演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SH3GL3SH3D2C

SH3 domain containing GRB2 like 3, endophilin A3

SH3GL3 編碼 Endophilin-A3,屬於 endophilin 家族;來源指出其與內吞作用相關,並可能協助招募蛋白質至高曲率膜面。

Homo sapiens15q25.2UniProt Q99963
OFFICIAL SYMBOL
SH3GL3
CHROMOSOME
15
UNIPROT
Q99963
PDB / ALPHAFOLD
2Z0V
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SH3GL3 是蛋白質編碼基因,正式名稱為 SH3 domain containing GRB2 like 3, endophilin A3。其產物 Endophilin-A3 屬於 endophilin 家族,具有 BAR 與 SH3 結構域,並含有膜結合兩親性螺旋等區域。來源將此蛋白質與內吞作用相關聯;目前提供的功能資料有限,未進一步說明其完整分子作用方式或更廣泛的生物學角色。

Official symbol
SH3GL3
Gene name
SH3 domain containing GRB2 like 3, endophilin A3
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10832
UniProt
Q99963
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SH3D2CSH3P13CNSA3EEN-B2HsT19371

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1515q25.2
chr15 · 101,991,189 bp · GRCh38chr15p13 · 1–4200000 · gvarchr15p12 · 4200001–9700000 · stalkchr15p11.2 · 9700001–17500000 · gvarchr15p11.1 · 17500001–19000000 · acenchr15q11.1 · 19000001–20500000 · acenchr15q11.2 · 20500001–25500000 · gnegchr15q12 · 25500001–27800000 · gpos50chr15q13.1 · 27800001–30000000 · gnegchr15q13.2 · 30000001–30900000 · gpos50chr15q13.3 · 30900001–33400000 · gnegchr15q14 · 33400001–39800000 · gpos75chr15q15.1 · 39800001–42500000 · gnegchr15q15.2 · 42500001–43300000 · gpos25chr15q15.3 · 43300001–44500000 · gnegchr15q21.1 · 44500001–49200000 · gpos75chr15q21.2 · 49200001–52600000 · gnegchr15q21.3 · 52600001–58800000 · gpos75chr15q22.1 · 58800001–59000000 · gnegchr15q22.2 · 59000001–63400000 · gpos25chr15q22.31 · 63400001–66900000 · gnegchr15q22.32 · 66900001–67000000 · gpos25chr15q22.33 · 67000001–67200000 · gnegchr15q23 · 67200001–72400000 · gpos25chr15q24.1 · 72400001–74900000 · gnegchr15q24.2 · 74900001–76300000 · gpos25chr15q24.3 · 76300001–78000000 · gnegchr15q25.1 · 78000001–81400000 · gpos50chr15q25.2 · 81400001–84700000 · gnegchr15q25.3 · 84700001–88500000 · gpos50chr15q26.1 · 88500001–93800000 · gnegchr15q26.2 · 93800001–98000000 · gpos50chr15q26.3 · 98000001–101991189 · gnegSH3GL3pq1 bp101,991,189 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chr15:83,447,228–83,618,747
Gene span
171,520 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000427482 ★83,447,341–83,618,7439
ENST0000090348283,447,341–83,618,7469
ENST0000095104283,447,341–83,618,7468
ENST0000104627683,447,341–83,618,7398
ENST0000104627883,447,341–83,618,7399
ENST0000111860583,447,341–83,618,7467
ENST0000113731983,447,341–83,618,7469
ENST0000032453783,447,531–83,618,74612

