基因總覽
SHB 是蛋白質編碼基因,產物為 SH2 domain containing adaptor protein B。這種接頭蛋白的主要特性,是連結已活化的受體與下游訊號成分,因而可參與多種訊號傳遞路徑的調節。其來源所列的功能涉及血管新生、T 細胞受體訊號、介白素-2 訊號、細胞凋亡、神經細胞分化,以及胰島素生成細胞中的訊號調節;相關作用多以「可能參與」描述,應保留其不確定性。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000377707 ★ | 37,915,898–38,069,227 | 6 |
| ENST00000854896 | 37,915,349–38,069,270 | 5 |
| ENST00001133906 | 37,915,349–38,069,270 | 6 |
| ENST00000920838 | 37,919,143–38,069,270 | 6 |
顯示 4/4 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SHB 作為接頭蛋白,藉由連結活化受體與下游訊號成分,調節多條訊號傳遞路徑。這項角色使它能參與不同受體所啟動的訊號,而非只對應單一途徑;來源指出的具體功能包含多種生物學過程,但部分作用以可能性描述。
在血管新生方面,SHB 可能透過調節 FGFR1、VEGFR2 與 PDGFR 訊號而參與其中。來源並未將這些關聯描述為 SHB 單獨造成血管新生,而是指出它可能藉由調節相關受體訊號發揮作用。
在免疫訊號方面,SHB 可能參與 T 細胞抗原受體(TCR)訊號,也可能涉及 interleukin-2 訊號。這些作用符合其連結受體與下游訊號成分的接頭角色;來源未進一步界定各途徑中的完整分子步驟。
SHB 也可能透過傳遞 basic-FGF 與 NGF 誘發的訊號,參與細胞凋亡及神經細胞分化。這表示其可能作用於由生長因子引發的訊號反應,並與上述細胞過程相關;來源未提供可將這些作用擴大為特定因果機制的細節。
此外,SHB 可能調節胰島素生成細胞中的 IRS1 與 IRS2 訊號。這項描述將 SHB 的可能功能延伸至胰島素生成細胞相關訊號,但未說明其對細胞或胰島素生成的具體結果。
Promoter 與基因調控
>SHB ENST00000377707 GRCh38 chr9:38069127-38070227 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TACAGGTACCCGCCACCACACCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATCTTGGC CAGGCTGGTATTAAACTCCTGACCTCGTGATCCACCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGC GTGAGACACCGCACCCGGCCGAGGTCCTGTATTAAATGGATCCTTGCCAGCTCCTACAACATAAGGCATT AAATGTTCCCACAACTTGCTCCCCGCCGGCTGGCAGCGAACAGGGCTAAAGCCTCGACTTCCTCAGAGGT GAAAAGGTAAGCAAACATTCCGACCTCCCCTAGCCTTGCTCTCGGATTGGTGCTGGGCCCGGCTCCCACC GCCTATCCCGACCACATCCGTCATCTGGACTGCTAATACACTCATTAGCATAAAGATTCCTCCGAAGACC TGGCGCACGGGGCTGAACCGGAGTCTGTCCCTTTAAGGAAGAGGGACAGCCACTCTGTCCCTAAGGGCAC TAGGCACTGCATTTCCTCCACACGGGCCACGCTGTAAACTAGACAGGTTCCGTGTTAATCCACTCTCCCT CCTCAACCCCGACAGGGGGATCCCTGGAGTGAACAACGCGCGGGGTCCCGGGGGACTGCGGAAAGGTTTG GCCTCTGCGCGTAGCAGGCTCCGCCAGGCAACCTCTCGCCCGAGGCGGCGGCGAGCTGCAAGCTAGGTGG AGCCGGCTGCGCGGCGGGACCCCAGCGCCCTGGGGCAAGACCCTGGTGCTGGCGCCAGGGCAGCCGCGGG AGGTGGCGTGTGCAGGAGCGGAGAGGTGCGCCCACCCCGGCCCCGGGCGCGAGGGGGGCGGGGCTTGGGC CGCGGCCCGGGGCCAGGCTCGCGGGGATGGGCGGTGCTGGGTCTGCGGGAGCGGGCGGGGGGCGGGGCGC GCGAGCGGGCTCCGGGGGGGCGGGGCGGCGGCGCGGGGCGGGCTCTGGCGGCCTGAGTGTCACACACGCG GCGGCTCGGGAGGCGGCGGCAGTGGCAGCGACAGGCGCCGCCGGGACGGGCACGGGCGCGCGGGCTCCGG CGGGCGCCGGCTGCCTTCCTCCGTCGCTCGCTGTCTCTCCCGGCCGCATTC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 10 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SHB_6 ↗ | 9:37,919,486 | 負股 | 37,919,476–37,919,535 |
| SHB_3 ↗ | 9:37,919,938 | 負股 | 37,919,928–37,919,987 |
| SHB_5 ↗ | 9:37,921,902 | 負股 | 37,921,892–37,921,951 |
| SHB_2 ↗ | 9:37,955,970 | 負股 | 37,955,960–37,956,019 |
| SHB_9 ↗ | 9:37,964,480 | 負股 | 37,964,470–37,964,529 |
