基因總覽
siah E3 ubiquitin protein ligase 2 是一種蛋白質編碼基因，產生長 324 個胺基酸的蛋白質，屬於 SINA（Seven in absentia）家族。其蛋白質含有 RING-type zinc finger 與 SIAH-type zinc finger，並具有 SBD 區域；N 端另有一段預測為無序的區域。這些結構特徵與其作為 E3 ubiquitin-protein ligase 的身分相符。SIAH2 可直接與底物作用，亦可作為較大型 E3 複合體中的 RING 結構域次單元。其主要角色是促進特定蛋白質的泛素化，並參與蛋白質降解及多種細胞調控過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000312960 ★ | 150,741,125–150,763,169 | 2 |
| ENST00000936558 | 150,741,125–150,763,496 | 3 |
| ENST00001121312 | 150,741,125–150,763,188 | 2 |
| ENST00001142257 | 150,741,125–150,763,496 | 2 |
| ENST00001121311 | 150,741,134–150,763,496 | 3 |
| ENST00000482706 | 150,742,488–150,763,431 | 3 |
顯示 6/6 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SIAH2 是 E3 ubiquitin-protein ligase，負責促進目標蛋白質泛素化，並可使其後續經蛋白酶體降解。E3 ligase 從 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 接受泛素，再將泛素轉移至受體蛋白的 lysine。SIAH2 可直接結合底物執行此功能，也可作為較大型 E3 複合體中不可或缺的 RING 結構域次單元。這種調控方式涉及多類蛋白，包括轉錄調控因子 GPS2、POU2AF1、PML、NCOR1，細胞表面受體 DCC、抗凋亡蛋白 BAG1，以及參與神經元突觸囊泡功能的 SYP。
SIAH2 參與細胞凋亡、腫瘤抑制、細胞週期、轉錄與訊號傳遞等過程。缺氧時，它可促進 DYRK2 泛素化及蛋白酶體降解；在未摺疊蛋白反應（UPR）中，則會促進 EGLN2 與 EGLN3 降解，並進而穩定 ATF4，這項關係標示為相似性推定。SIAH2 也參與 Wnt 訊號路徑，介導 Wnt 誘發的 AXIN1 泛素化與蛋白酶體降解。
在生理節律調控中，SIAH2 使轉錄抑制因子 NR1D1 與 NR1D2 泛素化並促進其降解，參與兩者的節律性清除，進而影響其蛋白質含量隨晝夜變化的型態。SIAH2 與 SIAH1 有部分重疊功能，但並非完全相同：SIAH2 可促進 TRAF2 的泛素介導降解，而 SIAH1 未呈現此作用。此外，SIAH2 會促進 SNCA 的單泛素化。
Promoter 與基因調控
>SIAH2 ENST00000312960 GRCh38 chr3:150763069-150764169 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCGTTGGCTCAAGCAAAGTCTGCAGAAAAACAATTTTAACTCGGAGCACACAGTTACATTTGGACATGCG GTTCACCCCGGGCAACCGTGCCCTCTAGCGCTTCTGCTGGGCGCGCAGGGTGGCCCTACGCCTCGCAACA AAGACTCGGACTTCGGCCGGCTCTCTACCAAGCGGACGCAGCGCCTTACACTGGAGTTTCACCCACTGTC TTCAGAGACCTCACGACCCAACCTACGTTTCTGACATTTCTAGATGATCTCGAACTCTTAGCCAACGCTG CCCATGAGCTCCCTCCTCGGCCTGCTATACGAGCCAGGGGCGCTCAATTCAACGAAGCTTCCTCCTGGTC CGCTGGGAAAGGAATAAAGGGAGCTTACATCCTCCCCACCGCCCCCCTCTTTACTCAACCCCACCGTTAA CTGTACAAAACTAGGTCCTGTGCCCGCTGCAGACCCAACTCGAGCCCCTCGCCCTGCTCCCACCCAATGC TTCTCGTCCTGACTCCGAACACAGAACGCGGGTGGCCGCTTCGCCCTCTTCTCCTGCGTGCTGGTGACTC AGCCCTGAGAAGAGAAACCTCTCGGTTTTTTCCGACTAGTGCAGGGGCGCCCGCGCCCCGCCCCTGCCCG CCCGCGTCCGGTCCCACCCACCGTCCACGCTCCCGCCCCGCCTGAAGTTGCCTTTCTCGTTTGAGCTGAG GGACGCGTCAGCCAGGCACCCCGGGGTGTGGCCAGAGGACTTCGGCGACGCTTCCCCGAGAGTAGCCCCC CTCCTCAACCCAGAAAAGACAACCCCGCGGGGCTGCAGCGAGCCAGGCATGCTCACTGGCGCAGGCCCGG CCCGCAGCCCGAGCAGGAAGCGCCGGCGCTAGGCGGCCCCCTGCGCTGCCAGCTGGAGCCGGGCGGAGCC AGCGCCCCGGCGCAGGGTGGCTCTGCCAGTCCCCGCGCGCCTGGGCGGCCGCACACGTGTCCAGGCGTCA CGTCCGCGCGCGCCCCCGGGGCTTGCGTCAGCGGCTGTTCCAGAAGCGGGTGGGCCAGGGCTCTGCGCAC CGCTGGGGTTCGGGGCCCGGGACGCCGCCGGGAGGAGGGCACCGCGCGGGG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SIAH2_1 ↗ | 3:150,763,148 | 負股 | 150,763,138–150,763,197 |
| SIAH2_2 ↗ | 3:150,763,490 | 負股 | 150,763,480–150,763,539 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR3_CJXWM · enhancer · 150759153–150760450 · regulatory
ENSR3_B34WSL · promoter · 150761451–150762163 · regulatory
ENSR3_53BGFXP · CTCF_binding_site · 150762742–150762763 · regulatory
ENSR3_947SNN · promoter · 150763159–150763659 · regulatory
ENSR3_53BGG6S · CTCF_binding_site · 150764065–150764086 · regulatory
ENSR3_947SP4 · enhancer · 150764660–150764973 · regulatory
ENSR3_B34WT9 · enhancer · 150765905–150766779 · regulatory
· motif · 150758440–150758462 · motif
· motif · 150758440–150758462 · motif
· motif · 150760458–150760474 · motif
