基因總覽
SH3GLB1 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1,其產物 Endophilin-B1 亦稱 Bax-interacting factor 1。此蛋白屬於 endophilin 家族,全長 365 個胺基酸,包含 BAR 結構域與位於羧基端的 SH3 結構域;其胺基端另有與膜結合相關的區域。這些結構特色構成其基本分子性質,並與其參與細胞膜相關活動的角色相符。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000370558 ★ | 86,704,576–86,748,184 | 9 |
| ENST00000616170 | 86,704,510–86,748,184 | 10 |
| ENST00000705519 | 86,704,510–86,748,184 | 10 |
| ENST00000482504 | 86,704,510–86,748,184 | 11 |
| ENST00000897334 | 86,704,510–86,748,184 | 10 |
| ENST00000897335 | 86,704,510–86,748,184 | 11 |
| ENST00000897336 | 86,704,510–86,748,184 | 9 |
| ENST00000897337 | 86,704,510–86,748,184 | 5 |
| ENST00000897338 | 86,704,510–86,743,585 | 9 |
| ENST00000897339 | 86,704,510–86,748,184 | 9 |
| ENST00000961404 | 86,704,510–86,748,184 | 8 |
| ENST00000961405 | 86,704,510–86,748,184 | 9 |
顯示 12/19 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SH3GLB1 產物參與多種膜相關過程。資料指出,它可能是維持粒線體外膜正常動態所需的因子,也可能在特定細胞中參與 coatomer 介導的逆向運輸;此外,它可能將其他蛋白質募集至高曲率膜面,並促進膜融合。這些功能涉及膜形態與膜性囊泡運輸,但來源未將各作用限定於同一細胞情境。
在細胞凋亡方面,Endophilin-B1 參與 caspase 依賴性凋亡,並藉由促進 BAX/BAK1 活化而發揮作用。此作用具有異構型與細胞類型差異:Isoform 1 在纖維母細胞中具有促凋亡作用;相較之下,Isoform 2 在神經元細胞中具有抗凋亡作用,並與維持粒線體形態及促進神經元存活有關。來源亦指出,營養缺乏時它參與 caspase 非依賴性凋亡。
SH3GLB1 也參與自噬調控。它可能透過與 PI3K complex II(PI3KC3-C2)結合,活化 PIK3C3 的脂質激酶活性。與該複合體相關時,它可能藉由誘導 Golgi 膜形成管狀結構並碎裂,調節 ATG9A 從 Golgi complex 移至周邊細胞質,進而參與自噬體形成。此處的運輸與膜重塑作用,是來源提出的可能途徑,而非不帶限制的普遍結論。
此外,SH3GLB1 可能在 PI3KC3-C2 的脈絡下調節降解性內吞運輸與細胞質分裂。整體資料顯示,它連結膜重塑、胞器動態、囊泡運輸與細胞命運相關過程;但不同作用的細胞情境與異構型差異應分開理解,不能視為所有細胞中均以相同方式發生。
Promoter 與基因調控
>SH3GLB1 ENST00000370558 GRCh38 chr1:86703576-86704676 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AAGCTGGGAGAGATCATTATATTGGAGTTACCTTAGAAAGAGGGGGCTGTTTCTGCCACCACAACAAAGA ATGAAACAACACAAATATTTACGTTTTCTTCTTGTCCTCATAATGCTTTTACTGCACTCGTCTTTCAACC TTTAACATCTACTGCATCTGTGACTGTTGTTTCAGTAAAACACGGAAGCTTGAATGTAAGCTCATTTCAT TGCCTGCTGCACAACCACACAAAACAGCATTTTCTTATTCTTGAAATATGATAGCAACGTCTCCTTCCAT GCTTGTACCTGTTTTAATTCCTTTCAAGCAGAGGCTGTATCGTGAAAGATGCTTAAGAAGTTACTTGGAA CGACAGGATTTGGAACGGATGTCACATCATATTCTCATTTGTTATTAAAATTAGTCACGCTTAATTGTTA AGGACTATCCTGTGTCGCTCGCCATCTTTGTGTCCTCCACCTGGCACTTTGCTTTCACACAGTAGGCACA TAGCGTTGAGGTCCCGGAAGGTTGTCAAGTAACCGGCCAGGAGCTTGAGGGCAGGACATTGTCTCCGACA CTTGATTCAGTGCCTGGCACACAGGAGGTATTCAATTATGCTGAATGAATGAGCAACCGGCTCGGTGGGG GACAGTAAACCCAACCCTATTCCGCGAACGTTTGCTGAGCGGCATCCAGGCCTCAGGGACCAAGTGTGTC GCGCGGTGCCATACCGTGACCGGGACCTGTTATTTCTAATGTCCAGATATTGTAATTCTATGCTGTAACT CCTATATTTCCTCTTAAAACAAAAAGAGAAATGTGGGTCGTGTTCGCTCTGGGTTCTCGTTAAGTGCAAG CATACAGAGGCGCCGAGACCCCGCGGCTCGCCCTCGCCGCTTCCTCCACAGGAGCCGGGCGGAGCTCCCG GCGCGCCCCGGGGCTGCGCCGCCGCAATCCTCAAGGGGTCGCTGTTCCCGCGATAACCTCGAGAAAGGCT CCGCCCCGCGGCCCGCGCTTGTTTTTCCCTTGGGACCCGGGTCCACACGGCGGGGTCGCCCGTCCATCTC CGGCTCGCCCGCGGGGCCCATCGTCGACGTTAGCGGCCGTTCTCCGAGCCG
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SH3GLB1_1 ↗ | 1:86,704,576 | 正股 | 86,704,527–86,704,586 |
| SH3GLB1_2 ↗ | 1:86,704,833 | 正股 | 86,704,784–86,704,843 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR1_939F6W · enhancer · 86703566–86704022 · regulatory
ENSR1_BM7L3 · promoter · 86704023–86704905 · regulatory
ENSR1_5QDM2S · CTCF_binding_site · 86704510–86704531 · regulatory
ENSR1_CBLB5 · enhancer · 86704906–86706474 · regulatory
ENSR1_5QDM7G · CTCF_binding_site · 86705516–86705537 · regulatory
ENSR1_84JSGT · enhancer · 86709019–86709204 · regulatory
· motif · 86704012–86704022 · motif
· motif · 86704148–86704170 · motif
