基因總覽
SLC12A6 是蛋白質編碼基因，其產物屬於 SLC12A transporter family 的 K/Cl 共轉運蛋白亞家族。蛋白質長 1,150 個胺基酸，具有多段跨膜區，並含有連接跨膜區與 C 端區域的 scissor helix。這些結構特徵構成其膜蛋白架構；具體的離子運輸作用與生理意義見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000354181 ★ | 34,229,784–34,337,781 | 26 |
| ENST00000290209 | 34,229,996–34,318,779 | 25 |
| ENST00000676379 | 34,230,036–34,337,462 | 26 |
| ENST00000397707 | 34,233,259–34,337,462 | 24 |
| ENST00000560611 | 34,233,259–34,337,462 | 25 |
| ENST00000458406 | 34,233,259–34,337,781 | 26 |
| ENST00000397702 | 34,233,259–34,338,060 | 26 |
| ENST00000560164 | 34,233,262–34,299,658 | 24 |
| ENST00000558667 | 34,233,712–34,338,060 | 26 |
| ENST00000558589 | 34,233,881–34,337,757 | 26 |
| ENST00000561120 | 34,258,873–34,338,057 | 5 |
| ENST00000559236 | 34,260,930–34,338,057 | 4 |
顯示 12/13 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLC12A6 的蛋白質產物可介導鉀離子與氯離子的電中性共轉運。來源所列的反應方向為細胞內的 K(+) 與氯離子轉至細胞外；此運輸在細胞腫脹時被活化。電中性表示這項共轉運所描述的整體運輸不伴隨淨電荷移動。
這種由細胞腫脹觸發的離子運輸，可能有助於單細胞維持細胞體積恆定。此項體積調節角色在來源中以「可能」表述，因此不應視為已確立的普遍功能；現有資訊也未進一步說明其作用條件或各細胞類型間是否相同。
該蛋白可形成同源二聚體，並在連接跨膜區與 C 端區域的 scissor helix 處採取 domain-swap 構形。來源亦記載其可與 SLC12A5 形成異源二聚體。SLC12A6 的 C 端與 CKB 互作，而此互作可能是鉀－氯共轉運活性所需；「可能」保留了功能關聯的不確定性，並不表示互作已被確定為運輸的唯一條件。
Promoter 與基因調控
>SLC12A6 ENST00000354181 GRCh38 chr15:34337681-34338781 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TAAAGTAGGACAAATGTGTTTAAGGTACTTTATAGTTTTATTTTTATTTATTTATTTCTTTGAGACGGAG TTTTGCTCTTGTCCCCCCAGGCTGGAATGCAATGGTGCGTTCTCGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCCAA GCTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGTCTAAGGAATAGCTGGGATTACAGGCACACGCCACCACGCCCGGCT AATTTTTGAATTTTTGGTAGAGACGGGGTTTCGCTATGCTGGCCAGGCTGGTCTGGAACTCCTGAGCTCA GGTGATCGATCACGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGTCGTGAACCACCGCGCCAGGCC TACTTTATAGTTTTAATTTTTTTTTTTTACATAAAAGTGGTTTATTTGTATGTAGACCTCTACATAAAAA TTACAATGAGGGTTATTCCCAGGTATAGGAGCGGTGTTTCTGGTTAAAGAAATCATGAATGATGTTTTCA GAGACACTCATGAAAGAGAAATGGCTCCCCGGGTTCTGAGGGTGAGGAGCAGCGCCCGCCCTCTAGGATG CTTCCAGAGTGAGTGTGCAGCACAGCCGGACCGAGGAAAAGGATTATTCCCCTCTTCACGCGGGTCGGGC CGTGCCCTGGACTACAGCTCCCGTCGTGCCCCTGGCCACTCGTATTCGGCCCCGCCCCGCCTGCCGTGTC CCGCGGCGAGCGCAGGCGCGCTGCACTCGGTCACCGCGGGCTGCGGCGGCTGGGCGGGGCTTTCGGGCGC CCGCGGGACGGTTCCGCCCTCTCACTGCACCCCCGGGCTTCTCTTCGCAAGGTTCACCTCGAATGAGGAA CAAGCGGGGAGGGAAGGGAAGGGCTGCGGCGGCGCGGGCGCACCCCGTCGGGCCCGGGGCTGGGGGAGGC CAGGTCACGTAACTGCTGCTCTGGCGTCGGGCCGGGGAGGGGGCGCCAGCCCCGGCAGCGCGAACCCTGC GCGCGCCGCGGCTCTGAAACAGTTACCGGCTAGTAAACAACAGCTGCGCGCGCACCCGCATCAGCTGGCG CCGGGATACTGCACCTGCGACCTCCTTCTCCCTCACCCTGCTGCCCAGTCA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLC12A6_1 ↗ | 15:34,318,772 | 負股 | 34,318,762–34,318,821 |
