基因總覽
SIGLEC9 是蛋白質編碼基因,其產物為 sialic acid binding Ig like lectin 9,屬於免疫球蛋白超家族中的 SIGLEC(sialic acid binding Ig-like lectin)家族。蛋白質具有單次穿膜的第一型膜蛋白架構:胞外部分包含一個 Ig-like V-type 結構域及兩個 Ig-like C2-type 結構域,並以穿膜區連接胞質端。其結構與家族分類提供了辨識細胞表面唾液酸的基礎;詳細的結合特性見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000250360 ★ | 51,124,906–51,130,310 | 7 |
| ENST00000440804 | 51,124,906–51,136,651 | 7 |
| ENST00000860863 | 51,124,906–51,130,736 | 7 |
| ENST00000860864 | 51,124,906–51,130,309 | 6 |
| ENST00000966614 | 51,124,906–51,131,627 | 8 |
| ENST00001093424 | 51,124,906–51,130,308 | 5 |
| ENST00001093425 | 51,124,906–51,130,256 | 7 |
| ENST00001109414 | 51,124,906–51,127,741 | 4 |
| ENST00001115008 | 51,124,906–51,141,053 | 8 |
| ENST00000850849 | 51,124,975–51,136,869 | 8 |
| ENST00000850850 | 51,124,975–51,140,470 | 8 |
| ENST00000599948 | 51,127,030–51,128,958 | 4 |
顯示 12/12 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SIGLEC9 的產物被描述為可能具有黏附功能的分子,可介導依賴唾液酸的細胞間結合。此功能描述帶有推定性質,因此應理解為可能的作用,而非已確立的黏附結果。
在唾液酸辨識方面,該蛋白質優先結合以 α-2,3 或 α-2,6 鍵結的唾液酸。這表示其結合偏好涵蓋兩種鍵結型態;來源未進一步說明不同型態的相對親和力或其對細胞結合的具體影響。
唾液酸辨識位點可能受到同一細胞表面唾液酸的 cis 交互作用遮蔽。這種遮蔽描述了辨識位點可受細胞自身表面分子影響的情況;來源未提供解除遮蔽的條件,也未指出此現象在特定細胞或生物過程中的效果。因此,SIGLEC9 的功能可概括為可能介導唾液酸依賴性細胞結合,而其辨識能力則可能受自身細胞表面唾液酸的 cis 作用調節。
Promoter 與基因調控
>SIGLEC9 ENST00000250360 GRCh38 chr19:51123906-51125006 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTTCTTCTCCCATGAAATCCTGCCCATCGCGGAGGGTGCATGCCCCGGGGCTGGTGTCCTCACTCCACAT CTCCTGTTCACCGGGACCCCTGGGAGCAGAGCTTGCAGAAGCAAAGCCCCAGGGCCAGCTGATCCCTCAT GTTCTGGAGTAACCAGGGAAGTGTGGCTGAGCGAGACATCGGTGGTGAAGAAACCCTTCGTGGTGCAGTG AGGAAAGGAGAAATATCTTCCCTTTTGAAATCTGCCCCTTTTCTTCCGAATTTCCTCCCTTCCAAGCCCC ACAGTACAACAGTCACAGCCTCAGTTTCCCAGACCTCCTGCGAGCCAGGCTCCCCTCTGTGTCCTTGGCG TGTATCAACACATAGAATCCTCACCTCCACAGCCCCATGTCCCTCTGCTCAGTCCTCCTGAGATTGAACC CCTGACCTACGGGAGAGTGACCCCATCCTGCCTGTGCCCCCCAACTGAAGCTCCTGCCGTGGACAGCTCA GACGTCAGGAGCCTCCATGTCTCCCCTCCGCACAGTGACCCCTTGGGGACAGTGTCCAGCTCTGCTGTGT TGACCTCGTTGTGCAGAAAGGGGGTGCCCACCTCGTGCTTGCTTGGGGGGGATGAGAGGCTGCCTGCTCA CCCCACCTGCACCCCCATCTCTCATGGCCCCAAGTCCCACCTCTGAGCTACGCAGATATCCACAGCCTCT GACTCAGGGGTCTGGCCAGATGGGACTCATTTTCACCCTGCAGAAAATGTCACCTAAGGGGAAGGGCATT GAGAGGGAGGCAGGAGGTGGGGTGGGCCCTGCATGGGGTGGGAATCTGGGTGAGTCTGTCTCCCGCTCTG GCCTCAGGGACCCAGGAGTGAACATGGGGTGGTGGACGGTGGATCTCCCAGGGCTGACCCGGGCCTGACA GTGTCTGGGTGTAAAGTTCCTCCTCTGAGGAGGTCACTGTTCCGACCTCGCCCCTGTCTTCCTGTAGGGC CTCCTCTAAGTCTTGAGCCCGCAGTTCCTGAGAGAAGAACCCTGAGGAACAGACGTTCCCTCGCGGCCCT GGCACCTCTAACCCCAGACATGCTGCTGCTGCTGCTGCCCCTGCTCTGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SIGLEC9_1 ↗ | 19:51,124,893 | 正股 | 51,124,844–51,124,903 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR19_83HKR6 · promoter · 51124816–51124985 · regulatory
