基因總覽
SIX homeobox 2（SIX2）是由 SIX2 基因編碼的蛋白質，屬於 SIX/Sine oculis homeobox 家族，具有轉錄因子功能。其蛋白質含有 Homeobox，這個區域與 DNA 結合相關；另有一段被註解為無序區域。SIX2 涉及多個器官的發育，包括腎臟、顱骨與胃，也與細胞增殖和遷移有關。這些特性使 SIX2 能參與發育過程中的基因表現調控。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000303077 ★ | 45,005,182–45,009,452 | 2 |
| ENST00000933251 | 45,005,182–45,009,520 | 2 |
| ENST00001144486 | 45,005,182–45,009,520 | 2 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SIX2 在腎臟發育中的一項重要作用，是維持腎帽間質中的多能腎元前驅細胞處於未分化狀態。它會抵抗來自輸尿管芽的誘導訊號，並與 WNT9B 合作，促進可自我更新的前驅細胞增殖。SIX2 透過與 TCF7L2 和 OSR1 互作，在不依賴典型 Wnt 訊號傳遞的情況下，抑制帽間質分化基因（例如 WNT4）的轉錄。另一方面，SIX2 不依賴 OSR1，也能促進多個帽間質基因的表現，包括 SIX2 本身、GDNF 與 OSR1。這些調控共同關聯於前驅細胞維持與更新。
在顱顏發育期間，SIX2 透過調控軟骨細胞分化，參與顱底的生長與延長。胃器官形成時，SIX2 則調節包含 NKX2-5、BMPR1B、BMP4、SOX9 和 GREM1 的基因網絡，控制幽門括約肌形成及胃黏膜生長。這些作用顯示 SIX2 在不同器官發育階段參與不同的基因調控過程。
在咽弓發育中，SIX2 介導 HOXA2 對類胰島素生長因子途徑的控制。另有相似性推定指出，SIX2 可能參與肢體肌腱與韌帶發育；這項角色屬推定，而非在此來源中確立的結論。來源亦指出 SIX2 與細胞增殖和遷移有關，但未進一步說明這些作用的具體機制。
Promoter 與基因調控
>SIX2 ENST00000303077 GRCh38 chr2:45009352-45010452 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GTTCTGCGTCGCAGCTGCCGGCCGGAGTCAGCTTCCATAGAGGCCACACGGAACTGCCTGGCGCTCCTCG GGCTGTGGGACCCGTGGGGTTAAGTCTGAGTCCCCGCCCGGCGAGGAGCAGAGAGCGCAGAGTTGGGGCG GTACAGGCCGCCAGGCAGCCGGCGGGGCTAGGAGAGGGAGGAAAGGCGGGATCCTCCGGGAAGTCGATTC TCCGGCGTCCGCCTGCGGCCACTGCCAAATCTTCCCCATTTCTTTCGTCTACTCCCTCCCCTTTTCCCTC GAGGACCGCTGAGTCCAGAGTTTCTAGGATGGGGGTGGGGCGCTGTCAGCAGAAAAAGCCAAGTCTTTGG GCGGCACCCGAGCACGTCCAAACTCTCCCATCCCACTGGCCTGCGCCGGGGTAGAATGTGCCCGGTGAAC AGAGAGCCTGGGAGGGACGCGGTGACCTGGGGAGAAGGGGAACCCTGTAGGGTCTGGGCGAGGCTGCAGA GCCCTCTCCTAGCCAAAGCTGCCCAAACTTTCTTCCCCTGGAGTCTCCTTCCACCCCTCTCCCTCCCCTT CCTCCTGGACACCCCCTTAAACGGTCTCCGCCTTCCCTTCTCTCCTCTTCTCTCCCCACCTCGATCCACC CCTTTTCGTCTTCGCCCGCTCCCCCCGCTCTCCTGTCCTCCTCCTCCCTCCCTCTTTGGGCATCCGCCCC GTCAATCTCCGCCGCCGCCGGCCCCAACCCGGCCCCTCTCCGCCTCCCAGGCTCTCAGAGCGCCCCAGGC TCCAGTAGAGCCGCCCTCAGTTCTGCGCGGAGCGGGGCGATCTGTCAGCGGAGCCGGCCGGGGGGAGCCG CCCGGCCCGCCGAGGCTCGGGTTACCAGTGACTGACAGCGTCTCCATGGCGAATAATTTGACTCCGACTA TTGTCTGGCGCTGGCAGGCCCCGGGTCAGATAACCGGACCAATCAGGGCGCGGGCCGCCGCGCCTCATGC CCGCTTAGAATAATATTATTAAGAAAGCTGAGAGCCAGCTAGACGGGAGGGAGAACGAGTGAGAAGCGAG CGAGGGAACGGCGGGCGGGCGCGGAGCATGCGGAGCGGCGCCCCGGGCGGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SIX2_1 ↗ | 2:45,009,432 | 負股 | 45,009,422–45,009,481 |
