基因總覽
SLC16A5 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 solute carrier family 16 member 5。其產物被描述為質子耦聯的單羧酸轉運蛋白,主要角色是促進多種單羧酸跨越質膜。相關轉運功能屬於相似性推定,並非此處資料所列的直接實驗證實。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000329783 ★ | 75,087,954–75,106,162 | 7 |
| ENST00000872974 | 75,077,226–75,106,162 | 8 |
| ENST00000872975 | 75,078,255–75,106,162 | 10 |
| ENST00000872976 | 75,084,320–75,106,162 | 6 |
| ENST00000969581 | 75,084,326–75,106,162 | 7 |
| ENST00000969582 | 75,086,989–75,106,162 | 8 |
| ENST00000969583 | 75,086,997–75,106,162 | 7 |
| ENST00000872977 | 75,087,143–75,106,162 | 6 |
| ENST00000872978 | 75,087,707–75,106,162 | 6 |
| ENST00000937151 | 75,087,713–75,106,162 | 5 |
| ENST00000580123 | 75,087,727–75,106,162 | 7 |
| ENST00000578847 | 75,087,734–75,093,796 | 3 |
顯示 12/51 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC16A5 的產物被描述為質子耦聯單羧酸轉運蛋白。依相似性推定,它能快速催化多種單羧酸跨越質膜;質子耦聯是此轉運功能的特徵,但現有資料未進一步說明其轉運方向或分子步驟。
列出的可能運輸底物包括乳酸、丙酮酸,以及由 leucine、valine 和 isoleucine 衍生的支鏈 oxo acids。這些底物類別不同,資料將它們一併列為可由此蛋白質快速轉運的單羧酸。
此外,可能的底物還包括酮體 acetoacetate、beta-hydroxybutyrate,以及 acetate。資料未提供各底物間的偏好、轉運效率比較或特定生理情境,因此可支持的結論限於:此蛋白質被推定可參與多種單羧酸的質膜運輸。
Promoter 與基因調控
>SLC16A5 ENST00000329783 GRCh38 chr17:75086954-75088054 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter GACATAAAAGGCACCGGATCCTGAGTATACAGGGTGTGGTTGGAGTCACCATGTGGAGTGAGAAGAGGGA GGGTGAAGGTCTGAGGCTGTGAAACTCCATCGTCCACAGATCAAAAATAAACAAGGCCGGGTGCGGTGCT CATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGAGAAGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGACCA GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAATTACCCGGGTGCCGTGGCGTGCAC TTGCAATCCTAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCAGAAGGCGGAGGCTGCAGTG AGCTGAGGTCGCGCCGCTGCACTCCAGCGTGGGCAACAGAGCGAGACTCCCGGCCAACTGAGTACATTTC AACTAATGCACATCAAGGACTACCCAGGTAGGGGAAGAGGGAAAAACCTGAAAAGGGCCTGTAGTTCTGA GGGCCACATGCAGAAGTGGTGGGTGTCCTCTCACCTGCTCCCAGGGCTGAGGGGTCTGCCTGCTCCCCTA CAAGGGACTGCCTGGACTCCCACCGGCAGGCGCAGCCCTCAAAGCTCGAGGCTTTCATTGGAAGGGCTCC TGGGCAGGGAAAACGCAGAAAGAAGGGATCCTCAACCTCGGGCTCTGCGCCTTCCCCACCCCACTTCCTG GGAGGTGTGGTCTCTTTATGGCATGTTATCTCCGCCCCAAGCCCGGGGCCCTAGACCCTGAGCCGGGAAA ACCAGAAGCTAGAAAGAGGGCATCCGGGTTGTGCAAATTTCAGACACACGGATATCCCGTGGCGCCTGCG TCCGGAGCCCGGCCCTGCTGCTGGACTGTCCCCGGCCACGCCCGCCGCCCCTCCCGCATCCTGGCCCCTT CCCCACCCGACGGAATCCCGGGGAGGCTGGAAGGTGGGTCCCCGCCCACACCGCCCTGGGCCCGCCCTGC CTGGCCGCGGCGCTTGGCCCAGTCCCGCGGTCCTCGTCGCGACCGGCCCGGGCCGCAGGACGCCGCGCTC GGGGGAGCTGAGCCACCTCTCCGCCAGGCCCGTGCGAGCGGGTGAGCGGGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC16A5_3 ↗ | 17:75,079,049 | 正股 | 75,079,000–75,079,059 |
| SLC16A5_2 ↗ | 17:75,087,765 | 正股 | 75,087,716–75,087,775 |
| SLC16A5_1 ↗ | 17:75,087,962 | 正股 | 75,087,913–75,087,972 |
| SLC16A5_4 ↗ | 17:75,091,702 | 正股 | 75,091,653–75,091,712 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR17_BJWBT · enhancer · 75083887–75084513 · regulatory
ENSR17_934RN7 · enhancer · 75085593–75085898 · regulatory
ENSR17_BJWCC · promoter · 75087237–75087964 · regulatory
ENSR17_934RP3 · promoter · 75088448–75088948 · regulatory
ENSR17_BJWCL · enhancer · 75088949–75089466 · regulatory
ENSR17_847LFQ · enhancer · 75089750–75089909 · regulatory
