基因總覽
SKP2（S-phase kinase associated protein 2）是由蛋白質編碼基因 SKP2 產生的蛋白質，也是 SCF（SKP1-CUL1-F-box protein）E3 泛素蛋白連接酶複合體的底物辨識成分。此複合體可辨認特定目標蛋白，並促進其泛素化及後續的蛋白酶體降解；SKP2 因而與細胞週期進程、訊號傳遞及轉錄相關蛋白的調控相連。其序列包含 F-box 區域與多個 LRR 重複，構成蛋白質辨識相關的結構特色。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000274255 ★ | 36,152,111–36,184,319 | 10 |
| ENST00000274254 | 36,151,989–36,184,041 | 10 |
| ENST00000546211 | 36,151,989–36,183,996 | 11 |
| ENST00000620197 | 36,151,989–36,184,011 | 9 |
| ENST00000678270 | 36,151,989–36,196,762 | 10 |
| ENST00000678580 | 36,151,989–36,183,960 | 10 |
| ENST00000508514 | 36,151,989–36,182,057 | 5 |
| ENST00000855793 | 36,151,989–36,184,032 | 11 |
| ENST00000855794 | 36,151,989–36,184,023 | 10 |
| ENST00000986775 | 36,151,989–36,184,024 | 8 |
| ENST00001065984 | 36,151,989–36,196,762 | 10 |
| ENST00001065985 | 36,151,989–36,184,045 | 9 |
顯示 12/23 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SKP2 的主要功能是協助 SCF E3 泛素蛋白連接酶複合體辨認底物，促使目標蛋白泛素化，並可導向蛋白酶體降解。這項調控涉及細胞週期進程、訊號傳遞與轉錄相關蛋白。SCF 複合體的活性受到 COP9 signalosome 調節：它可逆轉 cullin 上的活化性 neddylation，使連接酶回到非活化狀態，並重新設定底物辨識能力。
在細胞週期調控方面，SKP2 可辨認經磷酸化的 CDKN1B/p27kip，參與 G1/S 轉換；此底物的降解也需要 CKS1。SKP2 亦可辨認與 CCNE1 或 CCNE2 及 CDK2 關聯的 CDKN1A。來源列出的其他辨認目標包括 ORC1、CDT1、RBL2、KMT2A/MLL1、CDK9、RAG2、NBN、FOXO1、UBP43 與 YTHDF2；MYC、TOB1 和 TAL1 則屬可能的目標。TAL1 的降解另需要 STUB1。
SKP2 的作用不限於促進蛋白質降解。它可在 CK1 依賴的條件下促進 CDH1 泛素化及破壞，進而調節細胞遷移。DNA 損傷反應中，SKP2 經磷酸化後可介導 NBN 的 Lys-63 連結型泛素化；此修飾促進 ATM 招募至 DNA 損傷位置，並與同源重組修復相關。
此外，SKP2 可促進 hepatitis C virus 非結構蛋白 NS5A 經泛素介導的蛋白酶體降解，因而對該病毒具有抗病毒活性。
Promoter 與基因調控
>SKP2 ENST00000274255 GRCh38 chr5:36151111-36152211 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCTTACTGCCCCCAAACTCTTCTCAGCAGAGATAGGCTGAAAGCAGCTCGCTTTTAGGCGGCGACGCAAA CACACGTAGCCAGCTGAGCGACAGCAAGCAACCAAATGGCTTTGCTGGAGGCCCCCTGCGTGCACGGGTA AAGCTCGTTGCAAAATACAGTCCTTTCATTTATTCCCATGTTGCTATTTATGAGACCTGTCAAGGCTGCA AGGGCATGCGCAGCCTTCCCACCACACAGGACCCGCTGGGGTCTCCGGCTCCCCTAAAATTAAACCATTG TCTCTCGTTCCAACGGCGTGTTTAGCTGTTGTGCGTTATTTTACAGATAAAGGAAGGATCCCGTCCACAG ACCCAATTCTTAGGGCCGCCTTCTCCCCGACGGAGGAAGAAGCTTCCTGGCAAAAGGACGAACAGGTGCG ACGCCAGCAGTTCGCAGCCTCTCACCTGGCCGGCGGGCTGGGCTACTGTCACCACTCAGCAGCCAAGGAC TTGGGCCCCGCAGCGGCGGCCACTCGGGGTCTGCCGGGTCCCCTCTCTTTCCGCCTGCTCTCGGCCCCGG ACCCCAGACTCAAAAGCGCCTCACGCGTTCCGCCTTAGGCTCACCGTCCGATCTCGCCAGACAGCGTCTG GACGGGACCGGGAAACGGCGGCCGCCACAGCTGTCCAGGTTCTGGGATCCACGCTCAGAGACGACAGCGC TGGCGATCACCAGAAGGCCTGCGGGCTCCCGAGAAAGGAAAATCCGTCTACAGTCCAGCGGCTGACATTT CCCAGTCAGCCGTAGCGCCGCCCGCTTCCGCCTCCCCGCCTACCCCGTGGGCCGACCAGTCCCGCTCCCG CGGGGGGTTGTGGGTATCTCGAAGGCGGGTAAAGCTGCAAGGGAAGGAAGTAAGGGCGAGCCCGTCGGAC TACGAAGCGGGACGGAAACTACAATTCCCAGCAGGCCTTGGGCCTCAGTGCGGCCGCGAAGCAGAGCGGG CTGTAGAGCCTTGCGCGCGCAGTGGGGATGGAACGTTGCTAGGCTTAGCGGGTCTGGCTGCTGGGGGCCC GAGCAGCACGCTCGGAGCCGCCGCGCGCCAAAGCGGGAATCTGGGAGGCGA