| SHB_8 ↗ | 9:38,016,059 | 負股 | 38,016,049–38,016,108 |
| SHB_4 ↗ | 9:38,016,574 | 負股 | 38,016,564–38,016,623 |
| SHB_7 ↗ | 9:38,059,457 | 負股 | 38,059,447–38,059,506 |
| SHB_1 ↗ | 9:38,069,227 | 負股 | 38,069,217–38,069,276 |
| SHB_10 ↗ | 9:38,074,433 | 負股 | 38,074,423–38,074,482 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR9_5BXQ85 · CTCF_binding_site · 38066774–38066795 · regulatory
ENSR9_5BXQKH · CTCF_binding_site · 38068799–38068820 · regulatory
ENSR9_9K4ZG · promoter · 38069217–38069717 · regulatory
ENSR9_5BXQNS · CTCF_binding_site · 38069522–38069543 · regulatory
ENSR9_8357ZT · enhancer · 38071003–38071132 · regulatory
ENSR9_83583L · enhancer · 38073975–38074206 · regulatory
· motif · 38065394–38065411 · motif
· motif · 38065655–38065668 · motif
· motif · 38065687–38065702 · motif
· motif · 38065835–38065848 · motif
· motif · 38066776–38066792 · motif
· motif · 38067534–38067545 · motif
· motif · 38067909–38067922 · motif
· motif · 38068801–38068817 · motif
· motif · 38069524–38069540 · motif
· motif · 38069611–38069624 · motif
· motif · 38069611–38069624 · motif
· motif · 38069937–38069952 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:509 aa
SH2 domain containing adaptor protein B 長 509 個胺基酸。其 C 端第 410–504 位含有 SH2 結構域;第 1–410 位為可介導與 LAT、PTK2/FAK1、JAK1 和 JAK3 互作的區域。序列註解另指出第 1–103、144–178 與 229–385 位為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SHB 位於細胞質,也可作為周邊膜蛋白分布於細胞膜的細胞質側。 TCR 受到刺激時,SHB 會與膜脂筏相關聯,顯示其膜相關定位會隨刺激條件改變。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ABL1P00519 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
- KITP10721 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- METP08581 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
SHB 的 SH2 domain 可與配體活化且 Tyr-720 已磷酸化的 PDGFRA 互作;它也與 PDGFRB、FGFR1、KDR/VEGFR2、IL2RB、IL2RG 等配體活化受體互作。TCR 活化後,SHB 與酪胺酸磷酸化的 LAT 互作,並與 CD3Z、PLCG1、ZAP70、LCP2/SLP-76、VAV1 及 GRAP2 等分子互作。其他互作對象包括 EPS8、V-SRC、GRB2、GRAP、JAK1、JAK3、PTK2/FAK1、CRK/CrKII 與 IRS2;與 PTPN11 的互作則標示為依相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SHB 是接頭蛋白,透過連結活化受體與下游訊號成分調節多條訊號傳遞路徑。它可能藉由調節 FGFR1、VEGFR2 與 PDGFR 訊號參與血管新生,也可能參與 T 細胞抗原受體/TCR 訊號、介白素-2 訊號、細胞凋亡及神經細胞分化;後兩項作用與傳遞 basic-FGF 和 NGF 誘發的訊號有關。此外,它可能調節胰島素生成細胞中的 IRS1 與 IRS2 訊號。 | 含實驗來源 | 證據與來源Adapter protein which regulates several signal transduction cascades by linking activated receptors to downstream signaling components. May play a role in angiogenesis by regulating FGFR1, VEGFR2 and PDGFR signaling. May also play a role in T-cell antigen receptor/TCR signaling, interleukin-2 signaling, apoptosis and neuronal cells differentiation by mediating basic-FGF and NGF-induced signaling cascades. May also regulate IRS1 and IRS2 signaling in insulin-producing cells PMID 10828022 ↗ · PMID 10837138 ↗ · PMID 12084069 ↗ · PMID 12464388 ↗ · PMID 12520086 ↗ · PMID 15026417 ↗ · PMID 15919073 ↗ · PMID 8806685 ↗ · PMID 9484780 ↗ · PMID 9751119 ↗ |
