基因總覽
SLAMF1（signaling lymphocytic activation molecule family member 1）是蛋白質編碼基因，產物屬於 signaling lymphocytic activation molecule（SLAM）家族。此受體可作為自體配體，並由細胞間同型或異型互動觸發；其相關作用涵蓋多種免疫細胞，連結先天與適應性免疫反應。蛋白質具有細胞外區段、單次跨膜區及細胞質區段，細胞外部分含 Ig-like V-type 與 Ig-like C2-type 結構域，細胞質部分則帶有 ITSM 基序。其訊號作用受細胞質接合蛋白調節，且在 T 細胞與 B 細胞中的訊號傳遞並不相同。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000302035 ★ | 160,608,106–160,647,044 | 7 |
| ENST00000878657 | 160,608,100–160,647,044 | 6 |
| ENST00000878659 | 160,608,100–160,647,044 | 6 |
| ENST00001145373 | 160,608,100–160,647,044 | 7 |
| ENST00000538290 | 160,610,765–160,646,958 | 8 |
顯示 5/5 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLAMF1 由細胞間同型或異型互動觸發，可調節多種免疫細胞的活化與分化，參與先天及適應性免疫反應的協調。其訊號受細胞質接合蛋白 SH2D1A/SAP 及／或 SH2D1B/EAT-2 是否存在所影響；在 T 細胞與 B 細胞中，SLAMF1 引發的訊號傳遞也有所不同。資料指出可能存在兩種訊號模式：一種依賴 SH2D1A（或許也包括 SH2D1B），另一種則涉及 PTPN11 依賴的訊號傳遞。SH2D1A 可與 SLAMF1 及 FYN 同時互動，促使 FYN 磷酸化並活化 SLAMF1；相關調控並非單純由 SH2D1A 阻止抑制性效應分子結合所能概括。
在 T 細胞中，SLAMF1 可促進活化 T 細胞於免疫反應期間不依賴 IL-2 的增殖，並誘導 IFN-γ 產生。下游訊號具有不同方向：INPP5D、DOK1 與 DOK2 相關路徑會抑制 T 細胞的 IFN-γ 產生；PRKCQ、BCL10 與 NFKB1 則與 T 細胞活化增加及 Th2 細胞激素產生相關。SLAMF1 也促進 CD4+ 細胞中由 T 細胞受體誘發的 IL-4 分泌，且為生發中心 T 濾泡輔助細胞產生 IL-4 所需。相對地，在 CD4−/CD8− T 細胞中，它會抑制抗原受體介導的 IFN-γ 產生，但不抑制 IL-2 產生。它也可能參與過敏反應，並調節過敏原誘發的 Th2 與 Th1 細胞激素分泌；在單核球來源的樹突細胞中，則可能抑制 CD40 誘發的訊號傳遞。
SLAMF1 與 SLAMF6 協同調控胸腺細胞 NKT 細胞譜系由正向選擇轉入後續擴增與分化的過程，也參與周邊 iNKT 細胞朝調節型 NKT2 分化。在巨噬細胞中，SLAMF1 與對 LPS 的反應相關，會下調 IL-12、TNF 與一氧化氮。在 B 細胞中，它可透過 SYK 與 INPP5D 活化 ERK 路徑，並以依賴 SYK 和 SH2D1A 的方式活化 Akt；另有資料指出其可活化 p38 MAPK、JNK1 與 JNK2。與 CD84/SLAMF5 及 SLAMF6 協同時，SLAMF1 可能負向調節體液免疫反應。
在巨噬細胞對抗革蘭氏陰性菌的先天免疫反應中，SLAMF1 可能辨識細菌表面的 OmpC 及／或 OmpF，並調節吞噬體成熟及 PI3K complex II（PI3KC3-C2）的募集，進而促成吞噬體內 PtdIns(3)P 累積與 NOX2 活性。此外，在微生物感染情境下，SLAMF1（包括 isoform 4）可作為麻疹病毒受體。
Promoter 與基因調控
>SLAMF1 ENST00000302035 GRCh38 chr1:160646944-160648044 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter AAGAATGAATAAGAACTAGTATTTGATAATACAACAGTGTGACTATAGTCAATAATAATTTAATTGCACA TTTAAAAATAAAAATATAATTGCACTGTTTGTAACACAAAGGATAAATATTTGAGGTGATGGATATCCCA TTTACCCTGTGTGATTATTACATATTGCATGCCTCTATCAACATATCTCATATACCCCATACAAATATAT GCATACCCCATACATATATATATACATACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA CATATATGTATATCTACTATGTACCCACAGACGTTAAAAATTAGAGGAGAAAACACACACACAACAAGGA GACTGAGCTGGAAGGATGGAGCTCTGGGATAGATTTGTCCTACATCCCTGCCTGGGAGGGAATCCACACA CATGCAAGAAGACAAACTAGGAGCATGGGCTACTAAATTATACCACATTGCACTCATCGGGGTCACAGGG TTTCTTCCAAGTGACCCGCACATGCCCTTCCCATCTCTGTGTGACAGTGGCACCTGCACCAGACTGCATG TTGAGGTGTCATCTGAAATTATGAAATAAAACAGAAGTAAGAGGTCTATTAGCTCATCAAAATGCAGTTA TCTAAGTTCAGCTGTGAACTGCCAAATTTGAGGAGTGATCCAATGAAACATCTTTTCTTTGCAATCCAAG AAGACTTACCGGAGAGAACTGCTCAGAGAATCTGCAACATCCGGTTCCTGGAGACAGCTAAGGAAAGAAG CTGGGGCGCATGTTTCTGCCCAAAGCCGGGTTTTGGCCGAGGTGACTACACACCCCCTTTCCTGGCTCCC ATAGGCTAAGTGCCTGGCTTCTTGAGAAGCCTGCTTCTTGAGAACAAAAAAGTGATTTAAAGCCTCATGG GAGATGAGCAATCCTCAAGACACAAGCAGAAAAAGTCCCAGTGATACAGGAAGCGGGTTCAGGAACCTGC TGGTTCCTGATACATAAATCAGACAGCCTCTGCTGCATGACACGAAGCTTGCTTCTGCCTGGCATCTGTG AGCAGCTGCCAGGCTCCGGCCAGGATCCCTTCCTTCTCCTCATTGGCTGAT