| SLC12A6_5 ↗ | 15:34,336,761 | 負股 | 34,336,751–34,336,810 |
| SLC12A6_3 ↗ | 15:34,337,739 | 負股 | 34,337,729–34,337,788 |
| SLC12A6_4 ↗ | 15:34,337,861 | 負股 | 34,337,851–34,337,910 |
| SLC12A6_2 ↗ | 15:34,338,057 | 負股 | 34,338,047–34,338,106 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR15_B8RZD · enhancer · 34334017–34334988 · regulatory
ENSR15_5B4377 · CTCF_binding_site · 34334097–34334118 · regulatory
ENSR15_B8RZJ · enhancer · 34335133–34336041 · regulatory
ENSR15_9HLZH · promoter · 34336834–34337334 · regulatory
ENSR15_9HLZM · promoter · 34337452–34337838 · regulatory
ENSR15_8328ZH · enhancer · 34337839–34338046 · regulatory
ENSR15_9HLZS · promoter · 34338047–34338550 · regulatory
· motif · 34333381–34333397 · motif
· motif · 34333479–34333501 · motif
· motif · 34333479–34333501 · motif
· motif · 34334051–34334063 · motif
· motif · 34334099–34334115 · motif
· motif · 34334740–34334757 · motif
· motif · 34334868–34334883 · motif
· motif · 34335387–34335409 · motif
· motif · 34335387–34335409 · motif
· motif · 34336339–34336354 · motif
· motif · 34336387–34336402 · motif
· motif · 34337288–34337299 · motif
· motif · 34337713–34337722 · motif
· motif · 34337742–34337753 · motif
· motif · 34337742–34337753 · motif
· motif · 34337900–34337911 · motif
· motif · 34337900–34337911 · motif
· motif · 34338033–34338048 · motif
· motif · 34338040–34338057 · motif
· motif · 34338062–34338073 · motif
· motif · 34338062–34338073 · motif
· motif · 34338461–34338483 · motif
· motif · 34338461–34338483 · motif
· motif · 34338486–34338501 · motif
· motif · 34338486–34338501 · motif
· motif · 34339566–34339579 · motif
· motif · 34339566–34339579 · motif
· motif · 34339628–34339641 · motif
· motif · 34339628–34339641 · motif
· motif · 34342285–34342307 · motif
SLC12A6 的表現受不同因子呈相反方向調節：VEGF 會上調其表現，TNF 則會下調其表現。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1150 aa
SLC12A6 蛋白質長 1,150 個胺基酸，屬於 SLC12A transporter family 的 K/Cl 共轉運蛋白亞家族。其多段跨膜區交錯分布於細胞質側與細胞外側區段；C 端為大型細胞質區域。蛋白質另含有連接跨膜區與 C 端區域的 scissor helix，以及位於 C 端、與 CKB 互作的區段。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLC12A6 是多次穿越膜的蛋白質，定位於細胞膜；來源亦記載其位於細胞膜基底側。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- STK39Q9UEW8 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SLC12A6 可形成同源二聚體，並與 K-Cl cotransporter SLC12A5 形成異源二聚體。它也可透過 C 端與 CKB 互作；該互作可能為鉀－氯共轉運活性所需。這些資料分別涉及二聚體組成及蛋白質互作，並未指出 CKB 與二聚體之間的關係。
疾病與遺傳關聯
