基因總覽
SLC67A1-AS 是人類非蛋白質編碼 RNA 基因,正式名稱為 SLC67A1 antisense RNA。登錄類型為 RNA, long non-coding。此基因座位於 11p15.4。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000455942 ★ | 2,887,344–2,903,814 | 3 |
| ENST00000625099 | 2,887,344–2,903,575 | 4 |
| ENST00000702349 | 2,887,344–2,903,813 | 2 |
| ENST00000779225 | 2,888,095–2,889,474 | 2 |
| ENST00000526203 | 2,888,095–2,889,565 | 2 |
| ENST00000779223 | 2,888,095–2,903,258 | 2 |
| ENST00000779224 | 2,894,981–2,902,617 | 2 |
顯示 7/7 個RNA轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
Promoter 與基因調控
>SLC67A1-AS ENST00000455942 GRCh38 chr11:2903714-2904814 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCCTTCCAGCCCTGCTCCAAGGTTGCCTTCTCTATGAGGAAGACCTCGCCCCCTTCCCACTGCAGCCCC TGTGCGTGTGGACCCCCAGCTCCGAGGGAGTGGGCTGTTGAGGATTTTTACACTCTGCAATATTTCAGGT TCTGACATCAGGGTCAGCTCCTGGGCACTCAGCACGGAGTTACTCCCCATGAGAGTCGATGGGTGGCTGA AGCCACTCCACCTGTGCTCTGTGCCCAGCTGTGGGAAGGGTTCTGACTTCTCATTCACTCTTCCCCGCAC CAATCCTACAGGGAGGGACTGTTATTACCCATTTTATGATGAGAAAAGCAAGGCTCCTGCCCAGCCTTCC CCACGGGTAGGGAGGAGATTCAGGGCTTGGCCCCAGCCATTTAGCAGGAGTGGGCGGGGCGCCTGAGGCA CGGCGGGGAGGGATCCTTAGGCTCACCCTCGGGCTGGGAGCCTCTGCCAGGCCCGGAATGGTGCCAAAGG CCCATCCCCACTCCCGCCTAGATGCCCAGGTCCAGGCTCTGAGGGCTGAGAGGAGGAGGGCAGCTGTCTG AGCCCACGCACGCCGGGCTTCCCAGAAGCAAACACAGGAAGGGCCGAGGTTGGCCCTGACTCTGCCTGAG CTTCTTGGTGATGTGAGACTTTGTTCCCAAGCCTCTCCAGACTTGGTGAATATAATTTAATCATTACTAT TACAGCTTCCAGAGCCACACACTGTGGTATAGACTACTGAATGATACACTAAACTAACATGAATTTGCCA ATGAAATGTTTCCGCATTTGGCAACAGAGATAATAAAATAAGACAGCATTCTATCTCTTGCAAGAAAAAG CTTGAGATCAATTTGCCGCCACAGATCATTTAGTGGACAACAAGGACCCAAGAAGATGGAGGGGAGAGAT AGAAGCTGCGGGCAGGTGCAAGGAGAGCCTCTCTGAGGGGTGATCCGCCCAGAGCCACACCGGATTGAAC AGCCCTTGGGGCAGGGACTCCAGAGGGCAAAGGCTGCCGGGTGAGAGGCAGGAGGAACAGCGCTAGGAAG GTTTGAGGAGGTGCTGCCCCCAGGAGGGAAGTGGGGTGGCTCCCCATGGCT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆
封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。
EPDnewNC human v001 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR11_9363Z · promoter · 2899231–2899731 · regulatory
ENSR11_5NFDQ · CTCF_binding_site · 2900816–2900837 · regulatory
ENSR11_BKJT · promoter · 2901788–2902430 · regulatory
ENSR11_5NFKW · CTCF_binding_site · 2901930–2901951 · regulatory
ENSR11_84B7N · enhancer · 2902431–2902606 · regulatory
ENSR11_9364X · promoter · 2902607–2903107 · regulatory
ENSR11_5NFR2 · CTCF_binding_site · 2903033–2903054 · regulatory
ENSR11_BKK4 · promoter · 2903248–2903916 · regulatory
ENSR11_5NFWK · CTCF_binding_site · 2903802–2903823 · regulatory
ENSR11_BKK6 · enhancer · 2903963–2904676 · regulatory
· motif · 2899088–2899095 · motif