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SKP2_1 ↗ | 5:36,152,111 | 正股 | 36,152,062–36,152,121 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR5_C5KT4 · enhancer · 36150685–36151876 · regulatory
ENSR5_9JCFM · promoter · 36151877–36152132 · regulatory
ENSR5_C5KTH · enhancer · 36156021–36157213 · regulatory
· motif · 36147112–36147118 · motif
· motif · 36151300–36151313 · motif
· motif · 36151300–36151313 · motif
· motif · 36151764–36151777 · motif
· motif · 36151764–36151777 · motif
· motif · 36151881–36151897 · motif
· motif · 36151903–36151914 · motif
· motif · 36152284–36152297 · motif
· motif · 36152328–36152345 · motif
· motif · 36152443–36152451 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：424 aa
SKP2 蛋白長 424 個胺基酸，包含位於第 95–137 位的 F-box，以及 10 個連續的 LRR 重複，範圍依序為第 138–385 位。第 39–73 位被註記為無序區；第 67–73 位含核定位訊號。第 1–220 位區域與 hepatitis C virus 非結構蛋白 NS5A 交互作用，第 402–424 位則介導與 IFI27 的交互作用。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位隨條件變化或不同異構型之間差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 19 個夥伴
- AKT1P31749 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CDH1A5D8W4 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- CDKN1AP38936 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CDKN1BP46527 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CKS1BP61024 · UniProt INTERACTION · 9 experiments
- CUL1Q13616 · UniProt INTERACTION · 15 experiments
- DUSP1P28562 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EP300Q09472 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FZR1Q9UM11 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- MYCP01106 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- ORC1Q13415 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- RBX1P62877 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- SIRT3Q9NTG7 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- SKP1P63208 · UniProt INTERACTION · 19 experiments · 3 筆來源紀錄
- SMAD4Q13485 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- Cdh1P09803 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- XQ4AE16 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KMT2AQ03164 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- PHB1P35232 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
