演化之聲
THE SOUND OF EVOLUTION
Human Gene AtlasHOMO SAPIENS
HUMAN PROTEIN-CODING GENE

SFTPDSP-D

surfactant protein D

SFTPD 編碼的 surfactant protein D 屬於 SFTPD family,參與肺部防禦,並可能參與肺表面活性物質的細胞外重整或周轉。

Homo sapiens10q22.3UniProt P35247
OFFICIAL SYMBOL
SFTPD
CHROMOSOME
10
UNIPROT
P35247
PDB / ALPHAFOLD
1PW9
01 / GENE OVERVIEW

基因總覽

SFTPD 是蛋白質編碼基因,其產物 surfactant protein D 屬於 SFTPD family。這種蛋白質參與肺部對吸入物的防禦;來源也指出,它可能參與肺表面活性物質的細胞外重整或周轉。其蛋白質序列包含 collagen-like 區域與 C-type lectin 結構域,並具有訊號序列註解。

Official symbol
SFTPD
Gene name
surfactant protein D
Organism
Homo sapiens
Gene type
Protein coding
HGNC ID
HGNC:10803
UniProt
P35247
02 / NOMENCLATURE

基因異名與舊稱

Alternative gene names & synonyms
SP-DCOLEC7SFTP4

異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。

03 / GENOMIC CONTEXT

染色體位置與基因結構

Chromosome 1010q22.3
chr10 · 133,797,422 bp · GRCh38chr10p15.3 · 1–3000000 · gnegchr10p15.2 · 3000001–3800000 · gpos25chr10p15.1 · 3800001–6600000 · gnegchr10p14 · 6600001–12200000 · gpos75chr10p13 · 12200001–17300000 · gnegchr10p12.33 · 17300001–18300000 · gpos75chr10p12.32 · 18300001–18400000 · gnegchr10p12.31 · 18400001–22300000 · gpos75chr10p12.2 · 22300001–24300000 · gnegchr10p12.1 · 24300001–29300000 · gpos50chr10p11.23 · 29300001–31100000 · gnegchr10p11.22 · 31100001–34200000 · gpos25chr10p11.21 · 34200001–38000000 · gnegchr10p11.1 · 38000001–39800000 · acenchr10q11.1 · 39800001–41600000 · acenchr10q11.21 · 41600001–45500000 · gnegchr10q11.22 · 45500001–48600000 · gpos25chr10q11.23 · 48600001–51100000 · gnegchr10q21.1 · 51100001–59400000 · gpos100chr10q21.2 · 59400001–62800000 · gnegchr10q21.3 · 62800001–68800000 · gpos100chr10q22.1 · 68800001–73100000 · gnegchr10q22.2 · 73100001–75900000 · gpos50chr10q22.3 · 75900001–80300000 · gnegchr10q23.1 · 80300001–86100000 · gpos100chr10q23.2 · 86100001–87700000 · gnegchr10q23.31 · 87700001–91100000 · gpos75chr10q23.32 · 91100001–92300000 · gnegchr10q23.33 · 92300001–95300000 · gpos50chr10q24.1 · 95300001–97500000 · gnegchr10q24.2 · 97500001–100100000 · gpos50chr10q24.31 · 100100001–101200000 · gnegchr10q24.32 · 101200001–103100000 · gpos25chr10q24.33 · 103100001–104000000 · gnegchr10q25.1 · 104000001–110100000 · gpos100chr10q25.2 · 110100001–113100000 · gnegchr10q25.3 · 113100001–117300000 · gpos75chr10q26.11 · 117300001–119900000 · gnegchr10q26.12 · 119900001–121400000 · gpos50chr10q26.13 · 121400001–125700000 · gnegchr10q26.2 · 125700001–128800000 · gpos50chr10q26.3 · 128800001–133797422 · gnegSFTPDpq1 bp133,797,422 bp
GRCh38 / 1-based inclusiveDirection: reverse strand (−)
Genomic coordinates
chr10:79,936,423–79,983,996
Gene span
47,574 bp
Strand
Reverse (−)
Gene assembly
GRCh38
查看實際轉錄本與 exon 註解
TranscriptGenomic coordinatesExons
ENST00000372292 ★79,937,740–79,949,1058
ENST0000086518179,937,128–79,983,1488
ENST0000086518279,937,128–79,982,5988
ENST0000086518379,937,128–79,982,4408
ENST0000086518479,937,128–79,983,1489
ENST0000086518579,937,128–79,983,1488
ENST0000086518679,937,128–79,983,1487
ENST0000086518779,937,128–79,982,4407
ENST0000086518879,937,128–79,982,2158
ENST0000086518979,937,128–79,982,0718
ENST0000086519079,937,128–79,980,3998
ENST0000086519179,937,128–79,949,1678

