基因總覽
SGPL1 是蛋白質編碼基因，其產物為 sphingosine-1-phosphate lyase 1，屬於 group II decarboxylase family 的 sphingosine-1-phosphate lyase subfamily。蛋白質全長 568 個胺基酸，具有單次跨膜結構：N 端第 1–40 個胺基酸位於膜腔側，第 41–61 個胺基酸形成跨膜區，第 62–568 個胺基酸位於細胞質側。這些特徵描述其膜相關拓樸；其具體代謝作用與生物學關聯另見功能說明。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC，可能包含歷史名稱；蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000373202 ★ | 70,815,948–70,881,184 | 15 |
| ENST00001032725 | 70,815,899–70,880,108 | 15 |
| ENST00000993796 | 70,815,905–70,881,173 | 15 |
| ENST00001061090 | 70,815,905–70,881,173 | 11 |
| ENST00001119585 | 70,815,905–70,821,199 | 4 |
| ENST00001137939 | 70,815,905–70,881,184 | 15 |
| ENST00000697928 | 70,815,927–70,877,819 | 15 |
| ENST00000697926 | 70,815,928–70,877,819 | 16 |
| ENST00000697927 | 70,815,943–70,877,819 | 14 |
| ENST00000697988 | 70,815,960–70,895,816 | 9 |
| ENST00000697990 | 70,815,989–70,958,721 | 8 |
| ENST00000697929 | 70,816,010–70,851,186 | 4 |
顯示 12/18 個蛋白質編碼轉錄本；canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製；核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置，細小區間加粗以利辨識；實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SGPL1 的產物可裂解磷酸化鞘氨醇鹼（PSBs），包括 sphingosine-1-phosphate，生成脂肪醛與 phosphoethanolamine。來源列出的反應包括 sphinganine 1-phosphate 轉為 hexadecanal 與 phosphoethanolamine，以及 sphing-4-enine 1-phosphate 轉為 (2E)-hexadecenal 與 phosphoethanolamine。這使其參與鞘脂代謝與脂質代謝。
SGPL1 也與脂質恆定相關：在肝臟中，該基因產物對整體脂質恆定為必要；在纖維母細胞中，則與膽固醇恆定有關。來源亦指出，它會提高壓力誘導的 ceramide 生成與細胞凋亡，並參與促發炎反應及嗜中性球移動的調節。
神經元相關作用的證據帶有 By similarity 限定。SGPL1 可能透過產生 phosphoethanolamine 調節神經元自噬；該產物與調控容易聚集的蛋白質（例如 APP）累積有關。來源另指出，SGPL1 似乎可能參與神經元接觸位點的建立及軸突維持。這些神經元作用屬相似性推論，不應視為已在此來源中確立的直接證據。
Promoter 與基因調控
>SGPL1 ENST00000373202 GRCh38 chr10:70814948-70816048 strand=1 5′→3′ 相對 TSS：-1000 到 +100 bp；1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列；TSS = 0，兩端包含，未驗證為 promoter GCACTACATGTGGATAATGACGGTAGTGATGATGCCCTAATTTTAGTGTCATGGCAACATTTTCCAAGGG GATGGAATTGGGTACCCTCATTAGTGTCATTTTTGTTTGAGAGATTTCAAGAGTCTATCTAGGTGTCATT TTAAAATCTATTGAAAAAAAATCTTGAATGCAGGTCACTGACCAGTTGGTTCCATGTAACTGCACTGCCT TCTGCTACCACTAAAGCAATGTTATGACAACCTGGACAAGTCATGGGAAACCTATGTGAGACTTAGTTTT TTCTTTTTCTTTTTGGAGTTGGGGGTCTCACTATGTTGCTCAGGCTGATCTAGAGCTCCTGGGCTCAGAC AACCCTCCCGCCTCAGCATCCCCAAGTGCCGGGATTACCGATGTAAGCCACTACACCCAGCTGAGACTTA GTTTTTTCATCTGGAAATGAAGGCGACCTTTGTGATCCCAGTGGGCCCTTGCACTTGTGTATAAGGTGAT TCCCAGCACTGCTCATGAAAGTAGTGATGGCAGAGTAGCCTCTGCTCTCCATTTTATTTTTGGGGTGGGG GGGGGCAGTGGTGGAGGGGAGGATGAGGATGATATTTCCATTAAATAAGTTTCCTTGTTGCTTTTCTTCA GGCACCACTGACCTCGATGGAAAAATGAAGTCCCTGGCCCAGGAAAGAGACCCAACTCTGTGGCTGTTTT GGATTAGTTTGTACAATGCCCTGCAGACCTACTCTCTCAGGAGGCTCCAAGTGACCAAATGTGACAAGAA AGTTTTTTGTCCAAGGCAGTTTGGAAGAGAAGTTGGTGACCGTCGGGATACCACAGCCGCCCCAGGACGG CCTGGTTGAGACATTCACTGGAGGGTCTGGGTGCAGCCCGCTGCCTGGCCGGTAGGCGGCGCGCACAGGC CGTGGGGCCCGGGTCTGGGCGTGCGCGCGGCTGGTAGCAGCGGGGCCGCGCACGCCAGGGTCCGGGAGCC GGGCCGGTGCCCCCGGAGCCATTTCCGGGAGGGGCGAGGCCGGCGGCTGCCGGGCCTCCAATCTCGGCGG CGGCGGCGGCAACAGGGGAGCCTGGGTCTCGCGGCCTGCGAGTCCGTCGCG
EPDnew 實驗支持 promoter／TSS · 2 筆
| EPDnew ID | TSS（1-based） | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SGPL1_1 ↗ | 10:70,815,948 | 正股 | 70,815,899–70,815,958 |
| SGPL1_2 ↗ | 10:70,816,216 | 正股 | 70,816,167–70,816,226 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38，GRCh38/hg38，透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE／RAMPAGE 等實驗資料支持；任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能，不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控／motif 註解
