演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SLC25A15ORC1

solute carrier family 25 member 15

SLC25A15 編碼粒線體載體家族蛋白,可能以交換運輸鳥胺酸與瓜胺酸,連結尿素循環在細胞質與粒線體內的反應。

Homo sapiens13q14.11UniProt Q9Y619
OFFICIAL SYMBOL
SLC25A15
CHROMOSOME
13
UNIPROT
Q9Y619
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SLC25A15(solute carrier family 25 member 15)是蛋白質編碼基因,產物屬於 mitochondrial carrier(TC 2.A.29)家族。這是一種多次穿膜的粒線體膜蛋白,蛋白質長度為 301 個胺基酸;序列註解包含六段螺旋型跨膜區,以及三個 Solcar 重複區。其基本角色是作為粒線體內膜上的物質載體,參與跨膜交換。

Official symbol
SLC25A15
Gene name
solute carrier family 25 member 15
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10985
UniProt
Q9Y619
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
ORC1lnc-HCD13S327ORNT1HHH

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1313q14.11
chr13 · 114,364,328 bp · GRCh38chr13p13 · 1–4600000 · gvarchr13p12 · 4600001–10100000 · stalkchr13p11.2 · 10100001–16500000 · gvarchr13p11.1 · 16500001–17700000 · acenchr13q11 · 17700001–18900000 · acenchr13q12.11 · 18900001–22600000 · gnegchr13q12.12 · 22600001–24900000 · gpos25chr13q12.13 · 24900001–27200000 · gnegchr13q12.2 · 27200001–28300000 · gpos25chr13q12.3 · 28300001–31600000 · gnegchr13q13.1 · 31600001–33400000 · gpos50chr13q13.2 · 33400001–34900000 · gnegchr13q13.3 · 34900001–39500000 · gpos75chr13q14.11 · 39500001–44600000 · gnegchr13q14.12 · 44600001–45200000 · gpos25chr13q14.13 · 45200001–46700000 · gnegchr13q14.2 · 46700001–50300000 · gpos50chr13q14.3 · 50300001–54700000 · gnegchr13q21.1 · 54700001–59000000 · gpos100chr13q21.2 · 59000001–61800000 · gnegchr13q21.31 · 61800001–65200000 · gpos75chr13q21.32 · 65200001–68100000 · gnegchr13q21.33 · 68100001–72800000 · gpos100chr13q22.1 · 72800001–74900000 · gnegchr13q22.2 · 74900001–76700000 · gpos50chr13q22.3 · 76700001–78500000 · gnegchr13q31.1 · 78500001–87100000 · gpos100chr13q31.2 · 87100001–89400000 · gnegchr13q31.3 · 89400001–94400000 · gpos100chr13q32.1 · 94400001–97500000 · gnegchr13q32.2 · 97500001–98700000 · gpos25chr13q32.3 · 98700001–101100000 · gnegchr13q33.1 · 101100001–104200000 · gpos100chr13q33.2 · 104200001–106400000 · gnegchr13q33.3 · 106400001–109600000 · gpos100chr13q34 · 109600001–114364328 · gnegSLC25A15pq1 bp114,364,328 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr13:40,789,409–40,812,460
Gene span
23,052 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000338625 ★40,789,611–40,812,4607
ENST0000108930440,789,409–40,812,4606
ENST0000110337840,789,409–40,812,4607
ENST0000110338040,789,409–40,809,8275
ENST0000110338140,789,409–40,809,8297
ENST0000110338240,789,409–40,812,4608
ENST0000113207440,789,409–40,812,4607
ENST0000070703340,789,468–40,812,4607
ENST0000110337440,789,597–40,812,4607
ENST0000110863740,789,635–40,802,3004
ENST0000110337540,789,774–40,812,4607
ENST0000089965340,792,126–40,812,4607

顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SLC25A15 的產物被認為是粒線體鳥胺酸-瓜胺酸反向運輸蛋白,負責兩種分子跨膜交換。所述主要反應為細胞質側的鳥胺酸與粒線體側的瓜胺酸及 H(+) 互換;H(+) 的伴隨運輸可補償鳥胺酸的正電荷,使這項交換呈電中性。此運輸方向與物質交換方式有助於連接尿素循環在細胞質和粒線體內的反應,但來源將此功能標示為可能的作用。

