基因總覽
SKI2 subunit of superkiller complex 是由 SKIC2 基因編碼的蛋白質，屬於 helicase family 的 SKI2 subfamily。其蛋白質長 1,246 個胺基酸，含有解旋酶 ATP 結合區與 C 端解旋酶區，並具有一段被註記為無序的區域及 DEVH box 基序。SKIC2 是 SKI complex 的成員；此複合體參與 RNA 的處理相關途徑。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000375394 ★ | 31,959,175–31,969,751 | 28 |
| ENST00000697831 | 31,959,116–31,969,852 | 28 |
| ENST00000491994 | 31,959,116–31,969,722 | 27 |
| ENST00000697838 | 31,959,116–31,969,852 | 27 |
| ENST00000697840 | 31,959,116–31,969,852 | 28 |
| ENST00000858388 | 31,959,116–31,969,852 | 27 |
| ENST00000858389 | 31,959,116–31,969,852 | 28 |
| ENST00000858390 | 31,959,116–31,969,852 | 27 |
| ENST00000858391 | 31,959,116–31,969,852 | 27 |
| ENST00000858392 | 31,959,116–31,969,852 | 27 |
| ENST00000858393 | 31,959,116–31,969,852 | 26 |
| ENST00000938522 | 31,959,116–31,969,852 | 28 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SKIC2 是 SKI complex 的解旋酶組成部分，協助 RNA-degrading exosome 在 mRNA 降解與品質控制途徑中發揮作用。SKI complex 可從 80S 核糖體複合體中抽取 mRNA，方向為 3′ 至 5′，並將 mRNA 引導至細胞質中的 exosome 進行降解。
當核糖體停滯時，SKI complex 介導的 mRNA 抽取可促進 Pelota-HBS1L complex 結合；其後由 ABCE1 促成核糖體解離，使核糖體得以回收再利用。這個過程將停滯核糖體上的 mRNA 處理，與核糖體回收相連結。
在細胞核中，SKI complex 也會與轉錄活躍的基因相關聯，而此關聯依賴 PAF1 complex（PAF1C）。此外，SKIC2 可能參與 non-stop mRNA decay pathway（NSD）；此途徑特別靶向並降解缺少適當終止密碼子的 mRNA。來源將這項作用表述為可能參與，並未將其描述為確立的功能。
SKIC2 具有 ATP 水解活性，反應為 ATP 與水生成 ADP、磷酸及氫離子。這項酵素活性與其解旋酶身分相符；來源並指出 SKI complex 的 mRNA 抽取及下游處理作用，但未進一步界定 ATP 水解與各步驟之間的具體機制。
Promoter 與基因調控
>SKIC2 ENST00000375394 GRCh38 chr6:31958175-31959275 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CCATGGCAAATTGCATAGAAAAGACAGAAGGTCCACACCAAGGCTTGGGAAAGCCCACCTCTCGAAGCTA CACTGTGAGGTGATATGTCTCTAGGTATGGGCCAGAAAAACTTCCCCATTCGCTCACACTCACCCCATAT CTTCTCAGAGTGCAGAGTCTGTGAAAGGTTAGGCCATGTCCACACACAGTCCCTCACCTTTTTCTTGAGC TTGTTGAATTTCTTCTGCAGAGCCTCCTCTTCCTCGCTCAGTCCGGGGGGTATCACCAACATGGTGGCTC CTAGTTCAGGGGCAGGGCCCAAGACATCTTTCTCCACTGTTACCACCCGGGGTTCACACGCCGTCCACAC TGTACCCAACCCCACCCCTTCAGGTCTGCCTACTCTTGTCTTTGGCTTTCCCTACCCCTTGCTTAAACCA GGCTGCTGTCCAAGCTCCCGCTGGTCGGGATCATCCAGCATTCCCTCCTGTCTCCAGGGATCACAGACAC CAGCACCTTTAGGTACCATGTGGTTCAAGGAGGGACAAATATCCACTCCGTCGGAAAGACGATGGCACCC GACCCCCCTACCCTCGCTAGGGTAAGGACAACCGCGGGGTTTGAACGGCAGAGAAGGCGGTGGAGCCAGC GTAGCGCCCGCAGAGCAACGCAAAGAGGAAGAACAGAGAAACGGCTATGAGAAAAAGGGCCGAAGAGTGA GAAGCAGAGGGCCTTACCCGAGGGGGCGGCAACCGGGGGCCCCACGGTCTCCGGCCGCGCCCGCGCTGGC CGCTGATAGCGGGCTCACAACGATGACGTAGCGAGGAGCGGAAAACGCGGTAACCAAGGCGGCCCCAGGC GCGCACTTCCGCCCGGCCTTCCACCGGTCCAGGTCTGCCCCTCCGCAGCGATAGTTCACGCTCTCGGCGG GGCTGTACCGGAAGTTGCCTCTACTTCCGCCCGTTCCGGGGCGGGGCTTACTTCGCAGCGACTACTTGCC GCACTTCCGGGCTGCCAGGCAGCTGCTGTGGCTCCAGGATGATGGAGACAGAGCGACTTGGTGAGGGGGA GGGGAGGGAAATGGAACGGAGTAGCCGATATGGAATGAACTTTGACCCCTG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SKIV2L_1 ↗ | 6:31,959,175 | 正股 | 31,959,126–31,959,185 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR6_B8C8N · promoter · 31958436–31959185 · regulatory
