基因總覽
SLK 的正式名稱為 STE20 like kinase,是一種蛋白質編碼基因,其產物屬於蛋白激酶超家族中的 STE 絲胺酸/蘇胺酸蛋白激酶家族,並歸入 STE20 次家族。此蛋白質長 1,235 個胺基酸,具有蛋白激酶結構域;另有一個位於蛋白質後段、註解為 UVR 的結構域。其序列也包含多段預測為無序的區域。SLK 所編碼的蛋白質與細胞凋亡及肌動蛋白壓力纖維解離相關,具備絲胺酸與蘇胺酸磷酸化活性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000369755 ★ | 103,967,140–104,029,233 | 19 |
| ENST00000932919 | 103,966,916–104,029,242 | 20 |
| ENST00000946372 | 103,966,916–104,029,242 | 19 |
| ENST00000335753 | 103,967,097–104,029,242 | 18 |
| ENST00000932920 | 103,967,097–104,029,242 | 17 |
| ENST00000932921 | 103,967,097–104,029,242 | 18 |
| ENST00000946373 | 103,967,097–104,029,242 | 17 |
| ENST00000946374 | 103,967,097–104,029,242 | 19 |
| ENST00000946375 | 103,967,097–104,029,242 | 15 |
| ENST00000946376 | 103,967,097–104,029,242 | 18 |
| ENST00000946377 | 103,967,097–104,029,242 | 19 |
| ENST00000946378 | 103,967,097–104,029,242 | 17 |
顯示 12/16 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLK 參與細胞凋亡,也與肌動蛋白壓力纖維的解離有關。這些功能指出 SLK 涉及細胞存活狀態與細胞骨架結構變化;現有資料未進一步說明兩者之間的先後關係,也未提供特定細胞情境或調控條件,因此不宜推定其作用順序或適用範圍。
SLK 具有蛋白激酶活性,可使用 ATP 將磷酸基團轉移至蛋白質受質上的絲胺酸或蘇胺酸殘基。反應中,ATP 分別轉化為 ADP 與氫離子,受質則形成磷酸化的絲胺酸或蘇胺酸。這項活性提供了 SLK 參與細胞過程的分子層次依據,但目前資料未指出特定受質,也未說明磷酸化如何連結至凋亡或壓力纖維解離。
因此,依現有註解可將 SLK 描述為與凋亡及肌動蛋白壓力纖維解離相關的絲胺酸/蘇胺酸蛋白激酶;資料支持其具有相應的磷酸轉移反應,但不足以界定其下游途徑、作用位置的變化或在上述過程中的具體調控方式。
Promoter 與基因調控
>SLK ENST00000369755 GRCh38 chr10:103966140-103967240 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CCGGCGCGGTGGCTCACGCCAGTACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGA CCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAATTAGCGGGGCGTGGTGGCG GGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATAGCGTGAAGCCGGGAGGCGGAGCTTG CGGTGAGCCTAGTTCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGATCGAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAAAAAGAGAAGTGGTCTTAAACAGTTTTTATGTATCTGTGTCT ATCTTGCCTGCACACTTAAAACAACAAGAGTAAGAACTAAGATTGAGCGTTTACGGGTGCAGGGGCCGCG CAAAGGGCTTCCATCTATTGTCTCATTCACAACCTTCTGGTAGGGACTATTAGGATCTTCATTTTACGGC GAGGAAACCGAGGCTCGGAGAGGTCACCTGCCCAAGGTCACAGATCTCTCTCTCCAAAGCTCAAGCTCAC AACCACCACACAAACTCCCCTCTCACTGTACCTGGGGCCCGTCTGAGAGCGAAAAAGTCCGCTTTCAGGT CCCAACCCTAACAGGTCCGGCTTTCACTCCACAGTTTTTCCCAGATCCAGAATGGAGACAACATCCGCTA GCACAATCAACAGGGTCGTCCCACGGGGGCCGCTCCATCAAGGCCGTGGACTGACAGGATTTGGGGCTTG GAGGGCAAATGAGAAACAATCGTCAGGGACCGAAGAACAAATGCGTCCATCACACCAGCCCCCCGCACCC CGAGCCCCGTGCTCCGCTCACGCGAACCCTCGGGGGCAGCCAGTCTGAGGGACGTAGCGCGCGTGCGCGG GGCCAGAGGGGACGCCCCCACGCGAGCGCGCGGTGAGCAGGGCGCGTGACCGGGCGGGCGCGCAGCCGGG AAAGCGCGCGGGCGCGCTACGGAGTCGGCGTCGGCGCGCGCTCCAGGCCGAGGCTGTGTGGGCTGGGGAG GGAGACAGGCGGCGGCGGCGGCGCCCCAGACCCGAGGGGACGCGCGGGCCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLK_1 ↗ | 10:103,967,169 | 正股 | 103,967,120–103,967,179 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_CDBJP · enhancer · 103965827–103966914 · regulatory
ENSR10_93J973 · promoter · 103966915–103967211 · regulatory