SKP2 是 SCF(SKP2) 複合體的成員，該複合體包含 CUL1、SKP1、RBX1、SKP2 與 CKS1/CKS1B，且 SKP2 與 CKS1/CKS1B 均參與底物辨識；另有包含 TRIM21 的 SCF(SKP2)-like 複合體。SKP2 與 CKS1、cyclin-A-CDK2 複合體及多種蛋白質有交互作用；與 ASB2 的交互作用則被認為可能促成 ECS 與 SCF(SKP2) 複合體形成二聚型 E3 連接酶複合體。病毒感染時，SKP2 也與 hepatitis C virus 的 NS5A 交互作用，並促進其泛素介導的蛋白酶體降解。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 6 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SKP2 是 SCF E3 泛素蛋白連接酶複合體的底物辨識成分，促進細胞週期、訊號傳遞及轉錄相關目標蛋白的泛素化與蛋白酶體降解。COP9 signalosome 可逆轉 cullin 的活化性 neddylation，使連接酶回復非活化狀態並重設底物辨識。SKP2 辨認多種目標；CDKN1B/p27kip 的降解需 CKS1，TAL1 的降解需 STUB1。DNA 損傷後，經磷酸化的 SKP2 促進 NBN 的 Lys-63 連結型泛素化，協助 ATM 招募及同源重組修復。 | 含實驗來源 | 證據與來源Substrate recognition component of a SCF (SKP1-CUL1-F-box protein) E3 ubiquitin-protein ligase complex which mediates the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins involved in cell cycle progression, signal transduction and transcription. The E3 ubiquitin-protein ligase activity is regulated by the COP9 signalosome (CSN), which restores the ligase to its inactive state and resets the ligase for substrate recognition by reversing the activating neddylation on the cullin. Specifically recognizes phosphorylated CDKN1B/p27kip and is involved in regulation of G1/S transition (By similarity). Degradation of CDKN1B/p27kip also requires CKS1 (By similarity). Recognizes target proteins ORC1, CDT1, RBL2, KMT2A/MLL1, CDK9, RAG2, NBN, FOXO1, UBP43, YTHDF2, and probably MYC, TOB1 and TAL1. Degradation of TAL1 also requires STUB1. Recognizes CDKN1A in association with CCNE1 or CCNE2 and CDK2. Promotes ubiquitination and destruction of CDH1 in a CK1-dependent manner, thereby regulating cell migration. Following phosphorylation in response to DNA damage, mediates 'Lys-63'-linked ubiquitination of NBN, promoting ATM recruitment to DNA damage sites and DNA repair via homologous recombination PMID 11931757 ↗ · PMID 12435635 ↗ · PMID 12769844 ↗ · PMID 12840033 ↗ · PMID 15342634 ↗ · PMID 15668399 ↗ · PMID 15949444 ↗ · PMID 16103164 ↗ · PMID 16262255 ↗ · PMID 16581786 ↗ · PMID 16951159 ↗ · PMID 17908926 ↗ · PMID 17962192 ↗ · PMID 22464731 ↗ · PMID 22770219 ↗ · PMID 32267835 ↗ · PMID 41577659 ↗ · PMID 9736735 ↗ |
| 功能 | SKP2 可透過泛素介導的蛋白酶體降解 hepatitis C virus 非結構蛋白 5A，對該病毒具有抗病毒活性。 | 含實驗來源 | 證據與來源Through the ubiquitin-mediated proteasomal degradation of hepatitis C virus non-structural protein 5A, has an antiviral activity towards that virus PMID 27194766 ↗ |
| 分子活性 | SKP2 相關的分子活性包括蛋白質修飾，特別是蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | SKP2 是由 CUL1、SKP1、RBX1、SKP2 與 CKS1/CKS1B 組成的 SCF(SKP2) 複合體成員，SKP2 與 CKS1/CKS1B 均參與底物辨識；它也參與含 TRIM21 的 SCF(SKP2)-like 複合體。SKP2 與 CKS1、cyclin-A-CDK2 複合體及多種蛋白質交互作用，並與 ASB2 互作；ASB2 可能連結 ECS 與 SCF(SKP2) 複合體，促成二聚型 E3 泛素蛋白連接酶複合體形成。