· motif · 86704148–86704170 · motif
· motif · 86704504–86704519 · motif
· motif · 86704512–86704528 · motif
· motif · 86704530–86704547 · motif
· motif · 86704579–86704592 · motif
· motif · 86704579–86704592 · motif
· motif · 86705218–86705231 · motif
· motif · 86705218–86705231 · motif
· motif · 86705321–86705329 · motif
· motif · 86705518–86705534 · motif
· motif · 86705547–86705555 · motif
· motif · 86706355–86706377 · motif
· motif · 86706355–86706377 · motif
· motif · 86706578–86706590 · motif
· motif · 86707537–86707548 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:365 aa
Endophilin-B1 長 365 個胺基酸,屬於 endophilin 家族。蛋白質含有第 27–261 位胺基酸的 BAR 結構域,以及第 305–365 位的 SH3 結構域。胺基端第 1–37 位區域與膜結合所需特性相關,其中第 1–30 位被註解為膜結合兩親性螺旋。
蛋白質三維結構
PDB · 6UP6
EM · 9.00 A · A/B/C/D/E/F/G/H/I/J/K/L/M/N/O/P/Q/R/S/T/V/W/a/b/c/d/e/f/g/h=1-365
查看原始結構紀錄 ↗實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。
細胞內定位
Endophilin-B1 可位於細胞質、Golgi 膜、粒線體外膜、自噬體膜及中體;在 Golgi 膜與粒線體外膜上為周邊膜蛋白。 其與 Golgi apparatus 的關聯依細胞類型而異。 營養缺乏後,Endophilin-B1 會與自噬相關蛋白 ATG5 及 LC3 共定位於自噬體膜。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
未繪示構造:Midbody。這些構造未在通用細胞圖中標點,仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 143 個夥伴
- ABCG1P45844-6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABHD12BQ7Z5M8-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABHD5Q8WTS1 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ACSF2Q96CM8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AGR2O95994 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AGTRAPQ6RW13-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AK8Q96MA6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AKR1C8Q5T2L2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ALKBH3Q96Q83-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ANKEF1Q9NU02 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APOA1P02647 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APOA4P06727 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- APOHP02749 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARFIP2P53365 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- ATF4P18848 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATG12C1IDX9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ATP5MGO75964 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BAATQ14032 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BSNDQ8WZ55 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- C1DQ13901 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- C4orf33Q8N1A6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CACFD1Q9UGQ2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CAPN3P20807-4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNCP24863 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCNL1Q9UK58-5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
Endophilin-B1 可形成同源二聚體,亦可與 SH3GLB2 形成異源二聚體;它與 BAX 結合,而誘導細胞凋亡會增加此結合。來源亦記載其與 DNM1、HTT、AMPH、BIN1 及 ARFGAP1 結合。另有資料指出它與 UVRAG 互作,UVRAG 可橋接至 BECN1,顯示 Endophilin-B1 與 PI3K complex II(PI3KC3-C2)相關;這項複合體關聯不同於單純列出的結合對象。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SH3GLB1 可能參與粒線體外膜正常動態,並在特定細胞中參與 coatomer 介導的逆向運輸;它可能募集蛋白質至高曲率膜面並促進膜融合。此蛋白參與 caspase 依賴性凋亡及營養缺乏時的 caspase 非依賴性凋亡,也調節自噬。Isoform 1 在纖維母細胞中促凋亡;Isoform 2 在神經元細胞中抗凋亡,並與維持粒線體形態及神經元存活相關。自噬時它可能透過 PI3KC3-C2 活化 PIK3C3,並調節 ATG9A 運輸及自噬體形成;它也可能參與降解性內吞運輸與細胞質分裂。 | 含實驗來源 | 證據與來源May be required for normal outer mitochondrial membrane dynamics. Required for coatomer-mediated retrograde transport in certain cells (By similarity). May recruit other proteins to membranes with high curvature. May promote membrane fusion. Involved in activation of caspase-dependent apoptosis by promoting BAX/BAK1 activation. Isoform 1 acts proapoptotic in fibroblasts (By similarity). Involved in caspase-independent apoptosis during nutrition starvation and involved in the regulation of autophagy. Activates lipid kinase activity of PIK3C3 during autophagy probably by associating with the PI3K complex II (PI3KC3-C2). Associated with PI3KC3-C2 during autophagy may regulate the trafficking of ATG9A from the Golgi complex to the peripheral cytoplasm for the formation of autophagosomes by inducing Golgi membrane tubulation and fragmentation. Involved in regulation of degradative endocytic trafficking and cytokinesis, probably in the context of PI3KC3-C2. Isoform 2 acts antiapoptotic in neuronal cells; involved in maintenance of mitochondrial morphology and promotes neuronal viability (By similarity) PMID 11604418 ↗ · PMID 15452144 ↗ · PMID 17891140 ↗ · PMID 20643123 ↗ · PMID 21068542 ↗ |
| 交互作用 | SH3GLB1 可形成同源二聚體,並與 SH3GLB2 形成異源二聚體;它會結合 BAX,且誘導凋亡會增加此結合。資料另列出它與 DNM1、HTT、AMPH、BIN1 及 ARFGAP1 的結合。SH3GLB1 也與 UVRAG 互作;UVRAG 可橋接此互作至 BECN1,顯示 SH3GLB1 與 PI3K complex II(PI3KC3-C2)相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer, and heterodimer with SH3GLB2. Binds BAX; induction of apoptosis augments BAX binding. Binds DNM1, HTT, AMPH, BIN1 and ARFGAP1 (By similarity). Interacts with UVRAG; UVRAG bridges the interaction to BECN1 indicative for an association with the PI3K complex II (PI3KC3-C2) PMID 11161816 ↗ · PMID 11259440 ↗ · PMID 17891140 ↗ |
| 細胞定位 | SH3GLB1 位於細胞質、Golgi apparatus 膜、粒線體外膜、自噬體膜及中體,並以周邊膜蛋白形式關聯 Golgi 膜與粒線體外膜;其與 Golgi apparatus 的關聯依細胞類型而異。營養缺乏後,SH3GLB1 會與自噬相關蛋白 ATG5 及 LC3 共定位於自噬體膜。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cytoplasm; Golgi apparatus membrane / Peripheral membrane protein; Mitochondrion outer membrane / Peripheral membrane protein; Cytoplasmic vesicle, autophagosome membrane; Midbody; Association with the Golgi apparatus depends on the cell type (By similarity). Following starvation colocalizes with ATG5 and LC3 autophagy-related protein(s)on autophagosomal membranes PMID 15452144 ↗ · PMID 21068542 ↗ · PMID 17891140 ↗ · PMID 20643123 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GTTTTTCCCTTGGGACCCGGGTCCACACGGCGGGGTCGCC40CGTCCATCTCCGGCTCGCCCGCGGGGCCCATCGTCGACGT80TAGCGGCCGTTCTCCGAGCCGACTGACCCATCCTTGGCGC120TGCCGCCGCGCGCTTGTTCTCCTCCCTCGCCCCGCCTTCA160TCCTCCCCGTTCACGGAAACGACAGCTGCGGCTGCGGGGC200TGGCGCCGCCTCCCTCCACCTACCACGTCTGCCCTCGCCG240CTCTAGCCCTGCGCCCCAGCCCGGCCGCGGCACCTCCGCC280TCGCCGCCGCTAGGTCGGCCGGCTCCGCCCGGCTGCCGCC320TAGGATGAATATCATGGACTTCAACGTGAAGAAGCTGGCG360GCCGACGCAGGCACCTTCCTCAGTCGCGCCGTGCAGTTCA400CAGAAGAAAAGCTTGGCCAGGCTGAGAAGACAGAATTGGA440TGCTCACTTAGAGAACCTCCTTAGCAAAGCTGAATGTACC480AAAATATGGACAGAAAAAATAATGAAACAAACTGAAGTGT520TATTGCAGCCAAATCCAAATGCCAGGATAGAAGAATTTGT560TTATGAGAAACTGGATAGAAAAGCTCCAAGTCGTATAAAC600AACCCAGAACTTTTGGGACAATATATGATTGATGCAGGGA640CTGAGTTTGGCCCAGGAACAGCTTATGGTAATGCCCTTAT680TAAATGTGGAGAAACCCAAAAAAGAATTGGAACAGCAGAC720AGAGAACTGATTCAAACGTCAGCCTTAAATTTTCTTACTC760CTTTAAGAAACTTTATAGAAGGAGATTACAAAACAATTGC800TAAAGAAAGGAAACTATTGCAAAATAAGAGACTGGATTTG840GATGCTGCAAAAACGAGACTAAAAAAGGCAAAAGCTGCAG880AAACTAGAAATTCATCTGAACAGGAATTAAGAATAACTCA920AAGTGAATTTGATCGTCAAGCAGAGATTACCAGACTTCTG960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。