· motif · 31958824–31958837 · motif
· motif · 31958930–31958941 · motif
· motif · 31958930–31958941 · motif
· motif · 31958980–31958997 · motif
· motif · 31959018–31959027 · motif
· motif · 31959018–31959029 · motif
· motif · 31959089–31959100 · motif
· motif · 31959089–31959100 · motif
· motif · 31959091–31959100 · motif
· motif · 31959106–31959115 · motif
· motif · 31959106–31959117 · motif
· motif · 31959106–31959117 · motif
· motif · 31959121–31959131 · motif
· motif · 31959156–31959165 · motif
· motif · 31959156–31959167 · motif
· motif · 31959156–31959167 · motif
· motif · 31959219–31959229 · motif
· motif · 31959258–31959273 · motif
· motif · 31959258–31959273 · motif
· motif · 31959259–31959273 · motif
· motif · 31959260–31959273 · motif
· motif · 31959263–31959275 · motif
· motif · 31959266–31959273 · motif
· motif · 31959267–31959280 · motif
· motif · 31959274–31959287 · motif
· motif · 31959277–31959289 · motif
· motif · 31959280–31959287 · motif
· motif · 31959281–31959294 · motif
· motif · 31959403–31959418 · motif
· motif · 31959404–31959419 · motif
· motif · 31959405–31959419 · motif
· motif · 31959406–31959419 · motif
· motif · 31959409–31959421 · motif
· motif · 31959412–31959419 · motif
· motif · 31959417–31959432 · motif
· motif · 31959418–31959432 · motif
· motif · 31959419–31959432 · motif
· motif · 31959705–31959718 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：1246 aa
SKIC2 蛋白長 1,246 個胺基酸，屬於 helicase family 的 SKI2 subfamily。序列註解包含第 319–475 位的 Helicase ATP-binding domain、第 585–755 位的 Helicase C-terminal domain，以及第 220–246 位的無序區域；第 423–426 位另有 DEVH box 基序。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 2 個夥伴
- CACNB3P54284 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PRKAA2P54646 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SKIC2 與 SKIC3、SKIC8 同為 SKI complex 的組成部分；來源亦記載 SKIC2 與 HBS1L isoform 2 及 ANGEL1 互作，但未進一步說明這些互作的型態或功能後果。
疾病與遺傳關聯
影響 SKIC2 的變異可造成 Trichohepatoenteric syndrome 2（THES2）。此症候群可有子宮內生長遲滯、嬰兒期嚴重腹瀉並需全靜脈營養、面部特徵異常、免疫缺陷及毛髮異常，後者多為結節性脆髮；肝臟受累會使患者預後較差。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SKIC2 是 SKI complex 的解旋酶組成部分，協助 RNA 降解外泌體參與 mRNA 降解與品質控制。SKI complex 以 3′ 至 5′ 方向從 80S 核糖體複合體抽取 mRNA，並將其送往細胞質中的外泌體降解。抽取停滯核糖體上的 mRNA 後，可促進 Pelota-HBS1L complex 結合，接著由 ABCE1 使核糖體解離並回收。SKI complex 也依賴 PAF1 complex 與細胞核內轉錄活躍基因相關；SKIC2 可能參與降解缺少適當終止密碼子的 mRNA 的 NSD 途徑。 | 含實驗來源 | 證據與來源Helicase component of the SKI complex, a multiprotein complex that assists the RNA-degrading exosome during the mRNA decay and quality-control pathways. The SKI complex catalyzes mRNA extraction from 80S ribosomal complexes in the 3'-5' direction and channels mRNA to the cytosolic exosome for degradation. SKI-mediated extraction of mRNA from stalled ribosomes allow binding of the Pelota-HBS1L complex and subsequent ribosome disassembly by ABCE1 for ribosome recycling. In the nucleus, the SKI complex associates with transcriptionally active genes in a manner dependent on PAF1 complex (PAF1C). May play a role in the non-stop mRNA decay pathway (NSD), which specifically targets and degrades mRNAs that lack a proper stop codon PMID 16024656 ↗ · PMID 32006463 ↗ · PMID 35120588 ↗ · PMID 40441874 ↗ |
| 分子活性 | ATP + H2O = ADP + phosphate + H(+) | 含實驗來源 | |
| 交互作用 | SKIC2 是由 SKIC2、SKIC3 與 SKIC8 組成的 SKI complex 成員；另有與 HBS1L isoform 2 及 ANGEL1 互作的記載。 | 含實驗來源 | 證據與來源Component of the SKI complex which consists of SKIC2, SKIC3 and SKIC8. Interacts with HBS1L isoform 2. Interacts with ANGEL1 PMID 16024656 ↗ · PMID 28204585 ↗ · PMID 32006463 ↗ · PMID 35120588 ↗ |
| 細胞定位 | SKIC2 位於細胞核與細胞質。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 SKIC2 的變異會造成 Trichohepatoenteric syndrome 2（THES2）。其特徵包括子宮內生長遲滯、嬰兒期需全靜脈營養的嚴重腹瀉、面部特徵異常、免疫缺陷及毛髮異常，多為結節性脆髮；肝臟受累會使預後較差。 | 含實驗來源 | 證據與來源Trichohepatoenteric syndrome 2 THES2 A syndrome characterized by intrauterine growth retardation, severe diarrhea in infancy requiring total parenteral nutrition, facial dysmorphism, immunodeficiency, and hair abnormalities, mostly trichorrhexis nodosa. Hepatic involvement contributes to the poor prognosis of affected patients. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 614602 PMID 22444670 ↗ · PMID 35120588 ↗ |
核酸與蛋白質序列
AGCTGCTGTGGCTCCAGGATGATGGAGACAGAGCGACTTG40TGCTACCCCCTCCAGATCCCCTGGACCTACCCCTTCGGGC80CGTGGAGCTCGGATGCACGGGGCACTGGGAGCTGCTGAAC120TTGCCTGGAGCTCCAGAGAGTAGCCTTCCCCATGGCCTCC160CTCCTTGTGCCCCAGATCTGCAGCAAGAAGCAGAACAGTT200GTTTCTGTCATCCCCAGCCTGGCTGCCTCTGCATGGTGTG240GAGCACTCAGCCCGAAAATGGCAGAGGAAGACGGATCCCT280GGTCTCTTTTGGCTGTCCTGGGAGCCCCAGTCCCATCCGA320CCTACAGGCCCAAAGACACCCAACCACAGGCCAGATACTG360GGTTACAAAGAGGTCTTGCTGGAGAACACAAATCTCTCGG400CTACAACCTCCTTGTCTCTTCGCCGGCCTCCAGGGCCAGC440CTCCCAGTCCTTATGGGGAAATCCAACTCAGTATCCCTTC480TGGCCAGGGGGGATGGATGAACCCACCATAACAGATCTGA520ACACACGGGAGGAGGCTGAGGAGGAGATAGACTTTGAGAA560AGATCTTCTTACTATTCCACCTGGTTTCAAGAAAGGCATG600GACTTTGCACCAAAAGATTGTCCAACTCCAGCTCCTGGAC640TACTAAGCCTTAGCTGTATGTTGGAGCCTCTGGATTTGGG680TGGGGGTGACGAGGATGAGAATGAGGCAGTGGGACAGCCA720GGAGGTCCCAGAGGGGACACTGTTTCAGCCTCTCCCTGCA760GTGCTCCCCTGGCCCGAGCAAGCAGCTTGGAAGACCTAGT800GTTGAAGGAAGCGTCCACAGCTGTATCCACCCCAGAGGCC840CCAGAGCCTCCATCTCAGGAGCAGTGGGCCATCCCTGTGG880ACGCCACCTCCCCTGTTGGTGATTTCTATCGCCTCATTCC920CCAGCCAGCCTTCCAGTGGGCATTTGAGCCAGATGTGTTT960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。