ENSR10_BJ3GC · promoter · 70815437–70816394 · regulatory
ENSR10_5LMPM5 · CTCF_binding_site · 70815832–70815853 · regulatory
ENSR10_BJ3GG · enhancer · 70816395–70817034 · regulatory
· motif · 70815834–70815850 · motif
· motif · 70815947–70815956 · motif
· motif · 70815947–70815958 · motif
· motif · 70815991–70816004 · motif
· motif · 70816089–70816109 · motif
· motif · 70816249–70816262 · motif
· motif · 70816255–70816268 · motif
· motif · 70816272–70816285 · motif
· motif · 70816449–70816462 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度：568 aa
sphingosine-1-phosphate lyase 1 長 568 個胺基酸，屬於 group II decarboxylase family 的 sphingosine-1-phosphate lyase subfamily。其第 41–61 個胺基酸為單次跨膜螺旋，並作為 type III 膜蛋白的 signal-anchor；第 1–40 個胺基酸位於膜腔側，第 62–568 個胺基酸位於細胞質側。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SGPL1 位於內質網膜，是單次跨膜 type III 膜蛋白；其細胞質側區域朝向細胞質。 來源未提供定位隨條件改變或異構型差異的資訊。
深綠色圓點：來源記載的蛋白質定位；數量不表示含量。
動物細胞結構示意；器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化；點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度，圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 34 個夥伴
- AQP3Q92482 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- AQP9O43315 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BCL2L2Q92843 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- BRICD5Q6PL45-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CCL4L2Q8NHW4 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- CLDN19Q8N6F1-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- EFNA5P52803 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- ERG28Q9UKR5 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FA2HQ7L5A8 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FAM177A1Q8N128-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- FXYD3Q14802-3 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- HMOX2P30519 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- IFITM3Q01628 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MARCHF5Q9NX47 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MFSD6Q6ZSS7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MIPP30301 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- MMD2Q8IY49-2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PAQR5Q9NXK6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLP2Q04941 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- PLPP4Q5VZY2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RNASE10Q5GAN6 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- RTP2Q5QGT7 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SCAMP5Q8TAC9 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SLC30A3Q99726 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- STATHP02808 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
SGPL1 以同源二聚體形式存在。來源未提供其他實體結合夥伴或複合體資訊。
疾病與遺傳關聯
SGPL1 的變異會造成 RENI syndrome，屬常染色體隱性、類固醇抗性腎病症候群，通常在嬰兒期或幼兒期發病，並可於數年內進展至末期腎衰竭。其他臨床特徵包括魚鱗癬、腎上腺功能不全、免疫缺陷及神經學缺陷；少數患者僅有原發性腎上腺功能不全，也有患者在子宮內出現胎兒水腫並胎死。此病症的呈現可有差異。
