基因總覽
SLC15A1(solute carrier family 15 member 1)是蛋白質編碼基因,產物屬於 major facilitator superfamily,並歸入 proton-dependent oligopeptide transporter(POT/PTR)家族。此蛋白質為多次穿膜的膜蛋白,具有多段跨膜螺旋及較大的細胞外區域。其基本角色是以質子偶聯方式運送短鏈胜肽;來源指出,它主要負責小腸腔內膳食二肽與三肽的吸收。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000376503 ★ | 98,683,801–98,752,672 | 23 |
| ENST00000856774 | 98,683,693–98,752,880 | 21 |
| ENST00001132026 | 98,683,693–98,752,880 | 23 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC15A1 產物是具電生性的質子偶聯胺基酸轉運蛋白,能運送由 2 至 4 個胺基酸組成的寡胜肽,且偏好二肽。對中性及帶單一電荷的胜肽,質子與胜肽的運輸化學計量比為 1:1 或 2:1;相關運輸特性部分依相似性推定。此轉運過程將胜肽與質子由細胞外側帶入細胞內側。
其主要生理角色是吸收小腸腔內的膳食二肽與三肽。來源所列的受質包括多種二肽,例如 L-alanyl-L-lysine、L-alanyl-L-proline、glycyl-L-proline 和 glycyl-sarcosine;也包括三肽,如 L-alanyl-L-prolylglycine 與 glycylglycyl-L-isoleucine。不同受質的運輸反應中,部分帶電胜肽與 2 個質子的共同運輸相符;不能將所有胜肽的質子化學計量比視為相同。
除了營養胜肽,SLC15A1 也可介導細菌來源分子的跨上皮運輸。來源記載其運送 muramyl 二肽 N-acetyl-D-muramoyl-L-alanyl-D-isoglutamine,以及 N-formylated 三肽 N(alpha)-formyl-L-methionyl-L-leucyl-L-phenylalanine。這類運輸被描述為有助於黏膜免疫系統辨識致病細菌;此功能敘述著重於運輸與辨識的關聯,並未進一步界定其下游免疫機制。
Promoter 與基因調控
>SLC15A1 ENST00000376503 GRCh38 chr13:98752572-98753672 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATGTGTGGTGTTATTTCTGAGGCCTCTGTTCTGTTCCATTGGTCTATATATCTGTTTTGGTACCAGTGCC ATGCTGTTTTGCTTACTGTAGCCTTGTAGTATAGTTTGAAGTCAGGTAGCATGATGCCTCCAGCTTTGTT CTTTTTGCTTAGGATTGTCTTGGCTATGGGGGCTCTTTTTTGGTTCCGTATGAACTTTAAAGTAGTTTTT TCCAATTCTGCGAAGAAAGGCATTGGTAGCTTGATGGGCATAGCATTGAATCTATAAATTACCTTGAGCA GTATGACTATTTTCACGATATTGATTCCTCCTATCCATGAGCATAGAATATTCTTCCATTTGGTTGTGTC CTCTTAAAGAAAGGATGATTCTTAAAGAAAGGAAATGTAGAATCCCCCAGAAATGCTTTCAAAGGTTGAA TCTCAAAATAAAGCCACACACACACTCTCACACACACTCTCACACACACATCACACATACATTCTCACAT GCAAACTATATACATATTCTCACACATGCTCACACTCAATCCTCATTCACACACACACACTCACACACAA TCCTCACTCACACCCACACACACATTCTCTCTCACACACACACACACACACACAGCTGACCACTGTCCCA CCGTGTTTTGCCTCCCCACCCAGAAGCGTGCGTTCCTCCCACAGTGGTTTCCAAAGTGTCGTTCTGGATC CAGCAGCATCAACCTCCCCTTAGACTTCTTAGAAATGCACATTCTGGGGCCCCAGCCCCGACCTCCTGAG TCAGCTGGCCGGGGGGTGGGGCCTGGGAATCCGCGTTTAGACTGGCTCTCCCCCGGCCTGCCACGCGCTC CCGTCGGGGCCCACCCGCACCTGGGCCGGGGCTGGTGTCCACGCGCGACGGCTCGGGAGCACGGACCTCT GCTCCCCGCAGCACCGCCCCCCGGGTGGAGCCGGCGGCCCCGCCTCGCAGAGCTGGGGCTGTACCTGGGG CAACGGGGCCGGGCCTGGACGTCAGGTCGGAGGAGTAGCACCTGCCAGGAGCACGTCCCGCCGGCAGGTC GCAGGAGCCCTGGGAGCCGCCGCCATGGGTACGCTCGGCGGGTGGGGGGCC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC15A1_1 ↗ | 13:98,752,639 | 負股 | 98,752,629–98,752,688 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR13_84WDJS · enhancer · 98749597–98749833 · regulatory
ENSR13_CCRKH · enhancer · 98751316–98752661 · regulatory
ENSR13_93G7BB · promoter · 98752662–98752959 · regulatory
· motif · 98748976–98748987 · motif
· motif · 98751620–98751634 · motif
· motif · 98751620–98751635 · motif
· motif · 98755886–98755899 · motif
· motif · 98755886–98755901 · motif
· motif · 98755926–98755939 · motif
· motif · 98755926–98755939 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:708 aa
此蛋白質長 708 個胺基酸,屬於 major facilitator superfamily 的 proton-dependent oligopeptide transporter(POT/PTR)家族。序列註解標示多段跨膜螺旋,並將第 383–584 位胺基酸標為細胞外區域(ECD);其餘拓樸區段分布於細胞外側與細胞質側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC15A1 是多次穿膜蛋白,定位於腸細胞的頂端細胞膜。 來源未提供定位改變條件或異構型間的定位差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
