基因總覽
SLC6A3 是蛋白質編碼基因，正式名稱為 solute carrier family 6 member 3，其產物 Sodium-dependent dopamine transporter 歸屬於 sodium:neurotransmitter symporter（SNF）家族的 SLC6A3 次家族。此蛋白質長 620 個胺基酸，是多次穿越細胞膜的膜蛋白，序列包含多個跨膜區段，並在細胞內側與細胞外側分布有不同拓樸區域。其家族分類與膜內拓樸，構成它作為神經傳遞物質運輸蛋白的基本特徵。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000270349 ★ | 1,392,794–1,445,440 | 15 |
| ENST00000936841 | 1,392,794–1,445,514 | 12 |
| ENST00000941790 | 1,392,794–1,445,514 | 14 |
| ENST00001132540 | 1,392,794–1,445,514 | 15 |
| ENST00000713696 | 1,394,046–1,445,514 | 15 |
| ENST00000713698 | 1,428,536–1,445,514 | 5 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC6A3 的主要功能是運輸 dopamine。此運輸依賴鈉離子與氯離子，方向為將細胞外的 dopamine、鈉離子及氯離子共同移入細胞內。來源所列的化學計量反應包括每次運輸伴隨一個鈉離子或兩個鈉離子，兩種反應描述分別有實驗文獻支持；因此不宜將其中一種比例概括為唯一情況。
這種耦合運輸使 SLC6A3 能以離子共同移動的方式搬運 dopamine，而非單獨跨膜移動該神經傳遞物質。資料也指出，SLC6A3 可運輸 norepinephrine（noradrenaline），同樣依賴鈉與氯離子；但此項功能標示為依相似性推定，證據性質不同於 dopamine 運輸的文獻支持。
除神經傳遞物質運輸外，SLC6A3 也被標示為光依賴性視網膜玻璃體血管退化的調節因子，作用位於 OPN5 訊號傳遞下游。此關聯同樣是依相似性推定，來源未提供更細的分子機制或作用條件，故不能據此延伸描述其如何調控血管退化。
Promoter 與基因調控
>SLC6A3 ENST00000270349 GRCh38 chr5:1445340-1446440 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCCAGGGCTCGCCTGGACGCCCAGGGCAGGGTGCTCACGGGAGCATCGAGGGTACACGGGGAGGAACGCC GGGGTTCGGGCGACCCTAGGGGCGACGCACAGAGCTGGGCGCGGCCACTCACCTCGGTGCCTTCTAAGGA CCTGGACATCCTGGGCCTTGGCGGCCTGGGGGCTCCATTCCTCCGCGCGCTGAATGGAAGAAATCCCGCC CGGGCATCTCGGAAGGAAAGCCTCGGAGTCCATTCGGCCCTGGAGCCGGATACCAACCGCCAGGGCTTTC CAGGCCCGTCCCGGGAAATGGTTTTCTTAGGCGAGTGCGAGGCGGGCCCCTCGGTTCCGATGCAGGCGCA CTAGATGCCGGCAAGGCGGGGACTAGGCCTAGGGGACCTCGGTCGCCTCGAGGTCGCGGAGACCCCAAGG CCACGGAAGGACCCGCGTCTCCGCAGCCCGCACGCCGGGAAGCGTGCAGAGTCCTCGGCGGGGTCCCGAG CCCGCTGGTCAGAGCGTGGAGCGGCGGGGTGGGAGGGACGTGGTCCCCAGAGCGCGGGGCCACCGTAGGG GCCCCTGATGGGGAGGGAGGGAAGGGTCGGCCCGACGGGGTCCCAGCAGTTCCCCGCGCGCAGCCGCTCG GCTCCCTCCCCGTCCAGCTGGGAGCCGCCAGCCCTGGGCGTCCGAAGATAGCGGGTGCCCGGGGCAGCCC CCAGGGGTGCGGGCGAGGGCGCAGGGCGGCCCAGACAGTTCCCGCGTGGAAGGCGCCCGTCTAGATCCGC GACGTCTCGGACCCCCAGGCCCCCGCACCCCGTGTCCGAGGCTCCGGGACGCGCAGGACAGTGGAGCCGT GGCCGCCGCTTGCTCCCAGCCATCTGCGTCCGGGAGGCGGGGGCGGGGGCGCGGCCCGGGGAGGTGAGGA GGAGGAGCCAGGACGCGAGGGCGACCCCGTCGGCGGGAGGGCGGGGCGGGGCGGACCCTGTCTACTGGAT AAGAGCCCGAGGCCGAGGCTGAGACCGCCCAGCGCTGCGGAGCGGGAGGGGAGGCTTCGCGGAACGCTCT CGGCGCCAGGACTCGCGTGCAAAGCCCAGGCCCGGGCGGCCAGGTGAGGCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC6A3_1 ↗ | 5:1,445,432 | 負股 | 1,445,422–1,445,481 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：620 aa
