基因總覽
SFRP2 是蛋白質編碼基因,其產物 secreted frizzled related protein 2 屬於 secreted frizzled-related protein(sFRP)家族。這類蛋白質為可溶性分子,具有調節 Wnt 訊號的角色;SFRP2 的資料亦指出,它可能與眼部視網膜發育及肌生成有關。其蛋白質包含 FZ 與 NTR 兩個結構域,並具有 N 端訊號序列。
基因異名與舊稱
異名取自 HGNC,可能包含歷史名稱;蛋白質名稱以 UniProt 註解為準。
染色體位置與基因結構
查看實際轉錄本與 exon 註解
| Transcript | Genomic coordinates | Exons |
|---|---|---|
| ENST00000274063 ★ | 153,780,591–153,789,083 | 3 |
| ENST00001141411 | 153,780,544–153,791,620 | 3 |
| ENST00000918154 | 153,781,178–153,791,620 | 3 |
顯示 3/3 個蛋白質編碼轉錄本;canonical 優先。
帶型與著絲點依 Ensembl 座標繪製;核染色體長度以 GRCh38 第 1 號染色體為共同尺度。黃色標記表示本基因位置,細小區間加粗以利辨識;實際基因長度與 exon 見下方資料。
分子功能與生物學過程
SFRP2 所屬的可溶性 frizzled-related proteins(sFRPs)可調節 Wnt 訊號。來源指出,這種調節涉及 sFRPs 與 Wnt 的直接交互作用;但未進一步說明交互作用如何改變訊號,也未限定其方向或具體分子步驟,因此不宜將其描述為促進或抑制 Wnt 訊號。
sFRPs 也參與特定細胞類型的細胞生長與分化調控。這項功能是以家族層級描述,來源沒有指出哪些細胞類型受到影響,也未提供細胞生長或分化如何受調節的細節。
對 SFRP2 而言,來源提出它可能對眼部視網膜發育及肌生成具有重要性。此處使用「可能」表達推測,資料未進一步交代相關發育或肌生成過程中的作用方式,因此只能將這兩者視為 SFRP2 可能涉及的生物學過程。
Promoter 與基因調控
>SFRP2 ENST00000274063 GRCh38 chr4:153788983-153790083 strand=-1 5′→3′ 相對 TSS:-1000 到 +100 bp;1101 bp 依轉錄本 TSS 擷取的基因組序列;TSS = 0,兩端包含,未驗證為 promoter AGGACTCCTTCCTCTACCTCGCTCCCTCCCAGCCTGCCCATCTTTTGTGCCCGTCTTTTGTGCCGGCCAC CAGTCTTTACAAACAGTGCCCTGGGGGCCCATACTCCAGCTTTCCAGAGCGCACAGCTGCAAGGGCGGCT GTGTGTTAGAGCCCGTGATGCCTTCGAGTATTGAGTCATGCCATTCATTTAAGAAGGAAAAATCTCTCCA AAACGGGGAAATGGTGGGCAGTCCTGTGTGACTGGTGAGACTCTTGTAGGGGCGTTTCTACAACGACGAA ACCCTTCCTAGGCACTCACTCCAACAGAATAACAAGCCCATTTTATTAGTATTTCGTTTTCCATGTAAAG TTCTGCTCATACGAATATATTTATAATTCTGATTTTTTTACGGCATTGGGGAGCACACCGACAGGCTGCT GAACGGTGGCTGGAGATTCGAGGGAAAACGAAGTTCGCCGAGGCGGCCTCGGGCGGGCAGGTCCCGGGCT CCATCACAGGGCACACGCGGCTACCAGGGACGCAGCCCCCCAACACACACACACACACACACACACACAC ACACACACACACACACACCCTCTCCCACTCATGCCTGGCAACCCAGCAGAAACTTCGGACTGGGGCAAAA CAAGCCCGGGCCCCGGCGGCACGCGGGGCTAGGCGCGTTCCCGCCAGTACCTGGTCGCGAGGCCGCTCGC GGGGTGCCCTGCGTGCCCCCCACTCCCGCAGCCCGCGCCCTGCTCGCTCACTGTGGGGGCGCAGCGGCCA GGCTTCTCTGTTTGTTGTTTAAAGAAATCCTAGGGCGGGCGAGCGGCGGCATCTAGGGGAGGGGGCGCAG CCAGAATTCCCTTCCAGCAAGCGCGTGAGGGGCATTCTCAACGCAAAACCAGACCCAGAAAGTAGTGACC AGCCCTCCTCGGATTACCCTTCATTGGCTCCTCCCTTGCTCCCCCCACCCTCCAGATTTGCATAAAAAAG GCCAAGAAAACTCTGGCTGTGCCCCAGCAACGGCTCATTCTGCTCCCCCGGGTCGGAGCCCCCCGGAGCT GCGCGCGGGCTTGCAGCGCCTCGCCCGCGCTGTCCTCCCGGTGTCCCGCTT
