基因總覽
solute carrier family 9 member A6 是一種蛋白質編碼基因，位於 X 染色體。其產物屬於 monovalent cation:proton antiporter 1（CPA1）轉運蛋白家族，是多次穿越膜的陽離子／質子反向運輸蛋白。蛋白質全長 701 個胺基酸，序列註解列有 12 段穿膜螺旋。SLC9A6 的主要角色與胞內體膜上的離子交換及胞內體酸鹼調節有關；在部分特化細胞中，該轉運蛋白也可位於細胞膜。其功能與細胞內膜系統的運作及神經發育相關。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000630721 ★ | 135,985,435–136,047,269 | 18 |
| ENST00000636347 | 135,973,841–136,047,269 | 18 |
| ENST00000636092 | 135,974,636–136,047,269 | 17 |
| ENST00000637234 | 135,974,636–136,047,269 | 19 |
| ENST00000637195 | 135,974,637–136,047,269 | 17 |
| ENST00000637581 | 135,983,467–136,047,269 | 17 |
| ENST00000370701 | 135,985,135–136,047,269 | 17 |
| ENST00001006834 | 135,985,135–136,047,269 | 17 |
| ENST00001006835 | 135,985,135–136,000,984 | 7 |
| ENST00001112023 | 135,985,135–136,031,656 | 14 |
| ENST00001133790 | 135,985,135–136,047,269 | 18 |
| ENST00000370698 | 135,985,427–136,047,269 | 16 |
顯示 12/20 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC9A6 是胞內體的 Na⁺、K⁺/H⁺反向運輸蛋白，可使胞內體腔內的 H⁺與細胞質中的 Na⁺或 K⁺進行電中性的交換。此交換促使質子離開胞內體腔，抵銷液泡型 V-ATPase 所造成的酸化，因此限制腔內酸度增加，並協助維持胞內體 pH。兩種離子交換方向分別涉及細胞質 Na⁺或 K⁺與胞內體腔 H⁺的互換。
維持適當的胞內體酸鹼環境，與胞內體成熟及回收胞內體貨物的運輸有關。SLC9A6 透過調節囊泡內 pH 參與這些過程；來源指出，其對細胞極性的維持也與調節囊泡內酸鹼值的能力相關。這些功能描述著重於胞內體及囊泡環境，並未將其概括為所有細胞膜或所有細胞中的普遍作用。
SLC9A6 亦與神經發育期間的突觸發育及可塑性調節有關；此項神經發育角色標示為相似性推論。另在破骨細胞與 stereocilia 等特化細胞中，當轉運蛋白位於細胞膜時，來源指出它可調節細胞內 pH。這表示其離子調節作用可依細胞情境與所在膜區室而異；現有資料支持上述特定過程，但未提供可將各種細胞中的作用一概而論的依據。
Promoter 與基因調控
>SLC9A6 ENST00000630721 GRCh38 chrX:135984435-135985535 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTTGTAGATCATTCATGTTGAAATCAAAGTCTTGAGAAAACAAAGAGCCCACACAAACTAAGGAGCGATC GGAGAAATACAGAAAAAATAGGAAGTCACTGTTCTCAAAAGACAAAGCTCCAGTATGGAGGTGAGAACTG TGAAAATTCTGGTGAGAGAGGTTGGACAGGCTGAGAACAGAAAAAAAATACTGTCCTGAGGAATACTAAA GAGGAGAGATGAGAGATAGGGGTCAAGGGTGACTTCGGAGCTGGGGACATTTGCTTTAAAACAGCAGTAA AAAGGAGCAAGAGGAGAAGGAGAAATCCACCACACCACCCAAGATTTTTTCTTCGGGAGGGAAGTGTTTA CGAGCATTGGGAAATCTAAGCACAAACCGATCCAATCTTTGCTGTAAGGTTGATGAGTTTCTGTGTACAG ATTCCTAGCGTGAGAGATGACTTATATCAGATGTTTACATGTAAAGAAAACCGACTACACAGACACACAC ATAATCCATACCTTTGAGTCGATTGTTTTATGAACTGCTACAGTGCTCTGTGTGTGTGTGGTGTTTTTTT GTGTTTTTTTTTTTTTCTTTCCCGATGAGGACAATACAAGGAGAATCCGATTTAAATTTAAATTACAGAG ATGGAGATTGAGGCTCCTCCCAAGGGGACAACTTATCCTGTTAAGAGACACTGGGGGACGATATTGAGAT GGGTTATGAAAGATCAATTCCTATGAAAGATCAATTCCCCTGAGAGCTCTGAGAATAGGATCAAAGTAGA AAGCGCAGTCTGCCTCTGCTTGGTTACACTGAGCCGATGTTTCTTTAGCCAAAGGCAGTGGGCTAGTTTA GACGGCCTTTCATTCCCGGCAGCGCCTGTGGGTGCGTGTGACCTGGGACAGAGGGGCAAAGGAACCTGGC AGAGCGAGCTTGGGATGCCGCGGCCCCTTTAAGAGCGGCGGCGGCGGCGCGCGCTCCGACGGCTACCCCC GGGCCCCGCCCCTTTCCCGTGAGCCCTCGGGGAGTGGTCCGACCGCGGGCGGCCGCCGGTGAGGTAGGGG CGGGAGGCGGGGGGAGACATGGCTCGGCGCGGCTGGCGGCGGGCACCCCTC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC9A6_1 ↗ | X:135,985,455 | 正股 | 135,985,406–135,985,465 |
| SLC9A6_2 ↗ | X:136,012,670 | 正股 | 136,012,621–136,012,680 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSRX_BZZMQ · promoter · 135984664–135985445 · regulatory
ENSRX_536ZL3P · CTCF_binding_site · 135985108–135985129 · regulatory
· motif · 135983503–135983516 · motif
