基因總覽
SH3BP4 是位於人類第 2 號染色體 2q37.2 的蛋白質編碼基因，正式名稱為 SH3 domain binding protein 4。其蛋白質產物長 963 個胺基酸，具有兩個 SH3 domain 與一個 ZU5 domain，顯示其包含多個可辨識的結構區域。現有資料將它與 transferrin receptor 相關的胞吞作用及 Rag GTPase 調節聯繫；這些功能的具體作用方式與條件詳見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000392011 ★ | 234,952,017–235,055,714 | 6 |
| ENST00000416021 | 234,952,076–235,041,135 | 3 |
| ENST00000409212 | 234,978,685–235,055,714 | 6 |
| ENST00000344528 | 234,978,703–235,055,714 | 6 |
| ENST00000444916 | 234,978,705–235,040,937 | 4 |
| ENST00000875805 | 234,981,391–235,055,714 | 6 |
| ENST00000446904 | 234,981,624–235,041,288 | 4 |
| ENST00000454947 | 234,994,840–235,040,942 | 4 |
| ENST00000875806 | 234,999,290–235,055,714 | 5 |
| ENST00000924838 | 235,006,048–235,055,714 | 5 |
| ENST00000961226 | 235,027,735–235,055,714 | 5 |
顯示 11/11 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SH3BP4 可能參與細胞膜上的 transferrin receptor 內吞，並透過貨物特異性的調控影響 clathrin-mediated endocytosis。這表示它可能與特定受體貨物的內吞流程相關；來源並未將此描述為對所有 clathrin-mediated endocytosis 的普遍調控。
另一項可能功能是負向調節胺基酸誘導的 TOR 訊號。SH3BP4 優先結合非活化的 Rag GTPase 複合體，並抑制其形成活化複合體。由於 Rag GTPase 複合體的狀態會影響其與 mTORC1 的互動，這項結合可阻止非活化的 Rag GTPase 複合體與 mTORC1 作用，進而抑制 mTORC1 重新定位至 lysosome 及其活化。
上述調節可能使 SH3BP4 間接影響細胞生長、增殖與自噬。來源以「可能」描述其在這些過程中的角色，因此不宜視為已確立的直接調控結果；資料所述的訊號抑制途徑，則是透過影響 Rag GTPase 複合體的形成及其與 mTORC1 的互動來說明。
Promoter 與基因調控
>SH3BP4 ENST00000392011 GRCh38 chr2:234951017-234952117 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter TCCTGGGCTCCGGGTTCCCGGGGTGGGGGTGGGCGCAGTCCCGAGGGCCCCAGGCAGTGGCGCAGTGGTT AGACCCCAGCCTCTGGAGTCGGCCTCGGTTCAGATTCTGGTTCTACCCTTCTCCTCTGTGGCGAACCAAC CCTCCGAGCTCTAGTTTACTCGTGTGAAATGGACTAGCCAAAATTGGGATTTTTTTTTTTTTTTAGGATT AGATGTGTCGGTCCATAGACGTTGCTGGCCACATAGTTAAGTGGTGCGTTCACTCACTGGGCATTGATGG AGCGCCTACTACGTGCCAGGCCTGTTTTACGCGCCGGGGGCCCAGAGGCGCCCAGGTCAGACAAAGTGTA AACGATTCCGACCAGAGCCCTTCAATCTGCATTCCGCTTCGCAGGAAACTCTCCTCCTTTTATGATTTTC AGCCGGACTGCCTTCCCTGTTGTTAGTTTGTAACTTTCGCTCCGGCCCCCGCAGCCTCGCGCCTGCCTTC CCTCCACTGTCCTCAGCCAAGGTGTAGTAAAGCGTCTCCGAACGCGGCGCGACCCTCGCCCACGCCCGCT CGCGGGGGGACCGCACCGCCCCAGGGGTCCTCGCTAGGGGTTCCCGGAGAAGGGGTGGGAGATGGGGGTG CGGGGGGGCACAGGAGCGCGGGCCAGCACCCAGACCTGCTCGGTACCGGGGACCCAGACCCGAGGATGCC GGGCGGCCAAGGCCCCGCTACCCTGGCCGGCTCCGGGCGGAGGAAGAAGAGGAGGCGCCCAGACTGGATA CCCGCCTGGACCCGGAGCCGCGGCACCACCCCCAGCCCGCCCCACGCTCGCCAGCCTCAGACGGCCGCGC CCCGCCCCGCCCCTCTCCCGAAGCCCCGCCCCGGCGCGGGACCACCCCCTCCGCGGCCTCAGCTCCGGTC CTGGCCCCGCCCCCCGCGCCCCCGCCCCCGCCCCCGCCCCCGCCCCCGCCCAGGCGCGGGACCACCCTCC GCCCGCCGAGGCGGGGGCCCAGCGCGCCCGGCACTCTCGGCGGTCCGGGCCCCTCGCCACTACCGCCGCC GCCGCCGCCGTGAGTCCCGCGGAGCCGCGCGCGCCCCCGGCTGGGCCGAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SH3BP4_1 ↗ | 2:234,952,017 | 正股 | 234,951,968–234,952,027 |
