演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SLC1A6EAAT4

solute carrier family 1 member 6

SLC1A6 編碼高親和力、鈉依賴性的胺基酸轉運蛋白,可運送谷胺酸及天冬胺酸,並參與突觸間隙中谷胺酸的清除。

Homo sapiens19p13.12UniProt P48664
OFFICIAL SYMBOL
SLC1A6
CHROMOSOME
19
UNIPROT
P48664
PDB / ALPHAFOLD
AlphaFold
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SLC1A6(solute carrier family 1 member 6)是蛋白質編碼基因,產物屬於 dicarboxylate/amino acid:cation symporter(DAACS)家族的 SLC1A6 subfamily。其蛋白質長 564 個胺基酸,為多次跨膜蛋白,具有多段螺旋型跨膜區。這些特徵符合其作為膜上胺基酸轉運蛋白的基本性質。

Official symbol
SLC1A6
Gene name
solute carrier family 1 member 6
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10944
UniProt
P48664
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
EAAT4

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919p13.12
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25SLC1A6pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:14,950,024–15,022,990
Gene span
72,967 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000594383 ★14,950,033–14,979,86410
ENST0000043093914,950,024–15,010,6209
ENST0000022174214,950,024–14,972,9189
ENST0000088539114,950,024–14,979,89010
ENST0000092126114,950,024–14,979,86211
ENST0000092126214,950,024–14,979,85512
ENST0000092126314,950,024–14,979,85511
ENST0000092126414,950,024–14,979,85510
ENST0000092126514,950,024–14,979,82812
ENST0000113927214,950,024–14,979,86410
ENST0000060014414,950,195–14,977,0279
ENST0000059850414,961,310–14,979,6938

顯示 12/22 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SLC1A6 產物是鈉依賴性、高親和力的胺基酸轉運蛋白,可介導 L-glutamate、L-aspartate 與 D-aspartate 的攝取。它以共轉運方式將胺基酸與 Na(+)及質子一同運入細胞,並配合 K(+)反向運輸;來源所列的反應式中,每個胺基酸分子對應三個 Na(+)與一個質子進入,並有一個 K(+)向外運送。

除胺基酸運輸外,SLC1A6 也介導未與胺基酸運輸耦聯的 Cl(-)通量。這項通量可避免天冬胺酸與 Na(+)共轉運所造成的負電荷累積,顯示其離子通量亦與維持運輸過程中的電荷平衡有關。

在神經突觸功能方面,SLC1A6 被認為與其他相關運輸途徑具有部分冗餘作用,能快速移除突觸間隙中釋放的 glutamate。這種清除有助於終止 glutamate 對突觸後細胞的作用;來源將此功能標示為可能性,而非確定結論。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 14979864 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SLC1A6 ENST00000594383 GRCh38 chr19:14979764-14980864 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GACCTTGGACAAGTTATTGAACCTTTCTGAGCACCTGTCCCCGCCCTGAAAATAGAGGAAGTGATATATA
CTTTATAGGAGTGTGTAGATTAAATATAAGTATTAATAAAAGAGCCTGCCTAGTTCAGGAGGTCGCCATC
AACACTTCATCAACAACAACAACAATAATAAAAAACATTGAACGTGCACTGACTTTTTTTTTTTTTTTTT
GACGGAGTCTCGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGAGCAGTGGTGCGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCT
CCTGTGTTCAAGTGATCCTCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCC
CAGCCTGCACTGAGTTTTTATTCATACGACAGACCTGATGCTCAGATCTTTAAATGGCATTAGCTCTCAG
GAGAGGCAGAAGATGTGGGAAGCAACCAAGTCATTGCCTTTCGAGAAGAAAAGTCGAGTGCACCTTGCCT
GGTGTGCTCTAAAGACAGCAAAGAATAATATTAATTACAATAGGAACGACATTATCCATCTCCCATTTGC
CCAGTGCTTCGCGCTGGCACGGAGCATTTCCAGCCTCACGCGCTTTAATTTTCTCAGCTTTAATTTTCTG
TGGGGTCGGCCAAGCCATCTTCCTTGTTTAGCGGAGGAAGCCAGGCTCAGAGAGGGAGAGGAGTTGGCCC
AAGGGCACACAGCAGCCAAGTGGCCAAGGCCGGAAGGTGCACCCGCAAGGAGAAGGGGGCAGCGGAGCCC
TCTCCCTGGCTGTTGTTACTGGGACACTAGAGCCGCGCCTTCCCCAGGCCTCCGCCGAGGCTGCTGGAGC
GGGTCCCGCGGTGCCAGGGCCTGTTCCCCGCGCTCCGCCAGGGATGCTGGGGCCTCCGAGGGCTCCGGAG
GCGGTTTAGGGGGCGGGGGCGCGGAGGCGCGGCTCCGAGCAGGGGGCGGGGGCTGGATGCCGGAGAGGCC
ACTCACCCCCGCCCACCCCCAGTCCCCCTCCCTTCGCAAGCACGCTGTCCCCCTTCTCCCACACGGCTGC
GGAGCCTGGGCTGGGCGCGGGGGAGGCGGAGGGCATCGCGGAGGGGATCCC
SLC1A6 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SLC1A6_3 ↗19:14,972,826負股14,972,816–14,972,875
SLC1A6_4 ↗19:14,977,036負股14,977,026–14,977,085
SLC1A6_1 ↗19:14,979,648負股14,979,638–14,979,697
SLC1A6_2 ↗19:15,023,103負股15,023,093–15,023,152