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLAMF1_1 ↗ | 1:160,647,022 | 負股 | 160,647,012–160,647,071 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR1_94CQLJ · promoter · 160646948–160647296 · regulatory
ENSR1_94CQLM · enhancer · 160647297–160647678 · regulatory
ENSR1_94CQN2 · promoter · 160651921–160652421 · regulatory
· motif · 160642935–160642948 · motif
· motif · 160642935–160642948 · motif
· motif · 160643013–160643021 · motif
· motif · 160643488–160643501 · motif
· motif · 160643659–160643681 · motif
· motif · 160643659–160643681 · motif
· motif · 160644055–160644075 · motif
· motif · 160644414–160644426 · motif
· motif · 160644859–160644870 · motif
· motif · 160644860–160644871 · motif
· motif · 160645030–160645041 · motif
· motif · 160645258–160645266 · motif
· motif · 160645576–160645588 · motif
· motif · 160645578–160645600 · motif
· motif · 160645875–160645892 · motif
· motif · 160645877–160645892 · motif
· motif · 160645884–160645892 · motif
· motif · 160646214–160646227 · motif
· motif · 160646748–160646761 · motif
· motif · 160646748–160646761 · motif
· motif · 160646912–160646924 · motif
· motif · 160646929–160646942 · motif
· motif · 160646929–160646942 · motif
· motif · 160647131–160647144 · motif
· motif · 160647131–160647144 · motif
· motif · 160647251–160647262 · motif
· motif · 160647300–160647309 · motif
· motif · 160647531–160647547 · motif
· motif · 160647531–160647547 · motif
· motif · 160647551–160647566 · motif
· motif · 160647556–160647568 · motif
· motif · 160647559–160647566 · motif
· motif · 160648868–160648881 · motif
· motif · 160648868–160648881 · motif
· motif · 160649521–160649532 · motif
· motif · 160649549–160649564 · motif
· motif · 160650271–160650285 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：335 aa
SLAMF1 蛋白質長 335 個胺基酸。第 1–20 位為訊號肽，21–237 位屬細胞外區段，238–258 位為螺旋型跨膜區，259–335 位位於細胞質。細胞外區含 Ig-like V-type（29–138 位）與 Ig-like C2-type（144–223 位）結構域；細胞質區含 ITSM 1（279–284 位）、SH2-binding 基序（307–312 位）及 ITSM 2（325–330 位）。
蛋白質三維結構
細胞內定位
主要形式是單次跨膜的第一型膜蛋白，位於 B 細胞與 T 細胞表面；相鄰 T 細胞接觸處的質膜亦可見 SLAMF1。 Isoform 3 為分泌型。 Isoform 4 過度表現時可在細胞表面偵測到，但在膠質瘤細胞株中，內源性 isoform 4 主要位於細胞質，並與內質網及高基氏體標記共定位。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
細胞外定位：圓點散佈於細胞周圍，與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- MAP4K1Q92918 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH2D1AO60880 · UniProt INTERACTION · 12 experiments · 2 筆來源紀錄
- HQ786F2 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SLAMF1 的細胞質區與 SH2D1A、SH2D1B 互動；SH2D1A 可介導其與 FYN 的關聯，並能結合已磷酸化或未磷酸化的 ITSM 1。酪胺酸磷酸化的細胞質區也與 INPP5D、PTPN11 互動，且 SH2D1A 有助於 INPP5D 結合；另有與 MAP4K1 的互動紀錄。SLAMF1 亦與 PIK3C3、BECN1、UVRAG 互動，這些關聯顯示其可能參與 PI3K complex II（PI3KC3-C2）。感染情境下，麻疹病毒 hemagglutinin protein 與 SLAMF1 互動，此結合可使病毒附著並進入表現 CD150 的免疫細胞。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLAMF1 是 SLAM 家族的自體配體受體，可由細胞間同型或異型互動觸發，調節多種免疫細胞活化與分化，並參與先天及適應性免疫反應的協調。其訊號受 SH2D1A/SAP、SH2D1B/EAT-2 等接合蛋白調節，且 T 細胞與 B 細胞的訊號方式不同；資料描述多種 T 細胞、B 細胞、NKT 細胞及巨噬細胞相關作用，其中部分以相似性推定或可能性表述。 | 含實驗來源 | 證據與來源Self-ligand receptor of the signaling lymphocytic activation molecule (SLAM) family. SLAM receptors triggered by homo- or heterotypic cell-cell interactions are modulating the activation and differentiation of a wide variety of immune cells and thus are involved in the regulation and interconnection of both innate and adaptive immune response. Activities are controlled by presence or absence of small cytoplasmic adapter proteins, SH2D1A/SAP and/or SH2D1B/EAT-2. SLAMF1-induced signal-transduction events in T-lymphocytes are different from those in B-cells. Two modes of SLAMF1 signaling seem to exist: one depending on SH2D1A (and perhaps SH2D1B) and another in which protein-tyrosine phosphatase 2C (PTPN11)-dependent signal transduction operates. Initially it has been proposed that association with SH2D1A prevents binding to inhibitory effectors including INPP5D/SHIP1 and PTPN11/SHP-2. However, signaling is also regulated by SH2D1A which can simultaneously interact with and recruit FYN which subsequently phosphorylates and activates SLAMF1. Mediates IL-2-independent proliferation of activated T-cells during immune responses and induces IFN-gamma production (By similarity). Downstreaming signaling involves INPP5D, DOK1 and DOK2 leading to inhibited IFN-gamma production in T-cells, and PRKCQ, BCL10 and NFKB1 leading to increased T-cell activation and Th2 cytokine production (By similarity). Promotes T-cell receptor-induced IL-4 secretion by CD4(+) cells (By similarity). Inhibits antigen receptor-mediated production of IFN-gamma, but not IL-2, in CD4(-)/CD8(-) T-cells (By similarity). Required for IL-4 production by germinal centers T follicular helper (T(Fh))cells (By similarity). May inhibit CD40-induced signal transduction in monocyte-derived dendritic cells. May play a role in allergic responses and may regulate allergen-induced Th2 cytokine and Th1 cytokine secretion (By similarity). In conjunction with SLAMF6 controls the transition between positive selection and the subsequent expansion and differentiation of the thymocytic natural killer T (NKT) cell lineage. Involved in the peripheral differentiation of indifferent natural killer T (iNKT) cells toward a regulatory NKT2 type (By similarity). In macrophages involved in down-regulation of IL-12, TNF and nitric oxide in response to lipopolysaccharide (LPS) (By similarity). In B-cells activates the ERK signaling pathway independently of SH2D1A but implicating both, SYK and INPP5D, and activates Akt signaling dependent on SYK and SH2D1A (By similarity). In B-cells also activates p38 MAPK and JNK1 and JNK2. In conjunction with CD84/SLAMF5 and SLAMF6 may be a negative regulator of the humoral immune response (By similarity). Involved in innate immune response against Gram-negative bacteria in macrophages; probably recognizes OmpC and/or OmpF on the bacterial surface, regulates phagosome maturation and recruitment of the PI3K complex II (PI3KC3-C2) leading to accumulation of PdtIns(3)P and NOX2 activity in the phagosomes PMID 16317102 ↗ · PMID 20231852 ↗ · PMID 20818396 ↗ · PMID 11806999 ↗ · PMID 12458214 ↗ |