顯示 8/8 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

Endophilin-A3 與內吞作用相關。來源另指出,依據相似性推論,它可能招募其他蛋白質至高曲率膜面;這項描述屬於推論,並未在此資料中列出受招募蛋白質或具體條件。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 83447341 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SH3GL3 ENST00000427482 GRCh38 chr15:83446341-83447441 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
GGTGGACACCAGGGCACAGGCATATACCCGAAGTGTCCAGGGCAGACAGGGACTGCTCGTCACCCCAGAT
GGGACCTGCTAAGGGCCCAAAAAGAGACTGAAGGTGGGAAATGTTTTTGTTTTTCAGTGTGAAGCGTTGC
CAAACATATATTCTAGGTTTGGGAATCCTCGGGACCTTTGGAAGCCAGATTCAGCGAAGATGCTGTACCT
TTTGGGGATAGCTCTAACACGAGGTTAACGCAATGCTCCATGTCCCTGGCTGGGCTTAGCTGTGAGTGCG
TCGACCTCTGGACTCTGTGCAAATGGACACTCTGTAACTGACACAGCTGGTAGGGGTTACCGAGAGAGCT
GGGTTCCTGGTCTGGTGGACTCCGCCGGATATGCAACGAGCTCTTTATGGCACCTTGGAGATGGTTGCTT
TTAGTGCCGTTGACAGCGGGCTCAGAGCACCAAGTGAGCTAGCACCGTATTTATTAGTAAATTACTCCAT
AACTCTAGGGCTCCCAGAAGACCAAAATCATTTGAGCAGATTGCACCCAGAGCACCGCGTGGAGAGAGAA
GAAAGCCCGCCACCCACAGACCGCTTCCTCCTACCACAGGTCCCCCATCGAGTTGCATTTGTTGTCCCTC
CCTAGGCGCATTTCTGAGCCTTCCTTTCTTAAACATACACCGAGCGAAAATGCGCCGGAGGGAGGCGATG
TTGCCTGTGAGCCAAAGCCGGTTCGGCACCAAGACAGAAGCAGAGAGAACTGATCTCTCTCCCGGTACCC
ATGACAATCTCAGAGCTAGATCTATATCGTCCCGCGCCCAGCAAGAAGCACTGTGTGACTGTACTCCCCC
GACCCCCAGGACATCCCCACGCCCAGCTTCCCAGGCCGGTCTTCTGCGCGGCTCAAGTAGCCCAGGTCTC
CACGCAACAATGAAGCGTGGGCGGCCCCAGCAGCTTCATTTGCATATCGCCGCGGCTTGGCCAATGGGCT
GCGCAGGGGCTTTGGAACGCAGTGTTGCCATCGGCGTGCGCGCGTGTGTGCGAGTGTGACAGCGGCTGTG
GCTGTGGCCGTGGCCGTGGGAGGCGGGCCCGGCGGAGCCCAGCCGCGGGGG
SH3GL3 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SH3GL3_1 ↗15:83,447,376正股83,447,327–83,447,386

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR15_938598 · enhancer · 83445729–83446072 · regulatory

ENSR15_BLK5R · promoter · 83446851–83447541 · regulatory

ENSR15_CB9KG · enhancer · 83447542–83448658 · regulatory

ENSR15_9385B8 · enhancer · 83449271–83449545 · regulatory

ENSR15_84G8LW · enhancer · 83450016–83450264 · regulatory

· motif · 83447262–83447275 · motif

· motif · 83447285–83447298 · motif

· motif · 83449736–83449747 · motif

· motif · 83450141–83450155 · motif

· motif · 83450141–83450155 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:347 aa

1 aa347 aa結構域功能區域
依 Q99963 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

Endophilin-A3 長 347 個胺基酸,屬於 endophilin 家族。其 BAR domain 位於第 18–249 位,SH3 domain 位於第 285–344 位;第 1–21 位為膜結合兩親性螺旋。第 60–87 位區域被註記為膜結合時二聚化所需,第 218–254 位與 ARC 互作;第 248–271 位則註記為無序區域。

結構域BAR18–249 aa
結構域SH3285–344 aa
功能區域Membrane-binding amphipathic helix1–21 aa
功能區域Required for dimerization upon membrane association60–87 aa
功能區域Interaction with ARC218–254 aa
功能區域Disordered248–271 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 2Z0V…

PDB · 2Z0V

X-ray · 2.49 A · A/B=24-256

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm;Early endosome membrane

Endophilin-A3 位於細胞質,並可作為周邊膜蛋白存在於早期胞內體膜。 另有神經元情境的定位紀錄:在海馬神經元中與突觸後胞內體相關,在嗅覺神經元中則與突觸前胞內體相關。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 5 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SH3D2CSH3GL3ATXN2HTTRAPH1SH3GL1SH3GL2
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 5 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

Endophilin-A3 與 DNM1、SGIP1、SYNJ1、DYDC1、FASLG、ATXN2 及 BIN2 有互作紀錄;與 ARC 的互作則標示為依據相似性推論。它也與含有病理範圍 glutamine 重複序列的 huntingtin exon 1 protein(HDEX1P)互作,並促進體內不溶性 polyglutamine 聚集物形成。來源未將這些互作一概描述為同一複合體。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能Endophilin-A3 與內吞作用相關;依據相似性推論,它可能將其他蛋白質招募至高曲率膜面。此招募作用具有推論性,來源未提供具體的受招募蛋白質或條件。推論支持
證據與來源