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR19_8FW3J · enhancer · 14979176–14979348 · regulatory

ENSR19_8FW3P · enhancer · 14979477–14979682 · regulatory

ENSR19_97XJG · promoter · 14979683–14980161 · regulatory

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:564 aa

1 aa564 aa跨膜區拓樸區域
依 P48664 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SLC1A6 蛋白質長 564 個胺基酸,屬於 DAACS 家族的 SLC1A6 subfamily。序列註解包含 N 端第 1–55 位的 Cytoplasmic 區段,以及多段 Helical 跨膜區;來源列出的跨膜區包括第 56–76、99–119、133–153、262–285、295–322、344–365、411–437 與 498–519 位。

拓樸區域Cytoplasmic1–55 aa
跨膜區Helical56–76 aa
跨膜區Helical99–119 aa
跨膜區Helical133–153 aa
跨膜區Helical; Name=4262–285 aa
跨膜區Helical; Name=5295–322 aa
跨膜區Helical; Name=6344–365 aa
跨膜區Helical; Name=7411–437 aa
跨膜區Helical; Name=8498–519 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 AlphaFold · P48664…

AlphaFold · P48664

現有 AlphaFold DB 預測;低信心區域與多構形狀態需分別解讀

查看原始結構紀錄 ↗

預測模型;依 pLDDT 著色。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cell membrane

SLC1A6 定位於細胞膜,屬於多次跨膜蛋白。 來源未提供其定位隨條件改變或異構型差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
EAAT4SLC1A6
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SLC1A6 被註記為形成同源三聚體(homotrimer)。來源未提供其與其他蛋白質實體結合或共同組成複合體的資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

6 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 6 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SLC1A6 是鈉依賴性高親和力胺基酸轉運蛋白,可攝取 L-glutamate、L-aspartate 與 D-aspartate。運輸時胺基酸與兩至三個 Na(+)及一個質子同向移動,並伴隨一個 K(+)反向運輸;另有不與胺基酸運輸耦聯的 Cl(-)通量,可避免天冬胺酸與 Na(+)共轉運造成負電荷累積。它可能與其他途徑共同快速清除突觸間隙中的 glutamate,協助終止突觸後作用。含實驗來源
證據與來源

Sodium-dependent, high-affinity amino acid transporter that mediates the uptake of L-glutamate and also L-aspartate and D-aspartate. Functions as a symporter that transports one amino acid molecule together with two or three Na(+) ions and one proton, in parallel with the counter-transport of one K(+) ion. Mediates Cl(-) flux that is not coupled to amino acid transport; this avoids the accumulation of negative charges due to aspartate and Na(+) symport. Plays a redundant role in the rapid removal of released glutamate from the synaptic cleft, which is essential for terminating the postsynaptic action of glutamate (Probable)