· motif · 150760581–150760594 · motif
· motif · 150760581–150760594 · motif
· motif · 150761444–150761456 · motif
· motif · 150761956–150761965 · motif
· motif · 150761956–150761965 · motif
· motif · 150762623–150762630 · motif
· motif · 150762744–150762760 · motif
· motif · 150763199–150763208 · motif
· motif · 150763199–150763208 · motif
· motif · 150763213–150763224 · motif
· motif · 150763308–150763322 · motif
· motif · 150763331–150763342 · motif
· motif · 150763345–150763356 · motif
· motif · 150763345–150763356 · motif
· motif · 150763501–150763514 · motif
· motif · 150763507–150763520 · motif
· motif · 150763682–150763695 · motif
· motif · 150763810–150763823 · motif
· motif · 150764010–150764025 · motif
· motif · 150764054–150764076 · motif
· motif · 150764054–150764076 · motif
· motif · 150764067–150764083 · motif
· motif · 150766041–150766053 · motif
· motif · 150766044–150766058 · motif
· motif · 150766215–150766223 · motif
· motif · 150766226–150766241 · motif
· motif · 150766270–150766292 · motif
· motif · 150766270–150766292 · motif
· motif · 150766478–150766489 · motif
· motif · 150766554–150766562 · motif
· motif · 150766614–150766622 · motif
· motif · 150766715–150766728 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：324 aa
SIAH2 蛋白質長 324 個胺基酸，屬於 SINA（Seven in absentia）家族。其第 80–115 位胺基酸為 RING-type zinc finger，第 133–193 位為 SIAH-type zinc finger；第 130–322 位標註為 SBD 區域。第 1–42 位胺基酸則被註記為無序區域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SIAH2 主要位於細胞質，亦有部分位於細胞核。 來源未提供不同條件下定位改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 4 個夥伴
- LATS1O95835 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- LATS2Q9NRM7 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- OPRM1P35372 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SH3RF1Q7Z6J0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SIAH2 可形成同源二聚體，並與 UBE2E2、PEG3、CACYBP/SIP、EGLN2、SNCAIP、DYRK2、NR1D1、NR1D2、DCC 與 AXIN1 互作。它也與 VAV1 互作，但不介導 VAV1 的泛素介導降解。SIAH2 可能是大型 E3 複合體的組成部分，該複合體可能包含 UBE2D1、SIAH2、CACYBP/SIP、SKP1、APC 與 TBL1X；此組成仍屬可能性。PEG10 可能抑制 SIAH2 活性。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 5 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SIAH2 是 E3 ubiquitin-protein ligase，可從 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 接受泛素並轉移至目標蛋白，使其泛素化並進一步由蛋白酶體降解。它可直接結合底物，或作為大型 E3 複合體的 RING 結構域次單元，作用對象涵蓋轉錄調控蛋白、細胞表面受體、抗凋亡蛋白與神經元突觸囊泡相關蛋白。SIAH2 亦參與缺氧、UPR、Wnt 訊號及生理節律相關的蛋白質調控；其中 EGLN2、EGLN3 的調控關係為相似性推定。它與 SIAH1 部分功能重疊，但對 TRAF2 的降解作用不同。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase that mediates ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. E3 ubiquitin ligases accept ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme in the form of a thioester and then directly transfers the ubiquitin to targeted substrates. Mediates E3 ubiquitin ligase activity either through direct binding to substrates or by functioning as the essential RING domain subunit of larger E3 complexes. Triggers the ubiquitin-mediated degradation of many substrates, including proteins involved in transcription regulation (GPS2, POU2AF1, PML, NCOR1), a cell surface receptor (DCC), an antiapoptotic protein (BAG1), and a protein involved in synaptic vesicle function in neurons (SYP). Mediates ubiquitination and proteasomal degradation of DYRK2 in response to hypoxia. It is thereby involved in apoptosis, tumor suppression, cell