演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SLC25A1CTP

solute carrier family 25 member 1

SLC25A1 編碼粒線體載體家族的多次跨膜蛋白,作為電中性的反向運輸蛋白,主要將 citrate 輸送至細胞質,並以 malate 作為交換底物。

Homo sapiens22q11.21UniProt P53007
OFFICIAL SYMBOL
SLC25A1
CHROMOSOME
22
UNIPROT
P53007
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SLC25A1(solute carrier family 25 member 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於粒線體載體(TC 2.A.29)家族。這類蛋白位於膜中,負責跨膜運送代謝物;SLC25A1 的蛋白質具有多段跨膜螺旋,並含有三個 Solcar 重複區,呈現粒線體載體家族的結構特徵。

Official symbol
SLC25A1
Gene name
solute carrier family 25 member 1
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10979
UniProt
P53007
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
CTPCICSLC20A3

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 2222q11.21
chr22 · 50,818,468 bp · GRCh38chr22p13 · 1–4300000 · gvarchr22p12 · 4300001–9400000 · stalkchr22p11.2 · 9400001–13700000 · gvarchr22p11.1 · 13700001–15000000 · acenchr22q11.1 · 15000001–17400000 · acenchr22q11.21 · 17400001–21700000 · gnegchr22q11.22 · 21700001–23100000 · gpos25chr22q11.23 · 23100001–25500000 · gnegchr22q12.1 · 25500001–29200000 · gpos50chr22q12.2 · 29200001–31800000 · gnegchr22q12.3 · 31800001–37200000 · gpos50chr22q13.1 · 37200001–40600000 · gnegchr22q13.2 · 40600001–43800000 · gpos50chr22q13.31 · 43800001–48100000 · gnegchr22q13.32 · 48100001–49100000 · gpos50chr22q13.33 · 49100001–50818468 · gnegSLC25A1pq1 bp50,818,468 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr22:19,175,573–19,178,863
Gene span
3,291 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000215882 ★19,175,581–19,178,7369
ENST0000045128319,175,573–19,178,5219
ENST0000088050819,175,573–19,178,7889
ENST0000088050919,175,573–19,178,7889
ENST0000088051019,175,573–19,178,7889
ENST0000088051119,175,573–19,178,7889
ENST0000088051219,175,573–19,178,7889
ENST0000088051319,175,573–19,178,7889
ENST0000092318819,175,573–19,178,7888
ENST0000098794119,175,573–19,178,7888
ENST0000098794519,175,573–19,178,7889
ENST0000111959319,175,573–19,178,7888

顯示 12/14 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SLC25A1 產物是粒線體內膜上的電中性反向運輸蛋白,主要將 citrate 從粒線體輸送至細胞質,同時把 malate 送往相反方向。這種交換使粒線體內外的代謝物得以往返運輸;其核心底物組合為 citrate 與 malate,資料亦記載其他可交換的底物。

除了 malate,SLC25A1 也能介導 citrate 與 isocitrate、phosphoenolpyruvate、cis-aconitate 的交換;trans-aconitate、maleate 與 succinate 亦可參與交換,但程度較低。這些底物的交換方向相反:當其中一種底物位於粒線體內側而 citrate 位於外側時,運輸後兩者的位置對調。此處的方向描述依各底物的跨膜交換關係,不表示所有底物的交換程度相同。

底物交換不是兩種分子同時穿越膜面。運輸過程依序進行:第一種底物先被運送,並從底物結合位點解離;之後第二種底物才結合該位點,朝相反方向運輸。這種依序結合與轉運的方式,構成 SLC25A1 反向交換底物的分子機制。

