基因總覽
SLC16A6(solute carrier family 16 member 6)是蛋白質編碼基因,其產物屬於 major facilitator superfamily,並歸入 Monocarboxylate porter(TC 2.A.1.13)家族。這類蛋白質具有多次跨膜結構;SLC16A6 的蛋白質序列長度為 523 個胺基酸,包含多段跨膜螺旋,並在膜內外形成交替分布的區段。其主要角色是作為對 taurine 具選擇性的單羧酸轉運蛋白。現有資料指出其轉運能力偏低親和力,並可能在 taurine 濃度較高的組織中發揮作用。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000580666 ★ | 68,267,026–68,291,127 | 6 |
| ENST00000327268 | 68,267,026–68,291,216 | 7 |
| ENST00000957248 | 68,267,026–68,290,866 | 6 |
| ENST00000957249 | 68,267,026–68,291,216 | 7 |
| ENST00001137178 | 68,267,026–68,291,216 | 6 |
| ENST00000583477 | 68,271,628–68,291,267 | 4 |
| ENST00000582867 | 68,274,048–68,291,182 | 5 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC16A6 的產物是對 taurine 具選擇性的轉運蛋白,可促進 taurine 跨越細胞膜移動。資料描述的轉運方向包含流出與流入,因此其作用不限定為單向輸送;其反應表示式亦記為 taurine(out) = taurine(in)。這反映該蛋白能協助 taurine 在細胞膜兩側轉移,但來源未進一步說明方向如何受細胞內外濃度或其他因素調控。
此轉運被描述為促進性轉運,且不依賴 pH 或 sodium。也就是說,所述的 taurine 跨膜輸送不需要以 pH 梯度或 sodium 作為依據。資料並指出 SLC16A6 可能與 BSG/CD147 或 EMB/GP70 這類輔助蛋白相關聯,以介導 taurine 的流入或流出;這些蛋白的參與方式在資料中以可能性表述,並未提供更細的分子步驟。
SLC16A6 的 taurine 轉運親和力相對偏低,因此來源推測,它較可能在 taurine 濃度高的組織中有效進行輸送。這項特性將其作用情境與局部 taurine 的高濃度連結,但資料未指出特定組織,也未提供轉運速率或濃度門檻。現有說明支持其參與 taurine 跨膜移動,至於這項轉運在更廣泛生理過程中的具體影響,來源並未詳述。
Promoter 與基因調控
>SLC16A6 ENST00000580666 GRCh38 chr17:68291027-68292127 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GCAAGGCACCCGCAGCGGCCCGGCCGCTCGCTCCCTGGGGCCCACTGCGACACTCCCTCCCCACTGCCGG AAGGGGAACTGTGGGGGTGCGCGAGTTGACGAAACTGGGGGAAGTGGGCGCTGCAGGAGGAACTCAGGCG CCGCGCGCGCAGCTCACACCCAAACTGGAAGGAACCTGTTCTGCCCGGGGCGGGCGCGAAGCCGCCGCAG CCGCGAGCGCCGCGCGGGATCAGCCCCGGCGCGCGCGTGTTCCCCCTCGCCGCTAAATCCCTAAATCCTC AGGGCGCGGGCGGGACTGGGCGGTGGGCGCGCCGGGAAGGCGCCCGGGGGTGGGGACGGGGACCCGCGCG CTCGCGCCTGGCCGAGGTGCTCCGAGACAGGATGCAGGCACCCCCAACACCCTGCACGCTCGCGCTCCTA CTAGCGTTGCAGCAAAGCTCCGGGGTCTGGGCGGGTCACGCGCGCAGAGGCGCACCCGGGTTGGGAGATC GGGGCGTTGTGCCAAGGACCCCGGCGGCGCTGGCGGGGGCGGCCCGGCCCCGGACCGCGACGCGGTTACC TTTCGTGACCCCCAGCCCAGGCGGCAGGCTGGCGGGCGCGCGACCGGCGCGGCTCAGGTCCACGTGGGAC GGCGCGCGCGCGCCAGGCAGGCCCCCTCCTTGGCTGCGCTCAGCGCTCGCAGCACATGGTCGGCGGCGGC GCGCCCCCGAGGCCGGCGGAGACCGGCTGCAGCCGGTATAGGATAAGAGCTAGGCAGCGACGCGGGGCCG GGGCGCGGGCGGCAGCACGCACGGCCCGGGTCGCAGGCGGCCGGGGTGGGGGGCGGGGGGAGGGTGTGGC TCGGGTGCCCGAGTCGCGGGAGTGGGTGGAGGGCCCGGGCGCTCGGGCCTCACCAGCCCGAGCCAACTTG CGCTAGAGTCGGGCCCGCCCCCTAAGGGGTTAATCCTTTTCTCATGTTACCGAGCGGCTTATAAGGAGGG GGAGGCCAAGCCTCCGCCTTATTGGGAGCCTTTGGGGGTTTATTCTCTTCCCTTCTAACTTGGTGAGTTG GTTTATTATTTTACATGTTTAAAAGTTTGATTGTGGGATGTGGGTTGTTTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC16A6_2 ↗ | 17:68,283,694 | 負股 | 68,283,684–68,283,743 |
| SLC16A6_1 ↗ | 17:68,291,127 | 負股 | 68,291,117–68,291,176 |
| SLC16A6_3 ↗ | 17:68,291,236 | 負股 | 68,291,226–68,291,285 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_BHJWP · enhancer · 68288323–68289099 · regulatory
ENSR17_C8QXZ · enhancer · 68289340–68291105 · regulatory
ENSR17_9324T7 · promoter · 68291106–68291528 · regulatory
ENSR17_9324TC · promoter · 68291582–68292082 · regulatory
ENSR17_C8QZ6 · enhancer · 68292083–68293301 · regulatory
ENSR17_9324W3 · enhancer · 68294012–68294477 · regulatory
· motif · 68288440–68288455 · motif