SLC12A6 的基因變異與胼胝體發育不全合併周邊神經病變（ACCPN）及軸索型 Charcot-Marie-Tooth disease type 2II（CMT2II）相關，來源將這些疾病歸因於影響該基因的變異。ACCPN 的特徵包括嚴重且進展性的感覺運動神經病變、智能障礙、外觀特徵異常，以及胼胝體完全或部分缺如。CMT2II 為顯性遺傳的軸索型周邊神經病變，患者會逐漸出現肌力減弱與萎縮，最初可影響腓骨肌，之後波及手臂遠端肌群。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 9 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLC12A6 在細胞腫脹時被活化，可介導電中性的鉀離子－氯離子共轉運；此運輸可能有助於單細胞維持細胞體積恆定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mediates electroneutral potassium-chloride cotransport when activated by cell swelling. May contribute to cell volume homeostasis in single cells PMID 10600773 ↗ · PMID 11551954 ↗ · PMID 16048901 ↗ · PMID 18566107 ↗ · PMID 19665974 ↗ · PMID 21628467 ↗ · PMID 27485015 ↗ |
| 功能 | 細胞腫脹可活化 SLC12A6 所介導的電中性鉀離子－氯離子共轉運。SLC12A6 可能參與單細胞的細胞體積恆定，但此作用仍以可能性表述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mediates electroneutral potassium-chloride cotransport when activated by cell swelling. May contribute to cell volume homeostasis in single cells (Probable) PMID 16048901 ↗ · PMID 33199848 ↗ · PMID 34031912 ↗ |
| 功能 | SLC12A6 在細胞腫脹時可介導電中性的鉀離子－氯離子共轉運；它也可能有助於單細胞維持細胞體積恆定，該體積調節角色屬可能性判斷。 | 含實驗來源 | 證據與來源Mediates electroneutral potassium-chloride cotransport when activated by cell swelling. May contribute to cell volume homeostasis in single cells (Probable) PMID 16048901 ↗ |
| 分子活性 | K(+)(in) + chloride(in) = K(+)(out) + chloride(out) | 含實驗來源 | 證據與來源K(+)(in) + chloride(in) = K(+)(out) + chloride(out) PMID 10600773 ↗ · PMID 11551954 ↗ · PMID 16048901 ↗ |
| 交互作用 | SLC12A6 可形成同源二聚體，並在連接跨膜區與 C 端區域的 scissor helices 處採取 domain-swap 構形；它也可與 SLC12A5 形成異源二聚體。此外，SLC12A6 透過 C 端與 CKB 互作，而此互作可能為鉀－氯共轉運活性所需。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer; adopts a domain-swap conformation at the scissor helices connecting the transmembrane domain and C-terminal domain. Heterodimer with K-Cl cotransporter SLC12A5. Interacts (via C-terminus) with CKB; the interaction may be required for potassium-chloride cotransport activity PMID 18566107 ↗ · PMID 21628467 ↗ · PMID 33199848 ↗ · PMID 33310850 ↗ · PMID 34031912 ↗ |
| 細胞定位 | SLC12A6 是多次穿越膜的蛋白質，定位於細胞膜；來源也記載其位於細胞膜基底側。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Multi-pass membrane protein; Basolateral cell membrane / Multi-pass membrane protein PMID 12368912 ↗ · PMID 17893295 ↗ · PMID 18566107 ↗ · PMID 19665974 ↗ · PMID 21628467 ↗ |
| 調控 | SLC12A6 的表現受 VEGF 與 TNF 以相反方向調節：VEGF 使其表現上調，TNF 則使其表現下調。 | 資料庫紀錄 | |
