基因總覽
SLBP 的正式名稱為 stem-loop histone mRNA binding protein，屬於蛋白質編碼基因，產物屬 SLBP family。其蛋白質長 270 個胺基酸，含有可結合 RNA 的區域，也有多段預測為無序的區域；序列中另有兩個核定位訊號。這些特徵與其辨識組蛋白 mRNA、並在細胞核與細胞質之間運作的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000489418 ★ | 1,692,731–1,712,319 | 8 |
| ENST00000429429 | 1,692,731–1,712,325 | 7 |
| ENST00000318386 | 1,692,731–1,712,325 | 8 |
| ENST00000488267 | 1,692,731–1,712,325 | 7 |
| ENST00000904662 | 1,692,731–1,712,325 | 7 |
| ENST00000904663 | 1,692,731–1,712,325 | 5 |
| ENST00000904664 | 1,692,731–1,712,325 | 8 |
| ENST00000904665 | 1,692,731–1,712,325 | 6 |
| ENST00000929510 | 1,692,731–1,712,325 | 6 |
| ENST00000952427 | 1,692,731–1,712,325 | 7 |
| ENST00000993679 | 1,692,731–1,712,325 | 7 |
| ENST00001140950 | 1,692,731–1,712,325 | 8 |
顯示 12/15 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLBP 是參與組蛋白前體 mRNA 加工的 RNA 結合蛋白。它辨識複製依賴型組蛋白前體 mRNA 的莖環結構；來源指出其結合位點位於莖環的 5′側。這項辨識使 SLBP 能參與前體 RNA 的 3′端加工。
在加工過程中，SLBP 透過組蛋白下游元件（HDE）協助穩定組蛋白前體 mRNA 與 U7 small nuclear ribonucleoprotein（snRNP）形成的複合體，從而促進 3′端加工效率。此作用將莖環辨識與加工複合體的穩定連結起來。
成熟後，SLBP 也參與組蛋白 mRNA 從細胞核輸送至細胞質及翻譯機制的過程，並有助於維持成熟組蛋白 mRNA 的穩定性。來源指出，SLBP 可能參與細胞週期對組蛋白基因表現的調控，但未將此關聯描述為確定的調控機制。
此外，依相似性推論，SLBP 參與生長中卵母細胞累積組蛋白、以支持早期胚胎發育的機制；此項描述屬 By similarity，證據性質不同於前述直接研究支持的功能。
Promoter 與基因調控
>SLBP ENST00000489418 GRCh38 chr4:1712219-1713319 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AACAGGAAGCTGTGGGAACCTGTTCTCAGGTGTAGTGCACCCGTTGGGGTTCTAGTTGGCTGGATCCGCG GGGCCGTCAGCTGCAACTGTGACGGCGGGGAAGCGGGACGGGATGGTGCGGATCTACAGGACCTCGCCTC CAGGTGGAACCTACCTGCTGAGCCAGGGATTCTTCAGGATACAAACCCAGTCAACTCCAGGCAGAGGGTG GGAGCGTCATGCACCGGCGACACAGTGGAGGACGTCATGGACGGGCAGGGAGGCAGCGGCAACCGAAACT AGCGGCTCAGTCGGTGGCCGGTGTGCGGTCAACGGCCAGGGCAGTGGGACCGGAAAGACTCAGTGTAGTT GTCAACTGTTGCGACCTAAAAGGTTACTCCAAAACTTTAAGCGGCTCAAAACAATAGACGGCGCGTACGG GGCCTGCAGCGGCCACGGGACCGTGGGAAGCAGTCAGTACCCGCCACAGGCCGCGCCTTCCGGGTTCCGG GTTCCGGGTTCCCGCCAGGGAGGAGACACGCCCCCACCTGGGCAGGAACCAAGCAGAGCCGCGCTCCACC CAGGCCGGAACCAATGGGAGATGCGCCACGACCCAGGCCGAGAAACGTGCCGCTTACCCTTCCCCCACGA CCTGCGCCGCGTCGCGCGCGGCCGAATCTCCCGCCAAAGCTGCCCCCGCCCGCCAAGGCGCGACCTATCA GCGTCGCAGAGGCCCGCGGCGGCCCGGCCGCCTCAATCCCGCGGGTGGGGGCAACCTTTTCCTCAGGCCT CTCCTCAGCCCACGGCGTCCATCTGGCTCCCGAGCCGAGGGCCGGGCAGTCGGGCTTCGCGGCTGCCCGC GGTCCCGAGGCCTCGCCCTAGCCCCAGTCGGCTCGCGAGGCGCGCACAGCTGAGTGGACCCCTGCGGCGT GGCCCGATGGTCTCGCCCGACCCGGCGCGCGCGGGAGGCCGAGGGGCGGGGCCCGGCGCCCACATAAAGG CGGTTGGGGGCGGGGCGCGCAGAGCTCGTGAGCGCCGGCGCGGGGACGCGGGTTTCTGCCTCAGGCCCTG CCCTGCTCTACTCTGCGCTCTCTGCCCGCGCCGCCGCCGCCTCAGCCTCGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLBP_1 ↗ | 4:1,712,319 | 負股 | 1,712,309–1,712,368 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR4_83CLW · enhancer · 1708731–1708931 · regulatory
ENSR4_9NBM · enhancer · 1709295–1709646 · regulatory
ENSR4_BC6Q · promoter · 1712240–1712809 · regulatory
ENSR4_5DTP6 · CTCF_binding_site · 1712903–1712924 · regulatory
ENSR4_5DTQD · CTCF_binding_site · 1713167–1713190 · regulatory
ENSR4_5DTRT · CTCF_binding_site · 1713491–1713512 · regulatory
ENSR4_C6L3 · enhancer · 1714376–1715906 · regulatory
ENSR4_9NDL · enhancer · 1716052–1716484 · regulatory
· motif · 1709705–1709717 · motif