· motif · 68288580–68288593 · motif
· motif · 68288825–68288833 · motif
· motif · 68288825–68288842 · motif
· motif · 68290430–68290438 · motif
· motif · 68291258–68291271 · motif
· motif · 68291356–68291369 · motif
· motif · 68291359–68291375 · motif
· motif · 68291449–68291464 · motif
· motif · 68291556–68291563 · motif
· motif · 68291595–68291608 · motif
· motif · 68291912–68291929 · motif
· motif · 68291955–68291969 · motif
· motif · 68292047–68292061 · motif
· motif · 68292053–68292062 · motif
· motif · 68292201–68292215 · motif
· motif · 68292201–68292215 · motif
· motif · 68292227–68292238 · motif
· motif · 68292263–68292272 · motif
· motif · 68292356–68292368 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:523 aa
SLC16A6 蛋白質長 523 個胺基酸,屬於 major facilitator superfamily 與 Monocarboxylate porter(TC 2.A.1.13)家族。序列註解預測其具有多段跨膜螺旋,並交替分布胞質側與細胞外側區段;較長的胞質側區域位於第 206–299 個胺基酸位置。這些拓樸註解依序列特徵推定。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC16A6 被標註為多次跨膜蛋白,定位於細胞膜的基底外側區域。 來源未提供定位隨條件改變的資訊,也未區分不同異構型。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- WFS1O76024 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SLC16A6 可與輔助蛋白 BSG/CD147 或 EMB/GP70 形成具功能性的複合體。現有資料支持的是複合體與功能關係,未進一步說明兩者是否直接實體結合,或其組成與作用方式。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC16A6 是對 taurine 具選擇性的單羧酸轉運蛋白,可能與 BSG/CD147 或 EMB/GP70 輔助蛋白相關聯,促進 taurine 經細胞膜流入或流出。此轉運不依賴 pH 或 sodium,且親和力相對偏低;來源推測其較可能在 taurine 濃度高的組織中有效運作。 | 推論支持 | 證據與來源Monocarboxylate transporter selective for taurine. May associate with BSG/CD147 or EMB/GP70 ancillary proteins to mediate facilitative efflux or influx of taurine across the plasma membrane. The transport is pH- and sodium-independent. Rather low-affinity, is likely effective for taurine transport in tissues where taurine is present at high concentrations |
| 分子活性 | taurine(out) = taurine(in) | 推論支持 | |
| 交互作用 | SLC16A6 與輔助蛋白 BSG/CD147 或 EMB/GP70 形成具功能性的複合體;資料未進一步交代複合體的組成細節或分子作用方式。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | SLC16A6 是多次跨膜蛋白,定位於細胞膜的基底外側區域。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
ATTGGGAGCCTTTGGGGGTTTATTCTCTTCCCTTCTAACT40TGATTAAGAATGACCCAAAATAAATTAAAGCTTTGTTCCA80AAGCCAATGTGTATACTGAAGTGCCTGATGGAGGATGGGG120CTGGGCGGTAGCTGTTTCATTTTTCTTCGTTGAAGTCTTC160ACCTACGGCATCATCAAGACATTTGGTGTCTTCTTTAATG200ACTTAATGGACAGTTTTAATGAATCCAATAGCAGGATCTC240ATGGATAATCTCAATCTGTGTGTTTGTCTTAACATTTTCA280GCTCCCCTCGCCACAGTCCTGAGCAATCGTTTCGGACACC320GTCTGGTAGTGATGTTGGGGGGGCTACTTGTCAGCACCGG360GATGGTGGCCGCCTCCTTCTCACAAGAGGTTTCTCATATG400TACGTCGCCATCGGCATCATCTCTGGTCTGGGATACTGCT440TTAGTTTTCTCCCAACTGTAACCATCCTATCACAATATTT480TGGCAAAAGACGTTCCATAGTCACTGCAGTTGCTTCCACA520GGAGAATGTTTCGCTGTGTTTGCTTTCGCACCAGCAATCA560TGGCTCTGAAGGAGCGCATTGGCTGGAGATACAGCCTCCT600CTTCGTGGGCCTACTACAGTTAAACATTGTCATCTTCGGA640GCACTGCTCAGACCCATCTTTATCAGAGGACCAGCGTCAC680CGAAAATAGTCATCCAGGAAAATCGGAAAGAAGCGCAGTA720TATGCTTGAAAATGAGAAAACACGAACCTCAATAGACTCC760ATTGACTCAGGAGTAGAACTAACTACCTCACCTAAAAATG800TGCCTACTCACACTAACCTGGAACTGGAGCCGAAGGCCGA840CATGCAGCAGGTCCTGGTGAAGACCAGCCCCAGGCCAAGC880GAAAAGAAAGCCCCGCTATTAGACTTCTCCATTTTGAAAG920AGAAAAGTTTTATTTGTTATGCATTATTTGGTCTCTTTGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。