| 疾病關聯 | 影響 SLC12A6 的基因變異與胼胝體發育不全合併周邊神經病變（ACCPN）相關。此病可見嚴重進展性感覺運動神經病變、智能障礙、外觀特徵異常，以及胼胝體完全或部分缺如。 | 含實驗來源 | 證據與來源Agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy ACCPN A disease that is characterized by severe progressive sensorimotor neuropathy, intellectual disability, dysmorphic features and complete or partial agenesis of the corpus callosum. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 218000 PMID 12368912 ↗ · PMID 16606917 ↗ · PMID 17893295 ↗ · PMID 18566107 ↗ · PMID 21628467 ↗ |
| 疾病關聯 | 影響 SLC12A6 的基因變異與顯性軸索型 Charcot-Marie-Tooth disease type 2II（CMT2II）相關。此周邊神經疾病以軸索退化為特徵，可造成進展性遠端肌力減弱與萎縮，通常先影響腓骨肌，之後波及手臂遠端肌群；一般沒有明顯髓鞘變化，神經傳導速度正常或略微降低。 | 含實驗來源 | 證據與來源Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2II CMT2II A dominant axonal form of Charcot-Marie-Tooth disease, a disorder of the peripheral nervous system, characterized by progressive weakness and atrophy, initially of the peroneal muscles and later of the distal muscles of the arms. Charcot-Marie-Tooth disease is classified in two main groups on the basis of electrophysiologic properties and histopathology: primary peripheral demyelinating neuropathies (designated CMT1 when they are dominantly inherited) and primary peripheral axonal neuropathies (CMT2). Neuropathies of the CMT2 group are characterized by signs of axonal degeneration in the absence of obvious myelin alterations, normal or slightly reduced nerve conduction velocities, and progressive distal muscle weakness and atrophy. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 620068 PMID 27485015 ↗ · PMID 31439721 ↗ · PMID 35733399 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGTTACCGGCTAGTAAACAACAGCTGCGCGCGCACCCGCA40TCAGCTGGCGCCGGGATACTGCACCTGCGACCTCCTTCTC80CCTCACCCTGCTGCCCAGTCAGGCCAGCCTGCGTGGCCGT120CTCCTCCTCTACTGGGACCCTGAGGAAGAACGACGAGGGG160GTGACCTGCGCCGGGGCGGGGGTAGGGGAGAACGCGCCTC200CGGCAAAGGGGGTGGCTCGTCCTGTCACACGCAGGAGAAA240CCTAGCGAGCGGACCGTGGCTCAGTGGACTAGCTACGACT280TGCCACGACTCTGAGCTGCAGTCCGAGGTGTCTTGATCCG320CTAACCTCCTCCCAGACCCCGAGGACCTTTCTGCTAGGAG360AAGAGCGGGCGCGCCACCCCCACCGACCTCTCGGAGACAG400GAATCCGCTCTGCCCCTGCATCCTCCTCTGCTCACCCTTC440TCTCAGTAGTTCAAAAGTAGCTAGCGTAAGAGGAAGATTT480TGCGAGGTTCCCCCCACTTTTTTTGTTCTTAAAAAGAACA520AAATGCATCCTCCAGAAACCACCACCAAGATGGCTTCAGT560TCGGTTCATGGTGACACCGACAAAGATCGATGACATTCCA600GGTTTGTCAGACACCAGTCCGGACCTCAGCTCTCGATCTA640GTTCCCGAGTAAGATTTAGCTCCCGGGAAAGCGTGCCTGA680AACAAGCCGGAGTGAGCCTATGAGTGAGATGTCTGGGGCC720ACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCACTGGATCCACCCAGTG760ACCGGACTTCTCACCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAG800TCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGAC840GACGGACATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATT880CCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTT920GGCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。