SLC15A1 透過其細胞外結構域區域與 trypsin 互作。來源描述的是互作關係,未指出兩者形成特定複合體,也未說明該互作造成的功能結果。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 30 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC15A1 是具電生性的質子偶聯轉運蛋白,可運送由二至四個胺基酸組成的寡胜肽,並偏好二肽。它運送中性及帶單一電荷的胜肽,質子與胜肽的化學計量比為 1:1 或 2:1;此轉運與小腸腔內膳食二肽、三肽吸收有關,也可運送 muramyl 與 N-formylated 細菌胜肽,助於黏膜免疫系統辨識致病細菌。 | 含實驗來源 | 證據與來源Electrogenic proton-coupled amino-acid transporter that transports oligopeptides of 2 to 4 amino acids with a preference for dipeptides. Transports neutral and monovalently charged peptides with a proton to peptide stoichiometry of 1:1 or 2:1 (By similarity). Primarily responsible for the absorption of dietary di- and tripeptides from the small intestinal lumen (By similarity). Mediates transepithelial transport of muramyl and N-formylated bacterial dipeptides contributing to recognition of pathogenic bacteria by the mucosal immune system PMID 15521010 ↗ · PMID 18367661 ↗ · PMID 19685173 ↗ · PMID 7896779 ↗ · PMID 8914574 ↗ · PMID 9835627 ↗ |
| 分子活性 | a dipeptide(out) + H(+)(out) = a dipeptide(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源a dipeptide(out) + H(+)(out) = a dipeptide(in) + H(+)(in) PMID 15521010 ↗ · PMID 18367661 ↗ · PMID 19685173 ↗ · PMID 7896779 ↗ · PMID 8914574 ↗ |
| 分子活性 | an L-amino acid tripeptide(out) + H(+)(out) = an L-amino acid tripeptide(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源an L-amino acid tripeptide(out) + H(+)(out) = an L-amino acid tripeptide(in) + H(+)(in) PMID 7896779 ↗ · PMID 9835627 ↗ |
| 分子活性 | L-alanyl-L-lysine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-lysine(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-alanyl-L-proline(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-proline(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-alanyl-L-valine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-valine(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | carnosine(out) + H(+)(out) = carnosine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | glycyl-L-glutamine(out) + H(+)(out) = glycyl-L-glutamine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | glycyl-L-leucine(out) + H(+)(out) = glycyl-L-leucine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | glycyl-L-proline(out) + H(+)(out) = glycyl-L-proline(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | glycyl-sarcosine(out) + H(+)(out) = glycyl-sarcosine(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源glycyl-sarcosine(out) + H(+)(out) = glycyl-sarcosine(in) + H(+)(in) PMID 15521010 ↗ · PMID 18367661 ↗ · PMID 19685173 ↗ · PMID 26320580 ↗ · PMID 7896779 ↗ · PMID 9835627 ↗ |
| 分子活性 | L-leucyl-L-leucine(out) + H(+)(out) = L-leucyl-L-leucine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-leucyl-L-proline(out) + H(+)(out) = L-leucyl-L-proline(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-phenylalanyl-L-leucine(out) + H(+)(out) = L-phenylalanyl-L-leucine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-phenylalanyl-L-phenylalanine(out) + H(+)(out) = L-phenylalanyl-L-phenylalanine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | 證據與來源L-phenylalanyl-L-phenylalanine(out) + H(+)(out) = L-phenylalanyl-L-phenylalanine(in) + H(+)(in) |
| 分子活性 | L-lysyl-glycine(out) + H(+)(out) = L-lysyl-glycine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-tyrosylglycine(out) + H(+)(out) = L-tyrosylglycine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-alanyl-L-aspartate(out) + 2 H(+)(out) = L-alanyl-L-aspartate(in) + 2 H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-aspartyl-glycine(out) + 2 H(+)(out) = L-aspartyl-glycine(in) + 2 H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | glycyl-L-aspartate(out) + 2 H(+)(out) = glycyl-L-aspartate(in) + 2 H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | glycyl-L-glutamate(out) + 2 H(+)(out) = glycyl-L-glutamate(in) + 2 H(+)(in) | 推論支持 | |