依反應式所列,瓜胺酸與鳥胺酸可彼此交換,並伴隨 H(+) 向相反方向移動。另有可能以反向運輸方式交換鳥胺酸與精胺酸,或交換鳥胺酸與離胺酸;這些胺基酸交換功能同樣被標示為可能。來源並指出,鳥胺酸或離胺酸也可各自與 H(+) 交換,形成電中性的運輸反應;這類交換由粒線體內膜兩側的 pH 梯度驅動,屬於依相似性推定的功能。

這些運輸活動使 SLC25A15 能在粒線體膜兩側調配尿素循環相關分子,尤其是提供細胞質與粒線體內反應之間的連結。不同底物交換及質子耦合的描述具有不同證據性質:鳥胺酸與瓜胺酸、精胺酸或離胺酸的反向交換被列為可能功能,而鳥胺酸或離胺酸與 H(+) 的交換則是依序列或功能相似性推定,不宜視為同等程度的確證。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 40789611 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SLC25A15 ENST00000338625 GRCh38 chr13:40788611-40789711 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TGAGGTCTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAACAGTGCCATCATAGCTCACTGCGGCCTCCAATTCCTGGC
CTCAAGCGATCCTCCCGCCTTGGCCTCCCAAATAGCTAAGAATAGAGGCATGTGTCACCACACCTTTTTT
TTTTTGTCGTTGTTTGTTTGTTTTTATGAAACGGAGTCTCGCTGTGTAGCCCAGGCTGGAGTGTAGTGAT
GCAATCTTGGCTCACTGCAACCTTCACCTCCCAGATTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAG
CTGGGGTTACAGACACGCACCACCACGCTGGATAAATTTTTGTAATTTTAGTACACGGGGTTTCACCATG
TTGGCCAGGCTGGTCTTGGACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCTACCTCGGCCTCCCACAGTGCTGGGAT
TACAGGCGTGAGCCACCATGCCCGGCTAATTCCTGTATTTTCATACTTAGTTGTATTTCCTATTAGGGCC
TTGGATCCCGAGTATAATTTTGTACTCAAATATAATTTATAAATAAGGCCTTAGCCTCCCAACAAGGTCA
AAGTAGCTAAAAAGTAAGTCCTCCCAACCACTGACATTACCAGCCCCCAGCCCCCAGTCCCAGCCCAGCG
GGCTAACAAGGGTCCGGCCTCAGAGAGGGTCTCGGGGATCCCAGAGGTGGGAAAGTCTCCGGAGGCGCAG
GCCCCGCTCTCCACCTTCACCAGGGTCGGCGGCAGCACCACGCCGGGTCGCGGGCTGGCTGTGCGCGCCG
CGGCCCCACGCCCACTTCCGCTTCCCGTGCTGGGGGCGGTGGCAGGGCCGGTGGGCGGTGGCGGCTCCCG
GTCTCGGCTCGGGCACGGCCCTGGGCAGGCCGCCCGCCAGCCGCAGGGGCGCTCCTGAGCTTCGCGGGGC
CGCAGTCCGGGATGCCTGCGCGAAGGGAGGGGCGAAGGGCCGGCCGTTGCCGACGTGGGTGTTAAGTGGC
CGCCCCAGCCGGCGACCCGGAGCCGAGAGCGGGCGGCGGAGCCTGAGCTGGACGCGGCCACGCCGGCGCG
GCGGTGAGCGCAGCCCGGTCTGGCGCCTGCAGCTGCGGGGAGCGCGCCAGG
SLC25A15 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SLC25A15_2 ↗13:40,789,592正股40,789,543–40,789,602
SLC25A15_1 ↗13:40,790,085正股40,790,036–40,790,095

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR13_837D7D · enhancer · 40786562–40786763 · regulatory

