基因總覽
SFTPD 是蛋白質編碼基因,其產物 surfactant protein D 屬於 SFTPD family。這種蛋白質參與肺部對吸入物的防禦;來源也指出,它可能參與肺表面活性物質的細胞外重整或周轉。其蛋白質序列包含 collagen-like 區域與 C-type lectin 結構域,並具有訊號序列註解。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000372292 ★ | 79,937,740–79,949,105 | 8 |
| ENST00000865181 | 79,937,128–79,983,148 | 8 |
| ENST00000865182 | 79,937,128–79,982,598 | 8 |
| ENST00000865183 | 79,937,128–79,982,440 | 8 |
| ENST00000865184 | 79,937,128–79,983,148 | 9 |
| ENST00000865185 | 79,937,128–79,983,148 | 8 |
| ENST00000865186 | 79,937,128–79,983,148 | 7 |
| ENST00000865187 | 79,937,128–79,982,440 | 7 |
| ENST00000865188 | 79,937,128–79,982,215 | 8 |
| ENST00000865189 | 79,937,128–79,982,071 | 8 |
| ENST00000865190 | 79,937,128–79,980,399 | 8 |
| ENST00000865191 | 79,937,128–79,949,167 | 8 |
顯示 12/33 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
surfactant protein D 參與肺部對吸入的微生物、有機抗原與毒素的防禦。它可與多種化合物互作,包括細菌脂多醣、寡糖及脂肪酸,並調節白血球在免疫反應中的作用。來源並未進一步限定這些互作的條件或調節方式。
在醣類結合方面,surfactant protein D 對麥芽糖殘基具有強結合能力,對其他 α-葡萄糖基則結合較弱。它也可能參與肺表面活性物質在細胞外的重整或周轉;此項功能以「可能參與」描述,並非確定的作用陳述。
Promoter 與基因調控
>SFTPD ENST00000372292 GRCh38 chr10:79949005-79950105 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter TTCGGTAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAGACCAGGAGTTTGAGACCAGCGTGGGCAACAGAGTGAGA CCCCATCTCTGTAAAAAATTAAAAAGAGAAATTAGCCAGGTGTGATCATGCTCACCTGTAAAGAGGCTGA GGCAGGACAATCACTTGAGCCCAGGAGTTTGAGGCTGCAGTGAGCTATAAATGCATTATGGCACTCTAGC CTGGGTGACAGAGTGAGACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAATACATACAGACTAAAAGATTGGATAAAAGTA GCATCAGCTCAGGGGTCCTAACTAGTTACAAGAACAGTGCACAAGACAAACACCAGCTAAGATGGCAGGG AGAACAAGCCTGAACAAGGCAAGGCAGAGGTCTGCTAAGGGAAATCCATCCCACAAAAGACAAGCAAGGC AGGGGCTCTCTGAGGCCTAGAGCAGCATGCAAAAGAGCAACTCTTTCCAGGTGGCAGCTCCCTAGCTGCT GCCCCCACATGCTGCTGCCTCTGCAGCCACTCTACCTGCCCCACCCCTGCCCAGGTATTCCAAGCAGCTC TCAGCTCTTTCCCAATATCTGGGCAGTGCTGTTGAGACAAAGGAAGAGGAGAAGTGGACACAGCAGGTCT TGGCTCTTAAGATCTGCAGTTGTGAGTTCCTTTTGCAATCGCTGTAGGTCATTGTGCAACCTGCTGGTCT CTGGACTCCTGATTTCTAGACATCTATAAAATACAGACACTGATGATGCCACTTAATTCACAGAGCTGCA GTGAGAAAGGTGCAGATGAGTTCAAGGCCTGATAGTGTTCTGCAAACTATAGTGATGGATGTGCATAGTA TTGTGAATATCAGTGGCAGGTTTCCAGAACGCAGGTGGGGATAAGAGTGAGTGAGTCAATAAAGAAGAAA ATTGCCCCACTTCTTGAAGGGAGTTTTTGGGGCTGGGCAGCTCAGGGTACAGGGCAGGCATAAATAGTGA GTGCCTGCCAAGCAAAGGCTAGTTTGCTTGGAGCTCCTGGGGCCTAACAAAAAGAAACCTGTAAGTGTCT CTGTTCTTGCCTTCTTTTTATTTTCTCCACATCCTATAAATATCCCTCTGC
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SFTPD_1 ↗ | 10:79,949,105 | 負股 | 79,949,095–79,949,154 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_936PRH · promoter · 79949095–79949595 · regulatory
· motif · 79949416–79949425 · motif
· motif · 79949416–79949425 · motif
· motif · 79951655–79951664 · motif