| 交互作用 | SHB 與多種受體及訊號蛋白互作,包括配體活化的 PDGFRA、PDGFRB、FGFR1、KDR/VEGFR2、IL2RB 與 IL2RG。其 SH2 domain 可辨識 PDGFRA 上磷酸化的 Tyr-720;TCR 活化時則與酪胺酸磷酸化的 LAT 互作。其他互作對象包括 PTPN11(依相似性)、EPS8、V-SRC、GRB2、GRAP、CD3Z、PLCG1、ZAP70、LCP2/SLP-76、VAV1、GRAP2、JAK1、JAK3、PTK2/FAK1、CRK/CrKII 與 IRS2。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with PTPN11 (By similarity). Interacts with phosphorylated 'Tyr-720' of the ligand-activated receptor PDGFRA via its SH2 domain. Interacts with the ligand-activated receptors PDGFRB, FGFR1, KDR/VEGFR2, IL2RB and IL2RG. Interacts with EPS8 and V-SRC. Interacts with GRB2 and GRAP. Interacts with CD3Z. Interacts with tyrosine-phosphorylated LAT upon T-cell antigen receptor activation. Interacts with PLCG1. Interacts with ZAP70, LCP2/SLP-76, VAV1 and GRAP2. Interacts with JAK1 and JAK3. Interacts with PTK2/FAK1. Interacts with CRK/CrKII. Interacts with IRS2 PMID 10488157 ↗ · PMID 10837138 ↗ · PMID 10964504 ↗ · PMID 12084069 ↗ · PMID 12181353 ↗ · PMID 12200137 ↗ · PMID 12464388 ↗ · PMID 12520086 ↗ · PMID 15026417 ↗ · PMID 7537362 ↗ · PMID 8302579 ↗ · PMID 9484780 ↗ |
| 細胞定位 | SHB 位於細胞質,也分布於細胞膜的細胞質側,屬於周邊膜蛋白。TCR 受到刺激時,SHB 會與膜脂筏相關聯,表示其膜脂筏關聯具有刺激條件性。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Cytoplasm; Cell membrane / Peripheral membrane protein / Cytoplasmic side; Associates with membrane lipid rafts upon TCR stimulation |
核酸與蛋白質序列
AGTGGCAGCGACAGGCGCCGCCGGGACGGGCACGGGCGCG40CGGGCTCCGGCGGGCGCCGGCTGCCTTCCTCCGTCGCTCG80CTGTCTCTCCCGGCCGCATTCTCCTCCGCTGCGGGGCCGA120GCTCTCCCCAGCGCTCGCAGGAAGGAAGAAGGGAGCCGAG160GACGCCGAGAAGTTCCCGCGGCAGCCGCGGATCCCGGCCA200AGGCGGAGGCTGCGGCTCCGACGGGGCAGGAGCGCGATCC240ACGGCGAGGGGCGTACGGCCAAAGGGTCCGCGGCGTGGAG280CGCTCGGACCTTCCGCTCTCCCCCGGGCGTGGGCCGGGAC320CCCATGAGACGCGCCCACGAGGGGCGCGAGATTCCTAGCT360TGGGCGGCGCTAGGCGGAGGGAGGTGTTGCAGCCGCCGGA400GCCAGAGAGCTGCCGGCAGGAGGCGGCGGCGGCAAGAACT440TGAACTTGGCGTCGGGAGCGGGCGCCCCGGACGCCCCCCG480CCGGGGCCGGGGCGCCGAGGGACCTGCGCCGCAGCGCTGC520CCCCCGAATGGCCGCGGCGGCGGACCGGGCTCCCGCGCCG560CGGCCCTAGGCGGCCTCTCGCCATGGCCAAGTGGCTAAAC600AAGTACTTCAGCTTGGGCAACAGCAAGACCAAGAGCCCCC640CGCAGCCGCCGCGGCCAGACTACCGCGAGCAGCGGCGCCG680AGGCGAGCGGCCTTCGCAGCCCCCCCAGGCCGTGCCGCAG720GCCTCCTCCGCCGCCTCGGCGTCCTGCGGTCCGGCCACCG760CCTCCTGCTTCTCAGCCTCTTCGGGCTCGCTGCCCGACGA800CAGCGGCAGCACCAGCGACCTCATCCGCGCCTACCGCGCG840CAGAAGGAGCGAGACTTCGAGGACCCCTACAACGGGCCTG880GCTCGTCGCTGCGCAAACTGCGCGCCATGTGCCGCCTGGA920CTACTGCGGCGGCAGCGGGGAGCCAGGCGGGGTCCAGCGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。