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the SCF(SKP2) complex, consisting of CUL1, SKP1, RBX1, SKP2 and CKS1/CKS1B; both SKP2 and CKS1/CKS1B contribute to substrate recognition of the ligase complex. Component of a SCF(SKP2)-like complex containing CUL1, SKP1, TRIM21 and SKP2. Interacts with CKS1. Interacts with ASB2 which is the substrate-recognition component of a probable ECS E3 ubiquitin-protein ligase complex; ASB2 is likely to bridge the formation of dimeric E3-ubiquitin-protein ligase complexes composed of an ECS complex and an SCF(SKP2) complex. Interacts with the cyclin-A-CDK2 complex. Interacts with ORC1, phosphorylated CDT1, phosphorylated RBL2, ELF4, phosphorylated RAG2, FOXO1, UBP43, MYC, TOB1, TAL1 and KMT2A/MLL1. Interacts with TRIM21. Interacts with cyclin-E (By similarity). Interacts with IFI27; promotes the ubiquitin-mediated proteasomal degradation of hepatitis C virus/HCV non-structural protein NS5A. Interacts with CARM1 (By similarity) PMID 11099048 ↗ · PMID 11931757 ↗ · PMID 11961546 ↗ · PMID 12435635 ↗ · PMID 12769844 ↗ · PMID 12840033 ↗ · PMID 15342634 ↗ · PMID 15668399 ↗ · PMID 15949444 ↗ · PMID 16581786 ↗ · PMID 16880511 ↗ · PMID 16951159 ↗ · PMID 17908926 ↗ · PMID 17962192 ↗ · PMID 21119685 ↗ · PMID 27194766 ↗ · PMID 41577659 ↗ · PMID 7553852 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染情境下，SKP2 與 hepatitis C virus 的非結構蛋白 NS5A 交互作用，並促進 NS5A 經泛素介導的蛋白酶體降解。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with hepatitis C virus/HCV non-structural protein NS5A; promotes the ubiquitin-mediated proteasomal degradation of NS5A PMID 27194766 ↗ |
| 細胞定位 | SKP2 的細胞內定位包括細胞質與細胞核。 | 含實驗來源 |
核酸與蛋白質序列
AGTGGGGATGGAACGTTGCTAGGCTTAGCGGGTCTGGCTG40CTGGGGGCCCGAGCAGCACGCTCGGAGCCGCCGCGCGCCA80AAGCGGGAATCTGGGAGGCGAGCAGCTCTGCAGTTAATGC120ACGTATTTTAAACTCCCGGGCCTGCGGACGCTATGCACAG160GAAGCACCTCCAGGAGATTCCAGACCTGAGTAGCAACGTT200GCCACCAGCTTCACGTGGGGATGGGATTCCAGCAAGACTT240CTGAACTGCTGTCAGGCATGGGGGTCTCCGCCCTGGAGAA280AGAGGAGCCCGACAGTGAGAACATCCCCCAGGAACTGCTC320TCAAACCTGGGCCACCCGGAGAGCCCCCCACGGAAACGGC360TGAAGAGCAAAGGGAGTGACAAAGACTTTGTGATTGTCCG400CAGGCCTAAGCTAAATCGAGAGAACTTTCCAGGTGTTTCA440TGGGACTCCCTTCCGGATGAGCTGCTCTTGGGAATCTTTT480CCTGTCTGTGCCTCCCTGAGCTGCTAAAGGTCTCTGGTGT520TTGTAAGAGGTGGTATCGCCTAGCGTCTGATGAGTCTCTA560TGGCAGACCTTAGACCTCACAGGTAAAAATCTGCACCCGG600ATGTGACTGGTCGGTTGCTGTCTCAAGGGGTGATTGCCTT640CCGCTGCCCACGATCATTTATGGACCAACCATTGGCTGAA680CATTTCAGCCCTTTTCGTGTACAGCACATGGACCTATCGA720ACTCAGTTATAGAAGTGTCCACCCTCCACGGCATACTGTC760TCAGTGTTCCAAGTTGCAGAATCTAAGCCTGGAAGGCCTG800CGGCTTTCGGATCCCATTGTCAATACTCTCGCAAAAAACT840CAAATTTAGTGCGACTTAACCTTTCTGGGTGTTCTGGATT880CTCTGAATTTGCCCTGCAGACTTTGCTAAGCAGCTGTTCC920AGACTGGATGAGCTGAACCTCTCCTGGTGTTTTGATTTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。