演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SH3BGRLMGC117402

SH3 domain binding glutamate rich protein like

SH3BGRL 是 SH3BGR 家族的蛋白質,可能作為分子適配蛋白,協助連結蛋白質與 mRNA,並與翻譯中的核糖體相關。

Homo sapiensXq21.1UniProt O75368
OFFICIAL SYMBOL
SH3BGRL
CHROMOSOME
X
UNIPROT
O75368
PDB / ALPHAFOLD
1U6T
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SH3BGRL(SH3 domain binding glutamate rich protein like)是由蛋白質編碼基因產生的 114 個胺基酸蛋白質,屬於 SH3BGR 家族。其序列包含與分子互作相關的區域及 SH3-binding 基序;其中不同區段分別與 HER2、PFN1 和 ATG12 的互作有關。現有資料將其描述為可能參與蛋白質彼此連結,或連結蛋白質與 mRNA 的適配蛋白,也指出它與翻譯中的細胞質核糖體相關。這些特性構成理解其分子角色的基本背景;其可能涉及的具體作用方式與生物學過程見下文。

Official symbol
SH3BGRL
Gene name
SH3 domain binding glutamate rich protein like
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10823
UniProt
O75368
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
MGC117402

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome XXq21.1
chrX · 156,040,895 bp · GRCh38chrXp22.33 · 1–4400000 · gnegchrXp22.32 · 4400001–6100000 · gpos50chrXp22.31 · 6100001–9600000 · gnegchrXp22.2 · 9600001–17400000 · gpos50chrXp22.13 · 17400001–19200000 · gnegchrXp22.12 · 19200001–21900000 · gpos50chrXp22.11 · 21900001–24900000 · gnegchrXp21.3 · 24900001–29300000 · gpos100chrXp21.2 · 29300001–31500000 · gnegchrXp21.1 · 31500001–37800000 · gpos100chrXp11.4 · 37800001–42500000 · gnegchrXp11.3 · 42500001–47600000 · gpos75chrXp11.23 · 47600001–50100000 · gnegchrXp11.22 · 50100001–54800000 · gpos25chrXp11.21 · 54800001–58100000 · gnegchrXp11.1 · 58100001–61000000 · acenchrXq11.1 · 61000001–63800000 · acenchrXq11.2 · 63800001–65400000 · gnegchrXq12 · 65400001–68500000 · gpos50chrXq13.1 · 68500001–73000000 · gnegchrXq13.2 · 73000001–74700000 · gpos50chrXq13.3 · 74700001–76800000 · gnegchrXq21.1 · 76800001–85400000 · gpos100chrXq21.2 · 85400001–87000000 · gnegchrXq21.31 · 87000001–92700000 · gpos100chrXq21.32 · 92700001–94300000 · gnegchrXq21.33 · 94300001–99100000 · gpos75chrXq22.1 · 99100001–103300000 · gnegchrXq22.2 · 103300001–104500000 · gpos50chrXq22.3 · 104500001–109400000 · gnegchrXq23 · 109400001–117400000 · gpos75chrXq24 · 117400001–121800000 · gnegchrXq25 · 121800001–129500000 · gpos100chrXq26.1 · 129500001–131300000 · gnegchrXq26.2 · 131300001–134500000 · gpos25chrXq26.3 · 134500001–138900000 · gnegchrXq27.1 · 138900001–141200000 · gpos75chrXq27.2 · 141200001–143000000 · gnegchrXq27.3 · 143000001–148000000 · gpos100chrXq28 · 148000001–156040895 · gnegSH3BGRLpq1 bp156,040,895 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: forward strand (+)
Genomic coordinates
chrX:81,201,852–81,298,872
Gene span
97,021 bp
Strand
Forward (+)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000373212 ★81,202,102–81,298,5474
ENST0000087784381,201,852–81,298,5443
ENST0000087784481,201,852–81,298,5473
ENST0000096320481,201,852–81,298,5464
ENST0000096320581,201,852–81,298,5395
ENST0000110114881,201,852–81,298,5474
ENST0000110550381,201,852–81,281,7413
ENST0000112270981,201,852–81,298,8724
ENST0000113235681,201,852–81,298,5474

顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

SH3BGRL 可能作為適配蛋白,協助連結不同蛋白質,或促成蛋白質與 mRNA 的連結。這表示它可能參與分子組裝或協調,但現有資料並未指出所有互作的具體順序,也未將此角色描述為已完全確立的單一機制。

SH3BGRL 也可能作為 ubiquitin ligase-substrate adapter,協助泛素連接酶與其底物建立關聯。來源將此功能表述為可能性,因此不宜視為已證實適用於所有底物或細胞情境的作用。這種適配角色與其連結分子的特性相符,但資料沒有提供更廣泛的底物範圍或完整反應細節。

此外,SH3BGRL 與翻譯中的細胞質核糖體相關,並可能促進特定 mRNA 的表現。來源未進一步限定哪些 mRNA 受影響,也未說明此作用是否直接改變翻譯效率,或透過其他環節影響表現;因此,較妥當的理解是它可能參與特定 mRNA 表現的調節,而不將其概括為普遍促進蛋白質合成。

這些描述共同指出,SH3BGRL 可能連結蛋白質互作、泛素連接酶與底物的關聯,以及核糖體相關的 mRNA 表現調節。其功能涵蓋分子連結與基因表現調控的可能性,但現有資料對部分作用仍採推測語氣,未提供足以確定其作用範圍或完整機制的資訊。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 81202102 · 正股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SH3BGRL ENST00000373212 GRCh38 chrX:81201102-81202202 strand=1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
CTGAGCCTAGGCAAAGACAGTAAACCACTAGACTGGAGACAGTGGAAAAACAGCAAAGGAAAAGAAGTAG
GACAAGCGACTGACTCCTCTCCACTCTCATTCATCTTGCAAATTCCTTTTTTTCTGTTCATTTAACATAA
TCTGGGAACCTAAAACTACACTTTGAAGTATATGGTCTGTCTCTGGACATTATTAACTGTTTGCTCATTT
CCTTAGAGCTACAAATAACCATCTGATCTCTCTCTTCACCATTTCAACATCTGCAATATGTTCTCCCAAA
TCCCTTACTTCAGTCAGTTAAAAAGCAAAACAAAACAAAAATCATCCATCTTTTTACACAATATTTTCAA
TCTTTTCTTTGTAATTTATTCCTTCATTCTTAAACTTGCCAATCAGGCCTCCTGCAAATTCCCACGGAAG
CAGGGTTCCCTAATTTAACAAAACACAAAATTCAAAAAGAAAACCAATCCTGCCATTTCTGGGCTTAAGG
AAACCTGAAACTTTCCTTCAAAACTCTGCAGCATTGCTCAGTACTTTAGTGCCTAATTCCTACAACGAGC
TAAGATCAGAAAAATCACTACGTAATAGGAATCTTAAAATGCGCAAGGCTTTGAGAACATGGGTTTTCAA
CATACAGCTTGCTCTTTCAGGATCTGTCTTCTTATTTGCATATATTTCTGAGCAGGAAGTTATGCGCAGT
ACTTTTAGTCTCCGCGTGAAAAGGTCCTTCATGCTAATCTAATTCAATTCAGTTCTCCTTTTTCTTTCTT
CTTCTCCTCGCCCTCTTCTCAGGGAAGGAATCGTCAAAAATCAATGTTTCAACAGATCTCGCGGTGCTAT
TCGAGATTCCCTATTAAAAAAAAATAGAATTGATGCAAACAGCCTGTTCCTTCCGGGGTTTTGGGCTGGA
ACTGCAGCGCTTAGAGAGCTCGGTGGAAGCTGCTAAAGGCGGAGGCGGGGCTCTGGCGAGTTCTCCTTCC
ACCTTCCCCCACCCTTCTCTGCCAACCGCTGTTTCAGCCCCTAGCTGGATTCCAGCCATTGCTGCAGCTG
CTCCACAGCCCTTTTCAGGACCCAAACAACCGCAGCCGCTGTTCCCAGGAT
SH3BGRL 位於正股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SH3BGRL_2 ↗X:81,196,882正股81,196,833–81,196,892
SH3BGRL_4 ↗X:81,201,869正股81,201,820–81,201,879
SH3BGRL_1 ↗X:81,202,102正股81,202,053–81,202,112