cycle, transcription and signaling processes. Has some overlapping function with SIAH1. Triggers the ubiquitin-mediated degradation of TRAF2, whereas SIAH1 does not. Promotes monoubiquitination of SNCA. Regulates cellular clock function via ubiquitination of the circadian transcriptional repressors NR1D1 and NR1D2 leading to their proteasomal degradation. Plays an important role in mediating the rhythmic degradation/clearance of NR1D1 and NR1D2 contributing to their circadian profile of protein abundance. Mediates ubiquitination and degradation of EGLN2 and EGLN3 in response to the unfolded protein response (UPR), leading to their degradation and subsequent stabilization of ATF4 (By similarity). Also part of the Wnt signaling pathway in which it mediates the Wnt-induced ubiquitin-mediated proteasomal degradation of AXIN1 PMID 11483518 ↗ · PMID 12411493 ↗ · PMID 19224863 ↗ · PMID 22878263 ↗ · PMID 26392558 ↗ · PMID 28546513 ↗ · PMID 9334332 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 資料庫紀錄 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. |
| 分子活性 | SIAH2 參與蛋白質修飾，具體涉及蛋白質泛素化。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | SIAH2 可形成同源二聚體，並與 UBE2E2、PEG3、VAV1、CACYBP/SIP、PEG10、EGLN2、SNCAIP、DYRK2、NR1D1、NR1D2、DCC 及 AXIN1 互作；PEG3 的互作依相似性推定，PEG10 可能抑制其活性。SIAH2 與 VAV1 互作時不介導其泛素介導降解。它可能參與由 UBE2D1、SIAH2、CACYBP/SIP、SKP1、APC 與 TBL1X 組成的大型 E3 複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with UBE2E2. Interacts with PEG3 (By similarity). Interacts with VAV1, without mediating its ubiquitin-mediated degradation. Interacts with CACYBP/SIP. Probable component of some large E3 complex possibly composed of UBE2D1, SIAH2, CACYBP/SIP, SKP1, APC and TBL1X. Interacts with PEG10, which may inhibit its activity. Interacts with EGLN2 and SNCAIP. Interacts with DYRK2. Interacts with NR1D1 and NR1D2. Interacts with DCC. Interacts with AXIN1 PMID 10207103 ↗ · PMID 11389839 ↗ · PMID 12810624 ↗ · PMID 16509823 ↗ · PMID 19224863 ↗ · PMID 22878263 ↗ · PMID 26392558 ↗ · PMID 28546513 ↗ · PMID 9334332 ↗ |
| 細胞定位 | SIAH2 位於細胞質與細胞核，定位以細胞質為主，另有部分位於細胞核。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Nucleus; Predominantly cytoplasmic. Partially nuclear PMID 19224863 ↗ · PMID 22878263 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCTTGCGTCAGCGGCTGTTCCAGAAGCGGGTGGGCCAGGG40CTCTGCGCACCGCTGGGGTTCGGGGCCCGGGACGCCGCCG80GGAGGAGGGCACCGCGCGGGGTCCGACGCGGAGGCGTGCT120CGGAACGCCGGGGGCTGCGGAGTGCATCAGCGCGGTCCAG160CCCTCCGCCTGCCGGGCGCCGAGCGTCTCCGCCGCCCGGA200CCTGGGCTGGGCGCCGTGGCGTTGCCTCGGAGCTCGCTGC240CCGCGGGGCGCGCACCGCCTTGACCCGGGCGGCCCCGCGG280CAGGCAGGCGCCCGCAGTTCCATGGTTGGTTCGGAGCGCG320ATGAGCCGCCCGTCCTCCACCGGCCCCAGCGCTAATAAAC360CCTGCAGCAAGCAGCCGCCGCCGCAGCCCCAGCACACTCC400GTCCCCGGCTGCGCCCCCGGCCGCCGCCACCATCTCGGCT440GCGGGCCCCGGCTCGTCCGCGGTGCCCGCCGCGGCGGCGG480TGATCTCGGGCCCCGGCGGCGGCGGCGGGGCCGGCCCGGT520GTCCCCGCAGCACCACGAGCTGACCTCGCTCTTCGAGTGT560CCGGTCTGCTTTGACTATGTCCTGCCTCCTATTCTGCAGT600GCCAGGCCGGGCACCTGGTGTGTAACCAATGCCGCCAGAA640GTTGAGCTGCTGCCCGACGTGCAGGGGCGCCCTGACGCCC680AGCATCAGGAACCTGGCTATGGAGAAGGTGGCCTCGGCAG720TCCTGTTTCCCTGTAAGTATGCCACCACGGGCTGTTCCCT760GACCCTGCACCATACGGAGAAACCAGAACATGAAGACATA800TGTGAATACCGTCCCTACTCCTGCCCATGTCCTGGTGCTT840CCTGCAAGTGGCAGGGGTCCCTGGAAGCTGTGATGTCCCA880TCTCATGCACGCCCACAAGAGCATTACCACCCTTCAGGGA920GAAGACATCGTCTTTCTAGCTACAGACATTAACTTGCCAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。