ENSR17_C9G6Z · enhancer · 75090937–75092374 · regulatory
ENSR17_934RQB · promoter · 75092797–75093297 · regulatory
· motif · 75084303–75084315 · motif
· motif · 75084305–75084312 · motif
· motif · 75084305–75084318 · motif
· motif · 75084305–75084320 · motif
· motif · 75084607–75084618 · motif
· motif · 75085622–75085635 · motif
· motif · 75085730–75085745 · motif
· motif · 75085730–75085745 · motif
· motif · 75086744–75086757 · motif
· motif · 75086744–75086758 · motif
· motif · 75087645–75087656 · motif
· motif · 75087654–75087664 · motif
· motif · 75087768–75087784 · motif
· motif · 75087828–75087838 · motif
· motif · 75087902–75087912 · motif
· motif · 75089176–75089189 · motif
· motif · 75089200–75089215 · motif
· motif · 75089346–75089359 · motif
· motif · 75089537–75089549 · motif
· motif · 75089539–75089546 · motif
· motif · 75089539–75089554 · motif
· motif · 75089964–75089986 · motif
· motif · 75089964–75089986 · motif
· motif · 75091435–75091450 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:505 aa
SLC16A5 的蛋白質長度為 505 個胺基酸,屬於 major facilitator superfamily,並歸入 Monocarboxylate porter(TC 2.A.1.13)家族。序列註解標示多段螺旋型跨膜區,並交錯分布於細胞質側與細胞外側的區段;第 443–464 位胺基酸另標示為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC16A5 被標示為多次穿越膜的蛋白質,定位於細胞膜。 現有資料未描述其定位變化條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- EFEMP2O95967 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HSPB8Q9UJY1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC16A5 的產物被推定為質子耦聯單羧酸轉運蛋白,可快速催化多種單羧酸跨越質膜;可能底物包括乳酸、丙酮酸、由 leucine、valine 和 isoleucine 衍生的支鏈 oxo acids,以及酮體 acetoacetate、beta-hydroxybutyrate 和 acetate。此功能為相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Proton-linked monocarboxylate transporter. Catalyzes the rapid transport across the plasma membrane of many monocarboxylates such as lactate, pyruvate, branched-chain oxo acids derived from leucine, valine and isoleucine, and the ketone bodies acetoacetate, beta-hydroxybutyrate and acetate (By similarity) |
| 細胞定位 | SLC16A5 被標示為位於細胞膜的多次穿膜蛋白質;該定位資料未提供其他細胞位置或定位變化條件。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
AGTCCCGCGGTCCTCGTCGCGACCGGCCCGGGCCGCAGGA40CGCCGCGCTCGGGGGAGCTGAGCCACCTCTCCGCCAGGCC80CGTGCGAGCGGTACAAAGAAAAGAGCACTTCCCTGCTGGG120GCAGAGGCCAAGCCAGAGCCCTGGCCCCATCACCTCTCTG160CCCTGCTTGAGTCTGGAATGGACCTCCCTGCCTGGAAGCT200GCATTGCCCTTGGTCCTGGGCCTGCCTGCCCCCTGGGGAA240CACAGGCAGCAGCCACATTGGCAGTGAGGCCGTGGCAGCG280TCGGCAGCAGAGGATGCCCCAGGCCCTGGAGCGTGCAGAT320GGCAGCTGGGCCTGGGTGGTGCTGCTGGCCACCATGGTGA360CCCAGGGCCTCACCCTGGGCTTCCCCACGTGTATCGGCAT400CTTCTTCACTGAATTGCAATGGGAGTTCCAGGCCAGCAAC440AGCGAGACCTCTTGGTTCCCCTCCATCCTCACGGCTGTGC480TCCACATGGCAGGGCCCCTGTGCAGCATCCTGGTGGGACG520CTTCGGCTGCCGAGTGACCGTGATGCTGGGGGGCGTGCTG560GCCAGCCTGGGCATGGTGGCCAGCTCCTTCTCTCACAACC600TCAGCCAGCTCTACTTCACAGCAGGATTCATCACAGGCCT640GGGCATGTGCTTCAGCTTCCAGTCAAGCATCACGGTGCTG680GGCTTCTACTTTGTCCGCCGGCGGGTGCTGGCCAACGCGC720TGGCCTCGATGGGCGTCTCCCTGGGCATCACCCTCTGGCC760GCTGCTCTCCCGCTACCTTCTGGAGAACCTGGGCTGGAGG800GGTACCTTCCTTGTCTTCGGCGGGATCTTTCTCCACTGCT840GCATCTGCGGGGCCATCATAAGGCCTGTGGCCACCAGTGT880GGCCCCTGAGACCAAAGAATGTCCCCCGCCACCTCCCGAG920ACACCTGCACTTGGCTGCCTGGCTGCATGCGGCCGGACCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。