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSRX_93787T · enhancer · 81201497–81201902 · regulatory

ENSRX_84DGFW · promoter · 81201903–81202112 · regulatory

ENSRX_CB3K3 · enhancer · 81202113–81203273 · regulatory

· motif · 81201762–81201775 · motif

· motif · 81201781–81201792 · motif

· motif · 81201783–81201792 · motif

· motif · 81201851–81201864 · motif

· motif · 81201989–81201998 · motif

· motif · 81201989–81202000 · motif

· motif · 81202045–81202055 · motif

· motif · 81202178–81202186 · motif

· motif · 81202831–81202844 · motif

· motif · 81205142–81205151 · motif

· motif · 81205142–81205151 · motif

· motif · 81206860–81206871 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:114 aa

1 aa114 aa功能區域基序
依 O75368 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

SH3BGRL 蛋白質長 114 個胺基酸,屬於 SH3BGR family。第 13–50 位胺基酸區域為與 HER2 互作所需;第 54–71 位區域則與 PFN1、HER2 及 ATG12 的互作相關。第 61–67 位另有 SH3-binding motif。

功能區域Required for interaction with HER213–50 aa
功能區域Required for interaction with PFN1, HER2, and ATG1254–71 aa
基序SH3-binding61–67 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1U6T…

PDB · 1U6T

X-ray · 1.90 A · A=2-114

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Cytoplasm, cytosol;Cell membrane

SH3BGRL 位於細胞質(包括胞質液)及細胞膜。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型之間存在差異的資訊。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 0 個夥伴 · 最多顯示 50 個
MGC117402SH3BGRL
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 0 個夥伴
  • 目前沒有已匯入的夥伴。
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

SH3BGRL 被描述為單體,並與 PFN1、ERBB2、ATG12、BECN1 及翻譯中的核糖體互作。資料列出的是互作關係,未指出上述分子與 SH3BGRL 共同構成同一複合體;其作為適配蛋白的可能功能關係另有描述。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

來源描述 SH3BGRL 在乳癌相關研究中的作用:它可促進 E3 ligase STUB1 與 PFN1 的互作,進而增加 PFN1 的蛋白酶體降解,並活化 PI3K/AKT、NF-kB 與 WNT 等下游訊息路徑。另有資料指出,它可能藉由穩定 ATG12 促進自噬,並提升 STUB1 與自噬相關蛋白 PIK3C3 的 mRNA 翻譯;也可促進 ERBB2 在 Tyr-877 與 Tyr-1196 的活化及磷酸化,並延長 ERBB2 位於細胞膜的時間。乳癌患者中 SH3BGRL 過度表現與較常復發及較差預後相關,這項關聯不等同於證明其為患者預後的唯一原因。

個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

4 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 4 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能SH3BGRL 可能作為適配蛋白,協助連結蛋白質彼此,或連結蛋白質與 mRNA;也可能作為泛素連接酶與底物之間的適配蛋白。此外,它與正在進行翻譯的細胞質核糖體相關,並可能促進特定 mRNA 的表現。含實驗來源
證據與來源

Appears to function as an adapter protein that bridges proteins together or proteins with mRNAs. May function as a ubiquitin ligase-substrate adapter. Additionally, associates with translating cytoplasmic ribosomes and may promote the expression of specific mRNAs

PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用SH3BGRL 被描述為單體,並與 PFN1(Profilin-1)、ERBB2、ATG12、BECN1 及翻譯中的核糖體互作。資料列出這些互作對象,但未說明它們共同構成同一複合體。含實驗來源
證據與來源

Monomer. Interacts with PFN1/Profilin-1. Interacts with ERBB2. Interacts with ATG12. Interacts with BECN1. Interacts with translating ribosomes