Implicated in endocytosis. May recruit other proteins to membranes with high curvature (By similarity)

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用Endophilin-A3 與 DNM1、SGIP1、SYNJ1、DYDC1、FASLG、ATXN2 及 BIN2 有互作紀錄;與 ARC 的互作屬相似性推論。它也與帶有病理範圍 glutamine 重複序列的 huntingtin exon 1 protein(HDEX1P)互作,並促進體內不溶性 polyglutamine 聚集物形成。含實驗來源
證據與來源

Interacts with ARC (By similarity). Interacts with DNM1, SGIP1 and SYNJ1. Interacts with the huntingtin exon 1 protein (HDEX1P) containing a glutamine repeat in the pathological range and promotes formation of insoluble polyglutamine-containing aggregates in vivo. Interacts with DYDC1. Interacts with FASLG. Interacts with ATXN2. Interacts with BIN2

PMID 10542231 ↗ · PMID 15919751 ↗ · PMID 18602463 ↗ · PMID 19545932 ↗ · PMID 19807924 ↗ · PMID 23285027 ↗ · PMID 9809064 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位Endophilin-A3 位於細胞質,亦記錄於早期胞內體膜,並屬周邊膜蛋白。在神經元中,其與海馬神經元的突觸後胞內體相關,也與嗅覺神經元的突觸前胞內體相關。推論支持
證據與來源

Cytoplasm; Early endosome membrane / Peripheral membrane protein; Associated with postsynaptic endosomes in hippocampal neurons. Associated with presynaptic endosomes in olfactory neurons

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000427482 · 1,693 nt · GRCh38
完整拼接轉錄本,保留來源註解的 5′ UTR、CDS 和 3′ UTR。
1AGTGTTGCCATCGGCGTGCGCGCGTGTGTGCGAGTGTGAC40
41AGCGGCTGTGGCTGTGGCCGTGGCCGTGGGAGGCGGGCCC80
81GGCGGAGCCCAGCCGCGGGGGGACCGGCCCGGGCTCCCGC120
121TCCCCGAGCGCGTCGCGGCCGCGTGGCCCAGCCGAGCCTT160
161GAGACCACCCCGCCCCTGCCGGTCGCAGTCGCGATGTCGG200
201TGGCCGGGCTGAAGAAGCAGTTCCACAAAGCCAGCCAGCT240
241ATTTAGTGAAAAAATAAGTGGTGCTGAAGGAACTAAACTA280
281GACGATGAATTTCTTGACATGGAAAGGAAAATAGATGTTA320
321CCAATAAAGTTGTTGCAGAAATTCTTTCAAAAACCACTGA360
361ATATCTTCAGCCAAATCCAGCATACAGAGCTAAGCTAGGA400
401ATGCTGAACACTGTGTCGAAGATCCGAGGGCAGGTGAAGA440
441CCACAGGATACCCGCAGACGGAAGGCTTGCTGGGGGACTG480
481TATGCTGAAATACGGGAAGGAGCTCGGGGAAGACTCCACC520
521TTTGGCAATGCATTGATAGAAGTTGGTGAATCCATGAAGC560
561TAATGGCTGAGGTGAAAGACTCTCTTGATATTAATGTAAA600
601GCAAACTTTTATTGATCCACTTCAGTTACTACAAGATAAA640
641GATTTAAAAGAGATCGGGCATCACCTGAAAAAGCTGGAAG680
681GCCGCCGCCTGGATTACGATTATAAAAAGAAACGAGTAGG720
721TAAGATACCAGACGAAGAAGTCAGACAAGCGGTAGAAAAA760
761TTTGAAGAGTCAAAGGAGTTGGCTGAAAGAAGCATGTTTA800
801ACTTTTTAGAAAATGATGTAGAACAAGTCAGCCAGTTGGC840
841TGTGTTCATAGAGGCAGCATTAGACTATCACAGACAGTCC880
881ACAGAGATTCTGCAGGAGCTGCAGAGCAAGCTACAGATGC920
921GAATATCAGCTGCATCCAGTGTCCCCAGACGAGAATACAA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。