基因總覽
SLA(Src like adaptor)是人類的蛋白質編碼基因,產物為接合蛋白。現有資料將其描述為 T 細胞受體訊號的負向調節因子,並指出它具有可參與蛋白質互作的區域;這些結構特徵與具體作用方式詳述於功能及蛋白質特徵欄。來源未提供足以進一步說明其蛋白質家族或其他基本性質的資訊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000338087 ★ | 133,036,728–133,102,602 | 9 |
| ENST00000427060 | 133,035,385–133,060,358 | 7 |
| ENST00000395352 | 133,035,385–133,102,912 | 8 |
| ENST00000524345 | 133,035,385–133,102,628 | 7 |
| ENST00000517648 | 133,035,385–133,102,912 | 7 |
| ENST00000953118 | 133,035,385–133,076,246 | 9 |
| ENST00000953119 | 133,035,385–133,075,472 | 8 |
| ENST00000953120 | 133,035,385–133,075,027 | 9 |
| ENST00000953121 | 133,035,385–133,075,027 | 8 |
| ENST00001119089 | 133,035,385–133,129,216 | 9 |
| ENST00001119090 | 133,035,385–133,119,557 | 9 |
| ENST00001134054 | 133,035,385–133,102,602 | 9 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SLA 產物是接合蛋白,參與抑制 T 細胞受體(TCR)訊號。資料指出,它能抑制 T 細胞抗原受體誘發的活化,降低活化 T 細胞核因子(nuclear factor of activated T-cells)的活化。這些作用指向 SLA 對 T 細胞受體訊號反應具有負向調節功能。
SLA 也參與 T 細胞正向選擇與有絲分裂的負向調節。來源未進一步交代這些過程中受影響的細胞步驟或調控條件,因此其功能意義可概括為限制相關 T 細胞反應,而不宜延伸為更具體的機制。
在可能的作用方式上,SLA 或可連結訊號蛋白,例如 ZAP70,與 CBL。此連結可能促成依賴 CBL 的訊號蛋白降解,進而抑制訊號;來源以「可能」描述此機制,並未將其表述為已確立的唯一途徑。
Promoter 與基因調控
>SLA ENST00000338087 GRCh38 chr8:133102502-133103602 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter ATATAATAATAATGAAAATGTAATAATGAATCCAGCCTGGTTTACATTCATCCTTATAACAATGCAGTCA TGAAATACAATATTTTAATATTTTGGGGGGGACAAGTCAGTCCTTCTGATCCTCAGCTTTCTCTGAACCA TAATCCCAGCTCACAGGGCCCCTGGGGAGAATTAGACAACGTGACGTGTAAGCGTCAGCTGTGAGGGGTA ATGTGGGGCTATAGCTCCAGGGTGGAGGGTTTACAGTGTGCAAGGGCATCCTAGAGCCATGAGACCTACA GGGCTCTCTGGGTGTTGGGAGATACCTCTTTCGCTTCTTATAACACTGCAAGAGACAGACAGGGTGGCTC TCACTGTGTCCATTTGAAGGCTAAAGAAACTGCAGCTCAGACCAGTTCAGCAACTCTCCTACATCGTGTG GCTAAAGCTAAGAATTGTGACCCATTTTTCTGAATCCAGGTCCCCGCGATGCCCTGGGTTCAGACCCTAA CACCCTCCCGTCCCTGAGTGCTGGGGATTTAAGGCAGCAGTGCCTCCTTTCAGGAAATCACACACACACT GGAAACTCCTGCATACTCCTCTTACTATAATCTGTCACCAAAGACTGGATATTCCTGTGCTGGGGCTCGT GCCAGCGCCTCGGGCTGCCAGGTGCTGCTTTCCAACTCCCACATGGGCTGCCCTCCCCCTACTGCTACCC ACAGGGCCCCCACTCCACCTGCTCCCAGACGAGGCCAACTCCTGGCCAAGCTTAGGGGCACAGCGGAGGC GCTCTGTTTCTGATTTTTCTCGCCTTCCTTGGAGATGCCTGTGCTTGGAAGGGAAGGCAGAACATTGCAT CTTGGAACAAATCTGCTTTTGATCATGCAAATGAATGCCTGGATAATGTAGGCAGACTGTCAATTTCACC AGTTAGAAAGAAAGAGAAAAGGGGGAGAAATTCCCCATGACAGCGACTGATGAAGAATTTCAATAGAAAG CTGCTACTTCAGAAAATAAGATCATTTGCTGCGAATGGAGAACATCTCAGGCAGCCCTGATGCTCCACCG GTAGGTTGCTAACTTTGCTGTCATTGGGACCCCCTGGGTGGGCCATAGGTG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 4 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SLA_2 ↗ | 8:133,060,299 | 負股 | 133,060,289–133,060,348 |
| SLA_1 ↗ | 8:133,075,027 | 負股 | 133,075,017–133,075,076 |
| SLA_3 ↗ | 8:133,102,876 | 負股 | 133,102,866–133,102,925 |
| SLA_4 ↗ | 8:133,129,160 | 負股 | 133,129,150–133,129,209 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR8_85WMQ9 · enhancer · 133097871–133098016 · regulatory
ENSR8_BZF7R · promoter · 133102592–133103224 · regulatory
全反式維甲酸(ATRA)可誘導 SLA;此誘導並非直接作用,而是由其他蛋白質介導。來源未提供更具體的中介蛋白或調控步驟。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:276 aa
