基因總覽
SH3BGRL(SH3 domain binding glutamate rich protein like)是由蛋白質編碼基因產生的 114 個胺基酸蛋白質,屬於 SH3BGR 家族。其序列包含與分子互作相關的區域及 SH3-binding 基序;其中不同區段分別與 HER2、PFN1 和 ATG12 的互作有關。現有資料將其描述為可能參與蛋白質彼此連結,或連結蛋白質與 mRNA 的適配蛋白,也指出它與翻譯中的細胞質核糖體相關。這些特性構成理解其分子角色的基本背景;其可能涉及的具體作用方式與生物學過程見下文。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373212 ★ | 81,202,102–81,298,547 | 4 |
| ENST00000877843 | 81,201,852–81,298,544 | 3 |
| ENST00000877844 | 81,201,852–81,298,547 | 3 |
| ENST00000963204 | 81,201,852–81,298,546 | 4 |
| ENST00000963205 | 81,201,852–81,298,539 | 5 |
| ENST00001101148 | 81,201,852–81,298,547 | 4 |
| ENST00001105503 | 81,201,852–81,281,741 | 3 |
| ENST00001122709 | 81,201,852–81,298,872 | 4 |
| ENST00001132356 | 81,201,852–81,298,547 | 4 |
顯示 9/9 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SH3BGRL 可能作為適配蛋白,協助連結不同蛋白質,或促成蛋白質與 mRNA 的連結。這表示它可能參與分子組裝或協調,但現有資料並未指出所有互作的具體順序,也未將此角色描述為已完全確立的單一機制。
SH3BGRL 也可能作為 ubiquitin ligase-substrate adapter,協助泛素連接酶與其底物建立關聯。來源將此功能表述為可能性,因此不宜視為已證實適用於所有底物或細胞情境的作用。這種適配角色與其連結分子的特性相符,但資料沒有提供更廣泛的底物範圍或完整反應細節。
此外,SH3BGRL 與翻譯中的細胞質核糖體相關,並可能促進特定 mRNA 的表現。來源未進一步限定哪些 mRNA 受影響,也未說明此作用是否直接改變翻譯效率,或透過其他環節影響表現;因此,較妥當的理解是它可能參與特定 mRNA 表現的調節,而不將其概括為普遍促進蛋白質合成。
這些描述共同指出,SH3BGRL 可能連結蛋白質互作、泛素連接酶與底物的關聯,以及核糖體相關的 mRNA 表現調節。其功能涵蓋分子連結與基因表現調控的可能性,但現有資料對部分作用仍採推測語氣,未提供足以確定其作用範圍或完整機制的資訊。
Promoter 與基因調控
>SH3BGRL ENST00000373212 GRCh38 chrX:81201102-81202202 strand=1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CTGAGCCTAGGCAAAGACAGTAAACCACTAGACTGGAGACAGTGGAAAAACAGCAAAGGAAAAGAAGTAG GACAAGCGACTGACTCCTCTCCACTCTCATTCATCTTGCAAATTCCTTTTTTTCTGTTCATTTAACATAA TCTGGGAACCTAAAACTACACTTTGAAGTATATGGTCTGTCTCTGGACATTATTAACTGTTTGCTCATTT CCTTAGAGCTACAAATAACCATCTGATCTCTCTCTTCACCATTTCAACATCTGCAATATGTTCTCCCAAA TCCCTTACTTCAGTCAGTTAAAAAGCAAAACAAAACAAAAATCATCCATCTTTTTACACAATATTTTCAA TCTTTTCTTTGTAATTTATTCCTTCATTCTTAAACTTGCCAATCAGGCCTCCTGCAAATTCCCACGGAAG CAGGGTTCCCTAATTTAACAAAACACAAAATTCAAAAAGAAAACCAATCCTGCCATTTCTGGGCTTAAGG AAACCTGAAACTTTCCTTCAAAACTCTGCAGCATTGCTCAGTACTTTAGTGCCTAATTCCTACAACGAGC TAAGATCAGAAAAATCACTACGTAATAGGAATCTTAAAATGCGCAAGGCTTTGAGAACATGGGTTTTCAA CATACAGCTTGCTCTTTCAGGATCTGTCTTCTTATTTGCATATATTTCTGAGCAGGAAGTTATGCGCAGT ACTTTTAGTCTCCGCGTGAAAAGGTCCTTCATGCTAATCTAATTCAATTCAGTTCTCCTTTTTCTTTCTT CTTCTCCTCGCCCTCTTCTCAGGGAAGGAATCGTCAAAAATCAATGTTTCAACAGATCTCGCGGTGCTAT TCGAGATTCCCTATTAAAAAAAAATAGAATTGATGCAAACAGCCTGTTCCTTCCGGGGTTTTGGGCTGGA ACTGCAGCGCTTAGAGAGCTCGGTGGAAGCTGCTAAAGGCGGAGGCGGGGCTCTGGCGAGTTCTCCTTCC ACCTTCCCCCACCCTTCTCTGCCAACCGCTGTTTCAGCCCCTAGCTGGATTCCAGCCATTGCTGCAGCTG CTCCACAGCCCTTTTCAGGACCCAAACAACCGCAGCCGCTGTTCCCAGGAT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 3 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SH3BGRL_2 ↗ | X:81,196,882 | 正股 | 81,196,833–81,196,892 |