EPDnew 實驗支持 promoter/TSS · 1 筆
| EPDnew ID | TSS(1-based) | 股向 | 來源顯示區間 |
|---|---|---|---|
| SFRP2_1 ↗ | 4:153,789,083 | 負股 | 153,789,073–153,789,132 |
EPDnew human v006 · UCSC hg38,GRCh38/hg38,透過 UCSC 取得。TSS 具有 CAGE/RAMPAGE 等實驗資料支持;任意擷取的上下游區間仍需另行判讀調控功能,不能視為整段皆經功能驗證。
EPD 封存狀態 ↗ · UCSC 資料說明 ↗ · EPD team, SIB Swiss Institute of Bioinformatics; UCSC Genome Browser · CC BY 4.0
查看已取得的調控/motif 註解
ENSR4_B35J36 · enhancer · 153785875–153786679 · regulatory
ENSR4_53C6MC7 · CTCF_binding_site · 153785986–153786007 · regulatory
ENSR4_53C6MFZ · CTCF_binding_site · 153786583–153786604 · regulatory
ENSR4_86J47C · enhancer · 153787354–153787531 · regulatory
ENSR4_949358 · promoter · 153789073–153789573 · regulatory
ENSR4_CK92Z · enhancer · 153790574–153792418 · regulatory
ENSR4_53C6N79 · CTCF_binding_site · 153790973–153790994 · regulatory
ENSR4_53C6N84 · CTCF_binding_site · 153791147–153791168 · regulatory
ENSR4_53C6NGH · CTCF_binding_site · 153792526–153792547 · regulatory
ENSR4_B35J45 · enhancer · 153792617–153793199 · regulatory
ENSR4_53C6NJQ · CTCF_binding_site · 153793021–153793042 · regulatory
· motif · 153785988–153786004 · motif
· motif · 153786585–153786601 · motif
· motif · 153790245–153790255 · motif
· motif · 153790246–153790256 · motif
· motif · 153790247–153790257 · motif
· motif · 153790975–153790991 · motif
· motif · 153791075–153791086 · motif
· motif · 153791075–153791086 · motif
· motif · 153791077–153791086 · motif
· motif · 153791149–153791165 · motif
· motif · 153792453–153792466 · motif
· motif · 153792453–153792466 · motif
· motif · 153792528–153792544 · motif
· motif · 153792649–153792662 · motif
· motif · 153792649–153792662 · motif
· motif · 153793023–153793039 · motif
蛋白質結構域與序列
參考蛋白質長度:295 aa
secreted frizzled related protein 2 長 295 個胺基酸,屬於 secreted frizzled-related protein(sFRP)家族。蛋白質 N 端第 1–24 位為訊號序列;第 35–155 位為 FZ 結構域,第 172–295 位為 NTR 結構域。
