基因總覽
SH3BP1（SH3 domain binding protein 1）是人類的蛋白質編碼基因，產生含有 BAR 與 Rho-GAP 結構域的蛋白質。其蛋白質序列亦包含與 CGNL1、CD2AP 互作的區域，以及 SH3-binding 基序；部分區域被註解為無序區。這些結構特徵與其作為小型 GTPase 調節因子的角色相符，並使其能參與細胞內訊號與細胞骨架相關過程。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000649765 ★ | 37,639,669–37,656,117 | 18 |
| ENST00000905665 | 37,639,469–37,656,117 | 18 |
| ENST00000905666 | 37,639,469–37,656,117 | 17 |
| ENST00000905667 | 37,639,469–37,656,117 | 17 |
| ENST00000937757 | 37,639,469–37,656,117 | 18 |
| ENST00000937758 | 37,639,469–37,656,117 | 18 |
| ENST00000643339 | 37,646,818–37,655,684 | 8 |
顯示 7/7 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SH3BP1 是 GTPase 活化蛋白（GAP），可促使 Rho 型 GTPase RAC1 與 CDC42 由結合 GTP 的活化狀態轉為結合 GDP 的失活狀態。藉由調節這些分子的活性，SH3BP1 參與細胞骨架重組，並在不同細胞情境中影響細胞形態與行為。
在移動細胞中，SH3BP1 會於細胞前緣使 RAC1 失活，調控細胞突起在時間與空間上的組織，這對適當的細胞遷移很重要。它也會負向調節 CDC42，參與肌動蛋白重塑與上皮細胞連結的形成。
SH3BP1 的 GAP 活性也參與大型顆粒的吞噬。當大型顆粒接觸細胞時，SH3BP1 透過依賴 PI3 kinase／PI3K 的機制被募集至接觸位置，並使 RAC1 和／或 CDC42 失活；接續的肌動蛋白細胞骨架重組，則是包入顆粒所需的過程。
此外，SH3BP1 參與血管新生與排斥性引導，並位於 semaphorin-plexin 訊號路徑中。細胞外 SEMA3E 與 PLXND1 結合後，SH3BP1 會從 PLXND1 解離並使 RAC1 失活，促成細胞內肌動蛋白細胞骨架重組與細胞塌陷。這些作用顯示，SH3BP1 可依不同情境調節細胞骨架，影響細胞遷移、吞噬及引導反應。
Promoter 與基因調控
>SH3BP1 ENST00000649765 GRCh38 chr22:37638669-37639769 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCCTGCGGCTCCTGATGCCACAGGGGTGCAGGGTAAGGAGAGCCTACTGTTTCCTAAAGGCGCTCACATC TTGTAAAACCAGCAGTTATGGAGCACTTACTGTATGCCTAACTCTGTGTTGAGTGGAGGGCCAAAGAGGA GAACTACTGAGTTTGGGGGCAGTCAGAGCAGCACCTACATCATTGCCCTACAAGAAGGAAGGGGGACTGA GGCTGTTTGCCAGGAGGAATGAGAGGAGACGGGCTTCACAGATGGAGCAAACTGCCAGGAGATGTGGAGA ACAGGGTGTCGCGAACCGCTCTGGGAGGGTTCCTGGTGGCTGAGGGGTGGCACGCACCTCCCTTAAAGGG AGCTGGCAGGGGTGTCTTGTCCACTCTGCAGAATGGGCAGGCCCAGGACAGCTGGCCCATCAGACCATTA GAAACAGCGAGTCCGGAGTTCCAGGGGCTTGTCCACGGCCACACAGCAGCCCGTGGCCCCAGGAAGCCAA AGCTCCCAGCCAGTCATCCAGTGGTGGGGGGTTTAGTTCCAGGGGGCCAGAGGTCCTCTGCGGAAGAGAG TGCAAGGCAGTATCCGCGGCAGGCCCAGAGAGGCCAGGACAGGTCAGAAAGGCCTACCCCTCTTTCGCTT GGTACCCTTTCCTCTTTGCGAGGGATGCAAAGGTTATTTATACTTCGGGTCTGCAGGCTGCGGGTGGGGC AGGCACCCCGCCTGGGGCGGGTTGCGGGCGCAGGGGCAGGAATGGGCTTACCTGCTTCCCGCCACCGGGG CTGGGCGGGGCGCTGCGGGGAGGAGGAGCCGGGCACAACCTGTGGACGGCCGCGGCCGGCGGACACACAG CAGCGGGGGCCCGGCCGGGGGTCGCCCGGGGGCCCGGAAGCCGGGGAAGAGCGAGGAAACCAACTTGGAG AGAGGAGTGACCTGGGGGCCGGGGGCGGAGTCGTGAGCGGGGGAGGAGAGAGCCGGCCGCCAGCAAGAGC CGCGCGGCGGCCCAGGAAGCGAGAGCGCCGCCCACCCATCCGGGGCAAGAGCCGCGCCGCAGGAGAGGCA GGCTGGACCGGGGGCTCCCCGGGCCCGCGACCCCCGCCGTGACCCCGCAGC
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 5 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SH3BP1_2 ↗ | 22:37,639,469 | 正股 | 37,639,420–37,639,479 |
| SH3BP1_1 ↗ | 22:37,639,690 | 正股 | 37,639,641–37,639,700 |
| SH3BP1_3 ↗ | 22:37,641,201 | 正股 | 37,641,152–37,641,211 |
| SH3BP1_5 ↗ | 22:37,646,843 | 正股 | 37,646,794–37,646,853 |
| SH3BP1_4 ↗ | 22:37,647,485 | 正股 | 37,647,436–37,647,495 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR22_B9GN5 · enhancer · 37636219–37637136 · regulatory
ENSR22_9JXCL · enhancer · 37637815–37638178 · regulatory
ENSR22_B9GNJ · promoter · 37639179–37639703 · regulatory
ENSR22_C5PSS · enhancer · 37639704–37641409 · regulatory
ENSR22_5BT386 · CTCF_binding_site · 37641049–37641070 · regulatory
ENSR22_5BT3MB · CTCF_binding_site · 37643461–37643482 · regulatory
· motif · 37634666–37634686 · motif