ENSR13_837D7P · enhancer · 40787104–40787301 · regulatory

ENSR13_BB4K8 · promoter · 40788978–40789621 · regulatory

ENSR13_BB4KC · enhancer · 40789622–40790544 · regulatory

· motif · 40784729–40784742 · motif

· motif · 40786193–40786207 · motif

· motif · 40787285–40787298 · motif

· motif · 40787285–40787298 · motif

· motif · 40788976–40788991 · motif

· motif · 40788981–40788993 · motif

· motif · 40788984–40788991 · motif

· motif · 40789162–40789174 · motif

· motif · 40789164–40789171 · motif

· motif · 40789387–40789400 · motif

· motif · 40789387–40789401 · motif

· motif · 40789393–40789402 · motif

· motif · 40789393–40789404 · motif

· motif · 40789393–40789404 · motif

· motif · 40789393–40789406 · motif

· motif · 40789393–40789407 · motif

· motif · 40789443–40789457 · motif

· motif · 40789481–40789496 · motif

· motif · 40789511–40789524 · motif

· motif · 40789570–40789583 · motif

· motif · 40790117–40790130 · motif

· motif · 40791186–40791201 · motif

· motif · 40791186–40791201 · motif

· motif · 40792858–40792866 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:301 aa

1 aa301 aa重複區跨膜區
依 Q9Y619 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

蛋白質長 301 個胺基酸,註解有六段螺旋型跨膜區,分布於胺基酸位置 5–25、68–88、110–130、168–188、207–227 與 237–257。序列另含三個 Solcar 重複區,分別位於 7–91、104–197 及 207–293;蛋白質屬於 mitochondrial carrier(TC 2.A.29)家族。

跨膜區Helical; Name=15–25 aa
跨膜區Helical; Name=268–88 aa
跨膜區Helical; Name=3110–130 aa
跨膜區Helical; Name=4168–188 aa
跨膜區Helical; Name=5207–227 aa
跨膜區Helical; Name=6237–257 aa
重複區Solcar 17–91 aa
重複區Solcar 2104–197 aa
重複區Solcar 3207–293 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · Q9Y619…

AlphaFold · Q9Y619

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Mitochondrion inner membrane;Mitochondrion membrane

SLC25A15 被註解為粒線體內膜上的多次穿膜蛋白,也列於粒線體膜定位。 來源未提供不同條件或異構型造成定位變化的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
ORC1SLC25A15
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

目前未取得此類註解。
10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

SLC25A15 的變異會造成高鳥胺酸血症-高血氨症-同型瓜胺酸尿症候群(HHHS),這是一種常在幼年發病的常染色體隱性尿素循環疾病。急性期可有嘔吐、共濟失調、嗜睡、意識混亂及昏迷;慢性表現包括肌張力低下、發展遲緩、進行性腦病變伴隨心智退化,以及帶有錐體徵象的痙攣性輕癱。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

8 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 8 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SLC25A15 可能是粒線體鳥胺酸-瓜胺酸反向運輸蛋白,能以 H(+) 配合鳥胺酸與瓜胺酸交換,藉質子補償鳥胺酸的正電荷而形成電中性運輸,並連結尿素循環在細胞質與粒線體內的反應。精胺酸和離胺酸也可能參與反向交換;依相似性推定,鳥胺酸或離胺酸亦可與 H(+) 進行電中性交換,且由內膜兩側 pH 梯度驅動。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrial ornithine-citrulline antiporter (Probable). Catalyzes the exchange between cytosolic ornithine and mitochondrial citrulline plus an H(+), the proton compensates the positive charge of ornithine thus leading to an electroneutral transport. Plays a crucial role in the urea cycle, by connecting the cytosolic and the intramitochondrial reactions of the urea cycle (Probable). Lysine and arginine are also transported by the antiport mechanism (Probable). In addition, catalyzes an electroneutral exchange of ornithine or lysine for H(+), a reaction driven by the pH gradient across the inner membrane (By similarity)

PMID 12807890 ↗ · PMID 22262851 ↗ · PMID 10369256 ↗ · PMID 19242930 ↗ · PMID 24721342 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-citrulline(in) + L-ornithine(out) + H(+)(in) = L-citrulline(out) + L-ornithine(in) + H(+)(out)含實驗來源
證據與來源

L-citrulline(in) + L-ornithine(out) + H(+)(in) = L-citrulline(out) + L-ornithine(in) + H(+)(out)

PMID 12807890 ↗ · PMID 22262851 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-ornithine(in) + L-arginine(out) = L-ornithine(out) + L-arginine(in)含實驗來源
證據與來源

L-ornithine(in) + L-arginine(out) = L-ornithine(out) + L-arginine(in)

PMID 12807890 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-lysine(in) + L-ornithine(out) = L-lysine(out) + L-ornithine(in)含實驗來源
證據與來源