顯示 12/33 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。

帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。

04 / BIOLOGICAL FUNCTION

分子功能與生物學過程

surfactant protein D 參與肺部對吸入的微生物、有機抗原與毒素的防禦。它可與多種化合物互作,包括細菌脂多醣、寡糖及脂肪酸,並調節白血球在免疫反應中的作用。來源並未進一步限定這些互作的條件或調節方式。

在醣類結合方面,surfactant protein D 對麥芽糖殘基具有強結合能力,對其他 α-葡萄糖基則結合較弱。它也可能參與肺表面活性物質在細胞外的重整或周轉;此項功能以「可能參與」描述,並非確定的作用陳述。

05 / GENE REGULATION

Promoter 與基因調控

到

以 TSS = 0 為基準:負數為上游、正數為下游,包含起點與終點。每次最多取得 100,000 bp。

TSS: 79949105 · 負股
依所選 TSS 來源,取得指定上、下游範圍的基因組序列。
擷取區間依所選 TSS 計算;調控註解與實驗支持的 TSS 可在下方查閱。
>SFTPD ENST00000372292 GRCh38 chr10:79949005-79950105 strand=-1 5′→3′
相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp
依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter
TTCGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGACCAGGAGTTTGAGACCAGCGTGGGCAACAGAGTGAGA
CCCCATCTCTGTAAAAAATTAAAAAGAGAAATTAGCCAGGTGTGATCATGCTCACCTGTAAAGAGGCTGA
GGCAGGACAATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTATAAATGCATTATGGCACTCTAGC
CTGGGTGACAGAGTGAGACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAATACATACAGACTAAAAGATTGGATAAAAGTA
GCATCAGCTCAGGGGTCCTAACTAGTTACAAGAACAGTGCACAAGACAAACACCAGCTAAGATGGCAGGG
AGAACAAGCCTGAACAAGGCAAGGCAGAGGTCTGCTAAGGGAAATCCATCCCACAAAAGACAAGCAAGGC
AGGGGCTCTCTGAGGCCTAGAGCAGCATGCAAAAGAGCAACTCTTTCCAGGTGGCAGCTCCCTAGCTGCT
GCCCCCACATGCTGCTGCCTCTGCAGCCACTCTACCTGCCCCACCCCTGCCCAGGTATTCCAAGCAGCTC
TCAGCTCTTTCCCAATATCTGGGCAGTGCTGTTGAGACAAAGGAAGAGGAGAAGTGGACACAGCAGGTCT
TGGCTCTTAAGATCTGCAGTTGTGAGTTCCTTTTGCAATCGCTGTAGGTCATTGTGCAACCTGCTGGTCT
CTGGACTCCTGATTTCTAGACATCTATAAAATACAGACACTGATGATGCCACTTAATTCACAGAGCTGCA
GTGAGAAAGGTGCAGATGAGTTCAAGGCCTGATAGTGTTCTGCAAACTATAGTGATGGATGTGCATAGTA
TTGTGAATATCAGTGGCAGGTTTCCAGAACGCAGGTGGGGATAAGAGTGAGTGAGTCAATAAAGAAGAAA
ATTGCCCCACTTCTTGAAGGGAGTTTTTGGGGCTGGGCAGCTCAGGGTACAGGGCAGGCATAAATAGTGA
GTGCCTGCCAAGCAAAGGCTAGTTTGCTTGGAGCTCCTGGGGCCTAACAAAAAGAAACCTGTAAGTGTCT
CTGTTCTTGCCTTCTTTTTATTTTCTCCACATCCTATAAATATCCCTCTGC
SFTPD 位於負股。上下游依轉錄方向計算,序列一律以該方向的 5′→3′ 顯示;負股會取得反向互補序列。
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
EPDnew IDTSS(1-based)股向來源顯示區間
SFTPD_1 ↗10:79,949,105負股79,949,095–79,949,154

EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。

EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0

查看已取得的調控/motif 註解

ENSR10_936PRH · promoter · 79949095–79949595 · regulatory

· motif · 79949416–79949425 · motif

· motif · 79949416–79949425 · motif

· motif · 79951655–79951664 · motif

· motif · 79951655–79951664 · motif

目前未取得此類註解。
序列擷取依所選 TSS 與相對範圍計算;該區間的調控功能需參照相應的實驗證據。
06 / PROTEIN ANATOMY

蛋白質結構域與序列

參考蛋白質長度:375 aa

1 aa375 aa結構域功能區域訊號胜肽
依 P35247 的 UniProt 殘基座標與蛋白質長度繪製;結構域、DNA 結合區、功能區域與基序分列,重疊註解分行顯示。區域色彩區分類型,並非活性或信心分數。

surfactant protein D 長 375 個胺基酸,屬於 SFTPD family。序列第 1–20 位標註為訊號序列;第 46–222 位為 collagen-like 結構域,第 260–375 位為 C-type lectin 結構域。第 45–221 位另有無序區域註解。

訊號胜肽1–20 aa
結構域Collagen-like46–222 aa
結構域C-type lectin260–375 aa
功能區域Disordered45–221 aa
07 / STRUCTURAL BIOLOGY

蛋白質三維結構

自動載入 · 可拖曳旋轉與縮放
正在載入 PDB · 1PW9…

PDB · 1PW9

X-ray · 1.60 A · A/B/C=199-375

查看原始結構紀錄 ↗

實驗模型;依序列位置著色,可能只覆蓋局部區域。

08 / SUBCELLULAR LOCALIZATION

細胞內定位

動物細胞結構與蛋白質定位細胞膜包圍細胞質;細胞核內有核仁,粗面內質網鄰接核膜,粒線體含內膜摺疊,高基氏體由堆疊扁平囊組成。深綠色圓點依來源註解標記定位,器官大小與數量為示意。細胞外定位以細胞周圍、與細胞膜保持距離的圓點表示。圓點數量不表示含量;未繪示構造列於圖旁文字。 細胞質 細胞膜 粗面內質網與核糖體 細胞核與核膜 核仁 粒線體:外膜與含摺疊的內膜 高基氏體與運輸囊泡 胞內體、溶體與其他囊泡(示意)
定位:Secreted, extracellular space, extracellular matrix;Secreted, extracellular space, surface film

surfactant protein D 標註為分泌蛋白,位於細胞外空間,並見於細胞外基質及表面膜。 來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。

深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。

細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。

動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。

09 / PROTEIN NETWORK

交互作用與訊號網絡

圖中 3 個夥伴 · 最多顯示 50 個
SP-DSFTPDACE2UPK1AS
來源支持的結構/直接結合關係其他來源關係紀錄

拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。

更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
第 1 頁

查看 UniProt 完整互作來源 ↗

surfactant protein D 可形成寡聚複合體;來源將其描述為由 4 組同源三聚體構成,未提供其他特定結合夥伴或更詳細的組裝資訊。

10 / HUMAN HEALTH

疾病與遺傳關聯

目前未取得此類註解。
個別變異的臨床意義取決於其證據;基因層級的疾病關聯不能套用至所有變異。
11 / CONTEXTUAL FUNCTIONAL EVIDENCE MATRIX

Contextual Functional Evidence Matrix

功能證據與細胞情境矩陣

矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。

3 筆功能證據/註解
目前尚無同時具備實驗情境與干預/量測資訊的證據列。可查核的功能敘述列於「功能註解總覽」,空白實驗欄位不以推測補齊。
功能註解總覽 · 3 筆
功能面向功能敘述證據類型可查核來源
功能surfactant protein D 參與肺部抵禦吸入的微生物、有機抗原與毒素;它與細菌脂多醣、寡糖及脂肪酸等化合物互作,並調節白血球在免疫反應中的作用。此外,它可能參與肺表面活性物質在細胞外的重整或周轉,且對麥芽糖殘基結合強於其他 α-葡萄糖基。含實驗來源
證據與來源