| SIX2_2 ↗ | 2:45,009,696 | 負股 | 45,009,686–45,009,745 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_C6GKJ · enhancer · 45004094–45005504 · regulatory
ENSR2_9MTCM · promoter · 45009442–45009942 · regulatory
ENSR2_83BPQM · enhancer · 45011940–45012171 · regulatory
ENSR2_9MTDW · promoter · 45013802–45014302 · regulatory
ENSR2_5DKTH9 · CTCF_binding_site · 45014234–45014255 · regulatory
ENSR2_83BPS2 · enhancer · 45014303–45014525 · regulatory
· motif · 45009058–45009074 · motif
· motif · 45009058–45009074 · motif
· motif · 45009559–45009569 · motif
· motif · 45009798–45009808 · motif
· motif · 45010132–45010142 · motif
· motif · 45010134–45010144 · motif
· motif · 45013697–45013713 · motif
· motif · 45013697–45013713 · motif
· motif · 45014236–45014252 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：291 aa
SIX2 蛋白質長 291 個胺基酸，屬於 SIX/Sine oculis homeobox 家族。其 Homeobox 位於第 124–183 個胺基酸，並註解為 DNA 結合區域；第 168–279 個胺基酸則被預測為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SIX2 的細胞定位註解為細胞核；來源未提供定位變化的條件或異構型差異。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- CLIP4Q8N3C7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RELAQ04206-1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TLE3Q04726-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TLE5Q08117-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SIX2 與 TCF7L2 互作，並在不依賴典型 Wnt 訊號傳遞的情況下抑制腎帽間質分化基因的轉錄。它也與 OSR1 互作，並與 TCF7L2、TLE2 和 TLE3 形成強抑制複合體，以阻止帽間質中 Wnt/β-catenin 標的基因活化。此外，SIX2 與 HOXA11、EYA1 及 EYA3 互作；來源未說明這些互作的具體功能。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SIX2 是參與多種器官發育的轉錄因子。在腎臟發育中，它抵抗輸尿管芽的誘導訊號，維持腎帽間質多能腎元前驅細胞未分化，並與 WNT9B 協力促進其增殖；透過 TCF7L2 和 OSR1，以不依賴典型 Wnt 訊號的方式抑制 WNT4 等分化基因，也可不依賴 OSR1 活化包括自身、GDNF 和 OSR1 在內的帽間質基因。它亦參與顱底生長、胃幽門括約肌形成與黏膜生長，以及咽弓中的 HOXA2 調控；可能參與肢體肌腱與韌帶發育，並與細胞增殖和遷移有關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Transcription factor that plays an important role in the development of several organs, including kidney, skull and stomach. During kidney development, maintains cap mesenchyme multipotent nephron progenitor cells in an undifferentiated state by opposing the inductive signals emanating from the ureteric bud and cooperates with WNT9B to promote renewing progenitor cells proliferation. Acts through its interaction with TCF7L2 and OSR1 in a canonical Wnt signaling independent manner preventing transcription of differentiation genes in cap mesenchyme such as WNT4. Also acts