輸送至細胞質的 citrate 可參與脂肪酸與 sterol 合成、糖解作用調節及蛋白質乙醯化,也涉及其他生理與病理過程。因此,SLC25A1 的運輸功能將粒線體中的 citrate 與細胞質內多種代謝及調控用途連結;現有資料支持其參與這些過程,但未進一步界定各用途所占的比例或彼此間的相對重要性。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 19178736 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SLC25A1 ENST00000215882 GRCh38 chr22:19178636-19179736 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CCTCTGAGCCATCCCAGAGCCTGGGGAGGCCAGGGTAGAGGCTGACGGCGCAAGACCAGCTTTAGCCGAC
AACAGAGACTGGACTGTGGGCCCTCCTGCTGGAGCCAGGCCTTCCTCCTGGGCGCCTCCGACTGGCTGGA
GCTGCCCCCTCCAGGCCAGTTTGAAGACTACATGAACACGTCTTGTTTGGAGGTACCGGACCTCATAAAA
GGACTCTCAGCCTCTTGGCAATCATAAATATTAAAGTCGGTTTATCCAGGCAAAGGTGCTCTGCTTGGTG
CTGGTATGGGTAGGAGGGACGGGCCAGTTTCCTAGGCCCCGCAGTCCATTAAAGATTTGCTGGGTCCTCT
TTGGGGTGTGGGACCTCCGTTGCCCAGACAAGCTGCCTAGGAGAATACAGCCGCTTGCATTTGTGGTCTT
TCCTGACCTTGTTCGCTGAGCGCAGAAACTACAACCGGGAAAGGTGTGGGTGGGAACCGGCAGGTGAGGC
CCGGCCCGTGGCTGCTGCGGGAGGGGGGCCCGGCGGCGTAGCCCCTTCTCACCGGCCTCCCGCCTCCCGC
CTCCAGGTTTGAAACGTTAGAGTTCCTCTGGGACTGGGCTAGCCCCACGTGTTTTCGGGGAGGGTGTGCC
CCTGGCCTCCGGGATCCCTGGGGATCCCGCCGCTCTCGACAGTCGCGCAGACCCGAGGCCCGCTATCCCG
CGGCGCGGCACACAGTGCACCTTGACCCACTGCTCGGAGCTGGGCCACGGCTCCGCCTCCCGCAGCCCCG
CCCCCGTCCCGCCGCTCGCGGTCGCCCAGGGACTCGGCCTCGGCCATTGGCTGCGCTTTGGCCCCGCCCC
TACGCCTGCCTCGGCGCGCCCCGCCCAGGCCTCAGTTTCCCGGCCCGCACGGGGCGGGCTGGGGGCGGGG
CCTGGCTCGGACCACGCGGGGCGGGACCTGGAGCTGACGCGGCCGCCCCGCCCCTGGGACCATAACCGGC
CGCCGCCGCCACCGCGGACCGAGCGCGGAGTTCTGGAGTCTCGGACCCGAAGCCGCCACAGGGCGCCCCG
CCTCCCGCCCGCCATGCCCGCGCCCCGCGCCCCGCGCGCTCTGGCGGCCGC
SLC25A1 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SLC25A1_1 ↗22:19,178,736負股19,178,726–19,178,785

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR22_B5RQP · promoter · 19178511–19179226 · regulatory

ENSR22_56HRJ9 · CTCF_binding_site · 19178688–19178709 · regulatory

ENSR22_56HRNH · CTCF_binding_site · 19179598–19179619 · regulatory

ENSR22_8K84R · enhancer · 19180367–19180593 · regulatory

ENSR22_99LKF · enhancer · 19182118–19182464 · regulatory

· motif · 19175845–19175860 · motif

· motif · 19175851–19175863 · motif

· motif · 19175886–19175898 · motif

· motif · 19175888–19175901 · motif

· motif · 19177352–19177367 · motif

· motif · 19178495–19178506 · motif

· motif · 19178495–19178506 · motif

· motif · 19178497–19178506 · motif

· motif · 19178575–19178584 · motif

· motif · 19178690–19178706 · motif

· motif · 19179008–19179021 · motif

· motif · 19179081–19179094 · motif

· motif · 19179081–19179094 · motif

· motif · 19179142–19179155 · motif

· motif · 19179142–19179155 · motif

· motif · 19179600–19179616 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:311 aa

1 aa311 aa重複區跨膜區
依 P53007 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SLC25A1 蛋白長 311 個胺基酸,屬於粒線體載體(TC 2.A.29)家族。序列註解指出有六段跨膜螺旋,並標示三個 Solcar 重複區:Solcar 1、Solcar 2 與 Solcar 3。