Contributes to the lung's defense against inhaled microorganisms, organic antigens and toxins. Interacts with compounds such as bacterial lipopolysaccharides, oligosaccharides and fatty acids and modulates leukocyte action in immune response. May participate in the extracellular reorganization or turnover of pulmonary surfactant. Binds strongly maltose residues and to a lesser extent other alpha-glucosyl moieties

PMID 23478426 ↗

開啟資料庫紀錄 ↗

交互作用surfactant protein D 形成寡聚複合體,該複合體由 4 組同源三聚體構成。資料庫紀錄
證據與來源

Oligomeric complex of 4 set of homotrimers

開啟資料庫紀錄 ↗

細胞定位surfactant protein D 為分泌蛋白,定位於細胞外空間,並標註於細胞外基質及表面膜。資料庫紀錄
證據與來源

Secreted, extracellular space, extracellular matrix; Secreted, extracellular space, surface film

開啟資料庫紀錄 ↗

情境矩陣 0 筆 · 一般功能註解 3 筆。互作清單與機器格式紀錄不列入本區。
證據分項判讀,不加總為單一可信度分數。「含實驗來源」依資料庫證據標記辨識;未逐篇核對原始方法的紀錄,不宣稱已完成實驗審查。
12 / SEQUENCE EXPLORER

核酸與蛋白質序列

完整轉錄本 · UTR / CDS 著色 · FASTA
ENST00000372292 · 1,283 nt · GRCh38
依 Ensembl exon 註解拼接的 GRCh38 參考序列,保留非編碼區。
1AGTTTGCTTGGAGCTCCTGGGGCCTAACAAAAAGAAACCT40
41GCCATGCTGCTCTTCCTCCTCTCTGCACTGGTCCTGCTCA80
81CACAGCCCCTGGGCTACCTGGAAGCAGAAATGAAGACCTA120
121CTCCCACAGAACAATGCCCAGTGCTTGCACCCTGGTCATG160
161TGTAGCTCAGTGGAGAGTGGCCTGCCTGGTCGCGATGGAC200
201GGGATGGGAGAGAGGGCCCTCGGGGCGAGAAGGGGGACCC240
241AGGTTTGCCAGGAGCTGCAGGGCAAGCAGGGATGCCTGGA280
281CAAGCTGGCCCAGTTGGGCCCAAAGGGGACAATGGCTCTG320
321TTGGAGAACCTGGACCAAAGGGAGACACTGGGCCAAGTGG360
361ACCTCCAGGACCTCCCGGTGTGCCTGGTCCAGCTGGAAGA400
401GAAGGTCCCCTGGGGAAGCAGGGGAACATAGGACCTCAGG440
441GCAAGCCAGGCCCAAAAGGAGAAGCTGGGCCCAAAGGAGA480
481AGTAGGTGCCCCAGGCATGCAGGGCTCGGCAGGGGCAAGA520
521GGCCTCGCAGGCCCTAAGGGAGAGCGAGGTGTCCCTGGTG560
561AGCGTGGAGTCCCTGGAAACACAGGGGCAGCAGGGTCTGC600
601TGGAGCCATGGGTCCCCAGGGAAGTCCAGGTGCCAGGGGA640
641CCCCCGGGATTGAAGGGGGACAAAGGCATTCCTGGAGACA680
681AAGGAGCAAAGGGAGAAAGTGGGCTTCCAGATGTTGCTTC720
721TCTGAGGCAGCAGGTTGAGGCCTTACAGGGACAAGTACAG760
761CACCTCCAGGCTGCTTTCTCTCAGTATAAGAAAGTTGAGC800
801TCTTCCCAAATGGCCAAAGTGTCGGGGAGAAGATTTTCAA840
841GACAGCAGGCTTTGTAAAACCATTTACGGAGGCACAGCTG880
881CTGTGCACACAGGCTGGTGGACAGTTGGCCTCTCCACGCT920
921CTGCCGCTGAGAATGCCGCCTTGCAACAGCTGGTCGTAGC960

cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。