基因總覽
SFRP5 是蛋白質編碼基因,其產物 secreted frizzled related protein 5 屬於 secreted frizzled-related protein(sFRP)家族。這類蛋白質為可溶性分子,與 Wnt 訊號調節相關。SFRP5 的基本特性包括其分泌性,以及與家族成員相同的分類;現有資料未提供其基因轉錄本或其他分子形式的細節。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000266066 ★ | 97,766,751–97,771,999 | 3 |
顯示 1/1 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
可溶性 frizzled-related proteins(sFRP)會直接與 Wnt 配體作用,藉此調節 Wnt 訊號。這項作用使 sFRP 成為訊號調節因子;來源並未進一步說明 SFRP5 與個別 Wnt 分子的結合情形,或其調節訊號的具體分子步驟,因此不宜據此推定更細緻的作用機制。
在特定細胞類型中,sFRP 家族具有調節細胞生長與分化的角色。這表示其對 Wnt 訊號的調節與細胞生物學結果有所關聯,但目前資料未列出受影響的細胞類型,也未指出細胞生長或分化改變的方向與條件。這些描述屬於家族層級的功能資訊,不能據此認定所有細胞中皆有相同作用。
對 SFRP5 而言,來源指出它可能參與決定視網膜感光細胞的極性,也可能涉及視網膜中的其他細胞。此處使用「可能」表達其參與仍具不確定性;資料未說明其作用於哪些視網膜細胞以外的細胞,也未提供極性形成的分子步驟。因此,SFRP5 在視網膜中的角色應限於可能參與細胞極性決定,不宜延伸為已確立的作用機制或其他生理功能。
Promoter 與基因調控
>SFRP5 ENST00000266066 GRCh38 chr10:97771899-97772999 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter CATATGAGCTGTGTGGCCAAGGGCCAGTTACTCCACTTCTCTGAACTCCCTATCCCCTTGGTCATTAGGC CTACAGACTCAGAATCCAGGCCTCCTGGTTGTTTCTGGGCTCTGACTCTCGAAAAAGACTATCTGGGTTC AAATCCCAGCTCTAATCTGTGCTTAACCTCTCTGCCGCAGGATCTTTATCTGTAAGGTGGGGACAATAAT AGTACCTACCCACCATCTAGCCTTATTGTGAGAATTAGCTGAGGGAGTTTATGCAATGTGCTCAGATCAG ACTTGGCACACAATTAGCACCCACTAAGTATTGGCTATCATTAGCAATAGCTGATAAGCTTGGAACGTAC CTTGCACCGCACCTTGCACCGCACCTTGCACCTTGCACCGTCCCTGGCAGGTAGTAAGAGCTCACTAAAT AGAAGCTATGATTACCTTCACCCCCACTAGACTATCCTGGCCCTGGAGGTGGGTTCTGGGTCATATCCAT CTTTGATTCCCCAGCAGCCAGCATGGGGCCTGGCACCAAGCTCAATGAAGACCTGCCAGGAGGACCAGAA GATCCAGGGTGTGGGGTGGCACGAGCCTCCCACCAGGGAGAAGAGGAACCGAGGTGTCGGGGAAGAGAAA ACAGAGCAGAGGGAGAAAAGCCAAGGCAGAGAGATAAGCAAGTGAAGTGAGTGAGAAAAGGAACAGGAGA GGCTGTGGCGGAGAGAGATAAGGAGGAAGGATGGAGAAGGCGAGGGTCGAGGAAAATGCCCAGGGAGGCA GGGAGCCCTGGGGAGAAACGCTGGGCGAGGCCAGGGCTGCGGCAGGGGAGCCGAGCCGGGAGAGGGGCGC AAGACCTGGCGCTGGGCGGGACGCTCGGGCAGGGTGCGGGAGGGGCTGAGGGCCGCCCCCACTGCCTCCC CGCCTTGGAGCTGGGGCCAGGCGGCCGGAGATTGGCTGGGGCGCACGGCGAGGCCCGGGCTGGAGCCCCG AGGTGGGAGGCGCCAGGATCAGTCGGGGCGCCCGCAGCGCAGGCTGCCACCCACCTGGGCGACCTCCGCG GCGGCGGCGGCGGCGGCTGGGTAGAGTCAGGGCCGGGGGCGCACGCCGGAA
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SFRP5_1 ↗ | 10:97,771,999 | 負股 | 97,771,989–97,772,048 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR10_5SZWKZ · CTCF_binding_site · 97771087–97771108 · regulatory
ENSR10_5SZWPF · CTCF_binding_site · 97771835–97771856 · regulatory
ENSR10_93FRRK · promoter · 97771989–97772489 · regulatory
· motif · 97771089–97771105 · motif