蛋白質三維結構
細胞內定位
SFRP2 的定位註記為分泌型,表示其被描述為分泌蛋白。 來源未提供定位改變的條件、異構型差異或細胞內動態資訊。
深綠色圓點:來源記載的蛋白質定位;數量不表示含量。
細胞外定位:圓點散佈於細胞周圍,與細胞膜保持距離。
動物細胞結構示意;器官大小與數量不按比例。點選細胞構造可查看定位註解。
交互作用與訊號網絡
拖曳節點後放開可帶動位置變化;點選夥伴查看證據。位置與連線長度不代表結合強度,圖中未推定夥伴彼此之間的關係。
疾病與遺傳關聯
Contextual Functional Evidence Matrix
矩陣以「功能主張」為列,以細胞情境、干預條件、量測結果與證據來源為欄,方便比較同一功能在不同條件下的支持情形。只有含情境與實驗資訊的紀錄會列入矩陣;一般功能註解另列於下方。
功能註解總覽 · 2 筆
| 功能面向 | 功能敘述 | 證據類型 | 可查核來源 |
|---|---|---|---|
| 功能 | 可溶性 frizzled-related proteins(sFRPs)會透過與 Wnt 直接交互作用來調節 Wnt 訊號,並參與特定細胞類型的細胞生長與分化調控。SFRP2 可能對眼部視網膜發育及肌生成具有重要性;來源未進一步說明其作用方式。 | 資料庫紀錄 | 證據與來源Soluble frizzled-related proteins (sFRPS) function as modulators of Wnt signaling through direct interaction with Wnts. They have a role in regulating cell growth and differentiation in specific cell types. SFRP2 may be important for eye retinal development and for myogenesis |
| 細胞定位 | Secreted | 推論支持 |
核酸與蛋白質序列
GCCCCAGCAACGGCTCATTCTGCTCCCCCGGGTCGGAGCC40CCCCGGAGCTGCGCGCGGGCTTGCAGCGCCTCGCCCGCGC80TGTCCTCCCGGTGTCCCGCTTCTCCGCGCCCCAGCCGCCG120GCTGCCAGCTTTTCGGGGCCCCGAGTCGCACCCAGCGAAG160AGAGCGGGCCCGGGACAAGCTCGAACTCCGGCCGCCTCGC200CCTTCCCCGGCTCCGCTCCCTCTGCCCCCTCGGGGTCGCG240CGCCCACGATGCTGCAGGGCCCTGGCTCGCTGCTGCTGCT280CTTCCTCGCCTCGCACTGCTGCCTGGGCTCGGCGCGCGGG320CTCTTCCTCTTTGGCCAGCCCGACTTCTCCTACAAGCGCA360GCAATTGCAAGCCCATCCCTGCCAACCTGCAGCTGTGCCA400CGGCATCGAATACCAGAACATGCGGCTGCCCAACCTGCTG440GGCCACGAGACCATGAAGGAGGTGCTGGAGCAGGCCGGCG480CTTGGATCCCGCTGGTCATGAAGCAGTGCCACCCGGACAC520CAAGAAGTTCCTGTGCTCGCTCTTCGCCCCCGTCTGCCTC560GATGACCTAGACGAGACCATCCAGCCATGCCACTCGCTCT600GCGTGCAGGTGAAGGACCGCTGCGCCCCGGTCATGTCCGC640CTTCGGCTTCCCCTGGCCCGACATGCTTGAGTGCGACCGT680TTCCCCCAGGACAACGACCTTTGCATCCCCCTCGCTAGCA720GCGACCACCTCCTGCCAGCCACCGAGGAAGCTCCAAAGGT760ATGTGAAGCCTGCAAAAATAAAAATGATGATGACAACGAC800ATAATGGAAACGCTTTGTAAAAATGATTTTGCACTGAAAA840TAAAAGTGAAGGAGATAACCTACATCAACCGAGATACCAA880AATCATCCTGGAGACCAAGAGCAAGACCATTTACAAGCTG920AACGGTGTGTCCGAAAGGGACCTGAAGAAATCGGTGCTGT960cDNA 使用 DNA 字母 T;mRNA 模式改以 U 顯示。轉錄本保留已註解的非編碼區,未另外加入 poly(A) 尾;非編碼 RNA 的參考轉錄本也可能仍需後續加工。數字為所選序列的 1-based 位置。長序列以黃色捲軸瀏覽,可複製或下載完整轉錄本與蛋白質;基因組 DNA 隨捲動取得所需範圍。