演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SIGLEC5OB-BP2

sialic acid binding Ig like lectin 5

SIGLEC5 編碼 sialic acid binding Ig like lectin 5,屬於免疫球蛋白超家族中的 SIGLEC 家族,是一種可能參與細胞黏附的單次跨膜蛋白。

Homo sapiens19q13.41UniProt O15389
OFFICIAL SYMBOL
SIGLEC5
CHROMOSOME
19
UNIPROT
O15389
PDB / ALPHAFOLD
2ZG1
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SIGLEC5 是蛋白質編碼基因,其產物 sialic acid binding Ig like lectin 5 屬於免疫球蛋白超家族中的 SIGLEC 家族。蛋白質長 551 個胺基酸,具有免疫球蛋白樣結構域,並以單次跨膜方式嵌入細胞膜。其結構包含細胞外區、跨膜區與細胞質區;這些區域共同構成一種位於細胞表面的受體樣分子。來源將其主要角色描述為可能參與細胞黏附,並指出它可辨識細胞表面的唾液酸。

Official symbol
SIGLEC5
Gene name
sialic acid binding Ig like lectin 5
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10874
UniProt
O15389
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
OB-BP2SIGLEC-5CD170CD33L2

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1919q13.41
chr19 · 58,617,616 bp · GRCh38chr19p13.3 · 1–6900000 · gnegchr19p13.2 · 6900001–12600000 · gpos25chr19p13.13 · 12600001–13800000 · gnegchr19p13.12 · 13800001–16100000 · gpos25chr19p13.11 · 16100001–19900000 · gnegchr19p12 · 19900001–24200000 · gvarchr19p11 · 24200001–26200000 · acenchr19q11 · 26200001–28100000 · acenchr19q12 · 28100001–31900000 · gvarchr19q13.11 · 31900001–35100000 · gnegchr19q13.12 · 35100001–37800000 · gpos25chr19q13.13 · 37800001–38200000 · gnegchr19q13.2 · 38200001–42900000 · gpos25chr19q13.31 · 42900001–44700000 · gnegchr19q13.32 · 44700001–47500000 · gpos25chr19q13.33 · 47500001–50900000 · gnegchr19q13.41 · 50900001–53100000 · gpos25chr19q13.42 · 53100001–55800000 · gnegchr19q13.43 · 55800001–58617616 · gpos25SIGLEC5pq1 bp58,617,616 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr19:51,630,101–51,645,545
Gene span
15,445 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons

顯示 0/0 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SIGLEC5 的產物被描述為可能參與細胞黏附的分子,能介導依賴唾液酸的細胞結合;此功能屬於推定性描述。其唾液酸辨識不只限於一種連結形式:對 α-2,3 連結與 α-2,6 連結的唾液酸,來源指出其結合能力相同。

唾液酸辨識位點是否可用,可能受到同一細胞表面分子間作用的調節。當辨識位點與同一細胞表面的唾液酸發生順式作用時,該位點可能被遮蔽。這表示 SIGLEC5 對細胞的結合能力,可能取決於其辨識位點是否受到同一細胞表面唾液酸的遮擋;來源未進一步說明此遮蔽對細胞黏附的具體影響,也未提供其發生條件或調控方式。

因此,現有資料支持的功能重點,是 SIGLEC5 可能透過辨識不同連結型態的唾液酸介導細胞結合,而自身細胞表面的唾液酸可能以順式作用限制辨識位點。來源未提供更廣泛的生物學過程或功能結果,故不宜據此延伸推論其在特定細胞或生理情境中的作用。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS 座標待同步
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
SIGLEC5 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 0 筆

封存資料的查詢區間內未找到名稱與股向相符的紀錄;不代表此基因沒有 promoter。

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

· motif · 51646878–51646891 · motif

· motif · 51646898–51646911 · motif

· motif · 51647039–51647051 · motif

· motif · 51647041–51647056 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:551 aa

1 aa551 aa結構域功能區域基序訊號胜肽跨膜區拓樸區域
依 O15389 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

sialic acid binding Ig like lectin 5 長 551 個胺基酸,包含一個細胞外 Ig-like V-type 結構域與兩個 Ig-like C2-type 結構域,後接螺旋型跨膜區及細胞質區。細胞質端註有 ITIM motif 與 SLAM-like motif;另有一段細胞外區及細胞質端被註記為無序區。

訊號胜肽1–16 aa
拓樸區域Extracellular17–441 aa
跨膜區Helical442–462 aa
拓樸區域Cytoplasmic463–551 aa
結構域Ig-like V-type19–136 aa
結構域Ig-like C2-type 1146–229 aa
結構域Ig-like C2-type 2236–330 aa
功能區域Disordered189–210 aa
功能區域Disordered469–551 aa
基序ITIM motif518–523 aa
基序SLAM-like motif542–547 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 2ZG1…

PDB · 2ZG1

X-ray · 2.70 A · A=20-233

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Membrane

SIGLEC5 是單次跨膜的第一型膜蛋白。 其細胞外區與細胞質區分處膜的兩側;可用資料未描述定位隨條件改變或異構型之間的差異。

未繪示構造:Membrane。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 7 個夥伴 · 最多顯示 50 個
OB-BP2SIGLEC5CD33IFNGR1NAPBSLC7A8TLR4TRIP13VAC14
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

已取得的互作紀錄列於上方網絡與資料卡。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

2 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 2 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SIGLEC5 被描述為可能參與細胞黏附的分子,可介導依賴唾液酸的細胞結合;對 α-2,3 連結與 α-2,6 連結的唾液酸具有相同結合能力。唾液酸辨識位點可能因與同一細胞表面的唾液酸發生順式作用而被遮蔽。資料庫紀錄
證據與來源

Putative adhesion molecule that mediates sialic-acid dependent binding to cells. Binds equally to alpha-2,3-linked and alpha-2,6-linked sialic acid. The sialic acid recognition site may be masked by cis interactions with sialic acids on the same cell surface

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位SIGLEC5 是膜蛋白,具有單次跨膜的第一型膜蛋白拓樸。資料庫紀錄
證據與來源

Membrane / Single-pass type I membrane protein

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 2 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000534261 · 553 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1ATCTTTCTATCCCAGATGCTCCACAGAACCTCGCCATCAG40
41CATCTTCTTCAGAAATGGCACAGGCACAGCCCCCTGAGGA80
81TCTCACTCATGACTGAAACATCATTTGAGGGGTGATCACC120
121TCCAGATCCTCAGCTGGACAAGCCTCACATCGTCTGGGGG160
161CCTCAGTATCTTCACCTGCGGCGTCCAGTCGGGGTGGGAG200
201CAGAATGGCTTCCCAGCCCCCGCCTCACCCCAACAGCACG240
241TGATGCCCAAGTTCCCCTTCTGTGCGCGTCCACAGCTCTC280
281ACTCACCCTCCGGCTTCCTGTCGGGGCTTTCTCAGCCCCA320
321CCCCACGTTTGGACATTTGGAGCATTTCCTTCCCTGACAG360
361CCGGACCTGGGACTGGGCTGGGGCCCTGGCGGATGGAGAC400
401ATGCTGCCCCTGCTGCTGCTGCCCCTGCTGTGGGGGGGGT440
441CCCTGCAGGAGAAGCCAGTGTACGAGCTGCAAGTGCAGAA480
481GTCGGTGACGGTGCAGGAGGGCCTGTGCGTCCTTGTGCCC520
521TGCTCCTTCTCTTACCCCTGGAGATCCTGGTAT553

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。