跨膜區Helical; Name=129–46 aa
跨膜區Helical; Name=286–105 aa
跨膜區Helical; Name=3129–143 aa
跨膜區Helical; Name=4183–202 aa
跨膜區Helical; Name=5224–241 aa
跨膜區Helical; Name=6278–297 aa
重複區Solcar 123–111 aa
重複區Solcar 2122–208 aa
重複區Solcar 3218–303 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P53007…

AlphaFold · P53007

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Mitochondrion inner membrane

SLC25A1 是粒線體內膜的多次跨膜蛋白。 定位資料未描述其在不同條件下的移動或異構型差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
CTPSLC25A1
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

資料將 SLC25A1 記載為單體;未提供其與其他蛋白質實體結合或組成複合體的資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

SLC25A1 相關變異與兩種常染色體隱性疾病有關。Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria 為神經代謝疾病,可於新生兒期出現腦病變、嚴重肌無力、難治性癲癇與呼吸窘迫,並可能缺乏精神動作發展而早逝;腦部影像可見腦室擴大、髓鞘化延遲及生殖層囊腫。Myasthenic syndrome, congenital, 23, presynaptic 則屬先天性肌無力症候群,與神經肌肉傳遞失常相關,臨床表現包括容易疲倦及肌無力。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

12 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 12 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SLC25A1 是粒線體電中性反向運輸蛋白,主要將 citrate 輸出至細胞質並交換 malate,也能交換 isocitrate、phosphoenolpyruvate、cis-aconitate;trans-aconitate、maleate 與 succinate 的交換程度較低。底物依序運輸,第一種底物解離後,第二種才結合並反向運輸。細胞質 citrate 參與脂肪酸與 sterol 合成、糖解作用調節、蛋白質乙醯化及其他生理病理過程。含實驗來源
證據與來源

Mitochondrial electroneutral antiporter that exports citrate from the mitochondria into the cytosol in exchange for malate. Also able to mediate the exchange of citrate for isocitrate, phosphoenolpyruvate, cis-aconitate and to a lesser extent trans-aconitate, maleate and succinate. Substrate exchange across the membrane occurs consecutively with one substrate being transported first, then dissociating from the substrate binding site before the second substrate binds for transport in the opposite direction. In the cytoplasm, citrate plays important roles in fatty acid and sterol synthesis, regulation of glycolysis, protein acetylation, and other physiopathological processes

PMID 26870663 ↗ · PMID 29031613 ↗ · PMID 29238895 ↗ · PMID 38937634 ↗ · PMID 39881208 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性(S)-malate(in) + citrate(out) = (S)-malate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

(S)-malate(in) + citrate(out) = (S)-malate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗ · PMID 29238895 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性D-threo-isocitrate(in) + citrate(out) = D-threo-isocitrate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

D-threo-isocitrate(in) + citrate(out) = D-threo-isocitrate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性citrate(out) + succinate(in) = citrate(in) + succinate(out)含實驗來源
證據與來源

citrate(out) + succinate(in) = citrate(in) + succinate(out)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性cis-aconitate(in) + citrate(out) = cis-aconitate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

cis-aconitate(in) + citrate(out) = cis-aconitate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性trans-aconitate(in) + citrate(out) = trans-aconitate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

trans-aconitate(in) + citrate(out) = trans-aconitate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性phosphoenolpyruvate(in) + citrate(out) = phosphoenolpyruvate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

phosphoenolpyruvate(in) + citrate(out) = phosphoenolpyruvate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性maleate(in) + citrate(out) = maleate(out) + citrate(in)含實驗來源
證據與來源

maleate(in) + citrate(out) = maleate(out) + citrate(in)

PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Monomer含實驗來源
證據與來源

Monomer

PMID 38937634 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SLC25A1 位於粒線體內膜,是多次跨膜蛋白。推論支持
證據與來源