· motif · 97771837–97771853 · motif
· motif · 97772278–97772284 · motif
· motif · 97772332–97772338 · motif
· motif · 97772610–97772624 · motif
· motif · 97772610–97772625 · motif
· motif · 97772617–97772632 · motif
· motif · 97772617–97772632 · motif
· motif · 97772629–97772644 · motif
· motif · 97772629–97772644 · motif
· motif · 97772641–97772656 · motif
· motif · 97772641–97772656 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:317 aa
secreted frizzled related protein 5 長 317 個胺基酸。其序列包含第 1–29 位的訊號序列、第 48–165 位的 FZ 結構域,以及第 181–303 位的 NTR 結構域;此外,該蛋白質歸屬於 secreted frizzled-related protein(sFRP)家族。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SFRP5 的定位註記為分泌性,表示資料將其描述為分泌蛋白。 現有資訊未提供其在不同條件下的定位變化、異構型差異或細胞內動態。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 可溶性 frizzled-related proteins(sFRP)透過直接與 Wnt 作用調節 Wnt 訊號,並在特定細胞類型中參與調節細胞生長與分化。SFRP5 可能參與決定視網膜感光細胞的極性,也可能涉及視網膜中的其他細胞。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Soluble frizzled-related proteins (sFRPS) function as modulators of Wnt signaling through direct interaction with Wnts. They have a role in regulating cell growth and differentiation in specific cell types. SFRP5 may be involved in determining the polarity of photoreceptor, and perhaps, other cells in the retina |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
AGTCGGGGCGCCCGCAGCGCAGGCTGCCACCCACCTGGGC40GACCTCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGGGTAGAGTCAG80GGCCGGGGGCGCACGCCGGAACACCTGGGCCGCCGGGCAC120CGAGCGTCGGGGGGCTGCGCGGCGCGCACCTGGAGAGGGC160GCAGCCATGCGGGCGGCGGCGGCGGGGGGGGGCGTGCGGA200CGGCCGCGCTGGCGCTGCTGCTGGGGGCGCTGCACTGGGC240GCCGGCGCGCTGCGAGGAGTACGACTACTATGGCTGGCAG280GCCGAGCCGCTGCACGGCCGCTCCTACTCCAAGCCGCCGC320AGTGCCTTGACATCCCTGCCGACCTGCCGCTCTGCCACAC360GGTGGGCTACAAGCGCATGCGGCTGCCCAACCTGCTGGAG400CACGAGAGCCTGGCCGAAGTGAAGCAGCAGGCGAGCAGCT440GGCTGCCGCTGCTGGCCAAGCGCTGCCACTCGGATACGCA480GGTCTTCCTGTGCTCGCTCTTTGCGCCCGTCTGTCTCGAC520CGGCCCATCTACCCGTGCCGCTCGCTGTGCGAGGCCGTGC560GCGCCGGCTGCGCGCCGCTCATGGAGGCCTACGGCTTCCC600CTGGCCTGAGATGCTGCACTGCCACAAGTTCCCCCTGGAC640AACGACCTCTGCATCGCCGTGCAGTTCGGGCACCTGCCCG680CCACCGCGCCTCCAGTGACCAAGATCTGCGCCCAGTGTGA720GATGGAGCACAGTGCTGACGGCCTCATGGAGCAGATGTGC760TCCAGTGACTTTGTGGTCAAAATGCGCATCAAGGAGATCA800AGATAGAGAATGGGGACCGGAAGCTGATTGGAGCCCAGAA840AAAGAAGAAGCTGCTCAAGCCGGGCCCCCTGAAGCGCAAG880GACACCAAGCGGCTGGTGCTGCACATGAAGAATGGCGCGG920GCTGCCCCTGCCCACAGCTGGACAGCCTGGCGGGCAGCTT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。