· motif · 135983503–135983516 · motif
· motif · 135983520–135983533 · motif
· motif · 135983520–135983533 · motif
· motif · 135985080–135985093 · motif
· motif · 135985080–135985093 · motif
· motif · 135985110–135985126 · motif
· motif · 135985168–135985181 · motif
· motif · 135985168–135985181 · motif
· motif · 135985309–135985321 · motif
· motif · 135985318–135985333 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：701 aa
SLC9A6 蛋白全長 701 個胺基酸，屬於 monovalent cation:proton antiporter 1（CPA1）轉運蛋白家族。序列註解列出 12 段穿膜螺旋，位置分布於蛋白質序列的不同區段；這些特徵符合多次穿膜蛋白的描述。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC9A6 主要分布於胞內體回收區室，包括早期與回收胞內體；囊泡回收期間也會出現在細胞膜，且缺氧等特定刺激可增強其細胞膜定位。 在前庭毛束與成骨細胞等少數特化細胞中，來源描述其主要分布於細胞膜。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- IFNGR1P15260 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SLC9A6 可形成同源二聚體，並與 RACK1 互作。RACK1 與調節 SLC9A6 在胞內體和細胞膜之間的分布相關；來源未將此功能關係描述為兩者形成複合體。
疾病與遺傳關聯
SLC9A6 變異與 Christianson type X 連鎖症候群相關；此病以嚴重智能障礙、癲癇、共濟失調及小頭症為特徵，表型與 Angelman syndrome 有重疊。另有一種僅見於女性的 X 連鎖顯性神經退化性疾病，可能由影響 SLC9A6 的變異造成；其表現包括帕金森症、輕至中度智能障礙、認知衰退及精神異常，通常於成年中期至晚期發病，部分患者較早出現學習困難，腦部影像可能見大腦或小腦萎縮。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC9A6 是胞內體 Na⁺、K⁺/H⁺反向運輸蛋白，能以電中性方式交換胞內體腔中的 H⁺與細胞質 Na⁺或 K⁺。藉由促進 H⁺外流，它可抵銷 V-ATPase 產生的酸化，協助維持胞內體 pH，並與胞內體成熟及回收貨物運輸相關。另與神經發育時的突觸發育及可塑性、依賴囊泡內 pH 調節的細胞極性維持相關；在破骨細胞與 stereocilia 等特化細胞中，位於細胞膜時可調節細胞內 pH。神經發育及特化細胞相關作用標示為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endosomal Na(+), K(+)/H(+) antiporter. Mediates the electroneutral exchange of endosomal luminal H(+) for a cytosolic Na(+) or K(+). By facilitating proton efflux, SLC9A6 counteracts the acidity generated by vacuolar (V)-ATPase, thereby limiting luminal acidification. Responsible for alkalizing and maintaining the endosomal pH, and consequently in, e.g., endosome maturation and trafficking of recycling endosomal cargo. Plays a critical role during neurodevelopment by regulating synaptic development and plasticity (By similarity). Implicated in the maintenance of cell polarity in a manner that is dependent on its ability to modulate intravesicular pH. Regulates intracellular pH in some specialized cells, osteoclasts and stereocilia where this transporter localizes to the plasma membrane (By similarity) PMID 15522866 ↗ · PMID 20130086 ↗ · PMID 28635961 ↗ · PMID 31676550 ↗ · PMID 32277048 ↗ |
| 分子活性 | Na(+)(in) + H(+)(out) = Na(+)(out) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | K(+)(in) + H(+)(out) = K(+)(out) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 交互作用 | SLC9A6 可形成同源二聚體，並與 RACK1 互作。RACK1 與調節 SLC9A6 在胞內體及細胞膜之間的分布相關；來源描述的是互作及分布調節，未指出兩者形成複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with RACK1; regulates the distribution of SLC9A6 between endosomes and the plasma membrane PMID 18057008 ↗ · PMID 28635961 ↗ · PMID 30296617 ↗ · PMID 32277048 ↗ |