Mitochondrion inner membrane / Multi-pass membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria(D2L2AD)是常染色體隱性神經代謝疾病,相關變異影響 SLC25A1。疾病可於新生兒期以腦病變、嚴重肌無力、難治性癲癇、呼吸窘迫及精神動作發展缺乏為表現,可能導致早逝;腦部影像異常包括腦室擴大、髓鞘化延遲及生殖層囊腫。含實驗來源
證據與來源

Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria D2L2AD An autosomal recessive neurometabolic disorder characterized by neonatal-onset encephalopathy with severe muscular weakness, intractable seizures, respiratory distress, and lack of psychomotor development resulting in early death. Brain imaging shows abnormalities including enlarged ventricles, delayed myelination, and germinal layer cysts. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 615182

PMID 23393310 ↗ · PMID 23561848 ↗ · PMID 25614306 ↗ · PMID 27306203 ↗ · PMID 29031613 ↗ · PMID 29226520 ↗ · PMID 29238895 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

疾病關聯Myasthenic syndrome, congenital, 23, presynaptic(CMS23)是先天性肌無力症候群的一型,相關變異影響 SLC25A1,遺傳方式為常染色體隱性。此類非自體免疫疾病涉及神經肌肉傳遞失常,可包括突觸前、突觸或突觸後問題;臨床特徵包括容易疲倦與肌無力。含實驗來源
證據與來源

Myasthenic syndrome, congenital, 23, presynaptic CMS23 A form of congenital myasthenic syndrome, a group of disorders characterized by failure of neuromuscular transmission, including pre-synaptic, synaptic, and post-synaptic disorders that are not of autoimmune origin. Clinical features include easy fatigability and muscle weakness. CMS23 inheritance is autosomal recessive. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618197

PMID 26870663 ↗ · PMID 29031613 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 12 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000215882 · 1,548 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GAGCGCGGAGTTCTGGAGTCTCGGACCCGAAGCCGCCACA40
41GGGCGCCCCGCCTCCCGCCCGCCATGCCCGCGCCCCGCGC80
81CCCGCGCGCTCTGGCGGCCGCCGCGCCCGCGTCCGGGAAG120
121GCCAAGCTGACGCACCCGGGGAAGGCGATCCTGGCAGGCG160
161GCCTGGCGGGTGGCATCGAGATCTGCATCACCTTCCCCAC200
201CGAGTACGTGAAGACGCAGCTGCAGCTGGACGAGCGCTCG240
241CACCCGCCGCGGTACCGGGGCATCGGGGACTGCGTGCGGC280
281AGACGGTTCGCAGCCATGGCGTCCTGGGCCTGTACCGCGG320
321CCTTAGCTCCCTGCTCTACGGTTCCATCCCCAAGGCGGCC360
361GTCAGGTTTGGAATGTTCGAGTTCCTCAGCAACCACATGC400
401GGGATGCCCAGGGACGGCTGGACAGCACGCGTGGGCTGCT440
441GTGCGGCCTGGGCGCTGGCGTGGCCGAGGCCGTGGTGGTC480
481GTGTGCCCCATGGAGACCATCAAGGTGAAGTTCATCCACG520
521ACCAGACCTCCCCAAACCCCAAGTACAGAGGATTCTTCCA560
561CGGGGTTAGGGAGATTGTGCGGGAACAAGGGCTGAAGGGG600
601ACGTACCAGGGCCTCACAGCCACTGTCCTGAAGCAGGGCT640
641CGAACCAGGCCATCCGCTTCTTCGTCATGACCTCCCTGCG680
681CAACTGGTACCGAGGGGACAACCCCAACAAGCCCATGAAC720
721CCTCTGATCACTGGGGTCTTCGGAGCTATTGCAGGCGCAG760
761CCAGTGTCTTTGGAAACACTCCTCTGGATGTGATTAAGAC800
801CCGGATGCAGGGCCTGGAGGCGCACAAATACCGGAACACG840
841TGGGACTGCGGCTTGCAGATCCTGAAGAAGGAGGGGCTCA880
881AGGCATTCTACAAGGGCACTGTCCCCCGCCTGGGCCGGGT920
921CTGCCTGGATGTGGCCATAGTGTTTGTCATCTATGATGAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。