基因總覽
SLC25A6 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 solute carrier family 25 member 6。其產物 ADP/ATP translocase 3 屬於 mitochondrial carrier(TC 2.A.29)家族,是一種多次穿膜蛋白。蛋白質由 298 個胺基酸構成,具有六段螺旋跨膜區,並包含三個 Solcar 重複序列;這些結構特色與其作為粒線體載體的身分相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000381401 ★ | 1,386,152–1,392,113 | 4 |
| ENST00001115750 | 1,350,030–1,392,165 | 7 |
| ENST00001115751 | 1,350,032–1,392,165 | 11 |
| ENST00001087211 | 1,381,923–1,392,165 | 5 |
| ENST00000936562 | 1,386,133–1,392,929 | 5 |
| ENST00000936564 | 1,386,136–1,392,113 | 4 |
| ENST00000936563 | 1,386,138–1,392,165 | 3 |
| ENST00001087212 | 1,386,138–1,392,165 | 4 |
| ENST00001053886 | 1,386,139–1,392,165 | 4 |
| ENST00000936565 | 1,386,140–1,392,165 | 4 |
| ENST00000987017 | 1,386,140–1,392,165 | 4 |
| ENST00001133414 | 1,386,152–1,392,165 | 4 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC25A6 的產物 ADP/ATP translocase 3 可作為 ADP:ATP 反向轉運蛋白,將 ADP 輸入粒線體基質供 ATP 合成,並將 ATP 輸出以供細胞使用。此運輸方式被描述為交替通道機制:單一底物結合位點在朝向細胞質的開放狀態與朝向基質的開放狀態之間切換,交替暴露於粒線體內膜兩側。這些運輸細節依序列相似性推定。
Promoter 與基因調控
>SLC25A6 ENST00000381401 GRCh38 chrX:1392013-1393113 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GAGGCGGGAAAGCAGCAAAAAGCAAAGGCAAGCAGGGAAGGAAGAGACGGGGAGAAAAGGGCGGGCGGGA GAGAGCCGGGAAGGGAGAGGAGGCGGGAGGAGGGAGGAGGGAGGCGGGAGGGAGGGAGGAGGGAGGCGGG AGGGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGGGCGGAGTGGGAGGTCGCGAAGGAGGACCCCGGCCGCAGCCCCC GCCGGGCAGACACGGGCACAGACACGGGGAAATAGGGGAGCCCGGGCGGGTGGGCGCGGCCCACGGAACC CCCAGCCCCGGCGCGGAGGGCACCGCGGGGTCAAAGAACGGAGGCCCAGAGAGATCCCCCCCCCACCAAC CTAGGCCGGGCGCGGAGGGCGGCGCGGAGTCACGGATCGGCAGCGGGACTGAGCCGCGCCCACGTGGAAG CCGCCGCAGGCTTCGCGCGGGGCCCCCCGGGTGCACGCGGGCAGGGGCCGGGGTCTCCCGACGCACGACC CCGGAGAGTGTTGAAAGGGTCGGAGCTGCCCGGAGGTCAAGGGTCAAGGGTCGGGGGTCGGGGCACCACA TGTCGCACATCCCGGCGGGGTCGCCGCGGCCTCCGGGAGAAAGCGGACGACGCACTCGGAGCGAACTGGG CATCAGGGTGGGCTTCTGACTCCGCAGCTGCCCTCCCGCCCGCTCGGGTACTGGCAGCGGCCTGACCTTC ACAAGGTCAAGGCTGCCGCGGAACCCCCAGCGGCCCCTACGGCGCATGGGCGGGGCCTGGCTCCCGGCAT ACCTAGGGGTGCGGGGCGGGACGTCTCCGGGGAGCGCAGCCAATGGGCGCGGTTCGCTGGAGTGCGGGGC GGGACGCAGCGGGATTCCCGGCAGCCCTCAGAGGCGAGGCACGCAGGCTGGTGTGGGGCGGGGCCTGGCG GCGCAGCCAATGAGCGCGGCGCGAGGAGGCGCGGGGGCGGAGAGTGGGCGTGGCGTCGGCGTCTTAGCGG CTGCGCGGTGGCTGCTCCGTCCTTTCGGTCCAGGCGGCGGCAGGGCTGAGCCAGCGACGCCCTCCATTCA CTCTCCGCGCCCGTTCTCCGGCTGTCCTCCCGTTCCGCTGCCCGCCCTGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC25A6_1 ↗ | X:1,392,113 | 負股 | 1,392,103–1,392,162 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_C5PM · enhancer · 1390980–1392102 · regulatory
ENSRX_B9GG · promoter · 1392103–1392689 · regulatory
ENSRX_5BSP9 · CTCF_binding_site · 1392169–1392190 · regulatory
ENSRX_B9GJ · enhancer · 1392690–1393492 · regulatory
ENSRX_B9GS · enhancer · 1394667–1395501 · regulatory
· motif · 1391484–1391499 · motif
· motif · 1391534–1391543 · motif
· motif · 1391552–1391561 · motif
· motif · 1391595–1391607 · motif
· motif · 1391597–1391604 · motif
· motif · 1391645–1391656 · motif
· motif · 1391645–1391656 · motif
· motif · 1391698–1391709 · motif
· motif · 1391698–1391709 · motif
· motif · 1391735–1391744 · motif
· motif · 1391735–1391744 · motif
· motif · 1391751–1391760 · motif
· motif · 1391793–1391802 · motif
· motif · 1391793–1391804 · motif
· motif · 1391882–1391893 · motif
· motif · 1391894–1391903 · motif
· motif · 1391913–1391929 · motif
· motif · 1391946–1391956 · motif
· motif · 1391948–1391961 · motif
