基因總覽
SIX5（SIX homeobox 5）是一種蛋白質編碼基因，其產物屬於 SIX/Sine oculis homeobox 家族。來源將此蛋白質描述為轉錄因子，並指出它可能參與器官形成的調控；其特徵包括可與 DNA 結合的 Homeobox 區域。這些資訊勾勒出 SIX5 作為家族成員及轉錄調控因子的基本性質；至於特定 DNA 序列、調控伙伴及其可能涉及的生物學過程，則見下方功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000317578 ★ | 45,764,785–45,769,252 | 3 |
| ENST00001134678 | 45,764,767–45,769,252 | 3 |
| ENST00000560160 | 45,764,889–45,768,627 | 2 |
| ENST00000560168 | 45,765,393–45,768,857 | 3 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SIX5 是轉錄因子，來源指出它可能參與器官形成的調控；它也可能參與視網膜形成的決定與維持。這些功能敘述帶有推測性，並未在來源中被表述為確定作用。
來源列出兩類可能的 DNA 結合序列。在 ATP1A1 的 ARE 調控元件中，SIX5 可結合 5'-GGTGTCAG-3' 基序；在 myogenin 啟動子的 MEF3 元件，以及 IGFBP5 啟動子中，則可結合 5'-TCA[AG][AG]TTNC-3' 基序。這些資訊指出其轉錄調控可能涉及不同基因的調控區域，但來源沒有進一步說明結合後對各基因表現造成的方向或程度。
SIX5 的調控可能與其和 Dach、Eya 蛋白質的關聯有關；此外，EYA1、EYA2 與 EYA3 似乎可共同活化 SIX5。上述調控與共同活化關係均標示為依相似性推定，因此應視為推論，而非在此來源中確立的普遍機制。依據現有資料，SIX5 的功能描述涵蓋器官形成與視網膜形成相關可能性、對特定 DNA 基序的結合，以及與 Dach、Eya 蛋白質相關的調控。
Promoter 與基因調控
>SIX5 ENST00000317578 GRCh38 chr19:45769152-45770252 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGGGGGGATCACAGACCATTTCTT TCTTTCGGCCAGGCTGAGGCCCTGACGTGGATGGGCAAACTGCAGGCCTGGGAAGGCAGCAAGCCGGGCC GTCCGTGTTCCATCCTCCACGCACCCCCACCTATCGTTGGTTCGCAAAGTGCAAAGCTTTCTTGTGCATG ACGCCCTGCTCTGGGGAGCGTCTGGCGCGATCTCTGCCTGCTTACTCGGGAAATTTGCTTTTGCCAAACC CGCTTTTTCGGGGATCCCGCGCCCCCCTCCTCACTTGCGCTGCTCTCGGAGCCCCAGCCGGCTCCGCCCG CTTCGGCGGTTTGGATATTTATTGACCTCGTCCTCCGACTCGCTGACAGGCTACAGGACCCCCAACAACC CCAATCCACGTTTTGGATGCACTGAGACCCCGACATTCCTCGGTATTTATTGTCTGTCCCCACCTAGGAC CCCCACCCCCGACCCTCGCGAATAAAAGGCCCTCCATCTGCCCAAAGCTCTGGACTCCACAGTGTCCGCG GTTTGCGTTGTGGGCCGGAGGCTCCGCAGCGGGCCAATCCGGAGGCGTGTGGAGGCGGCCGAAGGTCTGG GAGGAGCTAGCGGGATGCGAAGCGGCCGAATCAGGGTTGGGGGAGGAAAAGCCACGGGGCGGGGCTTTGG CGTCCGGCCAATAGGAGGGCGAGCGGGCCACCCGGAGGCACCGCCCCCGCCCAGCTGTGGCCCAGCTGTG CCACCGAGCGTCGAGAAGAGGGGGCTGGGCTGGCAGCGCGCGCGGCCATCCTCCTTCCACTGCGCCTGCG CACGCCACGCGCATCCGCTCCTGGGACGCAAGCTCGAGAAAAGTTGCTGCAAACTTTCTAGCCCGTTCCC CGCCCCTCCTCCCGGCCAGACCCGCCCCCCCTGCGGAGCCGGGAATTCCGAGGGGCGGAGCGCAGGCCGA GATGGGGAATGTGGGGGCCTGCAGAGGACCCTGGAGACGGAGGCGTGCAGAAGCTCAGTCTCGGGGCGGA GGCTTCGCGCCCTTAGTCCTCCTGGACGGCCCGTTACCTTCTGCGTTGTCC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SIX5_2 ↗ | 19:45,768,851 | 負股 | 45,768,841–45,768,900 |
| SIX5_1 ↗ | 19:45,769,250 | 負股 | 45,769,240–45,769,299 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR19_9N6G3 · promoter · 45764295–45764795 · regulatory