ENSR19_9Q9X9 · enhancer · 51128843–51129143 · regulatory
· motif · 51123664–51123677 · motif
· motif · 51125034–51125045 · motif
· motif · 51125038–51125052 · motif
· motif · 51125038–51125052 · motif
· motif · 51127843–51127856 · motif
· motif · 51128035–51128044 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:463 aa
sialic acid binding Ig like lectin 9 長 463 個胺基酸。其 N 端含訊號胜肽,胞外區具有一個 Ig-like V-type 與兩個 Ig-like C2-type 結構域;其後為螺旋型穿膜區,C 端則位於胞質側。胞質區另註有 ITIM motif 與 SLAM-like motif,部分區段被標示為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SIGLEC9 是單次穿膜的第一型膜蛋白,蛋白質特徵資料將其胞外區標示為胺基酸 18–348,穿膜區為 349–369,胞質區為 370–463。 來源未提供定位隨條件或異構型改變的資訊。
未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- BRICD5Q6PL45-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CD33P20138 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- MAGP20916 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- NCS1P62166 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SFTPCP11686 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SIGLEC15Q6ZMC9 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TLR4O00206 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SIGLEC9 被描述為可能具有黏附功能的分子,可介導依賴唾液酸的細胞結合,並優先辨識以 α-2,3 或 α-2,6 鍵結的唾液酸。其辨識位點可能受到同一細胞表面唾液酸的 cis 交互作用遮蔽;此處為推定性功能描述,未提供遮蔽條件或具體生物學結果。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Putative adhesion molecule that mediates sialic-acid dependent binding to cells. Preferentially binds to alpha-2,3- or alpha-2,6-linked sialic acid. The sialic acid recognition site may be masked by cis interactions with sialic acids on the same cell surface |
| 細胞定位 | SIGLEC9 是膜蛋白,具有單次穿膜的第一型膜蛋白拓樸。 | 資料庫紀錄 |
核酸與蛋白質序列
GCAGTTCCTGAGAGAAGAACCCTGAGGAACAGACGTTCCC40TCGCGGCCCTGGCACCTCTAACCCCAGACATGCTGCTGCT80GCTGCTGCCCCTGCTCTGGGGGAGGGAGAGGGCGGAAGGA120CAGACAAGTAAACTGCTGACGATGCAGAGTTCCGTGACGG160TGCAGGAAGGCCTGTGTGTCCATGTGCCCTGCTCCTTCTC200CTACCCCTCGCATGGCTGGATTTACCCTGGCCCAGTAGTT240CATGGCTACTGGTTCCGGGAAGGGGCCAATACAGACCAGG280ATGCTCCAGTGGCCACAAACAACCCAGCTCGGGCAGTGTG320GGAGGAGACTCGGGACCGATTCCACCTCCTTGGGGACCCA360CATACCAAGAATTGCACCCTGAGCATCAGAGATGCCAGAA400GAAGTGATGCGGGGAGATACTTCTTTCGTATGGAGAAAGG440AAGTATAAAATGGAATTATAAACATCACCGGCTCTCTGTG480AATGTGACAGCCTTGACCCACAGGCCCAACATCCTCATCC520CAGGCACCCTGGAGTCCGGCTGCCCCCAGAATCTGACCTG560CTCTGTGCCCTGGGCCTGTGAGCAGGGGACACCCCCTATG600ATCTCCTGGATAGGGACCTCCGTGTCCCCCCTGGACCCCT640CCACCACCCGCTCCTCGGTGCTCACCCTCATCCCACAGCC680CCAGGACCATGGCACCAGCCTCACCTGTCAGGTGACCTTC720CCTGGGGCCAGCGTGACCACGAACAAGACCGTCCATCTCA760ACGTGTCCTACCCGCCTCAGAACTTGACCATGACTGTCTT800CCAAGGAGACGGCACAGTATCCACAGTCTTGGGAAATGGC840TCATCTCTGTCACTCCCAGAGGGCCAGTCTCTGCGCCTGG880TCTGTGCAGTTGATGCAGTTGACAGCAATCCCCCTGCCAG920GCTGAGCCTGAGCTGGAGAGGCCTGACCCTGTGCCCCTCA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。