基因總覽
SLC13A3 是蛋白質編碼基因，產物 solute carrier family 13 member 3 屬於 SLC13A/DASS transporter 家族的 NADC subfamily。這是一種多次穿越細胞膜的運輸蛋白，全長 602 個胺基酸；其跨膜區由多段螺旋構成，並包含不連續螺旋區段。蛋白質位於細胞膜，負責以鈉離子依賴方式運送特定小分子，是細胞與外界環境進行溶質交換的膜蛋白之一。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000279027 ★ | 46,557,828–46,651,459 | 13 |
| ENST00000290317 | 46,557,823–46,670,139 | 13 |
| ENST00000472148 | 46,557,823–46,670,139 | 12 |
| ENST00000413164 | 46,557,823–46,651,466 | 12 |
| ENST00000495082 | 46,557,823–46,613,886 | 12 |
| ENST00001133062 | 46,557,823–46,651,466 | 13 |
| ENST00001108444 | 46,564,775–46,651,466 | 11 |
| ENST00000468915 | 46,566,356–46,676,075 | 13 |
| ENST00000450298 | 46,583,572–46,600,616 | 7 |
| ENST00000991358 | 46,584,336–46,651,466 | 9 |
| ENST00000420568 | 46,585,348–46,613,725 | 7 |
| ENST00000372121 | 46,588,143–46,684,467 | 7 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
solute carrier family 13 member 3 是高親和力鈉離子－二羧酸共運輸蛋白，能辨識含四至六個碳原子的多種底物。其底物包括檸檬酸循環中間產物 succinate 與 alpha-ketoglutarate（2-oxoglutarate），也包括 N-acetyl-L-aspartate 等化合物。運輸方向為將底物帶入細胞，並與 Na(+) 一同移動。
對二價二羧酸的運輸，資料支持可能以每一分子底物搭配三個 Na(+) 的化學計量進行；此比例仍屬推定。由於輸送的離子與底物電荷不相抵，該運輸過程具有電生性。具體底物反應包括 succinate、2-oxoglutarate、N-acetyl-L-aspartate、glutarate、fumarate、malate，以及 2,2-dimethylsuccinate 和 2,3-dimethylsuccinate；各項反應均呈現三個 Na(+) 與一分子底物共同進入細胞的形式。
此蛋白也能以 Na(+) 依賴方式運輸 citrate，但對其辨識具有電荷形式偏好：運輸的是二價 citrate，而不是血液中通常存在的三價形式。這項特性顯示其底物辨識不只取決於分子種類，也與底物的帶電狀態有關。
在肝細胞中，SLC13A3 可輸入 itaconate。此輸入與 TFEB 依賴的 lysosomal biogenesis 活化相關，而該過程參與抗細菌先天免疫反應。這提供了底物運輸連結細胞反應的例子；來源描述的是 itaconate 輸入後導向相關活化，並未將此效應概括為所有底物共有的功能。
Promoter 與基因調控
>SLC13A3 ENST00000279027 GRCh38 chr20:46651359-46652459 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter ATCGCTCCACTGCTCCCCAGCCCAGCCTGGGTTACAGAGTGAGACTACATCTCAAAAAAAAGAAAAAAAA ACCCAAAAATAAGAATAACTCATCAGCAGCAATAACTCTCATTGAGCACCTGCTCTGCCAGACACTGCGC TAATCACATTACATGTGTTATCTCATTTAAACTTCCTAACAACCTTCTTGTCTGGTGTAGACTATTTTTA AAAATTTAACTTTTAAGTTCAGGGGTACATGTGCAGATTTGTTGTATAGGTAAACTTGTGTCATGGGGAT TTGTTGCACAGATTATTTCGTCATCCAGGTATTAAGCCTAGTGCCCATTAGTTATTTTTCCTGATCCTCT GTCTCCTCCCACCCTCCAGCCTCCCATAGGCTTCAGTGTCAGTTGTTCCCCTCTATGTGTCCATGTGTTC TCATCATTTAGCTCCCGCTTATAAGTGAAAACATGCGGCATTTGGTTTTCTGTTCCTGTGTTAGTTTGCT AAGGATAATGGCCTCCAGCTCCATCCATGTTCCCGCAAAAAACATGATGTCCTTCTTTTTTGTGACTGCA TAGTATTCCATGGTGTAGACTATTATTATCACCACTCCACTTTCAGGCTCAGAGGCTGTTGTTGAAGGCC ACGCAGTGAGTAAGTGGCCGTGCCAGGATTTGAACCCGGGTAATAGGAGTACGCGCCTTAATCCTCGCCT TGTCATCCTCAGCCATCTCACAGGCGAGTAAACAGAGGCGAGGAGAGGATAAGCCAGCTGCCCCAGGCCA CATTGCTGGGAAGCCAAGAGGCAAGGCCACACTGCCCTGCGGCTGGGGTCCCGTTTGCTAATTCTAGTGC CTAACTTTCTCCAACGTTCCCGGGCCTCTTTCACCCGGTCCCAGGGGCGCAGGCACCACCCTTTTCCTCC AGGAGGAGCAGGGAGAGGGCGGGTTCCCCAGCGCAGTCCCCTCCCCGACCCTCCCCCAGGCTTTAAGCCG GCGCCGGGGCCAGGCGGGGCAGTCCCGGGCCGGCCCGTACCGCCAGGCGATCGCGCTGATGGCGGCGCTG GCAGCAGCGGCCAAGAAGGTGTGGAGCGCGCGGCGGCTGCTGGTGCTGCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC13A3_4 ↗ | 20:46,642,566 | 負股 | 46,642,556–46,642,615 |
| SLC13A3_3 ↗ | 20:46,651,459 | 負股 | 46,651,449–46,651,508 |
| SLC13A3_1 ↗ | 20:46,684,485 | 負股 | 46,684,475–46,684,534 |
| SLC13A3_2 ↗ | 20:46,689,147 | 負股 | 46,689,137–46,689,196 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR20_83D2SZ · enhancer · 46648968–46649188 · regulatory