ENSR19_9N6GX · promoter · 45767306–45767806 · regulatory
ENSR19_BC48P · promoter · 45768845–45769742 · regulatory
ENSR19_5DQMZP · CTCF_binding_site · 45769468–45769489 · regulatory
ENSR19_9N6HN · promoter · 45769952–45770452 · regulatory
ENSR19_5DQN5P · CTCF_binding_site · 45770328–45770349 · regulatory
ENSR19_5DQN8P · CTCF_binding_site · 45770978–45770999 · regulatory
ENSR19_83CC4B · enhancer · 45773424–45773630 · regulatory
· motif · 45768171–45768188 · motif
· motif · 45768516–45768533 · motif
· motif · 45768595–45768608 · motif
· motif · 45769260–45769269 · motif
· motif · 45769314–45769324 · motif
· motif · 45769331–45769341 · motif
· motif · 45769336–45769346 · motif
· motif · 45769394–45769405 · motif
· motif · 45769411–45769422 · motif
· motif · 45769411–45769422 · motif
· motif · 45769453–45769463 · motif
· motif · 45769470–45769486 · motif
· motif · 45769505–45769515 · motif
· motif · 45769558–45769568 · motif
· motif · 45769642–45769652 · motif
· motif · 45769682–45769697 · motif
· motif · 45769753–45769763 · motif
· motif · 45769947–45769957 · motif
· motif · 45770316–45770326 · motif
· motif · 45770330–45770346 · motif
· motif · 45770338–45770348 · motif
· motif · 45770411–45770421 · motif
· motif · 45770656–45770663 · motif
· motif · 45770656–45770669 · motif
· motif · 45770700–45770710 · motif
· motif · 45770741–45770751 · motif
· motif · 45770913–45770923 · motif
· motif · 45770980–45770996 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：739 aa
SIX5 蛋白質長 739 個胺基酸，屬於 SIX/Sine oculis homeobox 家族。其 Homeobox DNA 結合區位於第 201–260 個胺基酸。序列註解另將第 1–84、251–294、361–381 及 617–650 個胺基酸區段標示為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
來源將 SIX5 的定位列於細胞質與細胞核，未提供其在不同條件或異構型之間的定位差異，也未描述定位變動的動態。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 1 個夥伴
- ATXN1P54253 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
SIX5 可能以 DNA 結合二聚體的形式結合 DNA。來源指出它與 EYA3 互作，並推測也可能與 EYA1、EYA2 互作；這些互作關係標示為依相似性推定。另有來源描述 EYA1、EYA2、EYA3 似乎可共同活化 SIX5，屬功能關係，與實體互作的證據類型不同。
疾病與遺傳關聯
SIX5 的變異與 Branchiootorenal syndrome 2（BOR2）相關，來源指出影響此基因的變異可造成此症候群。其特徵可包括鰓裂瘻管或囊腫、感音性及／或傳導性聽力損失、耳前凹陷、外耳／中耳／內耳結構缺陷，以及腎臟畸形。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SIX5 是轉錄因子，可能參與器官形成的調控，以及視網膜形成的決定與維持。它可結合 ATP1A1 的 ARE 調控元件中的 5'-GGTGTCAG-3' 基序，並可結合 myogenin 啟動子 MEF3 元件及 IGFBP5 啟動子中的 5'-TCA[AG][AG]TTNC-3' 基序。其調控可能涉及與 Dach、Eya 蛋白質的關聯，且 EYA1、EYA2、EYA3 似乎可共同活化；相關敘述依相似性推定。 | 推論支持 | 證據與來源Transcription factor that is thought to be involved in regulation of organogenesis. May be involved in determination and maintenance of retina formation. Binds a 5'-GGTGTCAG-3' motif present in the ARE regulatory element of ATP1A1. Binds a 5'-TCA[AG][AG]TTNC-3' motif present in the MEF3 element in the myogenin promoter, and in the IGFBP5 promoter (By similarity). Thought to be regulated by association with Dach and Eya proteins, and seems to be coactivated by EYA1, EYA2 and EYA3 (By similarity) |
| 交互作用 | SIX5 可能以 DNA 結合二聚體形式結合 DNA。它與 EYA3 互作，並可能與 EYA1、EYA2 互作；後兩項互作資訊帶有依相似性推定的性質。 | 推論支持 | 證據與來源Probably binds DNA dimer. Interacts with EYA3, and probably EYA1 and EYA2 (By similarity) |
| 細胞定位 | 來源列出的 SIX5 細胞內定位包括細胞質與細胞核。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 影響 SIX5 的變異與 Branchiootorenal syndrome 2（BOR2）相關。此症候群可有鰓裂瘻管或囊腫、感音性及／或傳導性聽力損失、耳前凹陷、外耳、中耳或內耳結構缺陷，以及腎臟畸形。 | 含實驗來源 | 證據與來源Branchiootorenal syndrome 2 BOR2 A syndrome characterized by branchial cleft fistulas or cysts, sensorineural and/or conductive hearing loss, pre-auricular pits, structural defects of the outer, middle or inner ear, and renal malformations. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 610896 PMID 17357085 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCAGAGGACCCTGGAGACGGAGGCGTGCAGAAGCTCAGTC40TCGGGGCGGAGGCTTCGCGCCCTTAGTCCTCCTGGACGGC80CCGTTACCTTCTGCGTTGTCCCGATGGGGAAACTGAGGCC120CTGAGCCAGAAGCACACGCTGGGGGGAGGCAGAAAGCGCG160GCCAGAGGCGGAGGGAAAACAAAGGGAGAATCACAGACAG200ACGGGAGGGGGACGGACACACACAAGGGGACAGAGACCCG240AGTGGAGAGCTGGATCTCGCCTTCCCGGCGTGGGGCGCAG280GGTCGGCCAGAAAGAAGATCGAGAAGAGCGGGGAGTGGGG320GCGAAAAGGGGGGACAGGTGGGGGAGGAGGCTGGGGAAAG360CCCGAGGGAGGAAGAGAGGGAGGGAGGAACTTCCCAAAGT400TGCAAAACATGGCTACCTTGCCTGCGGAGCCGAGCGCGGG440GCCGGCGGCTGGGGGGGAGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGCG480ACCGAAGAGGAGGAGGAGGAAGCGCGCCAGCTCTTGCAGA520CTTTGCAGGCGGCCGAGGGTGAGGCGGCGGCGGCGGCCGG560GGCCGGGGCGGGCGCAGCGGCTGCGGGAGCTGAGGGCCCG600GGATCCCCGGGCGTCCCCGGGTCGCCCCCCGAGGCCGCTT640CCGAACCGCCCACGGGCCTCCGCTTCTCGCCCGAGCAGGT680GGCGTGCGTCTGCGAGGCGCTGCTCCAGGCGGGCCACGCC720GGCCGCTTGAGCCGCTTCCTGGGCGCACTGCCCCCGGCCG760AGCGCCTACGTGGCAGCGACCCGGTGTTGCGCGCGCGGGC800CCTGGTGGCCTTCCAGCGGGGCGAGTACGCCGAGCTCTAC840CGGCTACTCGAGAGCCGCCCCTTCCCCGCCGCCCACCACG880CCTTCCTGCAGGACCTCTACCTGCGCGCGCGCTACCATGA920GGCCGAGCGGGCCCGCGGCCGCGCGCTTGGCGCAGTGGAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。