| SH3BP4_2 ↗ | 2:234,978,703 | 正股 | 234,978,654–234,978,713 |
| SH3BP4_3 ↗ | 2:235,027,735 | 正股 | 235,027,686–235,027,745 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR2_B3PLXL · enhancer · 234949556–234950526 · regulatory
ENSR2_95G8WP · promoter · 234951527–234952027 · regulatory
ENSR2_CTBH2 · enhancer · 234952028–234953870 · regulatory
ENSR2_54394P8 · CTCF_binding_site · 234952094–234952115 · regulatory
ENSR2_54394RJ · CTCF_binding_site · 234952592–234952613 · regulatory
ENSR2_95G8XF · promoter · 234953871–234954371 · regulatory
ENSR2_B3PLZF · enhancer · 234955156–234955916 · regulatory
· motif · 234952096–234952112 · motif
· motif · 234952594–234952610 · motif
· motif · 234954494–234954505 · motif
· motif · 234954498–234954512 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：963 aa
SH3BP4 蛋白質長 963 個胺基酸，序列註解包含兩個 SH3 domain：第 55–114 位與第 654–724 位；另有一個第 317–454 位的 ZU5 domain。這些區域的位置與範圍依據蛋白質特徵註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SH3BP4 與含有 transferrin receptor 的 clathrin-coated pits 及 clathrin-coated vesicles 特異性相關。 資料也指出它可能定位於細胞核，但此定位以可能性描述。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Membrane, clathrin-coated pit。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 11 個夥伴
- CFTRP13569 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CIZ1Q9ULV3 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- DNM2P50570 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EPS15P42566 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- GIPC1O14908 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- PLEKHA1Q9HB21 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TFRCP02786 · UniProt INTERACTION · 6 experiments
- YWHAEP62258 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- YWHAGP61981 · UniProt INTERACTION · 7 experiments
- YWHAZP63104 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- Dnm2P39052 · UniProt INTERACTION · 5 experiments
SH3BP4 可形成同源二聚體或同源寡聚體，並與 DNM2、EPS15、clathrin、AP-2 及 TFRC 互作。它也可能直接與 RRAGA、RRAGB、RRAGC、RRAGD 互作；這些互作偏好其 GDP 結合的非活化型，且會受到胺基酸負向調節。微生物感染時，SH3BP4 與 molluscum contagiosum virus 蛋白質 MC159L 互作；此互作與自噬抑制有關。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SH3BP4 可能透過貨物特異性的 clathrin-mediated endocytosis 調控，參與細胞膜上的 transferrin receptor 內吞；也可能抑制胺基酸誘導的 TOR 訊號。它偏好結合非活化 Rag GTPase 複合體，阻止其與 mTORC1 互作，因而抑制 mTORC1 移向 lysosome 並活化，可能間接調節細胞生長、增殖與自噬。 | 含實驗來源 | 證據與來源May function in transferrin receptor internalization at the plasma membrane through a cargo-specific control of clathrin-mediated endocytosis. Alternatively, may act as a negative regulator of the amino acid-induced TOR signaling by inhibiting the formation of active Rag GTPase complexes. Preferentially binds inactive Rag GTPase complexes and prevents their interaction with the mTORC1 complex inhibiting its relocalization to lysosomes and its activation. Thereby, may indirectly regulate cell growth, proliferation and autophagy PMID 16325581 ↗ · PMID 22575674 ↗ |