ENSR20_9NHXP · promoter · 46651449–46651739 · regulatory
ENSR20_5DZ98D · CTCF_binding_site · 46651538–46651559 · regulatory
· motif · 46649040–46649054 · motif
· motif · 46651413–46651423 · motif
· motif · 46651540–46651556 · motif
· motif · 46653399–46653409 · motif
· motif · 46653399–46653413 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：602 aa
solute carrier family 13 member 3 長 602 個胺基酸，屬於 SLC13A/DASS transporter 家族的 NADC subfamily。其序列註解包含多段跨膜螺旋，其中部分跨膜區呈不連續螺旋構造；膜內外的拓樸區段交替排列，兩端分別有細胞質側與細胞外側區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
solute carrier family 13 member 3 位於細胞膜，屬多次穿膜蛋白。 來源未提供不同異構型、特定細胞條件下的定位改變或定位動態資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 9 個夥伴
- ARL13BQ3SXY8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CISD2Q8N5K1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CREB3L1Q96BA8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CYB5R3P00387 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERGIC3Q9Y282 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM209AQ5JX71 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GPX8Q8TED1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- LEUTXA8MZ59 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RMDN3Q96TC7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
此蛋白形成同源二聚體。二聚體可在朝外與朝內的構形之間轉換，產生類似電梯的移動方式以運送底物；此描述涉及二聚體構形與運輸機制，來源未列出其他結合夥伴或複合體。
疾病與遺傳關聯
SLC13A3 變異可造成急性可逆性白質腦病伴尿液 alpha-ketoglutarate 增高（ARLIAK），屬自體隱性疾病。患者在發燒疾病期間可能出現急性、可逆的神經功能惡化，並有可逆性白質腦病及尿液 alpha-ketoglutarate 排出增加。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 13 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC13A3 是高親和力鈉離子－二羧酸共運輸蛋白，可運送含四至六個碳原子的底物，包括 succinate、alpha-ketoglutarate（2-oxoglutarate）及 N-acetyl-L-aspartate。二羧酸進入細胞時可能以三個 Na(+) 對一個二價底物的比例共運輸，因而具有電生性；此外可依賴 Na(+) 運輸二價 citrate。肝細胞輸入 itaconate 後，會活化與抗細菌先天免疫相關的 TFEB 依賴性 lysosomal biogenesis。 | 含實驗來源 | 證據與來源High-affinity sodium-dicarboxylate cotransporter that accepts a range of substrates with 4-6 carbon atoms, such as the citric acid cycle intermediates succinate and alpha-ketoglutarate (2-oxoglutarate), as well as other compounds including N-acetyl-L-aspartate. Transports the dicarboxylate into the cell with a probable stoichiometry of 3 Na(+) for 1 divalent dicarboxylate, rendering the process electrogenic. Can transport citrate in a Na(+)-dependent manner, recognizing the divalent form of citrate rather than the trivalent form which is normally found in blood. Imports itaconate in hepatocytes leading to activation of TFEB-dependent lysosomal biogenesis involved in antibacterial innate immune response PMID 10794676 ↗ · PMID 10992006 ↗ · PMID 15561973 ↗ · PMID 17356845 ↗ · PMID 17426067 ↗ · PMID 24247155 ↗ · PMID 30635937 ↗ · PMID 39116875 ↗ · PMID 39622972 ↗ |
| 分子活性 | succinate(out) + 3 Na(+)(out) = succinate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源succinate(out) + 3 Na(+)(out) = succinate(in) + 3 Na(+)(in) PMID 10794676 ↗ · PMID 10992006 ↗ · PMID 15561973 ↗ · PMID 17356845 ↗ · PMID 17426067 ↗ · PMID 24247155 ↗ · PMID 30635937 ↗ · PMID 39622972 ↗ |
| 分子活性 | 2-oxoglutarate(out) + 3 Na(+)(out) = 2-oxoglutarate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源2-oxoglutarate(out) + 3 Na(+)(out) = 2-oxoglutarate(in) + 3 Na(+)(in) PMID 15561973 ↗ · PMID 17356845 ↗ · PMID 30635937 ↗ · PMID 39622972 ↗ · PMID 10794676 ↗ |