Sodium-dependent dopamine transporter 長 620 個胺基酸，具有 12 個跨膜區段；其中第 1 與第 6 區段標示為不連續螺旋，其餘所列區段為螺旋。N 端一段位於細胞質，跨膜區之間可見細胞外與細胞質拓樸區域。蛋白質屬於 sodium:neurotransmitter symporter（SNF）家族的 SLC6A3 次家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC6A3 位於細胞膜，也見於神經元突起與軸突；在神經細胞中，據相似性資料可定位於神經突起末端。 它與 SEPTIN4 在軸突末端共定位，尤見於軸突膨大處；這是共定位描述，不代表 SEPTIN4 的定位可直接套用為 SLC6A3 的定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection, neuron projection；Cell projection, axon。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
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SLC6A3 可呈單體，也有同源寡聚體及二硫鍵連結的描述。來源記載其與 PRKCABP、TGFB1I1、SLC18A2、SNCA 及 SEPTIN4 互作；其中與 SYNGR3 的互作涉及雙方 N 端，屬依相似性註記。SLC6A3 亦與 ATP 結合狀態的 TOR1A 互作，而 TOR1A 被描述為可調節 SLC6A3 的亞細胞位置。
疾病與遺傳關聯
SLC6A3 相關變異被記載與嬰兒期發病的帕金森症－肌張力不全症 1（PKDYS1）有關。此疾病為常染色體隱性神經退化性疾病，特徵包括嬰兒期出現帕金森症與肌張力不全；其他神經學表現可有整體發展遲緩、動作遲緩及錐體束徵象。來源將疾病描述為由影響該基因的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC6A3 介導依賴鈉離子與氯離子的 dopamine 運輸。依相似性推定，它也可介導 norepinephrine（noradrenaline）的鈉、氯依賴性運輸。此外，SLC6A3 被描述為光依賴性視網膜玻璃體血管退化的調節因子，作用位於 OPN5 訊號下游；這兩項敘述均保留依相似性推定的性質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mediates sodium- and chloride-dependent transport of dopamine. Also mediates sodium- and chloride-dependent transport of norepinephrine (also known as noradrenaline) (By similarity). Regulator of light-dependent retinal hyaloid vessel regression, downstream of OPN5 signaling (By similarity) PMID 10375632 ↗ · PMID 11093780 ↗ · PMID 1406597 ↗ · PMID 15505207 ↗ · PMID 19478460 ↗ · PMID 39112701 ↗ · PMID 39112703 ↗ · PMID 39112705 ↗ · PMID 8302271 ↗ |
| 分子活性 | dopamine(out) + chloride(out) + Na(+)(out) = dopamine(in) + chloride(in) + Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源dopamine(out) + chloride(out) + Na(+)(out) = dopamine(in) + chloride(in) + Na(+)(in) PMID 10375632 ↗ · PMID 11093780 ↗ · PMID 1406597 ↗ · PMID 15505207 ↗ · PMID 19478460 ↗ · PMID 39112703 ↗ · PMID 39112705 ↗ · PMID 8302271 ↗ |
| 分子活性 | dopamine(out) + chloride(out) + 2 Na(+)(out) = dopamine(in) + chloride(in) + 2 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源dopamine(out) + chloride(out) + 2 Na(+)(out) = dopamine(in) + chloride(in) + 2 Na(+)(in) PMID 39112701 ↗ |
| 分子活性 | (R)-noradrenaline(out) + chloride(out) + Na(+)(out) = (R)-noradrenaline(in) + chloride(in) + Na(+)(in) | 推論支持 | 證據與來源(R)-noradrenaline(out) + chloride(out) + Na(+)(out) = (R)-noradrenaline(in) + chloride(in) + Na(+)(in) |