· motif · 37634755–37634775 · motif
· motif · 37634866–37634875 · motif
· motif · 37636010–37636017 · motif
· motif · 37639201–37639214 · motif
· motif · 37639321–37639334 · motif
· motif · 37639349–37639364 · motif
· motif · 37639383–37639398 · motif
· motif · 37639594–37639607 · motif
· motif · 37639612–37639625 · motif
· motif · 37639675–37639688 · motif
· motif · 37639757–37639764 · motif
· motif · 37640162–37640174 · motif
· motif · 37640165–37640172 · motif
· motif · 37640454–37640465 · motif
· motif · 37640454–37640465 · motif
· motif · 37640456–37640465 · motif
· motif · 37640517–37640530 · motif
· motif · 37640741–37640754 · motif
· motif · 37641051–37641067 · motif
· motif · 37643463–37643479 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：701 aa
SH3BP1 蛋白質長 701 個胺基酸。其 BAR 結構域位於第 17–262 位，Rho-GAP 結構域位於第 276–469 位。第 1–275 位區域註解為與 CGNL1 互作，第 470–701 位區域註解為與 CD2AP 互作；第 616–625 位另有 SH3-binding 基序。第 1–23、160–182 與 496–701 位被註解為無序區。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SH3BP1 可定位於移動細胞的前緣；吞噬大型顆粒時，則會依賴 PI3 kinase／PI3K 累積於正在形成的吞噬杯。 此累積與大型顆粒接觸位置及其膜上的 phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate 有關。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
未繪示構造：Cell projection；Cell junction, tight junction；Cell junction, adherens junction；Cell projection, phagocytic cup。這些構造未在通用細胞圖中標點，仍保留來源定位名稱。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 7 個夥伴
- ABI2Q9NYB9-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ABI3Q9P2A4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ARHGAP17Q68EM7 · UniProt INTERACTION · 4 experiments
- CCDC146Q8IYE0 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FGAP02671-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- TERF1P54274 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- TRIP10Q15642 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
SH3BP1 與 RAC1、PLXND1 有互作註記；其中與 RAC1 的互作為相似性推定。它透過 EXOC4、EXOC8 與 exocyst 互作，此關係有助於 SH3BP1 與 exocyst 定位於移動細胞前緣。SH3BP1 也與 CD2AP、CGNL1 互作，並可能與 AFDN 互作；它與 CAPZA1 互作，並將 CAPZA1 招募至形成中的細胞連結。PLXND1 與 SH3BP1 會在 SEMA3E 結合 PLXND1 後解離。此外，SH3BP1 透過 SH3 domain 與 ABL1、GRB2、SRC 互作的註記屬相似性推定。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SH3BP1 是 GTPase 活化蛋白，可使 RAC1、CDC42 等 Rho 型 GTPase 從 GTP 結合的活化狀態轉為 GDP 結合的失活狀態。它在移動細胞前緣使 RAC1 失活，以調節細胞突起的時空組織；也會負向調節 CDC42，參與肌動蛋白重塑與上皮細胞連結形成。大型顆粒接觸時，SH3BP1 依賴 PI3 kinase／PI3K 被募集至接觸處，藉由使 RAC1 和／或 CDC42 失活，促成吞噬所需的肌動蛋白細胞骨架重組。此外，SEMA3E 結合 PLXND1 後，SH3BP1 從 PLXND1 解離並使 RAC1 失活，參與排斥性引導中的細胞骨架重組與細胞塌陷，也與血管新生相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源GTPase activating protein (GAP) which specifically converts GTP-bound Rho-type GTPases including RAC1 and CDC42 in their inactive GDP-bound form. By specifically inactivating RAC1 at the leading edge of migrating cells, it regulates the spatiotemporal organization of cell protrusions which is important for proper cell migration. Also negatively regulates CDC42 in the process of actin remodeling and the formation of epithelial cell junctions. Through its GAP activity toward RAC1 and/or CDC42 plays a specific role in phagocytosis of large particles. Specifically recruited by a PI3 kinase/PI3K-dependent mechanism to sites of large particles engagement, inactivates RAC1 and/or CDC42 allowing the reorganization of the underlying actin cytoskeleton required for engulfment. It also plays a role in angiogenesis and the process of repulsive guidance as part of a semaphorin-plexin signaling pathway. Following the binding of PLXND1 to extracellular SEMA3E it dissociates from PLXND1 and inactivates RAC1, inducing the intracellular reorganization of the actin cytoskeleton and the collapse of cells PMID 21658605 ↗ · PMID 22891260 ↗ · PMID 24841563 ↗ · PMID 26465210 ↗ |