PMID 16511048 ↗ · PMID 32381043 ↗ · PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗

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細胞定位SH3BGRL 位於細胞質、胞質液及細胞膜。含實驗來源
證據與來源

Cytoplasm, cytosol; Cell membrane

PMID 34870550 ↗ · PMID 34331014 ↗ · PMID 32381043 ↗

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疾病關聯在乳癌相關描述中,SH3BGRL 促進 STUB1 與 PFN1 互作及 PFN1 的蛋白酶體降解,並活化 PI3K/AKT、NF-kB、WNT 路徑;它可能透過穩定 ATG12 促進自噬,也提升 STUB1 與 PIK3C3 的 mRNA 翻譯。SH3BGRL 促進 ERBB2 在 Tyr-877、Tyr-1196 的活化與磷酸化,並延長 ERBB2 在細胞膜的定位。乳癌患者的 SH3BGRL 過度表現與較頻繁復發及較差預後相關。含實驗來源
證據與來源

Promotes breast cancer progression by enhancing the interaction between E3 ligase STUB1 and PFN1, thereby promoting proteasomal degradation of PFN1 and subsequent activation of downstream signaling pathways including PI3K/AKT, NF-kB and WNT. Promotes autophagy presumably by stabilizing the ubuiquitin-like protein ATG12. Enhances mRNA translation of E3 ligase STUB1 and the autophagy-related protein PIK3C3. Promotes activation and phosphorylation of ERBB2 at 'Tyr-877' and 'Tyr-1196', and prolongs localization of ERBB2 to the cell membrane. Breast cancer patients with SH3BGRL overexpression usually experience frequent relapse and poor prognosis

PMID 32381043 ↗ · PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗

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情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 4 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000373212 · 1,764 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1GCCAACCGCTGTTTCAGCCCCTAGCTGGATTCCAGCCATT40
41GCTGCAGCTGCTCCACAGCCCTTTTCAGGACCCAAACAAC80
81CGCAGCCGCTGTTCCCAGGATGGTGATCCGTGTATATATT120
121GCATCTTCCTCTGGCTCTACAGCGATTAAGAAGAAACAAC160
161AAGATGTGCTTGGTTTCCTAGAAGCCAACAAAATAGGATT200
201TGAAGAAAAAGATATTGCAGCCAATGAAGAGAATCGGAAG240
241TGGATGAGAGAAAATGTACCTGAAAATAGTCGACCAGCCA280
281CAGGTTACCCCCTGCCACCTCAGATTTTCAATGAAAGCCA320
321GTATCGCGGGGACTATGATGCCTTCTTTGAAGCCAGAGAA360
361AATAATGCAGTGTATGCCTTCTTAGGCTTGACAGCCCCAC400
401CTGGTTCAAAGGAAGCAGAAGTGCAAGCAAAGCAGCAAGC440
441ATGAACCTTAAGCACTGTGCTTTAAGCATCCTGAAAAATG480
481AGTCTCCATTGCTTTTATAAAATAGCAGAATTAGCTTTGC520
521TTCAAAAGAAATAGGCTTAATGTTGAAATAATAGATTAGT560
561TGGGTTTTCACATGCAAACATTCAAAATGAATACAAAATT600
601AAAATTTGAACATTATGGTGATTATGGTGAGGAGAATGGG640
641ATATTAACATAAAATTATATTAATAAGTAGATATCGTAGA680
681AATAGTGTTGTTACCTGCCAAGCCATCCTGTATACACCAA720
721TGATTTTACAAAGAAAACACCCTTCCCTCCTTCTGCCATT760
761ACTATGGCAACTTAAGTGTATCTGCAGCTCTACATTAAAA800
801AGGAGAAAGAGAAATAACCTGTCTCTCATTCCTAAGTTGC840
841CTCATTAATTTTCATGAACAAGAATATGTACCTTTTTGAT880
881GCTATATTACTGCGATTAAAAAGTTCTTGCAGGTAATGTT920
921TATGATATGTTAAACGTTGTAATTTCCTATCGTAATTATA960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。