基因總覽
siah E3 ubiquitin protein ligase 1（SIAH1）是蛋白質編碼基因，產物屬於 SINA（Seven in absentia）家族，具有 E3 ubiquitin-protein ligase 功能。此蛋白質可透過與受質直接結合，或作為較大型 E3 複合體中必要的 RING 結構域次單元，參與蛋白質 ubiquitination。其作用對象涵蓋多種細胞蛋白質，因此與多項細胞過程有所關聯；部分功能與 SIAH2 重疊。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000394725 ★ | 48,360,531–48,385,413 | 2 |
| ENST00000356721 | 48,360,529–48,365,901 | 2 |
| ENST00000893204 | 48,360,529–48,387,329 | 2 |
| ENST00000893205 | 48,360,529–48,385,196 | 2 |
| ENST00000893206 | 48,360,529–48,384,883 | 2 |
| ENST00000893207 | 48,360,529–48,384,822 | 2 |
| ENST00000939086 | 48,360,529–48,365,887 | 2 |
| ENST00001137588 | 48,360,529–48,385,413 | 2 |
| ENST00000380006 | 48,360,531–48,363,882 | 1 |
| ENST00000563745 | 48,362,133–48,393,955 | 3 |
顯示 10/10 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SIAH1 是 E3 ubiquitin-protein ligase，參與將 ubiquitin 轉移至目標蛋白質的過程。E3 ligase 從 E2 ubiquitin-conjugating enzyme 接受以硫酯鍵連接的 ubiquitin，再將其轉移至受質；SIAH1 可直接結合受質，也可作為較大型 E3 複合體中必要的 RING 結構域次單元。受質經 ubiquitination 後可進一步由 proteasome 降解。
其受質包括參與轉錄調控的 ELL2、MYB、POU2AF1、PML 與 RBBP8，以及參與 DNA 損傷後轉錄重新啟動的 AFF1；其他例子還有細胞表面受體 DCC、受體型酪胺酸激酶 FLT3、訊息傳遞分子 KLF10/TIEG1 和 NUMB、抗凋亡蛋白 BAG1、微管馬達蛋白 KIF22、突觸囊泡功能相關蛋白 SYP、結構蛋白 CTNNB1，以及 SNCAIP。SIAH1 也促進 HIPK2 的蛋白酶體降解，使 HIPK2 維持不穩定。
在未折疊蛋白反應（UPR）中，SIAH1 介導 EGLN2 與 EGLN3 的 ubiquitination 及降解，並伴隨 ATF4 穩定。在 Wnt 訊息傳遞中，SIAH1 參與 Wnt 誘導的 AXIN1 ubiquitination 與蛋白酶體降解。這些作用使 SIAH1 與凋亡、腫瘤抑制、細胞週期、軸突導引、轉錄調控、精子生成及 TNF 訊息傳遞等過程相關；部分功能與 SIAH2 重疊。
Promoter 與基因調控
>SIAH1 ENST00000394725 GRCh38 chr16:48385313-48386413 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter CTGCCTCAGCCTCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGTGCACCACCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTA GTAGAGATAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTACTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTAATCCATCGGCCT CGGCCTCCCTAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGTCCGGACGGAATACCATTTTAATAGATC TTACATGGAATTCCAGTTAGGGCTTGTAAATGTCTCAGATGCTTGCTTCTGCTCATAGCACCCATCAAAG AATTGCAAGTGATGTTTTCCTTTTATTATTTCAAGAAGTGGAATGCAGAGTCCCTAATTAGGGACTTTCC AGATGAGCATGGACACAGGAAAACGCGTGCTTCCCCATTACCCACTTTTCAGCTGAAACAAGCTTTTGAA GCTCGTCCCGCTGTTGCTGAGGAGCGGCTCAACCTCGGGAGAGGCTGGGACTCTCTTTAGGGGTGGGGTC CCGGTCGGCGGGCAGGGCAGCCGCTTTTTCTTTGGGACTGAGTGGAGTTGGGAAGGATCCGTGGAGGCGC TGGGCTAAATCAGCAGACAAAACAAGGGGGAGGGCACAAGGCCGCGGCGGCGGCCAGCCTGGGGCTCGCA TCCCGCTGGGCGACCCCTCCGGCCGGAGCCGGGGGGGTCACGCGGCCCCGGAACAAAGCGCCGCGGGAGG AGCTGCCCTGAGCCGACGGGCAAGCGCTAGCTTCTCGCGGGCCAGAGCGCCACGTGCCAGGATCCGTTGA ATGCGCGGTGCACGGGCGCAGCAACGGTAGCCGAGTAGCCCCCGCACCTACTGCCGCCTTTGGAGACCCG CACAGCTACGCCCGCGGAGGCCGCCGCCGGCCGCGCCAACGCCTGTGCGCCTGCGCGCCCGCGAAAGCCC CGCCCCCCCAGGCTCCCAGCGCGCGGGGCCGCGCCTCCTCATGGCCGCCGCCGCAGTGTGTGGTATTTAG CGGGGGCGCGCGGCGGGCTCGAGGACGCGCGAAACGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAGGGGGGAGCCGGGGC GGCCGTTGCGGGGCGCGCTCTCGAGAGGCGGCGGCGGCCCAGGGTGTCCCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SIAH1_2 ↗ | 16:48,365,887 | 負股 | 48,365,877–48,365,936 |
| SIAH1_1 ↗ | 16:48,385,410 | 負股 | 48,385,400–48,385,459 |
| SIAH1_3 ↗ | 16:48,448,398 | 負股 | 48,448,388–48,448,447 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR16_D4DS2 · enhancer · 48383350–48385402 · regulatory
ENSR16_9P7JG · promoter · 48385403–48385903 · regulatory
ENSR16_5FD9JR · CTCF_binding_site · 48385456–48385477 · regulatory