· motif · 2899924–2899937 · motif
· motif · 2899924–2899937 · motif
· motif · 2900154–2900167 · motif
· motif · 2900818–2900834 · motif
· motif · 2901932–2901948 · motif
· motif · 2902104–2902114 · motif
· motif · 2902115–2902125 · motif
· motif · 2902131–2902141 · motif
· motif · 2902136–2902146 · motif
· motif · 2902184–2902193 · motif
· motif · 2902263–2902273 · motif
· motif · 2902282–2902293 · motif
· motif · 2902284–2902293 · motif
· motif · 2902344–2902354 · motif
· motif · 2902429–2902438 · motif
· motif · 2902509–2902519 · motif
· motif · 2902605–2902622 · motif
· motif · 2902623–2902636 · motif
· motif · 2902642–2902657 · motif
· motif · 2902915–2902932 · motif
· motif · 2903035–2903051 · motif
· motif · 2903271–2903286 · motif
· motif · 2903271–2903286 · motif
· motif · 2903670–2903681 · motif
· motif · 2903797–2903812 · motif
· motif · 2903799–2903812 · motif
· motif · 2903804–2903820 · motif
RNA 轉錄本與序列
SLC67A1-AS 依 HGNC/Ensembl 分類為 Non-coding RNA。本區依實際資料呈現基因座與轉錄本註解。
| 轉錄本 | Biotype | 拼接長度 | Exons |
|---|---|---|---|
| ENST00000455942 ★ | lncRNA | 1,774 nt | 3 |
| ENST00000625099 | lncRNA | 1,930 nt | 4 |
| ENST00000702349 | lncRNA | 1,647 nt | 2 |
| ENST00000779225 | lncRNA | 702 nt | 2 |
| ENST00000526203 | lncRNA | 799 nt | 2 |
| ENST00000779223 | lncRNA | 1,216 nt | 2 |
| ENST00000779224 | lncRNA | 729 nt | 2 |
拼接長度由已註解 exon 長度加總,單位為 nt;不代表所有加工後成熟 RNA 的最終長度。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
DNA 與 RNA 序列
CAGAGGGCAAAGGCTGCCGGGTGAGAGGCAGGAGGAACAG40CGCTAGGAAGGTTTGAGGAGGTGCTGCCCCCAGGAGGGAA80GTGGGGTGGCTCCCCATGGCTTCTCCCGGGGCTGGCACTG120AAGCTGGAGCACAGGATGTGCTGACGGGGGTCCAGAGGCA160GAGTCCTTAACTTACTCAGCTTAAGCGTGGCATGAGTCCC200AACTGGGAGGGGCCCTGGCAGCATGAAACCCCCACCCCCA240CTCTCTGCGACGGCCCAGATGGAGGGCAGGAGGAACAGCG280GTTCAGCCCTGGCTGGGGCTGCAGGGGCTGGGGTGTGTTA320CTCACTGGCACGATGGAGAACTGCATGAAGAGGCAGCGGA360GTGCTGTCTGTCCCCACCCTTCCCCGCCCGGCCTCCAACT400GGTGGGAACTGGATTTTGCGGCTGCAGAGGACTTCCCCAA440ATTTTGCCACATTAACAGCTGACTGCACATCTGAGCCCCG480AGGCAATGCGGTGTGCAGAGGGTGCTTGGTGGTTCTCTCC520TGATGGCCCCGCAGGGTCTGCAGCCTCCATCTGGCCAGCA560GAGGGCGCAGAAGGACTGCCTGGGCAGCTCGGACGTGACC600GCCTGGAAGTGGTGTACAGCGTTCCTGACAACGTTCCCGG640CCAAAACGGGTCCCGCCGCCCACTTGTGTGCAAGATAACT680GGAAAATGTCTTTCTGTGTGCTCCGAGGAGAATGCAAAGG720CTGGTGGATGTAGTGCCTTTCCTCTACTGCTCTCTCAGCT760GGGGGCAAGAATGACAGGACGTGAACATGCACACAAGGGC800CCGGAACTCACGACCCCCGACAGCGGTCTCCCCCGCCCCC840CCAACCCCGCGCTTGCAGGATTTAGGGCACTAGCACAGCA880CAGTCCACCCCTTGGGACTAGCACCCCCTCCGCAGTTCTG920CTCTCTGCAGCAACATAGAGTACAAATATTGTTCCTTTTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;RNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。