independently of OSR1 to activate expression of many cap mesenchyme genes, including itself, GDNF and OSR1. During craniofacial development plays a role in growth and elongation of the cranial base through regulation of chondrocyte differentiation. During stomach organogenesis, controls pyloric sphincter formation and mucosal growth through regulation of a gene network including NKX2-5, BMPR1B, BMP4, SOX9 and GREM1. During branchial arch development, acts to mediate HOXA2 control over the insulin-like growth factor pathway. May also be involved in limb tendon and ligament development (By similarity). Plays a role in cell proliferation and migration PMID 22995329 ↗ |
| 交互作用 | SIX2 與 TCF7L2 互作，並以不依賴典型 Wnt 訊號傳遞的方式，抑制腎帽間質分化基因的轉錄。SIX2 也與 OSR1 互作，並和 TCF7L2、TLE2、TLE3 形成強抑制複合體，阻止帽間質中的 Wnt/β-catenin 標的基因活化；此外還與 HOXA11、EYA1 及 EYA3 互作。 | 推論支持 | 證據與來源Interacts with TCF7L2; in a canonical Wnt signaling independent manner; prevents transcription of differentiation genes in cap mesenchyme. Interacts with OSR1; form a strong repressor complex with TCF7L2, TLE2 and TLE3 to prevent the activation of Wnt/beta-catenin target genes in the cap mesenchyme. Interacts with HOXA11, EYA1 and EYA3 |
| 細胞定位 | SIX2 定位於細胞核。 | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AAGAAAGCTGAGAGCCAGCTAGACGGGAGGGAGAACGAGT40GAGAAGCGAGCGAGGGAACGGCGGGCGGGCGCGGAGCATG80CGGAGCGGCGCCCCGGGCGGCCCCCGGGCTTGGGCGAGGG120CTTGGGCCAGGCGCGCGGGCCGTTGGGGTTCGGAGCTTCG160TGGGACCCGCGGCCGGCGCGGGGACGTACGGCAGTGACTC200GGGGCTCACCGGGGGCCAGTGCCGGGCCAGGGGGCCAGCC240CCGCCCGCGTCTCGGCCCGGACGGCCCGGCGAGGAAGCTC280CCATGCGGGACCGCGCGGCCCGGTGAGGGCGCGCGCGGGC320GGGCGGGGACGCAGCCGGCACCATGTCCATGCTGCCCACC360TTCGGCTTCACGCAGGAGCAAGTGGCGTGCGTGTGCGAGG400TGCTGCAGCAGGGCGGCAACATCGAGCGGCTGGGCCGCTT440CCTGTGGTCGCTGCCCGCCTGCGAGCACCTTCACAAGAAT480GAAAGCGTGCTCAAGGCCAAGGCCGTGGTGGCCTTCCACC520GCGGCAACTTCCGCGAGCTCTACAAGATCCTGGAGAGCCA560CCAGTTCTCGCCGCACAACCACGCCAAGCTGCAGCAGCTG600TGGCTCAAGGCACACTACATCGAGGCGGAGAAGCTGCGCG640GCCGACCCCTGGGCGCCGTGGGCAAATACCGCGTGCGCCG680CAAATTCCCGCTGCCGCGCTCCATCTGGGACGGCGAGGAG720ACCAGCTACTGCTTCAAGGAAAAGAGTCGCAGCGTGCTGC760GCGAGTGGTACGCGCACAACCCCTACCCTTCACCCCGCGA800GAAGCGTGAGCTGGCGGAGGCCACGGGCCTCACCACCACA840CAGGTCAGCAACTGGTTCAAGAACCGGCGGCAGCGCGACC880GGGCGGCCGAGGCCAAGGAAAGGGAGAACAACGAGAACTC920CAATTCTAACAGCCACAACCCGCTGAATGGCAGCGGCAAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。