· motif · 1711165–1711177 · motif
· motif · 1711592–1711604 · motif
· motif · 1711595–1711602 · motif
· motif · 1711984–1711999 · motif
· motif · 1712047–1712060 · motif
· motif · 1712062–1712075 · motif
· motif · 1712162–1712179 · motif
· motif · 1712227–1712240 · motif
· motif · 1712290–1712303 · motif
· motif · 1712298–1712309 · motif
· motif · 1712335–1712345 · motif
· motif · 1712637–1712647 · motif
· motif · 1712638–1712651 · motif
· motif · 1712652–1712663 · motif
· motif · 1712788–1712797 · motif
· motif · 1712795–1712805 · motif
· motif · 1712834–1712845 · motif
· motif · 1712834–1712845 · motif
· motif · 1712905–1712921 · motif
· motif · 1712982–1712991 · motif
· motif · 1713002–1713017 · motif
· motif · 1713009–1713024 · motif
· motif · 1713039–1713049 · motif
· motif · 1713039–1713053 · motif
· motif · 1713039–1713059 · motif
· motif · 1713061–1713077 · motif
· motif · 1713070–1713083 · motif
· motif · 1713070–1713083 · motif
· motif · 1713089–1713105 · motif
· motif · 1713169–1713185 · motif
· motif · 1713171–1713187 · motif
· motif · 1713172–1713181 · motif
· motif · 1713210–1713226 · motif
· motif · 1713430–1713439 · motif
· motif · 1713455–1713464 · motif
· motif · 1713493–1713509 · motif
· motif · 1713540–1713549 · motif
· motif · 1714795–1714808 · motif
· motif · 1714795–1714808 · motif
· motif · 1714823–1714837 · motif
· motif · 1714823–1714837 · motif
· motif · 1714825–1714838 · motif
· motif · 1714825–1714838 · motif
· motif · 1715529–1715541 · motif
· motif · 1715531–1715538 · motif
· motif · 1715579–1715595 · motif
· motif · 1715587–1715596 · motif
· motif · 1716647–1716658 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：270 aa
SLBP 長 270 個胺基酸。第 129–198 位胺基酸區域註解為 RNA 結合區；第 1–132 位及第 215–241 位則註解為無序區。蛋白質另含兩個核定位訊號：NLS1 位於第 31–34 位，NLS2 位於第 96–99 位。SLBP 屬於 SLBP family。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLBP 可在細胞核與細胞質之間往返。 細胞週期 G1、G2 期及 S 期初期主要位於細胞核；進入 S 期後，部分 SLBP 轉移至細胞質。 與組蛋白 mRNA 結合是其定位於細胞質所需的條件；其核輸入由 Importin alpha/Importin beta receptor 介導。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ERI1Q8IV48 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MIF4GDA9UHW6 · UniProt INTERACTION · 10 experiments
- UPF1Q92900 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SLBP 可呈單體形式。它與前體 mRNA 形成的複合體可與 ZNF473 互作；另有與 Importin alpha/Importin beta receptor、LSM1、MIF4GD、TNPO3 及 UPF1 的互作紀錄。組蛋白 mRNA 在 S 期快速降解時，SLBP 與 LSM1 的互作會發生。SLBP 也與 ERI1 及組蛋白 mRNA 3′端莖環形成三元複合體，並可與 ERI1 協同結合成熟組蛋白 mRNA 的 3′端。此外，SLBP 與多核糖體相關；依相似性資料，它亦出現在至少包含 ERI1、LSM11、SLBP、SNRPB、SYNCRIP 與 YBX1 的組蛋白前體 mRNA 複合體中。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLBP 是參與組蛋白前體 mRNA 加工的 RNA 結合蛋白，能辨識複製依賴型組蛋白前體 mRNA 的莖環，並透過 HDE 穩定其與 U7 snRNP 的複合體以促進 3′端加工。它也參與成熟 mRNA 輸送與穩定，可能涉及細胞週期調控；卵母細胞相關功能則依相似性推論。 | 含實驗來源 | 證據與來源RNA-binding protein involved in the histone pre-mRNA processing. Binds the stem-loop structure of replication-dependent histone pre-mRNAs and contributes to efficient 3'-end processing by stabilizing the complex between histone pre-mRNA and U7 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), via the histone downstream element (HDE). Plays an important role in targeting mature histone mRNA from the nucleus to the cytoplasm and to the translation machinery. Stabilizes mature histone mRNA and could be involved in cell-cycle regulation of histone gene expression. Involved in the mechanism by which growing oocytes accumulate histone proteins that support early embryogenesis (By similarity). Binds to the 5' side of the stem-loop structure of histone pre-mRNAs (By similarity) PMID 12588979 ↗ · PMID 19155325 ↗ · PMID 8957003 ↗ · PMID 9049306 ↗ |
| 交互作用 | SLBP 可呈單體，並與多種蛋白質互作；其與 LSM1 的互作發生於 S 期組蛋白 mRNA 快速降解時。SLBP、ERI1 與組蛋白 mRNA 3′端莖環可形成三元複合體，且 SLBP 與 ERI1 協同結合成熟 mRNA 3′端。另有多核糖體關聯及依相似性辨識的組蛋白前體 mRNA 複合體紀錄。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. SLBP/pre-mRNA complex interacts with ZNF473. Interacts with the Importin alpha/Importin beta receptor, LSM1, MIF4GD, TNPO3 and UPF1. Interaction with LSM1 occurs when histone mRNA is being rapidly degraded during the S phase. Found in a ternary complex with ERI1 and the stem-loop structure of the 3' end of histone mRNA. Associates with polyribosomes. Identified in a histone pre-mRNA complex, at least composed of ERI1, LSM11, SLBP, SNRPB, SYNCRIP and YBX1 (By similarity). Binds in a cooperative manner with ERI1 to the mature 3'-end of histone mRNAs (By similarity) PMID 11782445 ↗ · PMID 12588979 ↗ · PMID 15829567 ↗ · PMID 16086026 ↗ · PMID 16912046 ↗ · PMID 18025107 ↗ · PMID 18172165 ↗ · PMID 22439849 ↗ |
| 細胞定位 | SLBP 在細胞核與細胞質之間往返；G1、G2 期及 S 期初期主要位於細胞核，S 期期間部分轉移至細胞質。與組蛋白 mRNA 結合是細胞質定位所需條件，而 Importin alpha/Importin beta receptor 參與其輸入細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Polyribosome-associated. Localizes predominantly in the nucleus at the G1/G2 phases and the beginning of S phase. Through the S phase, partially redistributes to the cytoplasm. Binding to histone mRNA is necessary for cytoplasmic localization. Shuttles between the nucleus and the cytoplasm. Imported in the nucleus by the Importin alpha/Importin beta receptor PMID 12588979 ↗ · PMID 15829567 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGAGCTCGTGAGCGCCGGCGCGGGGACGCGGGTTTCTGCC40TCAGGCCCTGCCCTGCTCTACTCTGCGCTCTCTGCCCGCG80CCGCCGCCGCCTCAGCCTCGGCCCTGCGCTGCGCGCCCGG120CCCGTGCTGCCATGGCCTGCCGCCCGCGAAGCCCGCCGAG160GCATCAGAGCCGCTGCGACGGTGACGCCAGCCCGCCGTCC200CCCGCGCGATGGAGCCTGGGACGGAAGCGCAGAGCCGACG240GCAGGCGCTGGAGGCCCGAAGACGCCGAGGAGGCAGAGCA280CCGCGGCGCCGAGCGCAGACCCGAGAGCTTTACCACTCCT320GAAGGCCCTAAACCCCGTTCCAGATGCTCTGACTGGGCAA360GTGCAGTTGAAGAAGATGAAATGAGGACCAGAGTTAACAA400AGAAATGGCAAGATATAAAAGGAAACTCCTCATCAATGAC440TTTGGAAGAGAGAGAAAATCATCATCAGGAAGTTCTGATT480CAAAGGAGTCTATGTCTACTGTGCCGGCTGACTTTGAGAC520AGATGAAAGTGTCCTAATGAGGAGACAGAAGCAGATCAAC560TATGGGAAGAACACAATTGCCTACGATCGTTATATTAAAG600AAGTCCCAAGACACCTTCGACAACCTGGCATTCATCCCAA640GACCCCTAATAAATTTAAGAAGTATAGTCGACGTTCATGG680GACCAGCAAATCAAACTCTGGAAGGTGGCTCTGCATTTTT720GGGATCCTCCAGCGGAAGAAGGATGTGATTTGCAAGAAAT760ACACCCTGTAGACCTTGAATCTGCAGAAAGCAGCTCCGAG800CCCCAGACCAGCTCTCAGGATGACTTTGATGTGTACTCTG840GCACACCCACCAAGGTGAGACACATGGACAGTCAAGTGGA880GGATGAGTTTGATTTGGAAGCTTGTTTAACTGAACCCTTG920AGAGACTTCTCAGCCATGAGCTAACTGCCCCCTGGCGGCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。