ENSR10_CDBJS · enhancer · 103967212–103968954 · regulatory
ENSR10_CDBJZ · enhancer · 103969193–103970539 · regulatory
ENSR10_853JGG · enhancer · 103970994–103971166 · regulatory
· motif · 103966184–103966199 · motif
· motif · 103966190–103966202 · motif
· motif · 103966192–103966199 · motif
· motif · 103966192–103966207 · motif
· motif · 103966446–103966459 · motif
· motif · 103966647–103966659 · motif
· motif · 103966661–103966673 · motif
· motif · 103966992–103967005 · motif
· motif · 103967037–103967048 · motif
· motif · 103967037–103967048 · motif
· motif · 103967060–103967073 · motif
· motif · 103967068–103967079 · motif
· motif · 103967068–103967079 · motif
· motif · 103967124–103967135 · motif
· motif · 103967124–103967135 · motif
· motif · 103967195–103967208 · motif
· motif · 103967244–103967257 · motif
· motif · 103967617–103967630 · motif
· motif · 103967642–103967655 · motif
· motif · 103968624–103968637 · motif
· motif · 103968624–103968637 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:1235 aa
SLK 蛋白質長 1,235 個胺基酸。其蛋白激酶結構域位於第 34–292 個胺基酸,UVR 結構域位於第 875–910 個胺基酸。另有數段序列被註解為無序區,分布於蛋白質中段及較後段。SLK 歸屬於 STE 蛋白激酶家族的 STE20 次家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLK 被註解定位於細胞質;現有資料未提供其定位隨條件改變或不同異構型之間有差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLK 與細胞凋亡及肌動蛋白壓力纖維的解離有關。這項註解指出其涉及細胞凋亡與細胞骨架變化,但未說明作用條件、具體機制或兩種作用之間的關係。 | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-seryl-[protein] + ATP = O-phospho-L-seryl-[protein] + ADP + H(+) | 資料庫紀錄 | |
| 分子活性 | L-threonyl-[protein] + ATP = O-phospho-L-threonyl-[protein] + ADP + H(+) | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | SLK 的細胞內定位註解為細胞質;此資訊未說明特定細胞條件或定位變化。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GGAGTCGGCGTCGGCGCGCGCTCCAGGCCGAGGCTGTGTG40GGCTGGGGAGGGAGACAGGCGGCGGCGGCGGCGCCCCAGA80CCCGAGGGGACGCGCGGGCCTTGCGCCGCGGGAGCGGACG120GCGGCGGAGGAGACCCTAGGCTCGCGGCCCGAGGCGGGAG160GGCTCGGCTTCTCGACTGCCCGCCTCCGAGGCCGCCGGCC200GCTTCTCTCTCCCAGAGTGGCCGCCGCCCCTGGAGACTCG240CCGTGACACGGGCCTAAGCCGCCGCCGCGGGAGTCCTGAC280CGCTCGGACCCGTCGGATCAGGCCGGGTGGGAGCGAGCTT320GCGGGCAGGTGCCGCTCCCGGAGGGTGGGCCGGAGGCGAG360GCGCCCACCGCGCGGCTCGCGGGCCGGGCTCGGCGGAGGG400GCCGCTCGCGCAGCACCCCCACCGCGGGCCGGAGCCCGGG440TCGCCGCCCCGCCTTCTCCCGGGACCGCCCGGCCGGAGCT480GCGGGGGCCGAGGGACGCCGCGCCCGCCGCCGCCAGCCGG520GCTCGCGCGGGAGAGCAGGGAAGAGAAACTTTGCCTTTTA560TTGTTTTTAGTCCTTAAGTGCAAGGAACTCTGTGTTGGGA600GGAAAAATGTCCTTCTTCAATTTCCGTAAGATCTTCAAGT640TGGGGAGCGAGAAGAAGAAGAAGCAGTACGAACACGTGAA680GAGGGACCTGAACCCCGAAGACTTTTGGGAGATTATAGGA720GAACTGGGCGACGGAGCCTTTGGGAAAGTGTACAAGGCCC760AGAATAAAGAGACCAGTGTTTTAGCTGCTGCAAAAGTGAT800TGACACTAAATCTGAAGAAGAACTTGAAGATTACATGGTA840GAGATTGACATATTAGCATCTTGTGATCACCCAAATATAG880TCAAGCTTCTAGATGCCTTCTATTATGAGAACAATCTTTG920GATCCTCATTGAATTTTGTGCAGGTGGAGCAGTAGATGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。