| SH3BGRL_4 ↗ | X:81,201,869 | 正股 | 81,201,820–81,201,879 |
| SH3BGRL_1 ↗ | X:81,202,102 | 正股 | 81,202,053–81,202,112 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSRX_93787T · enhancer · 81201497–81201902 · regulatory
ENSRX_84DGFW · promoter · 81201903–81202112 · regulatory
ENSRX_CB3K3 · enhancer · 81202113–81203273 · regulatory
· motif · 81201762–81201775 · motif
· motif · 81201781–81201792 · motif
· motif · 81201783–81201792 · motif
· motif · 81201851–81201864 · motif
· motif · 81201989–81201998 · motif
· motif · 81201989–81202000 · motif
· motif · 81202045–81202055 · motif
· motif · 81202178–81202186 · motif
· motif · 81202831–81202844 · motif
· motif · 81205142–81205151 · motif
· motif · 81205142–81205151 · motif
· motif · 81206860–81206871 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:114 aa
SH3BGRL 蛋白質長 114 個胺基酸,屬於 SH3BGR family。第 13–50 位胺基酸區域為與 HER2 互作所需;第 54–71 位區域則與 PFN1、HER2 及 ATG12 的互作相關。第 61–67 位另有 SH3-binding motif。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SH3BGRL 位於細胞質(包括胞質液)及細胞膜。 來源未提供其定位隨條件改變或不同異構型之間存在差異的資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
SH3BGRL 被描述為單體,並與 PFN1、ERBB2、ATG12、BECN1 及翻譯中的核糖體互作。資料列出的是互作關係,未指出上述分子與 SH3BGRL 共同構成同一複合體;其作為適配蛋白的可能功能關係另有描述。
疾病與遺傳關聯
來源描述 SH3BGRL 在乳癌相關研究中的作用:它可促進 E3 ligase STUB1 與 PFN1 的互作,進而增加 PFN1 的蛋白酶體降解,並活化 PI3K/AKT、NF-kB 與 WNT 等下游訊息路徑。另有資料指出,它可能藉由穩定 ATG12 促進自噬,並提升 STUB1 與自噬相關蛋白 PIK3C3 的 mRNA 翻譯;也可促進 ERBB2 在 Tyr-877 與 Tyr-1196 的活化及磷酸化,並延長 ERBB2 位於細胞膜的時間。乳癌患者中 SH3BGRL 過度表現與較常復發及較差預後相關,這項關聯不等同於證明其為患者預後的唯一原因。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 4 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SH3BGRL 可能作為適配蛋白,協助連結蛋白質彼此,或連結蛋白質與 mRNA;也可能作為泛素連接酶與底物之間的適配蛋白。此外,它與正在進行翻譯的細胞質核糖體相關,並可能促進特定 mRNA 的表現。 | 含實驗來源 | 證據與來源Appears to function as an adapter protein that bridges proteins together or proteins with mRNAs. May function as a ubiquitin ligase-substrate adapter. Additionally, associates with translating cytoplasmic ribosomes and may promote the expression of specific mRNAs PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗ |
| 交互作用 | SH3BGRL 被描述為單體,並與 PFN1(Profilin-1)、ERBB2、ATG12、BECN1 及翻譯中的核糖體互作。資料列出這些互作對象,但未說明它們共同構成同一複合體。 | 含實驗來源 | 證據與來源Monomer. Interacts with PFN1/Profilin-1. Interacts with ERBB2. Interacts with ATG12. Interacts with BECN1. Interacts with translating ribosomes PMID 16511048 ↗ · PMID 32381043 ↗ · PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗ |
| 細胞定位 | SH3BGRL 位於細胞質、胞質液及細胞膜。 | 含實驗來源 | |
| 疾病關聯 | 在乳癌相關描述中,SH3BGRL 促進 STUB1 與 PFN1 互作及 PFN1 的蛋白酶體降解,並活化 PI3K/AKT、NF-kB、WNT 路徑;它可能透過穩定 ATG12 促進自噬,也提升 STUB1 與 PIK3C3 的 mRNA 翻譯。SH3BGRL 促進 ERBB2 在 Tyr-877、Tyr-1196 的活化與磷酸化,並延長 ERBB2 在細胞膜的定位。乳癌患者的 SH3BGRL 過度表現與較頻繁復發及較差預後相關。 | 含實驗來源 | 證據與來源Promotes breast cancer progression by enhancing the interaction between E3 ligase STUB1 and PFN1, thereby promoting proteasomal degradation of PFN1 and subsequent activation of downstream signaling pathways including PI3K/AKT, NF-kB and WNT. Promotes autophagy presumably by stabilizing the ubuiquitin-like protein ATG12. Enhances mRNA translation of E3 ligase STUB1 and the autophagy-related protein PIK3C3. Promotes activation and phosphorylation of ERBB2 at 'Tyr-877' and 'Tyr-1196', and prolongs localization of ERBB2 to the cell membrane. Breast cancer patients with SH3BGRL overexpression usually experience frequent relapse and poor prognosis PMID 32381043 ↗ · PMID 34331014 ↗ · PMID 34870550 ↗ |
核酸與蛋白質序列
GCCAACCGCTGTTTCAGCCCCTAGCTGGATTCCAGCCATT40GCTGCAGCTGCTCCACAGCCCTTTTCAGGACCCAAACAAC80CGCAGCCGCTGTTCCCAGGATGGTGATCCGTGTATATATT120GCATCTTCCTCTGGCTCTACAGCGATTAAGAAGAAACAAC160AAGATGTGCTTGGTTTCCTAGAAGCCAACAAAATAGGATT200TGAAGAAAAAGATATTGCAGCCAATGAAGAGAATCGGAAG240TGGATGAGAGAAAATGTACCTGAAAATAGTCGACCAGCCA280CAGGTTACCCCCTGCCACCTCAGATTTTCAATGAAAGCCA320GTATCGCGGGGACTATGATGCCTTCTTTGAAGCCAGAGAA360AATAATGCAGTGTATGCCTTCTTAGGCTTGACAGCCCCAC400CTGGTTCAAAGGAAGCAGAAGTGCAAGCAAAGCAGCAAGC440ATGAACCTTAAGCACTGTGCTTTAAGCATCCTGAAAAATG480AGTCTCCATTGCTTTTATAAAATAGCAGAATTAGCTTTGC520TTCAAAAGAAATAGGCTTAATGTTGAAATAATAGATTAGT560TGGGTTTTCACATGCAAACATTCAAAATGAATACAAAATT600AAAATTTGAACATTATGGTGATTATGGTGAGGAGAATGGG640ATATTAACATAAAATTATATTAATAAGTAGATATCGTAGA680AATAGTGTTGTTACCTGCCAAGCCATCCTGTATACACCAA720TGATTTTACAAAGAAAACACCCTTCCCTCCTTCTGCCATT760ACTATGGCAACTTAAGTGTATCTGCAGCTCTACATTAAAA800AGGAGAAAGAGAAATAACCTGTCTCTCATTCCTAAGTTGC840CTCATTAATTTTCATGAACAAGAATATGTACCTTTTTGAT880GCTATATTACTGCGATTAAAAAGTTCTTGCAGGTAATGTT920TATGATATGTTAAACGTTGTAATTTCCTATCGTAATTATA960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。