| 功能 | 在微生物感染情境中，SLAMF1 可作為麻疹病毒受體；此受體作用也包括 isoform 4。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Acts as a receptor for Measles virus; also including isoform 4 PMID 10972291 ↗ · PMID 21217702 ↗ |
| 交互作用 | SLAMF1 的細胞質區與 SH2D1A、SH2D1B 互動；SH2D1A 可介導其與 FYN 的關聯，並結合磷酸化及未磷酸化的 ITSM 1。酪胺酸磷酸化的細胞質區與 INPP5D、PTPN11 互動，SH2D1A 有助於 INPP5D 結合；SLAMF1 也與 MAP4K1、PIK3C3、BECN1、UVRAG 互動，後三者的關聯提示其與 PI3K complex II 有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts (via cytoplasmic domain) with SH2D1A and SH2D1B; SH2D1A mediates association with FYN; SH2D1A binds to phosphorylated and not phosphorylated ITSM 1. Interacts (via cytoplasmic domain phosphorylated on tyrosine residues) with INPP5D and PTPN11; presence of SH2D1A facilitates binding to INPP5D. Interacts with MAP4K1. Interacts with PIK3C3, BECN1 and UVRAG; indicative for an association with PI3K complex II (PI3KC3-C2) PMID 11313386 ↗ · PMID 11689425 ↗ · PMID 11806999 ↗ · PMID 11823424 ↗ · PMID 12458214 ↗ · PMID 12545174 ↗ · PMID 20231852 ↗ · PMID 20818396 ↗ · PMID 9774102 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境中，SLAMF1 與麻疹病毒 hemagglutinin protein 互動；此互動可促使病毒附著並進入表現 CD150 的免疫細胞。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with measles hemagglutinin protein; this interaction allows attachment and viral entry into the CD150-expressing immune cells PMID 10972291 ↗ |
| 細胞定位 | SLAMF1 是單次跨膜的第一型膜蛋白，位於 B 細胞與 T 細胞表面；相鄰 T 細胞接觸處的質膜也可見此蛋白。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell membrane / Single-pass type I membrane protein; Present on the surface of B-cells and T-cells. Located at the plasma membrane contacts between neighboring T-cells PMID 11806999 ↗ |
| 細胞定位 | Isoform 3; Secreted | 推論支持 | |
| 細胞定位 | Isoform 4 過度表現時可在細胞表面偵測到；但在膠質瘤細胞株中，內源性 isoform 4 主要位於細胞質，並與內質網及高基氏體標記共定位。 | 推論支持 | 證據與來源Isoform 4; Cell membrane; Overexpressed isoform 4 is detected on the cell surface. In glioma cell lines endogenous isoform 4 is detected predominantly in the cytoplasm and colocalized with endoplasmic reticulum and Golgi markers PMID 25710480 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGACAGCCTCTGCTGCATGACACGAAGCTTGCTTCTGCCT40GGCATCTGTGAGCAGCTGCCAGGCTCCGGCCAGGATCCCT80TCCTTCTCCTCATTGGCTGATGGATCCCAAGGGGCTCCTC120TCCTTGACCTTCGTGCTGTTTCTCTCCCTGGCTTTTGGGG160CAAGCTACGGAACAGGTGGGCGCATGATGAACTGCCCAAA200GATTCTCCGGCAGTTGGGAAGCAAAGTGCTGCTGCCCCTG240ACATATGAAAGGATAAATAAGAGCATGAACAAAAGCATCC280ACATTGTCGTCACAATGGCAAAATCACTGGAGAACAGTGT320CGAGAACAAAATAGTGTCTCTTGATCCATCCGAAGCAGGC360CCTCCACGTTATCTAGGAGATCGCTACAAGTTTTATCTGG400AGAATCTCACCCTGGGGATACGGGAAAGCAGGAAGGAGGA440TGAGGGATGGTACCTTATGACCCTGGAGAAAAATGTTTCA480GTTCAGCGCTTTTGCCTGCAGTTGAGGCTTTATGAGCAGG520TCTCCACTCCAGAAATTAAAGTTTTAAACAAGACCCAGGA560GAACGGGACCTGCACCTTGATACTGGGCTGCACAGTGGAG600AAGGGGGACCATGTGGCTTACAGCTGGAGTGAAAAGGCGG640GCACCCACCCACTGAACCCAGCCAACAGCTCCCACCTCCT680GTCCCTCACCCTCGGCCCCCAGCATGCTGACAATATCTAC720ATCTGCACCGTGAGCAACCCTATCAGCAACAATTCCCAGA760CCTTCAGCCCGTGGCCCGGATGCAGGACAGACCCCTCAGA800AACAAAACCATGGGCAGTGTATGCTGGGCTGTTAGGGGGT840GTCATCATGATTCTCATCATGGTGGTAATACTACAGTTGA880GAAGAAGAGGTAAAACGAACCATTACCAGACAACAGTGGA920AAAAAAAAGCCTTACGATCTATGCCCAAGTCCAGAAACCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。