SLA 蛋白長 276 個胺基酸。其 SH3 結構域位於第 22–82 位,SH2 結構域位於第 84–175 位;C 端區域涵蓋第 212–276 位。這些區域的序列註解描述蛋白質結構,來源未提供其他區域的功能說明。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SLA 位於細胞質,並與胞內體共定位。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 8 個夥伴
- EGFRP00533 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- NCOA2Q15596 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PDGFRBP09619 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BLKP51451 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MYO15BQ96JP2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PTK6Q13882 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- QARS1P47897 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SLA 可形成同源二聚體;其 C 端區域參與二聚化及與磷酸化 CBL 的互作。其 SH2 結構域可與磷酸化的 ZAP70、CD3Z、SYK 及 LAT 互作。另有與 EPHA2、VAV1、LCP2 和 PDGFRB 互作的註記,但此類關係標示為依相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SLA 是負向調節 T 細胞受體(TCR)訊號的接合蛋白,可抑制 T 細胞抗原受體誘發的活化及活化 T 細胞核因子的活化。它也參與 T 細胞正向選擇與有絲分裂的負向調節;可能藉由連結 ZAP70 等訊號蛋白與 CBL,促進依賴 CBL 的訊號蛋白降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein, which negatively regulates T-cell receptor (TCR) signaling. Inhibits T-cell antigen-receptor induced activation of nuclear factor of activated T-cells. Involved in the negative regulation of positive selection and mitosis of T-cells. May act by linking signaling proteins such as ZAP70 with CBL, leading to a CBL dependent degradation of signaling proteins PMID 10449770 ↗ · PMID 11696592 ↗ |
| 交互作用 | SLA 可形成同源二聚體,且 C 端區域參與二聚化及與磷酸化 CBL 的互作;SH2 結構域可與磷酸化的 ZAP70、CD3Z、SYK 和 LAT 互作。與 EPHA2、VAV1、LCP2 及 PDGFRB 的互作則標示為依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with EPHA2, VAV1, LCP2 and PDGFRB (By similarity). Homodimer. Homodimerization and interaction with phosphorylated CBL occurs via its C-terminal domain. Interacts with phosphorylated proteins ZAP70, CD3Z, SYK and LAT via its SH2 domain PMID 10449770 ↗ |
| 細胞定位 | SLA 位於細胞質,並與胞內體共定位。 | 推論支持 | |
| 調控 | 全反式維甲酸(ATRA)可誘導 SLA;此誘導為間接作用,並由其他蛋白質介導。 | 含實驗來源 | 證據與來源By all-trans retinoic acid (ATRA). Induction is indirect and is mediated through other proteins PMID 9020066 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATCATTTGCTGCGAATGGAGAACATCTCAGGCAGCCCTGA40TGCTCCACCGTCCTTGCAGAGAGAAGCTTGCTCAGAGTGG80TTACTGAAAACAGGAACCTGCCCTTCTGCAAGCCCTGTGC120CTTCCTCGTTCCTAGCAGAGGAAGTATGCGGCCAGTTTAG160CAACTGCAGTTCTTCTGTGTAGCATGGGCTGCTTCTCCAC200AACCGCGAGAAGCCCGGCTGCCTGTTTATTCTGGAGCAGC240AGCAGTTGACAGACGGAGAGGCAGTGACTCTGCACCCAGC280AATCCCTCTGCAGACAGCTCCCACAGGAGTCATGCCCAGT320GTGTGAAGGCTCTGGGCATCACCAGCGGCCCCAGGGAAAA360AGAAAGAAATGGGAAACAGCATGAAATCCACCCCTGCGCC400TGCCGAGAGGCCCCTGCCCAACCCGGAGGGACTGGATAGC440GACTTCCTTGCCGTGCTAAGTGACTACCCGTCTCCTGACA480TCAGCCCCCCGATATTCCGCCGAGGGGAGAAACTGCGTGT520GATTTCTGATGAAGGGGGCTGGTGGAAAGCTATTTCTCTT560AGCACTGGTCGAGAGAGTTACATCCCTGGAATATGTGTGG600CCAGAGTTTACCATGGCTGGCTGTTTGAGGGCCTGGGCAG640AGACAAGGCCGAGGAGCTGCTGCAGCTGCCAGACACAAAG680GTCGGCTCCTTCATGATCAGAGAGAGTGAGACCAAGAAAG720GGTTTTACTCACTGTCGGTGAGACACAGGCAGGTAAAGCA760TTACCGCATTTTCCGTCTGCCCAACAACTGGTACTACATT800TCCCCGAGGCTCACCTTCCAGTGCCTGGAGGACCTGGTGA840ACCACTATTCTGAGGTGGCTGATGGCCTGTGCTGTGTGCT880CACCACGCCCTGCCTGACACAAAGCACGGCTGCCCCAGCA920GTGAGGGCCTCCAGCTCACCTGTCACCTTGCGTCAGAAGA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。