| 細胞定位 | SLC9A6 是多次穿膜蛋白，分布於胞內體膜、回收胞內體膜、早期胞內體膜、晚期胞內體膜及細胞膜。其主要位於包括早期與回收胞內體在內的回收區室，但囊泡回收時會轉至細胞膜；缺氧等特定刺激可增強此細胞膜定位。前庭毛束與成骨細胞等少數特化細胞中，SLC9A6 主要分布於細胞膜，該描述標示為相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Recycling endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Early endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Late endosome membrane / Multi-pass membrane protein; Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Present predominantly in the recycling compartments including early and recycling endosomes, but undergoes plasma membrane localization during vesicular recycling, which is enhanced upon certain stimuli, such as hypoxia. Has a major plasmalemmal distribution in a few specialized cells, such as in vestibular hair bundles and osteoblasts (By similarity) PMID 11641397 ↗ · PMID 11940519 ↗ · PMID 35198730 ↗ · PMID 18057008 ↗ · PMID 28635961 ↗ · PMID 30296617 ↗ · PMID 32277048 ↗ |
| 疾病關聯 | SLC9A6 變異會造成 Christianson type X 連鎖症候群。此症候群以嚴重智能障礙、癲癇、共濟失調及小頭症為特徵，且表型與 Angelman syndrome 有重疊。 | 含實驗來源 | 證據與來源Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Christianson type MRXSCH A syndrome characterized by profound intellectual disability, epilepsy, ataxia, and microcephaly. It shows phenotypic overlap with Angelman syndrome. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 300243 PMID 18342287 ↗ · PMID 24123876 ↗ · PMID 25044251 ↗ · PMID 30296617 ↗ · PMID 32277048 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SLC9A6 的變異可能造成僅限女性的 X 連鎖顯性神經退化性疾病，患者可有帕金森症、輕至中度智能障礙、認知衰退及精神異常。通常在成年中期至晚期發病，但部分女性較早出現學習困難；腦部影像可能顯示大腦或小腦萎縮。 | 含實驗來源 | 證據與來源Neurodegenerative disorder, X-linked, female-restricted, with parkinsonism and cognitive impairment NDPACX An X-linked dominant disorder restricted to females and characterized by parkinsonism, mild to moderate intellectual disability, cognitive decline, and psychiatric abnormalities. Disease onset is in mid-to-late adulthood, although some affected females show learning difficulties earlier in life. Brain imaging may show cerebral or cerebellar atrophy. The disease may be caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 301142 PMID 35198730 ↗ · PMID 39810750 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGCCCTCGGGGAGTGGTCCGACCGCGGGCGGCCGCCGGT40GAGTGGGCGTCTTTGACTGGGCAGGGGCTTCGGACGGCGG80CGGCGGAGAGGCTAGAGCCATGGACGAGGAGATCGTGTCC120GAGAAGCAAGCCGAGGAGAGCCACCGGCAGGACAGCGCCA160ACCTGCTCATCTTCATCCTGCTGCTCACCCTCACCATTCT200CACAATCTGGCTCTTCAAGCACCGCCGGGCCCGCTTCCTG240CACGAAACCGGCCTGGCTATGATTTATGGTCTTTTGGTGG280GCCTTGTGCTTCGGTATGGCATTCATGTTCCGAGTGATGT320AAATAATGTGACCCTGAGCTGTGAAGTGCAGTCAAGTCCA360ACTACCTTACTGGTAAATGTTAGTGGAAAATTTTATGAGT400ATATGCTGAAAGGAGAGATTAGTTCACATGAACTCAATAA440TGTTCAAGATAATGAAATGCTTAGAAAGGTTACTTTTGAT480CCAGAAGTATTTTTCAACATATTACTTCCTCCTATCATAT520TTTATGCAGGTTATAGCCTGAAAAGGAGACATTTTTTTCG560AAATCTTGGGTCTATCCTAGCATACGCTTTTCTTGGAACA600GCAATTTCTTGTTTCGTTATTGGGTCAATAATGTATGGCT640GTGTAACGCTGATGAAGGTAACGGGACAACTTGCAGGAGA680TTTTTACTTTACAGATTGCCTACTGTTTGGTGCCATTGTA720TCAGCAACTGATCCAGTGACTGTTCTTGCTATATTCCACG760AGCTTCAAGTTGATGTTGAACTCTATGCACTTCTTTTTGG800TGAAAGTGTCCTCAATGATGCTGTTGCCATAGTGCTGTCC840TCCTCAATAGTGGCATACCAGCCAGCTGGAGACAACAGTC880ACACCTTTGATGTCACAGCGATGTTCAAGTCTATTGGGAT920CTTCCTTGGAATCTTCAGTGGATCTTTTGCAATGGGTGCT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。