| 交互作用 | SH3BP4 可形成同源二聚體或同源寡聚體，並與 DNM2、EPS15、clathrin、AP-2 及 TFRC 互作。它也可能直接與 Rag GTPase RRAGA、RRAGB、RRAGC、RRAGD 互作，偏好其 GDP 結合的非活化型；胺基酸會負向調節這些互作。 | 含實驗來源 | 證據與來源Homodimer or homooligomer. Interacts with DNM2, EPS15, clathrin, the adapter protein complex 2/AP-2 and TFRC. Interacts with the Rag GTPases RRAGA, RRAGB, RRAGC and RRAGD; the interaction is most probably direct, preferentially occurs with their inactive GDP-bound form and is negatively regulated by amino acids PMID 16325581 ↗ · PMID 22575674 ↗ · PMID 9303539 ↗ |
| 交互作用 | 在微生物感染期間，SH3BP4 與 molluscum contagiosum virus 蛋白質 MC159L 互作；此互作對自噬抑制具有重要作用。 | 含實驗來源 | 證據與來源(Microbial infection) Interacts with molluscum contagiosum virus protein MC159L; this interaction is important for the suppression of autophagy PMID 30842330 ↗ |
| 細胞定位 | SH3BP4 與含 transferrin receptor 的 clathrin-coated pits 及 clathrin-coated vesicles 特異性相關；它也可能定位於細胞核。 | 推論支持 | 證據與來源Membrane, clathrin-coated pit; Cytoplasmic vesicle, clathrin-coated vesicle; Nucleus; Specifically associated with transferrin receptor-containing clathrin-coated pits and clathrin-coated vesicles. May also localize to the nucleus |
核酸與蛋白質序列
AGCGCGCCCGGCACTCTCGGCGGTCCGGGCCCCTCGCCAC40TACCGCCGCCGCCGCCGCCGTGAGTCCCGCGGAGCCGCGC80GCGCCCCCGGCTGGGCCGAGCCGCTGGCCGACGAGCGGAG120CCTCAGGAGCCGGCGGGGACGCCATGCGAGCCAGCGTCTC160CCTTCTCTCCTGGACAGAAGGCCGTGTCCTGGGACTTCTC200TGATGGCGAGAGGCTGCGGCTGTACCAGGAAGAAACATAT240TGCCGAGTGGATGCCGCCGCGCAGCGTGTTTGCTTGAGGC280AGAAGCTTCAGCATCTGCTGGGATAACTGGAGGAAGAAAT320ATGAAGCCTTAGCGGCTTTACCCGGGAAGCGAGTTTCGAG360ATGGCGGCTCAGCGGATCCGAGCGGCCAACTCCAATGGCC400TCCCTCGCTGCAAGTCAGAGGGGACCCTGATTGACCTGAG440CGAAGGGTTTTCAGAGACGAGCTTTAATGACATCAAAGTG480CCTTCTCCCAGTGCCTTGCTCGTAGACAACCCCACACCTT520TCGGAAATGCAAAGGAAGTGATTGCGATCAAGGACTATTG560CCCCACCAACTTCACCACACTGAAGTTCTCCAAGGGCGAC600CATCTCTACGTCTTGGACACATCTGGCGGTGAGTGGTGGT640ACGCACACAACACCACCGAAATGGGCTACATCCCCTCCTC680CTATGTGCAGCCCTTGAACTACCGGAACTCAACACTGAGT720GACAGCGGTATGATTGATAATCTTCCAGACAGCCCAGACG760AGGTAGCCAAGGAGCTGGAGCTGCTCGGGGGATGGACAGA800TGACAAAAAAGTACCAGGCAGAATGTACAGTAATAACCCT840TTCTGGAATGGGGTCCAGACCAATCCATTTCTGAATGGGA880ACGTGCCCGTCATGCCCAGCCTGGATGAGCTGAATCCCAA920AAGTACTGTGGATTTGCTCCTTTTTGACGCAGGTACATCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。