· motif · 48382107–48382119 · motif
· motif · 48382245–48382260 · motif
· motif · 48382331–48382344 · motif
· motif · 48382331–48382344 · motif
· motif · 48384596–48384607 · motif
· motif · 48384768–48384780 · motif
· motif · 48384771–48384778 · motif
· motif · 48384776–48384786 · motif
· motif · 48384879–48384892 · motif
· motif · 48384977–48384990 · motif
· motif · 48385122–48385132 · motif
· motif · 48385326–48385339 · motif
· motif · 48385424–48385437 · motif
· motif · 48385438–48385453 · motif
· motif · 48385447–48385460 · motif
· motif · 48385458–48385474 · motif
· motif · 48385492–48385505 · motif
· motif · 48385517–48385528 · motif
· motif · 48385517–48385528 · motif
· motif · 48385525–48385536 · motif
· motif · 48385548–48385565 · motif
· motif · 48385656–48385665 · motif
· motif · 48385656–48385665 · motif
· motif · 48385656–48385665 · motif
· motif · 48385740–48385752 · motif
· motif · 48385743–48385750 · motif
· motif · 48385809–48385824 · motif
· motif · 48386651–48386662 · motif
SIAH1 的表現可能受 p53/TP53 誘導，並可能參與調節 p53/TP53 的反應；然而，此調控在體內的意義尚不清楚，也可能不存在。
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：282 aa
SIAH1 屬於 SINA（Seven in absentia）家族。其蛋白質含有 RING-type zinc finger 與 SIAH-type zinc finger；序列註解另標示 N 端部分為無序區，並將第 90 至 282 位胺基酸標為 SBD。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SIAH1 主要位於細胞質，亦有一部分位於細胞核。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 107 個夥伴
- AASDHPPTQ9NRN7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AFF4Q9UHB7 · UniProt INTERACTION · 5 experiments · 2 筆來源紀錄
- AQP1P29972 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARMC9Q7Z3E5-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATXN7O15265 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- BCL6P41182 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAPGP40121 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCDC198Q9NVL8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC23Q9UJX2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDC34P49427 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDK5R1Q8N619 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CDK5R1Q8TAM4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DDX41Q9UJV9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNAJC15Q9Y5T4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- DNALI1O14645 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EEF1DP29692 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- EXOC3-AS1Q8N2X6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM90A1Q86YD7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FLI1Q01543 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FZD9Q8TAN2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- GDPD5Q8WTR4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- H4C9P62805 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- INHAP05111 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
- IQCNQ9H0B3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- KATNAL1Q9BW62 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SIAH1 可形成同源二聚體，並與多種蛋白質互作。它是含 UBE2D1、CACYBP/SIP、SKP1、APC 與 TBL1X 的大型 E3 複合體成員；另與 UBE2E2、UBE2I 等蛋白質互作。DAB1、PEG10，以及 Bassoon/BSN 和 Piccolo/PLCO 可能抑制其活性；GAPDH 則可穩定 SIAH1。SIAH1 與 HIPK2 的互作受 DAZAP2 促進，並導致 HIPK2 經 SIAH1 介導的 ubiquitination 及蛋白酶體降解；它也與 AXIN1 互作並促進其降解。
疾病與遺傳關聯