| 交互作用 | SLC6A3 可為單體，也有同源寡聚體及二硫鍵連結的描述。它與 PRKCABP、TGFB1I1、SLC18A2、SNCA 及 SEPTIN4 互作；與 SYNGR3 的互作涉及雙方 N 端，該項依相似性推定。SLC6A3 亦與 ATP 結合狀態的 TOR1A 互作，TOR1A 可調節其亞細胞位置。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Homooligomer; disulfide-linked (Ref.16). Interacts with PRKCABP and TGFB1I1. Interacts (via N-terminus) with SYNGR3 (via N-terminus) (By similarity). Interacts with SLC18A2 (By similarity). Interacts with TOR1A (ATP-bound); TOR1A regulates SLC6A3 subcellular location. Interacts with alpha-synuclein/SNCA. Interacts with SEPTIN4 (By similarity) PMID 11343649 ↗ · PMID 12177201 ↗ · PMID 15505207 ↗ · PMID 26442590 ↗ · PMID 39112701 ↗ · PMID 39112703 ↗ · PMID 39112705 ↗ |
| 細胞定位 | SLC6A3 是多次穿膜蛋白，位於細胞膜，並見於神經元突起與軸突。依相似性資料，它可定位於神經細胞的神經突起末端；也與 SEPTIN4 在軸突末端共定位，尤其見於軸突膨大處。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Cell projection, neuron projection; Cell projection, axon; Localizes to neurite tips in neuronal cells (By similarity). Colocalizes with SEPTIN4 at axon terminals, especially at the varicosities (By similarity) PMID 11343649 ↗ · PMID 15505207 ↗ · PMID 39112701 ↗ · PMID 39112703 ↗ · PMID 39112705 ↗ · PMID 17296554 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SLC6A3 的變異被描述為可造成嬰兒期發病的帕金森症－肌張力不全症 1（PKDYS1）。此病為常染色體隱性神經退化性疾病，嬰兒期出現帕金森症與肌張力不全，其他神經學特徵包括整體發展遲緩、動作遲緩及錐體束徵象。 | 含實驗來源 | 證據與來源Parkinsonism-dystonia 1, infantile-onset PKDYS1 An autosomal recessive neurodegenerative disorder characterized by infantile onset of parkinsonism and dystonia. Other neurologic features include global developmental delay, bradykinesia and pyramidal tract signs. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 613135 PMID 19478460 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGACCGCCCAGCGCTGCGGAGCGGGAGGGGAGGCTTCGC40GGAACGCTCTCGGCGCCAGGACTCGCGTGCAAAGCCCAGG80CCCGGGCGGCCAGACCAAGAGGGAAGAAGCACAGAATTCC120TCAACTCCCAGTGTGCCCATGAGTAAGAGCAAATGCTCCG160TGGGACTCATGTCTTCCGTGGTGGCCCCGGCTAAGGAGCC200CAATGCCGTGGGCCCGAAGGAGGTGGAGCTCATCCTTGTC240AAGGAGCAGAACGGAGTGCAGCTCACCAGCTCCACCCTCA280CCAACCCGCGGCAGAGCCCCGTGGAGGCCCAGGATCGGGA320GACCTGGGGCAAGAAGATCGACTTTCTCCTGTCCGTCATT360GGCTTTGCTGTGGACCTGGCCAACGTCTGGCGGTTCCCCT400ACCTGTGCTACAAAAATGGTGGCGGTGCCTTCCTGGTCCC440CTACCTGCTCTTCATGGTCATTGCTGGGATGCCACTTTTC480TACATGGAGCTGGCCCTCGGCCAGTTCAACAGGGAAGGGG520CCGCTGGTGTCTGGAAGATCTGCCCCATACTGAAAGGTGT560GGGCTTCACGGTCATCCTCATCTCACTGTATGTCGGCTTC600TTCTACAACGTCATCATCGCCTGGGCGCTGCACTATCTCT640TCTCCTCCTTCACCACGGAGCTCCCCTGGATCCACTGCAA680CAACTCCTGGAACAGCCCCAACTGCTCGGATGCCCATCCT720GGTGACTCCAGTGGAGACAGCTCGGGCCTCAACGACACTT760TTGGGACCACACCTGCTGCCGAGTACTTTGAACGTGGCGT800GCTGCACCTCCACCAGAGCCATGGCATCGACGACCTGGGG840CCTCCGCGGTGGCAGCTCACAGCCTGCCTGGTGCTGGTCA880TCGTGCTGCTCTACTTCAGCCTCTGGAAGGGCGTGAAGAC920CTCAGGGAAGGTGGTATGGATCACAGCCACCATGCCATAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。