PMID 26690923 ↗ · PMID 7791878 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性K(+)(in) + L-glutamate(out) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = K(+)(out) + L-glutamate(in) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)含實驗來源
證據與來源

K(+)(in) + L-glutamate(out) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = K(+)(out) + L-glutamate(in) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)

PMID 7791878 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性K(+)(in) + L-aspartate(out) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = K(+)(out) + L-aspartate(in) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)含實驗來源
證據與來源

K(+)(in) + L-aspartate(out) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = K(+)(out) + L-aspartate(in) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)

PMID 7791878 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

分子活性D-aspartate(out) + K(+)(in) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = D-aspartate(in) + K(+)(out) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)推論支持
證據與來源

D-aspartate(out) + K(+)(in) + 3 Na(+)(out) + H(+)(out) = D-aspartate(in) + K(+)(out) + 3 Na(+)(in) + H(+)(in)

PMID 7791878 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Homotrimer推論支持
證據與來源

Homotrimer

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SLC1A6 被定位於細胞膜,並屬於多次跨膜蛋白;此項註記未提供不同條件下的定位變化或異構型差異。含實驗來源
證據與來源

Cell membrane / Multi-pass membrane protein

PMID 26690923 ↗ · PMID 7791878 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 6 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000594383 · 2,420 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTCCCCCTCCCTTCGCAAGCACGCTGTCCCCCTTCTCCC40
41ACACGGCTGCGGAGCCTGGGCTGGGCGCGGGGGAGGCGGA80
81GGGCATCGCGGAGGGGATCCCGCCCCCTCCCCCGGCCGCT120
121CGGTGCCCCCACACCCACGTGAGCGCAGGGCCGGCCCGGA160
161TCCCTCCCGCAGCATAGCGCGTCCCGGCTCCGCGCCGGTG200
201CCTCCACGGTCCGGTCCCCGCGCCGGTGCTGCACAGTCCC240
241TGGCGGGTCCCCGCGGCCCCGGCCGGGCGCTTCGCCGGGC280
281TCCGGCTCCTGCATCCGGGCGCAGCGCGCAGGCCGAGGCG320
321CGGGCAGGCCGCCCCCGCCGCTCCGGACGCCGGTGAGTGG360
361GGACTCCGCGGCTCGGCGCGGGGACTCGGTGTGGCTGCGG400
401CGCGGAGGTTGCGGGCAGGTGGGGGATCCGAGGCGCTGGG440
441GTCAGGCGTGTGGGGCGCTCCCTGCGCCCACGTCCCCACT480
481TCTCCGCCGCCCTTTGTCTCTGAGCTCCTGCTTGCCCCTT520
521AGAGCCGTTGCCACCGCTTTTCTCCTGGTCGTTCTGATAG560
561ACCATGAGCAGCCATGGCAACAGCCTGTTCCTGCGGGAGA600
601GCGGCCAGCGGCTGGGCCGGGTGGGCTGGCTGCAGCGGCT640
641GCAGGAAAGCCTGCAGCAGAGAGCACTGCGCACGCGCCTG680
681CGCCTGCAGACCATGACCCTCGAGCACGTGCTGCGCTTCC720
721TGCGCCGAAACGCCTTCATTCTGCTGACGGTCAGCGCCGT760
761GGTCATTGGGGTCAGCCTGGCCTTTGCCCTGCGCCCATAT800
801CAGCTCACCTACCGCCAGATCAAGTACTTCTCTTTTCCTG840
841GAGAGCTTCTGATGAGGATGCTGCAGATGCTGGTGTTACC880
881TCTCATTGTCTCCAGCCTGGTCACAGGTATGGCATCCCTG920
921GACAACAAGGCCACGGGGCGGATGGGGATGCGGGCAGCTG960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。