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列，以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄，方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣；一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 7 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | SGPL1 可裂解 sphingosine-1-phosphate 等磷酸化鞘氨醇鹼，產生脂肪醛與 phosphoethanolamine；並提高壓力誘導的 ceramide 生成及細胞凋亡。它對肝臟整體脂質恆定及纖維母細胞膽固醇恆定具有作用，也參與促發炎反應與嗜中性球移動調節。依相似性推論，可能透過 phosphoethanolamine 調節神經元自噬及 APP 等易聚集蛋白質的累積，並可能參與神經元接觸位點建立與軸突維持。 | 含實驗來源 | 證據與來源Cleaves phosphorylated sphingoid bases (PSBs), such as sphingosine-1-phosphate, into fatty aldehydes and phosphoethanolamine. Elevates stress-induced ceramide production and apoptosis. Required for global lipid homeostasis in liver and cholesterol homeostasis in fibroblasts. Involved in the regulation of pro-inflammatory response and neutrophil trafficking. Modulates neuronal autophagy via phosphoethanolamine production which regulates accumulation of aggregate-prone proteins such as APP (By similarity). Seems to play a role in establishing neuronal contact sites and axonal maintenance (By similarity) PMID 11018465 ↗ · PMID 14570870 ↗ · PMID 24809814 ↗ · PMID 28165339 ↗ |
| 分子活性 | sphinganine 1-phosphate = hexadecanal + phosphoethanolamine | 含實驗來源 | 證據與來源sphinganine 1-phosphate = hexadecanal + phosphoethanolamine PMID 11018465 ↗ · PMID 22784711 ↗ · PMID 24809814 ↗ · PMID 28165339 ↗ |
| 分子活性 | sphing-4-enine 1-phosphate = (2E)-hexadecenal + phosphoethanolamine | 含實驗來源 | |
| 分子活性 | SGPL1 產物參與脂質代謝，且其代謝分類包括鞘脂代謝。 | 資料庫紀錄 | |
| 交互作用 | Homodimer | 含實驗來源 | |
| 細胞定位 | SGPL1 位於內質網膜，是單次跨膜 type III 膜蛋白，其細胞質側朝向細胞質。 | 含實驗來源 | 證據與來源Endoplasmic reticulum membrane / Single-pass type III membrane protein / Cytoplasmic side PMID 14570870 ↗ |
| 疾病關聯 | SGPL1 變異會造成 RENI syndrome，這是一種常染色體隱性、類固醇抗性腎病症候群，通常在嬰兒期或幼兒期發病，數年內可進展為末期腎衰竭。其他表現包括魚鱗癬、腎上腺功能不全、免疫缺陷及神經學缺陷；少數患者僅有原發性腎上腺功能不全，亦有患者在胎兒期出現水腫並胎死。 | 含實驗來源 | 證據與來源RENI syndrome RENI An autosomal recessive, steroid-resistant nephrotic syndrome that manifests in infancy or early childhood, and progresses to end-stage renal failure within a few years. Additional clinical features include ichthyosis, adrenal insufficiency, immunodeficiency, and neurological defects. In rare cases, patients present with isolated primary adrenal insufficiency. Some patients present in utero with fetal hydrops and fetal demise. The disease is caused by variants affecting the gene represented in this entry MIM: 617575 PMID 28165339 ↗ · PMID 28165343 ↗ · PMID 28181337 ↗ · PMID 30090628 ↗ |
核酸與蛋白質序列
ATTTCCGGGAGGGGCGAGGCCGGCGGCTGCCGGGCCTCCA40ATCTCGGCGGCGGCGGCGGCAACAGGGGAGCCTGGGTCTC80GCGGCCTGCGAGTCCGTCGCGTGCTGAGGGAGACGCAGGA120GGTGGAGCCGGCCGGGTGCTCGAGGGAAGGAGACTGGAAG160CTGGTTCCGGCGTGAGGAGAGTCTGAAAAAGGGGAGCGCG200GAGAGGAGGCTGGAAGAGGAAGATGCCTAGCACAGACCTT240CTGATGTTGAAGGCCTTTGAGCCCTACTTAGAGATTTTGG280AAGTATACTCCACAAAAGCCAAGAATTATGTAAATGGACA320TTGCACCAAGTATGAGCCCTGGCAGCTAATTGCATGGAGT360GTCGTGTGGACCCTGCTGATAGTCTGGGGATATGAGTTTG400TCTTCCAGCCAGAGAGTTTATGGTCAAGGTTTAAAAAGAA440ATGTTTTAAGCTCACCAGGAAGATGCCCATTATTGGTCGT480AAGATTCAAGACAAGTTGAACAAGACCAAGGATGATATTA520GCAAGAACATGTCATTCCTGAAAGTGGACAAAGAGTATGT560GAAAGCTTTACCCTCCCAGGGTCTGAGCTCATCTGCTGTT600TTGGAGAAACTTAAGGAGTACAGCTCTATGGACGCCTTCT640GGCAAGAGGGGAGAGCCTCTGGAACAGTGTACAGTGGGGA680GGAGAAGCTCACTGAGCTCCTTGTGAAGGCTTATGGAGAT720TTTGCATGGAGTAACCCCCTGCATCCAGATATCTTCCCAG760GACTACGCAAGATAGAGGCAGAAATCGTGAGGATAGCTTG800TTCCCTGTTCAATGGGGGACCAGATTCGTGTGGATGTGTG840ACTTCTGGGGGAACAGAAAGCATACTGATGGCCTGCAAAG880CATATCGGGATCTGGCCTTTGAGAAGGGGATCAAAACTCC920AGAAATTGTGGCTCCCCAAAGTGCCCATGCTGCATTTAAC960cDNA 使用 DNA 字母 T；mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區，未另外加入 poly(A) 尾；非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽，可複製或下載完整轉錄本與蛋白質；基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。