| 分子活性 | N-acetyl-L-aspartate(out) + 3 Na(+)(out) = N-acetyl-L-aspartate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源N-acetyl-L-aspartate(out) + 3 Na(+)(out) = N-acetyl-L-aspartate(in) + 3 Na(+)(in) PMID 10992006 ↗ · PMID 30635937 ↗ |
| 分子活性 | glutarate(out) + 3 Na(+)(out) = glutarate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | fumarate(out) + 3 Na(+)(out) = fumarate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | malate(out) + 3 Na(+)(out) = malate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | 2,2-dimethylsuccinate(out) + 3 Na(+)(out) = 2,2-dimethylsuccinate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源2,2-dimethylsuccinate(out) + 3 Na(+)(out) = 2,2-dimethylsuccinate(in) + 3 Na(+)(in) PMID 15561973 ↗ |
| 分子活性 | 2,3-dimethylsuccinate(out) + 3 Na(+)(out) = 2,3-dimethylsuccinate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | 證據與來源2,3-dimethylsuccinate(out) + 3 Na(+)(out) = 2,3-dimethylsuccinate(in) + 3 Na(+)(in) PMID 15561973 ↗ · PMID 39622972 ↗ |
| 分子活性 | itaconate(out) + 3 Na(+)(out) = itaconate(in) + 3 Na(+)(in) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | SLC13A3 以同源二聚體形式存在。二聚體可在朝外與朝內的構形之間轉換，藉此產生類似電梯的移動，協助底物運輸。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; the dimer shifts between outward and inward conformations to generate an elevator-type movement for substrate transport PMID 39622972 ↗ |
| 細胞定位 | SLC13A3 是多次穿越細胞膜的膜蛋白，定位於細胞膜。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | SLC13A3 相關變異可造成急性可逆性白質腦病伴尿液 alpha-ketoglutarate 增高（ARLIAK），此病為自體隱性遺傳。患者在發燒疾病期間會有急性且可逆的神經功能惡化，並可能出現可逆性白質腦病及尿液 alpha-ketoglutarate 排出增加。 | 含實驗來源 | 證據與來源Leukoencephalopathy, acute reversible, with increased urinary alpha-ketoglutarate ARLIAK An autosomal recessive disorder characterized by acute, reversible neurological deterioration during febrile illness. Patients exhibit reversible leukoencephalopathy and increased urinary excretion of alpha-ketoglutarate. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 618384 PMID 30635937 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTCCCGGGCCGGCCCGTACCGCCAGGCGATCGCGCTGAT40GGCGGCGCTGGCAGCAGCGGCCAAGAAGGTGTGGAGCGCG80CGGCGGCTGCTGGTGCTGCTGTTCACGCCGCTCGCGCTGC120TGCCGGTGGTCTTCGCCCTCCCGCCCAAGGAAGGCCGCTG160CTTGTTTGTCATCCTGCTCATGGCGGTGTACTGGTGCACG200GAGGCCCTGCCGCTCTCAGTGACGGCGCTGCTGCCCATCG240TCCTCTTCCCCTTCATGGGCATCTTGCCCTCCAACAAGGT280CTGCCCCCAGTACTTCCTCGACACCAACTTCCTCTTCCTC320AGTGGGCTGATCATGGCCAGCGCCATTGAGGAGTGGAACC360TGCACCGGCGAATCGCCCTCAAGATCCTGATGCTTGTTGG400AGTCCAGCCGGCCAGGCTCATCCTGGGGATGATGGTGACC440ACCTCGTTCTTGTCCATGTGGCTGAGCAACACCGCCTCCA480CTGCCATGATGCTTCCCATTGCCAATGCCATCCTGAAAAG520TCTCTTTGGCCAGAAGGAGGTTCGAAAGGACCCCAGCCAG560GAGAGTGAAGAGAACACAGCTGCTGTGCGGAGAAACGGCC600TACACACTGTGCCCACGGAGATGCAGTTTCTCGCCAGCAC640AGAAGCCAAAGACCACCCTGGGGAGACAGAGGTTCCACTG680GATCTGCCGGCTGACTCCAGGAAGGAGGATGAATATCGTC720GGAACATCTGGAAGGGCTTCCTCATCTCCATCCCCTACTC760AGCCAGTATTGGGGGCACAGCCACACTCACGGGCACAGCC800CCTAACCTCATCCTGCTTGGCCAGCTCAAGAGTTTCTTTC840CGCAGTGTGACGTGGTGAATTTCGGCTCCTGGTTCATTTT880CGCCTTCCCTCTTATGCTGTTGTTCCTGTTGGCAGGCTGG920CTCTGGATCTCCTTCCTGTACGGGGGACTGAGCTTCAGGG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。