· motif · 1392141–1392154 · motif
· motif · 1392150–1392160 · motif
· motif · 1392152–1392165 · motif
· motif · 1392161–1392171 · motif
· motif · 1392163–1392176 · motif
· motif · 1392171–1392187 · motif
· motif · 1392210–1392220 · motif
· motif · 1392291–1392301 · motif
· motif · 1392309–1392322 · motif
· motif · 1392358–1392368 · motif
· motif · 1392362–1392373 · motif
· motif · 1392362–1392373 · motif
· motif · 1392384–1392401 · motif
· motif · 1392401–1392413 · motif
· motif · 1392404–1392411 · motif
· motif · 1392560–1392570 · motif
· motif · 1392564–1392577 · motif
· motif · 1392569–1392584 · motif
· motif · 1392570–1392584 · motif
· motif · 1392571–1392584 · motif
· motif · 1392574–1392586 · motif
· motif · 1392576–1392591 · motif
· motif · 1392577–1392584 · motif
· motif · 1392577–1392591 · motif
· motif · 1392578–1392591 · motif
· motif · 1392581–1392593 · motif
· motif · 1392584–1392591 · motif
· motif · 1392720–1392736 · motif
· motif · 1392800–1392807 · motif
· motif · 1396245–1396259 · motif
· motif · 1396245–1396259 · motif
· motif · 1396252–1396263 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:298 aa
蛋白質長 298 個胺基酸,含六段螺旋跨膜區,並以三個 Solcar 重複序列構成主要結構安排。第 235–240 位胺基酸區段標註為與運輸活性重要相關的區域,也包含 nucleotide carrier signature motif;相關特徵依序列相似性註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC25A6 是多次穿膜蛋白,定位於粒線體內膜。 與 ARL2BP、ARL2 組成的複合體被描述為存在於粒線體;此外,SLC25A6 也可能定位於非粒線體膜,但此定位屬推定。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 14 個夥伴
- AP2B1P63010 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- KRT31Q15323 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LRRK2Q5S007 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LZTS2Q9BRK4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MID2Q9UJV3-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MTUS2Q5JR59 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- NOTCH2NLAQ7Z3S9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC25A4P12235 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TEKT4Q8WW24 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRAF1Q13077 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIM23P36406 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TRIP6Q15654 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- VDAC1P21796 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PB1P0C0U1 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
SLC25A6 被描述為單體,也有與 ARL2、ARL2BP 組成複合體的紀錄。它與 SMIM26 有互作;SMIM26 另與位於粒線體外膜的電壓閘控離子通道 VDAC1 互作,來源指出這兩種代謝物轉運蛋白因此相連,並確保呼吸鏈功能。感染情境下,SLC25A6 亦與 influenza A virus PB1-F2 protein 及 HIV-1 Vpr 互作。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC25A6 可進行 ADP:ATP 反向運輸,將 ADP 輸入粒線體基質供 ATP 合成,並將 ATP 輸出供細胞使用;其運輸位點在朝向細胞質與基質的狀態間切換。來源亦指出它與粒線體解偶聯及通透性轉換孔活動有關。質子運輸可降低 ATP 生成效率並造成粒線體產熱,需要游離脂肪酸作為輔因子,但不運輸游離脂肪酸;其與 mPTP 的關係究竟是形成孔道或調節孔道仍不明確。 | 含實驗來源 | 證據與來源ADP:ATP antiporter that mediates import of ADP into the mitochondrial matrix for ATP synthesis, and export of ATP out to fuel the cell (By similarity). Cycles between the cytoplasmic-open state (c-state) and the matrix-open state (m-state): operates by the alternating access mechanism with a single substrate-binding site intermittently exposed to either the cytosolic (c-state) or matrix (m-state) side of the inner mitochondrial membrane (By similarity). In addition to its ADP:ATP antiporter activity, also involved in mitochondrial uncoupling and mitochondrial permeability transition pore (mPTP) activity. Plays a role in mitochondrial uncoupling by acting as a proton transporter: proton transport uncouples the proton flows via the electron transport chain and ATP synthase to reduce the efficiency of ATP production and cause mitochondrial thermogenesis (By similarity). Proton transporter activity is inhibited by ADP:ATP antiporter activity, suggesting that SLC25A6/ANT3 acts as a master regulator of mitochondrial energy output by maintaining a delicate balance between ATP production (ADP:ATP antiporter activity) and thermogenesis (proton transporter activity) (By similarity). Proton transporter activity requires free fatty acids as cofactor, but does not transport it (By similarity). Also plays a key role in mPTP opening, a non-specific pore that enables free passage of the mitochondrial membranes to solutes of up to 1.5 kDa, and which contributes to cell death. It is however unclear if SLC25A6/ANT3 constitutes a pore-forming component of mPTP or regulates it (By similarity) PMID 15033708 ↗ |
| 分子活性 | ADP(in) + ATP(out) = ADP(out) + ATP(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | H(+)(in) = H(+)(out) | 推論支持 | |
| 交互作用 | SLC25A6 被描述為單體,也可與 ARL2、ARL2BP 形成複合體。它與 SMIM26 互作;SMIM26 亦與粒線體外膜的電壓閘控離子通道 VDAC1 互作,連結 VDAC1 與 SLC25A6 這兩種代謝物轉運蛋白,並確保呼吸鏈功能。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer (By similarity). Found in a complex with ARL2, ARL2BP and SLC25A6/ANT3 (By similarity). Interacts with SMIM26; SMIM26 also interacts with voltage-gated ion channel VDAC1 in the outer mitochondrial membrane, connecting the VDAC1 and SLC25A6 metabolite transporters and ensuring respiratory chain function PMID 41991342 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,SLC25A6 與 influenza A virus PB1-F2 protein 互作。 | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下,SLC25A6 與 HIV-1 Vpr 互作。 | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SLC25A6 是多次穿膜蛋白,定位於粒線體內膜。由 ARL2BP、ARL2 與 SLC25A6 組成的複合體被描述為存在於粒線體;SLC25A6 也可能定位於非粒線體膜,但此定位仍屬推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mitochondrion inner membrane / Multi-pass membrane protein; Membrane / Multi-pass membrane protein; The complex formed with ARL2BP, ARL2 and SLC25A6/ANT3 is expressed in mitochondria (By similarity). May localize to non-mitochondrial membranes (By similarity) PMID 27641616 ↗ |
核酸與蛋白質序列
CCTTTCGGTCCAGGCGGCGGCAGGGCTGAGCCAGCGACGC40CCTCCATTCACTCTCCGCGCCCGTTCTCCGGCTGTCCTCC80CGTTCCGCTGCCCGCCCTGCCACCATGACGGAACAGGCCA120TCTCCTTCGCCAAAGACTTCTTGGCCGGAGGCATCGCCGC160CGCCATCTCCAAGACGGCCGTGGCTCCGATCGAGCGGGTC200AAGCTGCTGCTGCAGGTCCAGCACGCCAGCAAGCAGATCG240CCGCCGACAAGCAGTACAAGGGCATCGTGGACTGCATTGT280CCGCATCCCCAAGGAGCAGGGCGTGCTGTCCTTCTGGAGG320GGCAACCTTGCCAACGTCATTCGCTACTTCCCCACTCAAG360CCCTCAACTTCGCCTTCAAGGATAAGTACAAGCAGATCTT400CCTGGGGGGCGTGGACAAGCACACGCAGTTCTGGAGGTAC440TTTGCGGGCAACCTGGCCTCCGGCGGTGCGGCCGGCGCGA480CCTCCCTCTGCTTCGTGTACCCGCTGGATTTCGCCAGAAC520CCGCCTGGCAGCGGACGTGGGAAAGTCAGGCACAGAGCGC560GAGTTCCGAGGCCTGGGAGACTGCCTGGTGAAGATCACCA600AGTCCGACGGCATCCGGGGCCTGTACCAGGGCTTCAGTGT640CTCCGTGCAGGGCATCATCATCTACCGGGCGGCCTACTTC680GGCGTGTACGATACGGCCAAGGGCATGCTCCCCGACCCCA720AGAACACGCACATCGTGGTGAGCTGGATGATCGCGCAGAC760CGTGACGGCCGTGGCCGGCGTGGTGTCCTACCCCTTCGAC800ACGGTGCGGCGGCGCATGATGATGCAGTCCGGGCGCAAAG840GAGCTGACATCATGTACACGGGCACCGTCGACTGTTGGAG880GAAGATCTTCAGAGATGAGGGGGGCAAGGCCTTCTTCAAG920GGTGCGTGGTCCAACGTCCTGCGGGGCATGGGGGGCGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。