SIAH1 相關疾病條目列有 Buratti-Harel syndrome（BURHAS），屬體染色體顯性神經發育疾病。其特徵包括嬰兒早期出現肌張力低下、整體發展遲緩、延遲行走、語言與言語發展遲緩、智力發展受損及顏面特徵異常。來源將此病描述為由影響該基因的變異所致。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SIAH1 是 E3 ubiquitin-protein ligase，可將 ubiquitin 轉移至目標蛋白質，促進其後續蛋白酶體降解。它可直接結合受質，或作為大型 E3 複合體的必要 RING 結構域次單元；受質範圍廣，涉及轉錄調控、DNA 損傷後轉錄重新啟動、細胞表面受體、訊息傳遞及其他細胞功能。相關過程包括凋亡、腫瘤抑制、細胞週期、軸突導引、精子生成與 TNF 訊息傳遞；部分功能與 SIAH2 重疊。部分功能敘述標示為相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源E3 ubiquitin-protein ligase that mediates ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of target proteins. E3 ubiquitin ligases accept ubiquitin from an E2 ubiquitin-conjugating enzyme in the form of a thioester and then directly transfers the ubiquitin to targeted substrates. Mediates E3 ubiquitin ligase activity either through direct binding to substrates or by functioning as the essential RING domain subunit of larger E3 complexes. Triggers the ubiquitin-mediated degradation of many substrates, including proteins involved in transcription regulation (ELL2, MYB, POU2AF1, PML and RBBP8), in transcriptional restart after DNA damage (AFF1), a cell surface receptor (DCC), the cell-surface receptor-type tyrosine kinase FLT3, the cytoplasmic signal transduction molecules (KLF10/TIEG1 and NUMB), an antiapoptotic protein (BAG1), a microtubule motor protein (KIF22), a protein involved in synaptic vesicle function in neurons (SYP), a structural protein (CTNNB1) and SNCAIP. Confers constitutive instability to HIPK2 through proteasomal degradation. It is thereby involved in many cellular processes such as apoptosis, tumor suppression, cell cycle, axon guidance, transcription regulation, spermatogenesis and TNF signaling. Has some overlapping function with SIAH2. Induces apoptosis in cooperation with PEG3 (By similarity). Upon nitric oxid (NO) generation that follows apoptotic stimulation, interacts with S-nitrosylated GAPDH, mediating the translocation of GAPDH to the nucleus (By similarity). GAPDH acts as a stabilizer of SIAH1, facilitating the degradation of nuclear proteins (By similarity). Mediates ubiquitination and degradation of EGLN2 and EGLN3 in response to the unfolded protein response (UPR), leading to their degradation and subsequent stabilization of ATF4 (By similarity). Also part of the Wnt signaling pathway in which it mediates the Wnt-induced ubiquitin-mediated proteasomal degradation of AXIN1 PMID 10747903 ↗ · PMID 11146551 ↗ · PMID 11389839 ↗ · PMID 11389840 ↗ · PMID 11483517 ↗ · PMID 11483518 ↗ · PMID 11752454 ↗ · PMID 12072443 ↗ · PMID 14506261 ↗ · PMID 14645235 ↗ · PMID 14654780 ↗ · PMID 15064394 ↗ · PMID 16085652 ↗ · PMID 18536714 ↗ · PMID 19224863 ↗ · PMID 20508617 ↗ · PMID 22483617 ↗ · PMID 28546513 ↗ · PMID 32430360 ↗ · PMID 41062835 ↗ · PMID 9334332 ↗ · PMID 9858595 ↗ |
| 分子活性 | S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. | 含實驗來源 | 證據與來源S-ubiquitinyl-[E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + [acceptor protein]-L-lysine = [E2 ubiquitin-conjugating enzyme]-L-cysteine + N(6)-ubiquitinyl-[acceptor protein]-L-lysine. PMID 19224863 ↗ · PMID 28546513 ↗ |
