-remodeling complex, binds to the promoters of En1 and En2 to positively regulate their expression and promote brain development. May promote neurite outgrowth. May be involved in the development of luteal cells. Facilitates nucleosome assembly during DNA replication, ensuring replication fork progression and genomic stability by preventing replication stress and nascent DNA gaps PMID 14609955 ↗ · PMID 15310751 ↗ · PMID 15640247 ↗ · PMID 16740656 ↗ · PMID 28801535 ↗ · PMID 39413208 ↗ |
| 功能 | 在 DNA 或核小體作為受質時，SMARCA1 所處的此類複合體均無催化活性，也不具染色質重塑活性。這類複合體可使染色質重塑因子形成失活組合，因而對染色質重塑因子具有負向調節作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源Catalytically inactive when either DNA or nucleosomes are the substrate and does not possess chromatin-remodeling activity. Acts as a negative regulator of chromatin remodelers by generating inactive complexes PMID 15310751 ↗ · PMID 28801535 ↗ |
| 分子活性 | ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) | 含實驗來源 | 證據與來源ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) PMID 14609955 ↗ · PMID 15310751 ↗ · PMID 15640247 ↗ · PMID 28801535 ↗ · PMID 39413208 ↗ |
| 交互作用 | SMARCA1 可能形成同源二聚體，並參與 ACF-1、WICH-1、NoRC-1、BRF-1、NURF-1、CERF-1 與 RSF-1 等 ISWI 複合體。來源記載它在各複合體中與相應成分互作，包括 BAZ1A、BAZ1B/WSTF、BAZ2A/TIP5、BAZ2B、BPTF、RBBP4、RBBP7、CECR2 與 RSF1，其中與 BAZ1A 的互作為直接互作。SMARCA1 另與 PRLR、ERCC6 互作。LUZP1 在胚胎幹細胞中被檢出為 CERF-1 複合體成分，可能參與複合體穩定；在睪丸中則未檢出。 | 含實驗來源 | 證據與來源May form homodimers. Component of the ACF-1 ISWI chromatin remodeling complex at least composed of SMARCA1 and BAZ1A, which regulates the spacing of histone octamers on the DNA template to facilitate access to DNA. Within the complex interacts with BAZ1A; the interaction is direct. Component of the WICH-1 ISWI chromatin remodeling complex at least composed of SMARCA1 and BAZ1B/WSTF. Within the complex interacts with BAZ1B/WSTF. Component of the NoRC-1 ISWI chromatin remodeling complex at least composed of SMARCA1 and BAZ2A/TIP5. Within the complex interacts with BAZ2A/TIP5. Component of the BRF-1 ISWI chromatin remodeling complex at least composed of SMARCA1 and BAZ2B. Within the complex interacts with BAZ2B. Component of the NURF-1 ISWI chromatin remodeling complex (also called the nucleosome-remodeling factor (NURF) complex) at least composed of SMARCA1, BPTF, RBBP4 and RBBP7. Within the complex interacts with BPTF. Within the complex interacts with RBBP4 and RBBP7. Component of the CERF-1 ISWI chromatin remodeling complex (also called the CECR2-containing-remodeling factor (CERF) complex) at least composed of CECR2 and SMARCA1. LUZP1 is detected as part of the CERF-1 complex in embryonic stem cells where it is involved in complex stabilization but is not detected in the complex in the testis (By similarity). Component of the RSF-1 ISWI chromatin remodeling complex at least composed of SMARCA1 and RSF1. Within the complex interacts with RSF1. Interacts with PRLR. Interacts with ERCC6 PMID 14609955 ↗ · PMID 15310751 ↗ · PMID 15640247 ↗ · PMID 28801535 ↗ |
| 交互作用 | SMARCA1 可能形成同源二聚體。它可與 BPTF、RBBP4、RBBP7 組成至少包含這些成分的複合體，也可與 BAZ1A 或 BAZ1B 分別組成複合體；來源指出這些複合體均為催化失活狀態，且不進行染色質重塑。SMARCA1 在前述複合體中與 BPTF、RBBP4、RBBP7 互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源May form homodimers. Component of the BPFT-SMARCA1 complex at least composed of SMARCA1, BPFT, RBBP4 and RBBP7; the complex is catalytically inactive and does not remodel chromatin. Within the complex interacts with BPTF, RBBP4 and RBBP7. Component of the BAZ1A-1-SMARCA1 complex at least composed of SMARCA1 and BAZ1A; the complex is catalytically inactive and does not remodel chromatin. Component of the BAZ1B-1-SMARCA1 complex at least composed of SMARCA1 and BAZ1B; the complex is catalytically inactive and does not remodel chromatin PMID 15310751 ↗ · PMID 28801535 ↗ |
| 細胞定位 | SMARCA1 的定位記載為細胞核與染色體。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
GTTGGAAGCGGAGTGATTCCCCACCCCTGCTCCATCTAGC40TCTTTCCAGTGCAGCCACTGCCGCCGCCCAGGAGCCCTCG80TCCCCTGCCTTGTCCCCCTACTCGTTCCCGCTCCCACGGC120ATGGAGCAGGACACTGCCGCAGTGGCAGCCACCGTGGCAG160CCGCGGATGCGACCGCCACTATCGTGGTCATAGAGGACGA200GCAGCCCGGGCCGTCCACCTCTCAGGAGGAGGGAGCGGCC240GCCGCGGCCACCGAAGCCACCGCGGCCACGGAGAAGGGCG280AGAAGAAGAAGGAGAAAAACGTTTCTTCATTTCAACTCAA320ACTTGCTGCTAAAGCGCCTAAATCTGAAAAGGAAATGGAC360CCAGAATATGAAGAGAAAATGAAAGCCGACCGAGCAAAGA400GATTTGAATTTTTACTGAAGCAGACAGAACTTTTTGCACA440TTTCATTCAGCCTTCAGCACAGAAATCTCCAACATCTCCA480CTGAACATGAAATTGGGACGTCCCCGAATAAAGAAAGATG520AAAAGCAGAGCTTAATTTCTGCTGGAGACTACCGCCATAG560GCGCACAGAGCAAGAAGAAGATGAAGAGCTACTGTCTGAG600AGTCGGAAAACATCTAATGTGTGTATTAGATTTGAGGTGT640CACCTTCATATGTGAAAGGGGGGCCACTGAGAGATTATCA680GATTCGAGGACTGAATTGGTTGATCTCTTTATATGAAAAT720GGAGTCAATGGCATTTTGGCTGATGAAATGGGCCTTGGGA760AAACTTTACAAACAATTGCTTTGCTTGGTTACCTGAAACA800CTACCGAAATATTCCTGGACCTCACATGGTTTTAGTTCCA840AAGTCTACTTTACACAACTGGATGAATGAATTTAAACGAT880GGGTCCCATCTCTCCGTGTCATTTGTTTTGTCGGAGACAA920GGATGCCAGAGCTGCTTTTATTCGTGATGAAATGATGCCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。