| 分子活性 | L-alanyl-L-leucyl-L-alanine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-leucyl-L-alanine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | 證據與來源L-alanyl-L-leucyl-L-alanine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-leucyl-L-alanine(in) + H(+)(in) |
| 分子活性 | L-alanyl-L-prolylglycine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-prolylglycine(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源L-alanyl-L-prolylglycine(out) + H(+)(out) = L-alanyl-L-prolylglycine(in) + H(+)(in) PMID 7896779 ↗ |
| 分子活性 | glycylglycyl-L-isoleucine(out) + H(+)(out) = glycylglycyl-L-isoleucine(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源glycylglycyl-L-isoleucine(out) + H(+)(out) = glycylglycyl-L-isoleucine(in) + H(+)(in) PMID 7896779 ↗ |
| 分子活性 | glycylglycyl-L-proline(out) + H(+)(out) = glycylglycyl-L-proline(in) + H(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | L-methionyl-L-phenylalanyl-L-methionine(out) + H(+)(out) = L-methionyl-L-phenylalanyl-L-methionine(in) + H(+)(in) | 推論支持 | 證據與來源L-methionyl-L-phenylalanyl-L-methionine(out) + H(+)(out) = L-methionyl-L-phenylalanyl-L-methionine(in) + H(+)(in) |
| 分子活性 | N-acetyl-D-muramoyl-L-alanyl-D-isoglutamine(out) + 2 H(+)(out) = N-acetyl-D-muramoyl-L-alanyl-D-isoglutamine(in) + 2 H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源N-acetyl-D-muramoyl-L-alanyl-D-isoglutamine(out) + 2 H(+)(out) = N-acetyl-D-muramoyl-L-alanyl-D-isoglutamine(in) + 2 H(+)(in) PMID 15521010 ↗ |
| 分子活性 | N(alpha)-formyl-L-methionyl-L-leucyl-L-phenylalanine(out) + 2 H(+)(out) = N(alpha)-formyl-L-methionyl-L-leucyl-L-phenylalanine(in) + 2 H(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源N(alpha)-formyl-L-methionyl-L-leucyl-L-phenylalanine(out) + 2 H(+)(out) = N(alpha)-formyl-L-methionyl-L-leucyl-L-phenylalanine(in) + 2 H(+)(in) PMID 9835627 ↗ |
| 交互作用 | SLC15A1 透過其細胞外結構域區域與 trypsin 互作。此敘述指出互作區域及對象,但未說明兩者形成複合體或互作所造成的功能結果。 | 推論支持 | |
| 細胞定位 | SLC15A1 是多次穿膜蛋白,定位於腸細胞的頂端膜。此定位資訊未描述其他細胞位置、定位改變條件或異構型之間的差異。 | 含實驗來源 | 證據與來源Apical cell membrane / Multi-pass membrane protein; Localized to the apical membrane of enterocytes PMID 28408210 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTCAGGTCGGAGGAGTAGCACCTGCCAGGAGCACGTCCCG40CCGGCAGGTCGCAGGAGCCCTGGGAGCCGCCGCCATGGGA80ATGTCCAAATCACACAGTTTCTTTGGTTATCCCCTGAGCA120TCTTCTTCATCGTGGTCAATGAGTTTTGCGAAAGATTTTC160CTACTATGGAATGCGAGCAATCCTGATTCTGTACTTCACA200AATTTCATCAGCTGGGATGATAACCTGTCCACCGCCATCT240ACCATACGTTTGTGGCTCTGTGCTACCTGACGCCAATTCT280CGGAGCTCTTATCGCCGACTCGTGGCTGGGAAAGTTCAAG320ACCATTGTGTCGCTCTCCATTGTCTACACAATTGGACAAG360CAGTCACCTCAGTAAGCTCCATTAATGACCTCACAGACCA400CAACCATGATGGCACCCCCGACAGCCTTCCTGTGCACGTG440GTGCTGTCCTTGATCGGCCTGGCCCTGATAGCTCTCGGGA480CTGGAGGAATCAAACCCTGTGTGTCTGCGTTTGGTGGAGA520TCAGTTTGAAGAGGGCCAGGAGAAACAAAGAAACAGATTT560TTTTCCATCTTTTACTTGGCTATTAATGCTGGAAGTTTGC600TTTCCACAATCATCACACCCATGCTCAGAGTTCAACAATG640TGGAATTCACAGTAAACAAGCTTGTTACCCACTGGCCTTT680GGGGTTCCTGCTGCTCTCATGGCTGTAGCCCTGATTGTGT720TTGTCCTTGGCAGTGGGATGTACAAGAAGTTCAAGCCACA760GGGCAACATCATGGGTAAAGTGGCCAAGTGCATCGGTTTT800GCCATCAAAAATAGATTTAGGCATCGGAGTAAGGCATTTC840CCAAGAGGGAGCACTGGCTGGACTGGGCTAAAGAGAAATA880CGATGAGCGGCTCATCTCCCAAATTAAGATGGTTACGAGG920GTGATGTTCCTGTATATTCCACTCCCAATGTTCTGGGCCT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。