| 分子活性 | 此來源將 SIAH1 的活動歸納為蛋白質修飾，具體類別為蛋白質 ubiquitination。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | SIAH1 可形成同源二聚體，並與多種蛋白質互作，也可成為大型 E3 複合體的成員。部分互作具有調節意義：DAB1、PEG10、Bassoon/BSN 與 Piccolo/PLCO 可能抑制其活性，GAPDH 可穩定 SIAH1。SIAH1 與 HIPK2 的互作受 DAZAP2 促進，並導致 HIPK2 被 ubiquitination 及蛋白酶體降解；SIAH1 也可促進 AXIN1 的 ubiquitination 與降解。部分互作依相似性推定。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer. Interacts with group 1 glutamate receptors GRM1 and GRM5. Interacts with DAB1, which may inhibit its activity. Interacts with UBE2E2. Interacts with PEG3. Interacts with GAPDH; leading to stabilize SIAH1 (By similarity). Component of some large E3 complex composed of UBE2D1, SIAH1, CACYBP/SIP, SKP1, APC and TBL1X. Interacts with UBE2I. Interacts with alpha-tubulin. Interacts with PEG10, which may inhibit its activity. Interacts with KHDRBS3. Interacts with SNCAIP. Interacts with HIPK2; the interaction is promoted by DAZAP2 and results in SIAH1-mediated ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of HIPK2. Interacts with DAZAP2; the interaction is decreased following phosphorylation of DAZAP2 by HIPK2. Interacts with Bassoon/BSN and Piccolo/PLCO; these interactions negatively regulate SIAH1 E3 ligase activity (By similarity). Interacts with DCC. Interacts with AXIN1; catalyzes AXIN1 ubiquitination and subsequent proteasome-mediated ubiquitin-dependent degradation PMID 11146551 ↗ · PMID 11389839 ↗ · PMID 12421809 ↗ · PMID 12810624 ↗ · PMID 15064394 ↗ · PMID 15163637 ↗ · PMID 16085652 ↗ · PMID 18536714 ↗ · PMID 19224863 ↗ · PMID 33591310 ↗ · PMID 9334332 ↗ · PMID 9582267 ↗ |
| 細胞定位 | SIAH1 位於細胞質與細胞核，但主要分布於細胞質，另有一部分位於細胞核。 | 資料庫紀錄 | |
| 調控 | SIAH1 可能受 p53/TP53 誘導，並可能因此參與調節 p53/TP53 反應；然而，這項調控在體內是否具有實際意義仍不清楚，也可能不存在。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源May be induced by p53/TP53, suggesting that it may be required to modulate p53/TP53 response. The relevance of such activity in vivo is however unclear and may not exist |
| 疾病關聯 | Buratti-Harel syndrome（BURHAS）是體染色體顯性神經發育疾病，特徵包括嬰兒早期肌張力低下、整體發展遲緩、延遲行走、語言與言語發展遲緩、智力發展受損及顏面特徵異常。此疾病被描述為由影響此條目所代表基因的變異所致。 | 含實驗來源 | 證據與來源Buratti-Harel syndrome BURHAS An autosomal dominant neurodevelopmental disorder characterized by hypotonia apparent in early infancy, global developmental delay, delayed walking, language and speech delay, impaired intellectual development, and dysmorphic facial features. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 619314 PMID 32430360 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGGACGCGCGAAACGGCGGCGGCGGCGGCGGCCAGGGGG40GAGCCGGGGCGGCCGTTGCGGGGCGCGCTCTCGAGAGGCG80GCGGCGGCCCAGGGTGTCCCGTCGGTCTCGGCGCCGGGAA120GAGGCGGTGGCGCTGCCCGCGGTGGCGGGGGTTGGCGACG160GAGCGCGTTGGTGCCAGGACCGGGGTCCGAGGCGCGCTCT200CCGCCCACAGAAATGAGCCGTCAGACTGCTACAGCATTAC240CTACCGGTACCTCGAAGTGTCCACCATCCCAGAGGGTGCC280TGCCCTGACTGGCACAACTGCATCCAACAATGACTTGGCG320AGTCTTTTTGAGTGTCCAGTCTGCTTTGACTATGTGTTAC360CGCCCATTCTTCAATGTCAGAGTGGCCATCTTGTTTGTAG400CAACTGTCGCCCAAAGCTCACATGTTGTCCAACTTGCCGG440GGCCCTTTGGGATCCATTCGCAACTTGGCTATGGAGAAAG480TGGCTAATTCAGTACTTTTCCCCTGTAAATATGCGTCTTC520TGGATGTGAAATAACTCTGCCACACACAGAAAAAGCAGAC560CATGAAGAGCTCTGTGAGTTTAGGCCTTATTCCTGTCCGT600GCCCTGGTGCTTCCTGTAAATGGCAAGGCTCTCTGGATGC640TGTAATGCCCCATCTGATGCATCAGCATAAGTCCATTACA680ACCCTACAGGGAGAGGATATAGTTTTTCTTGCTACAGACA720TTAATCTTCCTGGTGCTGTTGACTGGGTGATGATGCAGTC760CTGTTTTGGCTTTCACTTCATGTTAGTCTTAGAGAAACAG800GAAAAATACGATGGTCACCAGCAGTTCTTCGCAATCGTAC840AGCTGATAGGAACACGCAAGCAAGCTGAAAATTTTGCTTA880CCGACTTGAGCTAAATGGTCATAGGCGACGATTGACTTGG920GAAGCGACTCCTCGATCTATTCATGAAGGAATTGCAACAG960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。