· motif · 79951655–79951664 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:375 aa
surfactant protein D 長 375 個胺基酸,屬於 SFTPD family。序列第 1–20 位標註為訊號序列;第 46–222 位為 collagen-like 結構域,第 260–375 位為 C-type lectin 結構域。第 45–221 位另有無序區域註解。
蛋白質三維結構
細胞內定位
surfactant protein D 標註為分泌蛋白,位於細胞外空間,並見於細胞外基質及表面膜。 來源未提供定位改變的條件或不同異構型之間的差異。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
更多交互作用夥伴 · 已取得 3 個夥伴
- ACE2Q9BYF1 · UniProt INTERACTION · 2 experiments
- UPK1AO00322 · UniProt INTERACTION · 3 experiments
- SP0DTC2 · UniProt INTERACTION · 3 experiments · 2 筆來源紀錄
surfactant protein D 可形成寡聚複合體;來源將其描述為由 4 組同源三聚體構成,未提供其他特定結合夥伴或更詳細的組裝資訊。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 3 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | surfactant protein D 參與肺部抵禦吸入的微生物、有機抗原與毒素;它與細菌脂多醣、寡糖及脂肪酸等化合物互作,並調節白血球在免疫反應中的作用。此外,它可能參與肺表面活性物質在細胞外的重整或周轉,且對麥芽糖殘基結合強於其他 α-葡萄糖基。 | 含實驗來源 | 證據與來源Contributes to the lung's defense against inhaled microorganisms, organic antigens and toxins. Interacts with compounds such as bacterial lipopolysaccharides, oligosaccharides and fatty acids and modulates leukocyte action in immune response. May participate in the extracellular reorganization or turnover of pulmonary surfactant. Binds strongly maltose residues and to a lesser extent other alpha-glucosyl moieties PMID 23478426 ↗ |
| 交互作用 | surfactant protein D 形成寡聚複合體,該複合體由 4 組同源三聚體構成。 | 資料庫紀錄 | |
| 細胞定位 | surfactant protein D 為分泌蛋白,定位於細胞外空間,並標註於細胞外基質及表面膜。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Secreted, extracellular space, extracellular matrix; Secreted, extracellular space, surface film |
核酸與蛋白質序列
AGTTTGCTTGGAGCTCCTGGGGCCTAACAAAAAGAAACCT40GCCATGCTGCTCTTCCTCCTCTCTGCACTGGTCCTGCTCA80CACAGCCCCTGGGCTACCTGGAAGCAGAAATGAAGACCTA120CTCCCACAGAACAATGCCCAGTGCTTGCACCCTGGTCATG160TGTAGCTCAGTGGAGAGTGGCCTGCCTGGTCGCGATGGAC200GGGATGGGAGAGAGGGCCCTCGGGGCGAGAAGGGGGACCC240AGGTTTGCCAGGAGCTGCAGGGCAAGCAGGGATGCCTGGA280CAAGCTGGCCCAGTTGGGCCCAAAGGGGACAATGGCTCTG320TTGGAGAACCTGGACCAAAGGGAGACACTGGGCCAAGTGG360ACCTCCAGGACCTCCCGGTGTGCCTGGTCCAGCTGGAAGA400GAAGGTCCCCTGGGGAAGCAGGGGAACATAGGACCTCAGG440GCAAGCCAGGCCCAAAAGGAGAAGCTGGGCCCAAAGGAGA480AGTAGGTGCCCCAGGCATGCAGGGCTCGGCAGGGGCAAGA520GGCCTCGCAGGCCCTAAGGGAGAGCGAGGTGTCCCTGGTG560AGCGTGGAGTCCCTGGAAACACAGGGGCAGCAGGGTCTGC600TGGAGCCATGGGTCCCCAGGGAAGTCCAGGTGCCAGGGGA640CCCCCGGGATTGAAGGGGGACAAAGGCATTCCTGGAGACA680AAGGAGCAAAGGGAGAAAGTGGGCTTCCAGATGTTGCTTC720TCTGAGGCAGCAGGTTGAGGCCTTACAGGGACAAGTACAG760CACCTCCAGGCTGCTTTCTCTCAGTATAAGAAAGTTGAGC800TCTTCCCAAATGGCCAAAGTGTCGGGGAGAAGATTTTCAA840GACAGCAGGCTTTGTAAAACCATTTACGGAGGCACAGCTG880CTGTGCACACAGGCTGGTGGACAGTTGGCCTCTCCACGCT920CTGCCGCTGAGAATGCCGCCTTGCAACAGCTGGTCGTAGC960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。