L-lysine(in) + L-ornithine(out) = L-lysine(out) + L-ornithine(in)

PMID 12807890 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-lysine(out) + H(+)(in) = L-lysine(in) + H(+)(out)推論支持
證據與來源

L-lysine(out) + H(+)(in) = L-lysine(in) + H(+)(out)

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性L-ornithine(out) + H(+)(in) = L-ornithine(in) + H(+)(out)推論支持
證據與來源

L-ornithine(out) + H(+)(in) = L-ornithine(in) + H(+)(out)

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SLC25A15 被註解為粒線體內膜及粒線體膜上的多次穿膜蛋白;資料未另述定位改變的條件或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrion inner membrane / Multi-pass membrane protein; Mitochondrion membrane / Multi-pass membrane protein

PMID 10369256 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯高鳥胺酸血症-高血氨症-同型瓜胺酸尿症候群(HHHS)是幼年起病的常染色體隱性尿素循環疾病,資料指出其由影響 SLC25A15 的變異造成。急性期可能出現嘔吐、共濟失調、嗜睡、意識混亂及昏迷;慢性表現包括肌張力低下、發展遲緩、進行性腦病變伴心智退化,以及有錐體徵象的痙攣性輕癱。含實驗來源
證據與來源

Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinuria syndrome HHHS An autosomal recessive disorder of the urea cycle characterized by onset in early life. The acute phase of the disease is characterized by vomiting, ataxia, lethargy, confusion, and coma. Chronic clinical manifestations include hypotonia, developmental delay, progressive encephalopathy with mental regression, and spastic paraparesis with pyramidal signs. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 238970

PMID 10369256 ↗ · PMID 10805333 ↗ · PMID 11552031 ↗ · PMID 11668643 ↗ · PMID 11814739 ↗ · PMID 12807890 ↗ · PMID 16601889 ↗ · PMID 19242930 ↗ · PMID 22262851 ↗ · PMID 24721342 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 8 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000338625 · 3,821 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGCCGAGAGCGGGCGGCGGAGCCTGAGCTGGACGCGGCCA40
41CGCCGGCGCGGCGGGATATGTGGTGCCTGTCATAAGCTCC80
81AGAGAGCTGCCTTCCACAAGACCAGCAGAAGAGTGGGCAA120
121ACATGAAATCCAATCCTGCTATCCAGGCTGCCATTGACCT160
161CACAGCGGGGGCTGCAGGAGGTACAGCATGTGTACTGACC200
201GGGCAGCCCTTTGACACAATGAAAGTGAAGATGCAGACGT240
241TCCCTGACCTGTACCGGGGCCTCACCGACTGCTGCCTGAA280
281GACTTACTCCCAGGTGGGCTTCCGTGGCTTCTACAAGGGT320
321ACCAGTCCAGCACTAATCGCCAACATCGCTGAGAACTCAG360
361TCCTCTTCATGTGCTACGGCTTCTGCCAGCAGGTGGTGCG400
401GAAAGTGGCTGGATTGGACAAGCAGGCAAAGCTGAGTGAT440
441CTGCAGAATGCAGCCGCCGGTTCCTTCGCCTCTGCCTTTG480
481CTGCACTGGTGCTCTGCCCCACGGAGCTCGTGAAGTGCCG520
521GCTGCAGACCATGTATGAGATGGAGACATCAGGGAAGATA560
561GCCAAGAGCCAGAATACAGTGTGGTCTGTCATCAAAAGTA600
601TTCTTAGGAAAGATGGCCCCTTGGGGTTCTACCATGGACT640
641CTCAAGCACTTTACTTCGAGAAGTACCAGGCTATTTCTTC680
681TTCTTCGGTGGCTATGAACTGAGCCGGTCCTTTTTTGCAT720
721CAGGGAGATCAAAAGATGAATTAGGCCCTGTACCTTTGAT760
761GTTAAGTGGTGGAGTTGGTGGGATTTGCCTCTGGCTTGCG800
801GTATACCCAGTGGATTGTATCAAATCCAGAATTCAAGTTC840
841TTTCCATGTCTGGAAAACAGGCAGGATTTATCAGAACCTT880
881TATAAATGTTGTGAAAAATGAAGGAATAACGGCCTTATAT920
921TCTGGACTGAAACCTACTATGATTCGAGCATTCCCTGCCA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。