| 交互作用 | SH3BP1 與 RAC1 的互作為相似性推定。它透過 EXOC4、EXOC8 與 exocyst 互作，且這些互作是 SH3BP1 與 exocyst 定位至移動細胞前緣所需。SH3BP1 與 CD2AP、CGNL1 互作，可能共同參與細胞連結處的複合體；它也與 CAPZA1 互作，並將 CAPZA1 招募至形成中的細胞連結。SH3BP1 可能與 AFDN 互作。它與 PLXND1 互作，但在 SEMA3E 結合 PLXND1 後兩者解離，使 SH3BP1 得以透過 RAC1 失活傳遞下游訊號。與 ABL1、GRB2、SRC 的互作則為相似性推定，並涉及 SH3 domain。 | 含實驗來源 | 證據與來源Interacts with RAC1 (By similarity). Interacts with the exocyst via EXOC4 and EXOC8; required for the localization of both SH3BP1 and the exocyst to the leading edge of migrating cells. Interacts with CD2AP and CGNL1; probably part of a complex at cell junctions. Interacts with CAPZA1; recruits CAPZA1 to forming cell junctions. May interact with AFDN. Interacts with PLXND1; they dissociate upon SEMA3E binding to PLXND1 allowing SH3BP1 to transduce downstream signal through RAC1 inactivation. Interacts with ABL1, GRB2 and SRC (via SH3 domain) (By similarity) PMID 21658605 ↗ · PMID 22891260 ↗ · PMID 24841563 ↗ |
| 細胞定位 | SH3BP1 的定位註記包括細胞突起、緊密連結、黏著連結、吞噬杯、細胞核及細胞質胞質溶膠，並曾觀察到其位於移動細胞前緣。形成中的吞噬杯累積 SH3BP1 依賴 PI3 kinase／PI3K，且限於大型顆粒接觸位置與具有 phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate 的膜區域。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cell projection; Cell junction, tight junction; Cell junction, adherens junction; Cell projection, phagocytic cup; Nucleus; Cytoplasm, cytosol; Localizes at the leading edge of migrating cells. Accumulation at forming phagocytic cups is PI3 kinase/PI3K-dependent and is specific for sites of large particles engagement and their phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate membrane content PMID 21658605 ↗ · PMID 24841563 ↗ · PMID 22891260 ↗ · PMID 26465210 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GAGAGCGCCGCCCACCCATCCGGGGCAAGAGCCGCGCCGC40AGGAGAGGCAGGCTGGACCGGGGGCTCCCCGGGCCCGCGA80CCCCCGCCGTGACCCCGCAGCCCCCAGCTCGCCCCCAAGA120TGATGAAGAGGCAGCTGCACCGCATGCGGCAGCTGGCCCA160GACGGGCAGCTTGGGACGCACCCCGGAGACCGCTGAGTTC200CTGGGTGAGGACCTGCTGCAGGTAGAACAGCGGCTGGAGC240CGGCCAAGCGGGCAGCCCACAACATCCACAAGCGGCTGCA280GGCCTGTCTGCAGGGCCAGAGCGGGGCAGACATGGACAAG320CGGGTGAAGAAGCTTCCCCTCATGGCTCTGTCCACCACGA360TGGCTGAGAGCTTCAAGGAGCTGGACCCTGATTCCAGCAT400GGGGAAGGCCTTGGAGATGAGCTGTGCCATCCAGAATCAG440CTGGCCCGCATCCTGGCCGAGTTTGAGATGACCCTGGAGA480GGGACGTCCTGCAGCCACTCAGCAGGCTGAGTGAGGAGGA520GCTGCCAGCCATCCTCAAACACAAGAAAAGCCTCCAGAAG560CTCGTGTCCGACTGGAACACACTCAAGAGCAGGCTCAGTC600AGGCAACCAAGAATTCAGGCAGCAGTCAAGGCCTAGGAGG640CAGCCCGGGTAGTCACAGCCATACGACCATGGCCAACAAG680GTGGAGACGCTGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCTGAAGAGGA720AAGTGGAGCAATGCAGGGACGAGTACTTGGCTGACCTGTA760CCACTTTGTTACCAAGGAGGACTCCTATGCCAACTACTTC800ATTCGTCTCCTGGAGATTCAGGCCGATTACCATCGCAGGT840CACTGAGCTCGCTGGACACAGCCCTGGCTGAGCTGAGGGA880GAACCACGGCCAAGCAGACCACTCCCCTTCGATGACAGCC920ACCCACTTCCCCAGGGTGTATGGGGTGTCGCTGGCAACCC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。